ModuleCall/GenSrc/bbSlicerMRIBiasFieldCorrection.h

   1 #ifndef __bbSlicerMRIBiasFieldCorrection_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerMRIBiasFieldCorrection_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT MRIBiasFieldCorrection
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( MRIBiasFieldCorrection , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( InputImage , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( InputMask , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( OutputImage , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( AlgorithmType , std::string );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( ShrinkFactor , int );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( MaximumNumberOfIterations , int );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( NumberOfFittingLevels , int );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( WienerFilterNoise , double );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( FullWidthAtHalfMaximum , double );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( ConvergenceThreshold , double );
  41
  42         // EO GENERATED ARGS
  43
  44         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  45         void Process ( ) ;
  46     private:
  47         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  48     } ;
  49
  50     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( MRIBiasFieldCorrection , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  51     BBTK_NAME ( "MRIBiasFieldCorrection" ) ;
  52     BBTK_AUTHOR ( "Sylvain Jaume MIT" ) ;
  53     BBTK_DESCRIPTION ( "Corrects 3D MRI images corrupted by MRI gain field effect.  This module removes the slow-varying intensity variation from a 3D image.  The output image has a higher contrast locally and the visualization and reading of the image are improved.  This is an important pre-processinbg step for image operations requiring intensity perfect images, such as the Expectation Maximization segmentation see EMSegment module. The N3 and N4 methods are described in N4ITK: Nick's N3 ITK Implementation For MRI Bias Field Correction, Tustison N., Gee J., Insight Journal, 2009. http://hdl.handle.net/10380/3053 The Slicer code was contributed by Sylvain Jaume MIT for NA-MIC http://na-mic.org." ) ;
  54     BBTK_CATEGORY ( "Legacy.Filtering" ) ;
  55
  56     // GENERATED DESCRPTION
  57
  58 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , InputImage , "InputImage" , std::string, "");
  59 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , InputMask , "InputMask" , std::string, "");
  60 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , OutputImage , "OutputImage" , std::string, "");
  61 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , AlgorithmType , "AlgorithmType" , std::string, "");
  62 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , ShrinkFactor , "ShrinkFactor" , int, "");
  63 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , MaximumNumberOfIterations , "MaximumNumberOfIterations" , int, "");
  64 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , NumberOfFittingLevels , "NumberOfFittingLevels" , int, "");
  65 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , WienerFilterNoise , "WienerFilterNoise" , double, "");
  66 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , FullWidthAtHalfMaximum , "FullWidthAtHalfMaximum" , double, "");
  67 BBTK_INPUT(MRIBiasFieldCorrection , ConvergenceThreshold , "ConvergenceThreshold" , double, "");
  68
  69     // EO GENERATED DESCRIPTION
  70
  71     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( MRIBiasFieldCorrection ) ;
  72 }
  73
  74 #endif // __bbSlicerMRIBiasFieldCorrection_h_INCLUDED__
  75
  76