ModuleCall/GenSrc/bbSlicerRicianLMMSEImageFilter.h

   1 #ifndef __bbSlicerRicianLMMSEImageFilter_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerRicianLMMSEImageFilter_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT RicianLMMSEImageFilter
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( RicianLMMSEImageFilter , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( iIterations , int );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( iRadiusEstimation , std::vector<int> );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( iRadiusFiltering , std::vector<int> );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( iMinimumNumberOfUsedVoxelsF , int );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( iMinimumNumberOfUsedVoxelsE , int );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( dMinSTD , int );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( dMaxSTD , int );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( dResFact , double );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( bUseAbsoluteValue , bool );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( inputVolume , std::string );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( outputVolume , std::string );
  42
  43         // EO GENERATED ARGS
  44
  45         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  46         void Process ( ) ;
  47     private:
  48         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  49     } ;
  50
  51     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( RicianLMMSEImageFilter , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  52     BBTK_NAME ( "RicianLMMSEImageFilter" ) ;
  53     BBTK_AUTHOR ( "Antonio Tristan Vega, Santiago Aja Fernandez and Marc Niethammer. Partially founded by grant number TEC2007-67073/TCM from the Comision Interministerial de Ciencia y Tecnologia Spain." ) ;
  54     BBTK_DESCRIPTION ( "This module reduces noise or unwanted detail on a set of diffusion weighted images. For this, it filters the image in the mean squared error sense using a Rician noise model. Images corresponding to each gradient direction, including baseline, are processed individually. The noise parameter is automatically estimated noise estimation improved but slower.Note that this is a general purpose filter for MRi images. The module jointLMMSE has been specifically designed for DWI volumes and shows a better performance, so its use is recommended instead.A complete description of the algorithm in this module can be found in:S. Aja-Fernandez, M. Niethammer, M. Kubicki, M. Shenton, and C.-F. Westin. Restoration of DWI data using a Rician LMMSE estimator. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2710: pp. 1389-1403, Oct. 2008." ) ;
  55     BBTK_CATEGORY ( "Diffusion.Denoising" ) ;
  56
  57     // GENERATED DESCRPTION
  58
  59 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , iIterations , "iIterations" , int, "");
  60 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , iRadiusEstimation , "iRadiusEstimation" , std::vector<int>, "");
  61 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , iRadiusFiltering , "iRadiusFiltering" , std::vector<int>, "");
  62 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , iMinimumNumberOfUsedVoxelsF , "iMinimumNumberOfUsedVoxelsF" , int, "");
  63 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , iMinimumNumberOfUsedVoxelsE , "iMinimumNumberOfUsedVoxelsE" , int, "");
  64 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , dMinSTD , "dMinSTD" , int, "");
  65 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , dMaxSTD , "dMaxSTD" , int, "");
  66 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , dResFact , "dResFact" , double, "");
  67 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , bUseAbsoluteValue , "bUseAbsoluteValue" , bool, "");
  68 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , inputVolume , "inputVolume" , std::string, "");
  69 BBTK_INPUT(RicianLMMSEImageFilter , outputVolume , "outputVolume" , std::string, "");
  70
  71     // EO GENERATED DESCRIPTION
  72
  73     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( RicianLMMSEImageFilter ) ;
  74 }
  75
  76 #endif // __bbSlicerRicianLMMSEImageFilter_h_INCLUDED__
  77
  78