bbtk_Slicer_PKG/src/bbSlicerForegroundmaskingBRAINS.cxx

   1 #include "bbSlicerForegroundmaskingBRAINS.h"
   2 #include "bbSlicerPackage.h"
   3
   4 namespace bbSlicer {
   5     BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE ( Slicer, ForegroundmaskingBRAINS )
   6     BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION ( ForegroundmaskingBRAINS, bbtk::AtomicBlackBox );
   7
   8     void ForegroundmaskingBRAINS::Process ( ) {
   9
  10         // GENERATED
  11
  12 int _argc =9;
  13 std::string lib = "/home/riveros/.slicer/Slicer4-bin/Slicer-build/lib/Slicer-4.0/cli-modules/libBRAINSROIAutoLib.so";
  14 char * _argv[ ] = { Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--inputVolume"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputinputVolume( ) ) ) ,"@@@@@"," --inputVolume ") ),
  15 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--outputROIMaskVolume"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputoutputROIMaskVolume( ) ) ) ,"@@@@@"," --outputROIMaskVolume ") ),
  16 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--outputClippedVolumeROI"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputoutputClippedVolumeROI( ) ) ) ,"@@@@@"," --outputClippedVolumeROI ") ),
  17 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--otsuPercentileThreshold"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputotsuPercentileThreshold( ) ) ) ,"@@@@@"," --otsuPercentileThreshold ") ),
  18 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--thresholdCorrectionFactor"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputthresholdCorrectionFactor( ) ) ) ,"@@@@@"," --thresholdCorrectionFactor ") ),
  19 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--closingSize"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputclosingSize( ) ) ) ,"@@@@@"," --closingSize ") ),
  20 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--ROIAutoDilateSize"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputROIAutoDilateSize( ) ) ) ,"@@@@@"," --ROIAutoDilateSize ") ),
  21 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--outputVolumePixelType"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputoutputVolumePixelType( ) ) ) ,"@@@@@"," --outputVolumePixelType ") ),
  22 Mthd::Aux::toCharArrray( Mthd::Aux::toString( "--numberOfThreads"  ) + Mthd::Aux::replace_str ( ( Mthd::Aux::toString( bbGetInputnumberOfThreads( ) ) ) ,"@@@@@"," --numberOfThreads ") ) };
  23
  24         // EO GENERATED
  25         this->execute( lib, _argc, _argv );
  26
  27     }
  28
  29     void ForegroundmaskingBRAINS::execute ( std::string lib, int _argc, char * _argv[] ) {
  30         void* handle = dlopen( lib.c_str( ), RTLD_NOW | RTLD_GLOBAL );
  31         if ( ! handle ) {
  32             std::cerr << "CAN'T OPEN LIBRARY: " << dlerror( ) << '\n';
  33             return;
  34         }
  35         typedef int (*method_t )( int argc, char * argv[] );
  36         // RESET ERROR
  37         dlerror( );
  38         // PROTOTYPE
  39         method_t myMethod = ( method_t ) dlsym( handle, "ModuleEntryPoint" );
  40         const char *dlsym_error = dlerror( );
  41         if ( dlsym_error ) {
  42             std::cerr << "CAN'T LOAD SYMBOL 'ModuleEntryPoint':" << dlsym_error << '\n';
  43             dlclose( handle );
  44             return;
  45         }
  46         // METHOD CALL
  47         myMethod( _argc, _argv );
  48         // CLOSING LIB
  49         dlclose( handle );
  50     }
  51
  52     void ForegroundmaskingBRAINS::bbUserSetDefaultValues ( ) {
  53     }
  54
  55     void ForegroundmaskingBRAINS::bbUserInitializeProcessing ( ) {
  56     }
  57
  58     void ForegroundmaskingBRAINS::bbUserFinalizeProcessing ( ) {
  59     }
  60 }
  61 // EO namespace bbSlicer
  62
  63