ModuleCall/GenSrc/bbSlicerOtsuThresholdSegmentation.h

   1 #ifndef __bbSlicerOtsuThresholdSegmentation_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerOtsuThresholdSegmentation_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT OtsuThresholdSegmentation
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( OtsuThresholdSegmentation , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( brightObjects , bool );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfBins , int );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( faceConnected , bool );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( minimumObjectSize , int );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( inputVolume , std::string );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputVolume , std::string );
  37
  38         // EO GENERATED ARGS
  39
  40         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  41         void Process ( ) ;
  42     private:
  43         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  44     } ;
  45
  46     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( OtsuThresholdSegmentation , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  47     BBTK_NAME ( "OtsuThresholdSegmentation" ) ;
  48     BBTK_AUTHOR ( "Bill Lorensen" ) ;
  49     BBTK_DESCRIPTION ( "This filter creates a labeled image from a grayscale image. First, it calculates an optimal threshold that separates the image into foreground and background. This threshold separates those two classes so that their intra-class variance is minimal see http://en.wikipedia.org/wiki/Otsu%27s_method. Then the filter runs a connected component algorithm to generate unique labels for each connected region of the foreground. Finally, the resulting image is relabeled to provide consecutive numbering." ) ;
  50     BBTK_CATEGORY ( "Legacy.Segmentation" ) ;
  51
  52     // GENERATED DESCRPTION
  53
  54 BBTK_INPUT(OtsuThresholdSegmentation , brightObjects , "brightObjects" , bool, "");
  55 BBTK_INPUT(OtsuThresholdSegmentation , numberOfBins , "numberOfBins" , int, "");
  56 BBTK_INPUT(OtsuThresholdSegmentation , faceConnected , "faceConnected" , bool, "");
  57 BBTK_INPUT(OtsuThresholdSegmentation , minimumObjectSize , "minimumObjectSize" , int, "");
  58 BBTK_INPUT(OtsuThresholdSegmentation , inputVolume , "inputVolume" , std::string, "");
  59 BBTK_INPUT(OtsuThresholdSegmentation , outputVolume , "outputVolume" , std::string, "");
  60
  61     // EO GENERATED DESCRIPTION
  62
  63     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( OtsuThresholdSegmentation ) ;
  64 }
  65
  66 #endif // __bbSlicerOtsuThresholdSegmentation_h_INCLUDED__
  67
  68