bbtk_Slicer_PKG/src/bbSlicerACPCTransform.h

   1 #ifndef __bbSlicerACPCTransform_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerACPCTransform_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT ACPCTransform
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( ACPCTransform , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( ACPC , std::vector<std::vector<float> > );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( Midline , std::vector<std::vector<float> > );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( OutputTransform , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( debugSwitch , bool );
  35
  36         // EO GENERATED ARGS
  37
  38         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  39         void Process ( ) ;
  40     private:
  41         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  42     } ;
  43
  44     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ACPCTransform , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  45     BBTK_NAME ( "ACPCTransform" ) ;
  46     BBTK_AUTHOR ( "Nicole Aucoin, BWH Ron Kikinis, BWH" ) ;
  47     BBTK_DESCRIPTION ( "pCalculate a transformation from two lists of fiducial points./ppACPC line is two fiducial points, one at the anterior commissure and one at the posterior commissure. The resulting transform will bring the line connecting them to horizontal to the AP axis./ppThe midline is a series of points defining the division between the hemispheres of the brain the mid sagittal plane. The resulting transform will put the output volume with the mid sagittal plane lined up with the AS plane./ppUse the Filtering module bResample Scalar/Vector/DWI Volume/b to apply the transformation to a volume./p" ) ;
  48     BBTK_CATEGORY ( "Registration.Specialized" ) ;
  49
  50     // GENERATED DESCRPTION
  51
  52 BBTK_INPUT(ACPCTransform , ACPC , "ACPC" , std::vector<std::vector<float> >, "");
  53 BBTK_INPUT(ACPCTransform , Midline , "Midline" , std::vector<std::vector<float> >, "");
  54 BBTK_INPUT(ACPCTransform , OutputTransform , "OutputTransform" , std::string, "");
  55 BBTK_INPUT(ACPCTransform , debugSwitch , "debugSwitch" , bool, "");
  56
  57     // EO GENERATED DESCRIPTION
  58
  59     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ACPCTransform ) ;
  60 }
  61
  62 #endif // __bbSlicerACPCTransform_h_INCLUDED__
  63
  64