ModuleCall/GenSrc/bbSlicerGeneralRegistrationBRAINS.h

   1 #ifndef __bbSlicerGeneralRegistrationBRAINS_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerGeneralRegistrationBRAINS_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT GeneralRegistrationBRAINS
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( GeneralRegistrationBRAINS , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( fixedVolume , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( movingVolume , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( bsplineTransform , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( linearTransform , std::string );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputVolume , std::string );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( initialTransform , std::string );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( initializeTransformMode , std::string );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( useRigid , bool );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( useScaleVersor3D , bool );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( useScaleSkewVersor3D , bool );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( useAffine , bool );
  42 BBTK_DECLARE_INPUT ( useBSpline , bool );
  43 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfSamples , int );
  44 BBTK_DECLARE_INPUT ( splineGridSize , std::vector<int> );
  45 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfIterations , std::vector<int> );
  46 BBTK_DECLARE_INPUT ( maskProcessingMode , std::string );
  47 BBTK_DECLARE_INPUT ( fixedBinaryVolume , std::string );
  48 BBTK_DECLARE_INPUT ( movingBinaryVolume , std::string );
  49 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputFixedVolumeROI , std::string );
  50 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputMovingVolumeROI , std::string );
  51 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputVolumePixelType , std::string );
  52 BBTK_DECLARE_INPUT ( backgroundFillValue , double );
  53 BBTK_DECLARE_INPUT ( maskInferiorCutOffFromCenter , double );
  54 BBTK_DECLARE_INPUT ( scaleOutputValues , bool );
  55 BBTK_DECLARE_INPUT ( interpolationMode , std::string );
  56 BBTK_DECLARE_INPUT ( minimumStepLength , std::vector<double> );
  57 BBTK_DECLARE_INPUT ( translationScale , double );
  58 BBTK_DECLARE_INPUT ( reproportionScale , double );
  59 BBTK_DECLARE_INPUT ( skewScale , double );
  60 BBTK_DECLARE_INPUT ( maxBSplineDisplacement , double );
  61 BBTK_DECLARE_INPUT ( histogramMatch , bool );
  62 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfHistogramBins , int );
  63 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfMatchPoints , int );
  64 BBTK_DECLARE_INPUT ( strippedOutputTransform , std::string );
  65 BBTK_DECLARE_INPUT ( transformType , std::vector<std::string> );
  66 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputTransform , std::string );
  67 BBTK_DECLARE_INPUT ( fixedVolumeTimeIndex , int );
  68 BBTK_DECLARE_INPUT ( movingVolumeTimeIndex , int );
  69 BBTK_DECLARE_INPUT ( medianFilterSize , std::vector<int> );
  70 BBTK_DECLARE_INPUT ( removeIntensityOutliers , double );
  71 BBTK_DECLARE_INPUT ( useCachingOfBSplineWeightsMode , std::string );
  72 BBTK_DECLARE_INPUT ( useExplicitPDFDerivativesMode , std::string );
  73 BBTK_DECLARE_INPUT ( ROIAutoDilateSize , double );
  74 BBTK_DECLARE_INPUT ( ROIAutoClosingSize , double );
  75 BBTK_DECLARE_INPUT ( relaxationFactor , double );
  76 BBTK_DECLARE_INPUT ( maximumStepLength , double );
  77 BBTK_DECLARE_INPUT ( failureExitCode , int );
  78 BBTK_DECLARE_INPUT ( writeTransformOnFailure , bool );
  79 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfThreads , int );
  80 BBTK_DECLARE_INPUT ( forceMINumberOfThreads , int );
  81 BBTK_DECLARE_INPUT ( debugLevel , int );
  82 BBTK_DECLARE_INPUT ( costFunctionConvergenceFactor , double );
  83 BBTK_DECLARE_INPUT ( projectedGradientTolerance , double );
  84 BBTK_DECLARE_INPUT ( UseDebugImageViewer , bool );
  85 BBTK_DECLARE_INPUT ( PromptAfterImageSend , bool );
  86 BBTK_DECLARE_INPUT ( useMomentsAlign , bool );
  87 BBTK_DECLARE_INPUT ( useGeometryAlign , bool );
  88 BBTK_DECLARE_INPUT ( useCenterOfHeadAlign , bool );
  89 BBTK_DECLARE_INPUT ( permitParameterVariation , std::vector<int> );
  90 BBTK_DECLARE_INPUT ( costMetric , std::string );
  91
  92         // EO GENERATED ARGS
  93
  94         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  95         void Process ( ) ;
  96     private:
  97         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  98     } ;
  99
 100     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( GeneralRegistrationBRAINS , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
 101     BBTK_NAME ( "GeneralRegistrationBRAINS" ) ;
 102     BBTK_AUTHOR ( "Hans J. Johnson, hans-johnson -at- uiowa.edu, http://wwww.psychiatry.uiowa.edu" ) ;
 103     BBTK_DESCRIPTION ( "Register a three-dimensional volume to a reference volume Mattes Mutual Information by default. Described in BRAINSFit: Mutual Information Registrations of Whole-Brain 3D Images, Using the Insight Toolkit, Johnson H.J., Harris G., Williams K., The Insight Journal, 2007. http://hdl.handle.net/1926/1291" ) ;
 104     BBTK_CATEGORY ( "Registration" ) ;
 105
 106     // GENERATED DESCRPTION
 107
 108 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , fixedVolume , "fixedVolume" , std::string, "");
 109 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , movingVolume , "movingVolume" , std::string, "");
 110 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , bsplineTransform , "bsplineTransform" , std::string, "");
 111 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , linearTransform , "linearTransform" , std::string, "");
 112 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , outputVolume , "outputVolume" , std::string, "");
 113 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , initialTransform , "initialTransform" , std::string, "");
 114 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , initializeTransformMode , "initializeTransformMode" , std::string, "");
 115 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useRigid , "useRigid" , bool, "");
 116 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useScaleVersor3D , "useScaleVersor3D" , bool, "");
 117 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useScaleSkewVersor3D , "useScaleSkewVersor3D" , bool, "");
 118 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useAffine , "useAffine" , bool, "");
 119 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useBSpline , "useBSpline" , bool, "");
 120 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , numberOfSamples , "numberOfSamples" , int, "");
 121 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , splineGridSize , "splineGridSize" , std::vector<int>, "");
 122 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , numberOfIterations , "numberOfIterations" , std::vector<int>, "");
 123 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , maskProcessingMode , "maskProcessingMode" , std::string, "");
 124 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , fixedBinaryVolume , "fixedBinaryVolume" , std::string, "");
 125 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , movingBinaryVolume , "movingBinaryVolume" , std::string, "");
 126 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , outputFixedVolumeROI , "outputFixedVolumeROI" , std::string, "");
 127 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , outputMovingVolumeROI , "outputMovingVolumeROI" , std::string, "");
 128 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , outputVolumePixelType , "outputVolumePixelType" , std::string, "");
 129 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , backgroundFillValue , "backgroundFillValue" , double, "");
 130 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , maskInferiorCutOffFromCenter , "maskInferiorCutOffFromCenter" , double, "");
 131 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , scaleOutputValues , "scaleOutputValues" , bool, "");
 132 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , interpolationMode , "interpolationMode" , std::string, "");
 133 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , minimumStepLength , "minimumStepLength" , std::vector<double>, "");
 134 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , translationScale , "translationScale" , double, "");
 135 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , reproportionScale , "reproportionScale" , double, "");
 136 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , skewScale , "skewScale" , double, "");
 137 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , maxBSplineDisplacement , "maxBSplineDisplacement" , double, "");
 138 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , histogramMatch , "histogramMatch" , bool, "");
 139 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , numberOfHistogramBins , "numberOfHistogramBins" , int, "");
 140 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , numberOfMatchPoints , "numberOfMatchPoints" , int, "");
 141 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , strippedOutputTransform , "strippedOutputTransform" , std::string, "");
 142 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , transformType , "transformType" , std::vector<std::string>, "");
 143 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , outputTransform , "outputTransform" , std::string, "");
 144 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , fixedVolumeTimeIndex , "fixedVolumeTimeIndex" , int, "");
 145 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , movingVolumeTimeIndex , "movingVolumeTimeIndex" , int, "");
 146 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , medianFilterSize , "medianFilterSize" , std::vector<int>, "");
 147 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , removeIntensityOutliers , "removeIntensityOutliers" , double, "");
 148 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useCachingOfBSplineWeightsMode , "useCachingOfBSplineWeightsMode" , std::string, "");
 149 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useExplicitPDFDerivativesMode , "useExplicitPDFDerivativesMode" , std::string, "");
 150 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , ROIAutoDilateSize , "ROIAutoDilateSize" , double, "");
 151 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , ROIAutoClosingSize , "ROIAutoClosingSize" , double, "");
 152 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , relaxationFactor , "relaxationFactor" , double, "");
 153 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , maximumStepLength , "maximumStepLength" , double, "");
 154 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , failureExitCode , "failureExitCode" , int, "");
 155 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , writeTransformOnFailure , "writeTransformOnFailure" , bool, "");
 156 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , numberOfThreads , "numberOfThreads" , int, "");
 157 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , forceMINumberOfThreads , "forceMINumberOfThreads" , int, "");
 158 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , debugLevel , "debugLevel" , int, "");
 159 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , costFunctionConvergenceFactor , "costFunctionConvergenceFactor" , double, "");
 160 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , projectedGradientTolerance , "projectedGradientTolerance" , double, "");
 161 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , UseDebugImageViewer , "UseDebugImageViewer" , bool, "");
 162 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , PromptAfterImageSend , "PromptAfterImageSend" , bool, "");
 163 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useMomentsAlign , "useMomentsAlign" , bool, "");
 164 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useGeometryAlign , "useGeometryAlign" , bool, "");
 165 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , useCenterOfHeadAlign , "useCenterOfHeadAlign" , bool, "");
 166 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , permitParameterVariation , "permitParameterVariation" , std::vector<int>, "");
 167 BBTK_INPUT(GeneralRegistrationBRAINS , costMetric , "costMetric" , std::string, "");
 168
 169     // EO GENERATED DESCRIPTION
 170
 171     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( GeneralRegistrationBRAINS ) ;
 172 }
 173
 174 #endif // __bbSlicerGeneralRegistrationBRAINS_h_INCLUDED__
 175
 176