ModuleCall/GenSrc/bbSlicerN4ITKMRIBiascorrection.h

   1 #ifndef __bbSlicerN4ITKMRIBiascorrection_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerN4ITKMRIBiascorrection_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT N4ITKMRIBiascorrection
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( N4ITKMRIBiascorrection , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( inputImageName , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( maskImageName , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputImageName , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputBiasFieldName , std::string );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfIterations , std::vector<int> );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( convergenceThreshold , float );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( initialMeshResolution , std::vector<float> );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( splineDistance , float );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( shrinkFactor , int );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( bsplineOrder , int );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( weightImageName , std::string );
  42 BBTK_DECLARE_INPUT ( histogramSharpening , std::vector<float> );
  43
  44         // EO GENERATED ARGS
  45
  46         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  47         void Process ( ) ;
  48     private:
  49         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  50     } ;
  51
  52     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( N4ITKMRIBiascorrection , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  53     BBTK_NAME ( "N4ITKMRIBiascorrection" ) ;
  54     BBTK_AUTHOR ( "Nick Tustison algorithm and ITK implementation, Andrey Fedorov Slicer wrapping, Ron Kikinis PI" ) ;
  55     BBTK_DESCRIPTION ( "Performs MRI bias correction using N4 algorithm. This module is based on the ITK filters contributed in the following publication:  Tustison N, Gee J 'N4ITK: Nick's N3 ITK Implementation For MRI Bias Field Correction', The Insight Journal 2009 January-June, http://hdl.handle.net/10380/3053" ) ;
  56     BBTK_CATEGORY ( "Filtering" ) ;
  57
  58     // GENERATED DESCRPTION
  59
  60 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , inputImageName , "inputImageName" , std::string, "");
  61 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , maskImageName , "maskImageName" , std::string, "");
  62 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , outputImageName , "outputImageName" , std::string, "");
  63 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , outputBiasFieldName , "outputBiasFieldName" , std::string, "");
  64 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , numberOfIterations , "numberOfIterations" , std::vector<int>, "");
  65 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , convergenceThreshold , "convergenceThreshold" , float, "");
  66 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , initialMeshResolution , "initialMeshResolution" , std::vector<float>, "");
  67 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , splineDistance , "splineDistance" , float, "");
  68 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , shrinkFactor , "shrinkFactor" , int, "");
  69 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , bsplineOrder , "bsplineOrder" , int, "");
  70 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , weightImageName , "weightImageName" , std::string, "");
  71 BBTK_INPUT(N4ITKMRIBiascorrection , histogramSharpening , "histogramSharpening" , std::vector<float>, "");
  72
  73     // EO GENERATED DESCRIPTION
  74
  75     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( N4ITKMRIBiascorrection ) ;
  76 }
  77
  78 #endif // __bbSlicerN4ITKMRIBiascorrection_h_INCLUDED__
  79
  80