ModuleCall/GenSrc/bbSlicerDicomtoNrrdConverter.h

   1 #ifndef __bbSlicerDicomtoNrrdConverter_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerDicomtoNrrdConverter_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT DicomtoNrrdConverter
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( DicomtoNrrdConverter , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( inputDicomDirectory , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputDirectory , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputVolume , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( smallGradientThreshold , double );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( writeProtocolGradientsFile , bool );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( useIdentityMeaseurementFrame , bool );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( useBMatrixGradientDirections , bool );
  38
  39         // EO GENERATED ARGS
  40
  41         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  42         void Process ( ) ;
  43     private:
  44         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  45     } ;
  46
  47     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( DicomtoNrrdConverter , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  48     BBTK_NAME ( "DicomtoNrrdConverter" ) ;
  49     BBTK_AUTHOR ( "Xiaodong Tao" ) ;
  50     BBTK_DESCRIPTION ( "Converts diffusion weighted MR images in dicom series into Nrrd format for analysis in Slicer. This program has been tested on only a limited subset of DTI dicom formats available from Siemens, GE, and Phillips scanners. Work in progress to support dicom multi-frame data. The program parses dicom header to extract necessary information about measurement frame, diffusion weighting directions, b-values, etc, and write out a nrrd image. For non-diffusion weighted dicom images, it loads in an entire dicom series and writes out a single dicom volume in a .nhdr/.raw pair." ) ;
  51     BBTK_CATEGORY ( "Converters" ) ;
  52
  53     // GENERATED DESCRPTION
  54
  55 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , inputDicomDirectory , "inputDicomDirectory" , std::string, "");
  56 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , outputDirectory , "outputDirectory" , std::string, "");
  57 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , outputVolume , "outputVolume" , std::string, "");
  58 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , smallGradientThreshold , "smallGradientThreshold" , double, "");
  59 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , writeProtocolGradientsFile , "writeProtocolGradientsFile" , bool, "");
  60 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , useIdentityMeaseurementFrame , "useIdentityMeaseurementFrame" , bool, "");
  61 BBTK_INPUT(DicomtoNrrdConverter , useBMatrixGradientDirections , "useBMatrixGradientDirections" , bool, "");
  62
  63     // EO GENERATED DESCRIPTION
  64
  65     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( DicomtoNrrdConverter ) ;
  66 }
  67
  68 #endif // __bbSlicerDicomtoNrrdConverter_h_INCLUDED__
  69
  70