ModuleCall/GenSrc/bbSlicerResampleDTIVolume.h

   1 #ifndef __bbSlicerResampleDTIVolume_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerResampleDTIVolume_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT ResampleDTIVolume
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( ResampleDTIVolume , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( inputVolume , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputVolume , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( referenceVolume , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( transformationFile , std::string );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( deffield , std::string );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( typeOfField , std::string );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( interpolationType , std::string );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( correction , std::string );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( ppd , std::string );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( transformsOrder , std::string );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( notbulk , bool );
  42 BBTK_DECLARE_INPUT ( space , bool );
  43 BBTK_DECLARE_INPUT ( rotationPoint , std::vector<float> );
  44 BBTK_DECLARE_INPUT ( centeredTransform , bool );
  45 BBTK_DECLARE_INPUT ( imageCenter , std::string );
  46 BBTK_DECLARE_INPUT ( inverseITKTransformation , bool );
  47 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputImageSpacing , std::vector<double> );
  48 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputImageSize , std::vector<double> );
  49 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputImageOrigin , std::vector<float> );
  50 BBTK_DECLARE_INPUT ( directionMatrix , std::vector<double> );
  51 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfThread , int );
  52 BBTK_DECLARE_INPUT ( defaultPixelValue , double );
  53 BBTK_DECLARE_INPUT ( windowFunction , std::string );
  54 BBTK_DECLARE_INPUT ( splineOrder , int );
  55 BBTK_DECLARE_INPUT ( transformMatrix , std::vector<double> );
  56 BBTK_DECLARE_INPUT ( transformType , std::string );
  57
  58         // EO GENERATED ARGS
  59
  60         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  61         void Process ( ) ;
  62     private:
  63         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  64     } ;
  65
  66     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ResampleDTIVolume , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  67     BBTK_NAME ( "ResampleDTIVolume" ) ;
  68     BBTK_AUTHOR ( "Francois Budin" ) ;
  69     BBTK_DESCRIPTION ( "Resampling an image is a very important task in image analysis. It is especially important in the frame of image registration. This module implements DT image resampling through the use of itk Transforms. The resampling is controlled by the Output Spacing. 'Resampling' is performed in space coordinates, not pixel/grid coordinates. It is quite important to ensure that image spacing is properly set on the images involved. The interpolator is required since the mapping from one space to the other will often require evaluation of the intensity of the image at non-grid positions." ) ;
  70     BBTK_CATEGORY ( "Diffusion.Utilities" ) ;
  71
  72     // GENERATED DESCRPTION
  73
  74 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , inputVolume , "inputVolume" , std::string, "");
  75 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , outputVolume , "outputVolume" , std::string, "");
  76 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , referenceVolume , "referenceVolume" , std::string, "");
  77 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , transformationFile , "transformationFile" , std::string, "");
  78 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , deffield , "deffield" , std::string, "");
  79 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , typeOfField , "typeOfField" , std::string, "");
  80 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , interpolationType , "interpolationType" , std::string, "");
  81 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , correction , "correction" , std::string, "");
  82 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , ppd , "ppd" , std::string, "");
  83 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , transformsOrder , "transformsOrder" , std::string, "");
  84 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , notbulk , "notbulk" , bool, "");
  85 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , space , "space" , bool, "");
  86 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , rotationPoint , "rotationPoint" , std::vector<float>, "");
  87 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , centeredTransform , "centeredTransform" , bool, "");
  88 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , imageCenter , "imageCenter" , std::string, "");
  89 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , inverseITKTransformation , "inverseITKTransformation" , bool, "");
  90 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , outputImageSpacing , "outputImageSpacing" , std::vector<double>, "");
  91 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , outputImageSize , "outputImageSize" , std::vector<double>, "");
  92 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , outputImageOrigin , "outputImageOrigin" , std::vector<float>, "");
  93 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , directionMatrix , "directionMatrix" , std::vector<double>, "");
  94 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , numberOfThread , "numberOfThread" , int, "");
  95 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , defaultPixelValue , "defaultPixelValue" , double, "");
  96 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , windowFunction , "windowFunction" , std::string, "");
  97 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , splineOrder , "splineOrder" , int, "");
  98 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , transformMatrix , "transformMatrix" , std::vector<double>, "");
  99 BBTK_INPUT(ResampleDTIVolume , transformType , "transformType" , std::string, "");
 100
 101     // EO GENERATED DESCRIPTION
 102
 103     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ResampleDTIVolume ) ;
 104 }
 105
 106 #endif // __bbSlicerResampleDTIVolume_h_INCLUDED__
 107
 108