bbtk_Slicer_PKG/src/bbSlicerModelMaker.h

   1 #ifndef __bbSlicerModelMaker_h_INCLUDED__
   2 #define __bbSlicerModelMaker_h_INCLUDED__
   3
   4 #include "bbSlicer_EXPORT.h"
   5 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
   6
   7 #include <vector>
   8 #include <cstdlib>
   9 #include <dlfcn.h>
  10 #include <sstream>
  11 #include <fstream>
  12 #include <iostream>
  13
  14 #include <ModuleDescriptionUtilities.h>
  15 #include <ModuleDescriptionParser.h>
  16 #include <ModuleParameterGroup.h>
  17 #include <ModuleDescription.h>
  18 #include <ModuleParameter.h>
  19
  20 #include "CreationTool.h"
  21
  22 namespace bbSlicer {
  23
  24     class bbSlicer_EXPORT ModelMaker
  25     :
  26     public bbtk::AtomicBlackBox {
  27         BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE ( ModelMaker , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  28
  29         // GENERATED ARGS
  30
  31 BBTK_DECLARE_INPUT ( InputVolume , std::string );
  32 BBTK_DECLARE_INPUT ( ColorTable , std::string );
  33 BBTK_DECLARE_INPUT ( ModelSceneFile , std::string );
  34 BBTK_DECLARE_INPUT ( Name , std::string );
  35 BBTK_DECLARE_INPUT ( GenerateAll , bool );
  36 BBTK_DECLARE_INPUT ( Labels , std::vector<int> );
  37 BBTK_DECLARE_INPUT ( StartLabel , int );
  38 BBTK_DECLARE_INPUT ( EndLabel , int );
  39 BBTK_DECLARE_INPUT ( SkipUnNamed , bool );
  40 BBTK_DECLARE_INPUT ( JointSmoothing , bool );
  41 BBTK_DECLARE_INPUT ( Smooth , int );
  42 BBTK_DECLARE_INPUT ( FilterType , std::string );
  43 BBTK_DECLARE_INPUT ( Decimate , float );
  44 BBTK_DECLARE_INPUT ( SplitNormals , bool );
  45 BBTK_DECLARE_INPUT ( PointNormals , bool );
  46 BBTK_DECLARE_INPUT ( Pad , bool );
  47 BBTK_DECLARE_INPUT ( SaveIntermediateModels , bool );
  48 BBTK_DECLARE_INPUT ( debug , bool );
  49
  50         // EO GENERATED ARGS
  51
  52         BBTK_PROCESS ( Process ) ;
  53         void Process ( ) ;
  54     private:
  55         void execute ( std::string lib , int _argc , char * _argv[] ) ;
  56     } ;
  57
  58     BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ModelMaker , bbtk::AtomicBlackBox ) ;
  59     BBTK_NAME ( "ModelMaker" ) ;
  60     BBTK_AUTHOR ( "Nicole Aucoin, BWH Ron Kikinis, BWH, Bill Lorensen GE" ) ;
  61     BBTK_DESCRIPTION ( "Create 3D surface models from segmented data. pModels are imported into Slicer under a model hierarchy node in a MRML scene. The model colors are set by the color table associated with the input volume these colours will only be visible if you load the model scene file. /ppbCreate Multiple:/b/pp If you specify a list of Labels, it will over ride any start/end label settings. /pp If you click iGenerate All/i it will over ride the list of lables and any start/end label settings. /ppbModel Maker Settings:/b/pp You can set the number of smoothing iterations, target reduction in number of polygons decimal percentage. Use 0 and 1 if you wish no smoothing nor decimation. brYou can set the flags to split normals or generate point normals in this pane as well. brYou can save a copy of the models after intermediate steps marching cubes, smoothing, and decimation if not joint smoothing, otherwise just after decimation; these models are not saved in the mrml file, turn off deleting temporary files first in the python window: brislicer.modules.modelmaker.cliModuleLogic.DeleteTemporaryFilesOff/i/p" ) ;
  62     BBTK_CATEGORY ( "Surface Models" ) ;
  63
  64     // GENERATED DESCRPTION
  65
  66 BBTK_INPUT(ModelMaker , InputVolume , "InputVolume" , std::string, "");
  67 BBTK_INPUT(ModelMaker , ColorTable , "ColorTable" , std::string, "");
  68 BBTK_INPUT(ModelMaker , ModelSceneFile , "ModelSceneFile" , std::string, "");
  69 BBTK_INPUT(ModelMaker , Name , "Name" , std::string, "");
  70 BBTK_INPUT(ModelMaker , GenerateAll , "GenerateAll" , bool, "");
  71 BBTK_INPUT(ModelMaker , Labels , "Labels" , std::vector<int>, "");
  72 BBTK_INPUT(ModelMaker , StartLabel , "StartLabel" , int, "");
  73 BBTK_INPUT(ModelMaker , EndLabel , "EndLabel" , int, "");
  74 BBTK_INPUT(ModelMaker , SkipUnNamed , "SkipUnNamed" , bool, "");
  75 BBTK_INPUT(ModelMaker , JointSmoothing , "JointSmoothing" , bool, "");
  76 BBTK_INPUT(ModelMaker , Smooth , "Smooth" , int, "");
  77 BBTK_INPUT(ModelMaker , FilterType , "FilterType" , std::string, "");
  78 BBTK_INPUT(ModelMaker , Decimate , "Decimate" , float, "");
  79 BBTK_INPUT(ModelMaker , SplitNormals , "SplitNormals" , bool, "");
  80 BBTK_INPUT(ModelMaker , PointNormals , "PointNormals" , bool, "");
  81 BBTK_INPUT(ModelMaker , Pad , "Pad" , bool, "");
  82 BBTK_INPUT(ModelMaker , SaveIntermediateModels , "SaveIntermediateModels" , bool, "");
  83 BBTK_INPUT(ModelMaker , debug , "debug" , bool, "");
  84
  85     // EO GENERATED DESCRIPTION
  86
  87     BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX ( ModelMaker ) ;
  88 }
  89
  90 #endif // __bbSlicerModelMaker_h_INCLUDED__
  91
  92