bbtk_Slicer_PKG/src/bbSlicerExpertAutomatedRegistration.h

   1 #ifndef __bbSlicerExpertAutomatedRegistration_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerExpertAutomatedRegistration_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT ExpertAutomatedRegistration
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( ExpertAutomatedRegistration , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( fixedImage , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( movingImage , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( resampledImage , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( loadTransform , std::string );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( saveTransform , std::string );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( initialization , std::string );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( registration , std::string );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( metric , std::string );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( expectedOffset , float );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( expectedRotation , float );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( expectedScale , float );
  42 BBTK_DECLARE_INPUT ( expectedSkew , float );
  43 BBTK_DECLARE_INPUT ( verbosityLevel , std::string );
  44 BBTK_DECLARE_INPUT ( sampleFromOverlap , bool );
  45 BBTK_DECLARE_INPUT ( fixedImageMask , std::string );
  46 BBTK_DECLARE_INPUT ( randomNumberSeed , int );
  47 BBTK_DECLARE_INPUT ( numberOfThreads , int );
  48 BBTK_DECLARE_INPUT ( minimizeMemory , bool );
  49 BBTK_DECLARE_INPUT ( interpolation , std::string );
  50 BBTK_DECLARE_INPUT ( fixedLandmarks , std::vector<std::vector<float> > );
  51 BBTK_DECLARE_INPUT ( movingLandmarks , std::vector<std::vector<float> > );
  52 BBTK_DECLARE_INPUT ( rigidMaxIterations , int );
  53 BBTK_DECLARE_INPUT ( rigidSamplingRatio , float );
  54 BBTK_DECLARE_INPUT ( affineMaxIterations , int );
  55 BBTK_DECLARE_INPUT ( affineSamplingRatio , float );
  56 BBTK_DECLARE_INPUT ( bsplineMaxIterations , int );
  57 BBTK_DECLARE_INPUT ( bsplineSamplingRatio , float );
  58 BBTK_DECLARE_INPUT ( controlPointSpacing , int );
  59
  60         // EO GENERATED ARGS
  61
  62         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  63         void Process ( ) ;
  64     private:
  65         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  66     } ;
  67
  68     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ExpertAutomatedRegistration , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  69     BBTK_NAME ( "ExpertAutomatedRegistration" ) ;
  70     BBTK_AUTHOR ( "Stephen R Aylward, Casey B Goodlett" ) ;
  71     BBTK_DESCRIPTION ( "Provides rigid, affine, and BSpline registration methods via a simple GUI" ) ;
  72     BBTK_CATEGORY ( "Legacy.Registration" ) ;
  73
  74     // GENERATED DESCRPTION
  75
  76 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , fixedImage , "fixedImage" , std::string, "");
  77 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , movingImage , "movingImage" , std::string, "");
  78 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , resampledImage , "resampledImage" , std::string, "");
  79 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , loadTransform , "loadTransform" , std::string, "");
  80 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , saveTransform , "saveTransform" , std::string, "");
  81 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , initialization , "initialization" , std::string, "");
  82 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , registration , "registration" , std::string, "");
  83 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , metric , "metric" , std::string, "");
  84 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , expectedOffset , "expectedOffset" , float, "");
  85 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , expectedRotation , "expectedRotation" , float, "");
  86 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , expectedScale , "expectedScale" , float, "");
  87 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , expectedSkew , "expectedSkew" , float, "");
  88 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , verbosityLevel , "verbosityLevel" , std::string, "");
  89 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , sampleFromOverlap , "sampleFromOverlap" , bool, "");
  90 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , fixedImageMask , "fixedImageMask" , std::string, "");
  91 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , randomNumberSeed , "randomNumberSeed" , int, "");
  92 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , numberOfThreads , "numberOfThreads" , int, "");
  93 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , minimizeMemory , "minimizeMemory" , bool, "");
  94 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , interpolation , "interpolation" , std::string, "");
  95 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , fixedLandmarks , "fixedLandmarks" , std::vector<std::vector<float> >, "");
  96 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , movingLandmarks , "movingLandmarks" , std::vector<std::vector<float> >, "");
  97 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , rigidMaxIterations , "rigidMaxIterations" , int, "");
  98 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , rigidSamplingRatio , "rigidSamplingRatio" , float, "");
  99 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , affineMaxIterations , "affineMaxIterations" , int, "");
 100 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , affineSamplingRatio , "affineSamplingRatio" , float, "");
 101 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , bsplineMaxIterations , "bsplineMaxIterations" , int, "");
 102 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , bsplineSamplingRatio , "bsplineSamplingRatio" , float, "");
 103 BBTK_INPUT(ExpertAutomatedRegistration , controlPointSpacing , "controlPointSpacing" , int, "");
 104
 105     // EO GENERATED DESCRIPTION
 106
 107     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ExpertAutomatedRegistration ) ;
 108 }
 109
 110 #endif // __bbSlicerExpertAutomatedRegistration_h_INCLUDED__
 111
 112