lib/kernel_ManagerContour_NDimensions/ParserOsirix/OsirixParser.h

   1 /*# ---------------------------------------------------------------------
   2 #
   3 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   4 #                        pour la Sant�)
   5 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   6 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   7 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   8 #
   9 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  10 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  11 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  12 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  13 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  14 #  or in the file LICENSE.txt.
  15 #
  16 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  17 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
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  20 #  liability.
  21 #
  22 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  23 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  24 # ------------------------------------------------------------------------ */
  25
  26 #ifndef __OsirixParser__
  27 #define __OsirixParser__
  28
  29
  30 #if defined(_WIN32)
  31 #include "Windows.h"
  32   #ifdef kernelParserOsirix_BUILD_SHARED
  33     #define kernelParserOsirix_EXPORT __declspec( dllexport )
  34   #else
  35     #define kernelParserOsirix_EXPORT __declspec( dllimport )
  36   #endif
  37   #define kernelParserOsirix_CDECL __cdecl
  38 #else
  39   #define kernelParserOsirix_EXPORT
  40   #define kernelParserOsirix_CDECL
  41 #endif // defined(_WIN32)
  42
  43 //------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  44 // Includes
  45 //------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  46
  47 #include <iostream>
  48 #include <vector>
  49 #include <map>
  50 #include <xercesc/parsers/XercesDOMParser.hpp>
  51 #include <xercesc/dom/DOM.hpp>
  52 #include <xercesc/dom/DOMErrorHandler.hpp>
  53 #include <xercesc/dom/DOMLocator.hpp>
  54 #include <xercesc/sax/HandlerBase.hpp>
  55 #include <xercesc/util/XMLString.hpp>
  56 #include <xercesc/util/PlatformUtils.hpp>
  57
  58
  59 using namespace std;
  60 using namespace xercesc;
  61
  62
  63
  64 class OsirixParser{
  65
  66 //------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  67 // Constructors & Destructors
  68 //------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  69 public:
  70
  71         /**
  72         ** Constructor for the parser, with the information of the pixel spacing and image dimensions
  73         **/
  74         OsirixParser(std::string xsdfile = "", double* spacing = NULL, int* extent = NULL);
  75         /**
  76         ** Desctructor by defect
  77         **/
  78         ~OsirixParser();
  79
  80         int ParseFile(const char* xmlfile);
  81
  82
  83         std::string getErrorLine();
  84
  85         std::string getContoursFileName();
  86
  87         // Return ROI as lists of points
  88         const std::map<int, vector< vector<double> > >& getContoursMapMM() {
  89           return contoursmapMM;
  90         }
  91         const std::map<int, vector< vector<double> > >& getContoursMapPX() {
  92           return contoursmapPX;
  93         }
  94
  95         // Return ROI names
  96         const std::map<int, std::string>& getContoursNameMM() {
  97           return contoursnameMM;
  98         }
  99         const std::map<int, std::string>& getContoursNamePX() {
 100           return contoursnamePX;
 101         }
 102
 103 private:
 104
 105         std::string schema;
 106
 107         std::string errorline;
 108
 109         int _imageindex;
 110         std::string _roiname;
 111
 112         const char* OSIRIX_DICT;
 113         const char* OSIRIX_KEY;
 114         const char* OSIRIX_IMAGES;
 115         const char* OSIRIX_ARRAY;
 116         const char* OSIRIX_IMAGEINDEX;
 117         const char* OSIRIX_INTEGER;
 118         const char* OSIRIX_NUMBEROFROIS;
 119         const char* OSIRIX_ROIS;
 120         const char* OSIRIX_POINT_MM;
 121         const char* OSIRIX_POINT_PX;
 122         const char* OSIRIX_STRING;
 123         const char* OSIRIX_NAME;
 124
 125         const char* CREACONTOUR;
 126         const char* CREACONTOUR_VERSION;
 127         const char* CREACONTOUR_IMAGEDIMENSIONS;
 128         const char* CREACONTOUR_IMAGESPACING;
 129         const char* CREACONTOUR_NUMBEROFCONTOURS;
 130
 131         const char* CREACONTOUR_INSTANT;
 132         const char* CREACONTOUR_TYPEMODEL;
 133         const char* CREACONTOUR_NUMBEROFCONTROLPOINTS;
 134         const char* CREACONTOUR_TYPEVIEW;
 135
 136         const char* CREACONTOUR_NUMBEROFCONTOURSSTATIC;
 137
 138         std::string TEMPIMPORTOSIRIXFILE;
 139
 140         double _spacing[3];
 141         int _extent[6];
 142
 143         typedef vector< vector<double> > vectorXYZ;
 144         std::map<int, vectorXYZ> contoursmapMM;
 145         std::map<int, vectorXYZ> contoursmapPX;
 146
 147         std::map<int, std::string> contoursnameMM;
 148         std::map<int, std::string> contoursnamePX;
 149
 150         void saveCreaContoursFormat();
 151
 152         void writeHeader(FILE* pFile);
 153         void writeContours(FILE* pFile);
 154         void writeContoursStatic(FILE* pFile);
 155
 156         void setErrorLine(DOMNodeList* list);
 157
 158         void getUserData(DOMElement* element);
 159
 160         void getData(DOMNodeList* list, std::vector<std::string>& vect, std::string tagname);
 161
 162         DOMNode* getLastNode(DOMNodeList* list);
 163
 164         void parseOSIRIX_DICT(DOMNodeList* list);
 165         void parseOSIRIX_POINT_MM(DOMNodeList* list);
 166         void parseOSIRIX_POINT_PX(DOMNodeList* list);
 167
 168
 169
 170
 171 };
 172
 173 class OsirixParserErrorHandler : public ErrorHandler{
 174
 175 //------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 176 // Constructors & Destructors
 177 //------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 178 public:
 179
 180         /**
 181         ** Default Constructor
 182         **/
 183         OsirixParserErrorHandler();
 184         /**
 185         ** Desctructor by defect
 186         **/
 187         ~OsirixParserErrorHandler();
 188
 189         virtual void    warning (const SAXParseException &exc);
 190
 191         virtual void    error (const SAXParseException &exc);
 192
 193         virtual void    fatalError (const SAXParseException &exc);
 194
 195         virtual void    resetErrors ();
 196
 197         std::string getErrorMsg();
 198
 199 private:
 200
 201
 202         std::string errormsg;
 203
 204
 205
 206
 207
 208 };
 209 #endif