bbtk_Slicer_PKG/src/bbSlicerFastRigidregistration.h

   1 #ifndef __bbSlicerFastRigidregistration_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerFastRigidregistration_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT FastRigidregistration
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( FastRigidregistration , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( FixedImageSmoothingFactor , int );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( MovingImageSmoothingFactor , int );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( TestingMode , bool );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( HistogramBins , int );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( SpatialSamples , int );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( Iterations , std::vector<int> );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( LearningRate , std::vector<double> );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( TranslationScale , double );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( InitialTransform , std::string );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( FixedImageFileName , std::string );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( MovingImageFileName , std::string );
  42 BBTK_DECLARE_INPUT ( OutputTransform , std::string );
  43 BBTK_DECLARE_INPUT ( ResampledImageFileName , std::string );
  44
  45         // EO GENERATED ARGS
  46
  47         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  48         void Process ( ) ;
  49     private:
  50         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  51     } ;
  52
  53     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( FastRigidregistration , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  54     BBTK_NAME ( "FastRigidregistration" ) ;
  55     BBTK_AUTHOR ( "Daniel Blezek" ) ;
  56     BBTK_DESCRIPTION ( "Registers two images together using a rigid transform and mutual information.This module was originally distributed as 'Linear registration' but has been renamed to eliminate confusion with the 'Affine registration' module.This module is often used to align images of different subjects or images of the same subject from different modalities.This module can smooth images prior to registration to mitigate noise and improve convergence. Many of the registration parameters require a working knowledge of the algorithm although the default parameters are sufficient for many registration tasks." ) ;
  57     BBTK_CATEGORY ( "Legacy.Registration" ) ;
  58
  59     // GENERATED DESCRPTION
  60
  61 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , FixedImageSmoothingFactor , "FixedImageSmoothingFactor" , int, "");
  62 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , MovingImageSmoothingFactor , "MovingImageSmoothingFactor" , int, "");
  63 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , TestingMode , "TestingMode" , bool, "");
  64 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , HistogramBins , "HistogramBins" , int, "");
  65 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , SpatialSamples , "SpatialSamples" , int, "");
  66 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , Iterations , "Iterations" , std::vector<int>, "");
  67 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , LearningRate , "LearningRate" , std::vector<double>, "");
  68 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , TranslationScale , "TranslationScale" , double, "");
  69 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , InitialTransform , "InitialTransform" , std::string, "");
  70 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , FixedImageFileName , "FixedImageFileName" , std::string, "");
  71 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , MovingImageFileName , "MovingImageFileName" , std::string, "");
  72 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , OutputTransform , "OutputTransform" , std::string, "");
  73 BBTK_INPUT(FastRigidregistration , ResampledImageFileName , "ResampledImageFileName" , std::string, "");
  74
  75     // EO GENERATED DESCRIPTION
  76
  77     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( FastRigidregistration ) ;
  78 }
  79
  80 #endif // __bbSlicerFastRigidregistration_h_INCLUDED__
  81
  82