src/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4
   5
   6
   7 #include <creaImageIOSystem.h>
   8 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   9
  10 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  11 #include <vtkStringArray.h>
  12 #include <creaImageIOGimmick.h>
  13 #ifdef _DEBUG
  14 #define new DEBUG_NEW
  15 #endif
  16 namespace creaImageIO
  17 {
  18
  19   //=====================================================================
  20   DicomImageReader::DicomImageReader()
  21   {
  22     mReader = vtkGdcmReader::New();
  23 //EED   mReader->SetFlipY(false);
  24     SetName ( "Dicom" );
  25
  26   };
  27   //=====================================================================
  28
  29   //=====================================================================
  30   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  31   {
  32     mReader->Delete();
  33   }
  34   //=====================================================================
  35
  36   //=====================================================================
  37   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  38   {
  39     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  40     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  41     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  42     file->SetFileName(filename.c_str());
  43     file->Load();
  44     bool ok = file->IsReadable();
  45         if(!ok)
  46         {
  47                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  48                 ok = doc->IsReadable();
  49         }
  50     file->Delete();
  51     return ok;
  52   }
  53   //=====================================================================
  54
  55   //=====================================================================
  56   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  57   {
  58     vtkImageData* im = 0;
  59     try
  60       {
  61         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  62         mReader->Update();
  63         im = vtkImageData::New();
  64         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  65       }
  66     catch (...)
  67       {
  68         if (im!=0) im->Delete();
  69           im = 0;
  70       }
  71     return im;
  72   }
  73
  74   //=====================================================================
  75   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  76   {
  77     v.push_back("dcm");
  78     v.push_back("");
  79   }
  80   //=====================================================================
  81
  82   //========================================================================
  83   std::string irclean(const std::string& str)
  84   {
  85           if(str.size() > 0)
  86           {
  87                 if (str == "GDCM::Unfound")
  88                   {
  89                 return "";
  90                   }
  91                 if (str[str.size()-1]==' ')
  92                   {
  93                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  94                   }
  95                 if (str[str.size()-1]==0)
  96                   {
  97                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  98                   }
  99           }
 100
 101     return str;
 102   }
 103   //========================================================================
 104   void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 105                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 106         {
 107                 std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 108                 for(; it != i_attr.end(); it++)
 109                 {
 110                         infos[(*it)] = "";
 111                 }
 112                 ReadAttributes(filename, infos);
 113         }
 114   //=====================================================================
 115   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 116                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 117   {
 118     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 119                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 120
 121     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 122         //boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New());//, DicomImageReader::deleter());
 123
 124     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 125     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 126     doc->SetFileName(filename.c_str());
 127     doc->Load();
 128     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 129     file->SetFileName(filename.c_str());
 130     file->Load();
 131     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 132       {
 133         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 134         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 135           {
 136             if ( i->first == "D0004_1500" )
 137               {
 138                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 139                 std::string f = full_path.leaf();
 140                 i->second = f;
 141               }
 142             else if ( i->first == "FullFileName" )
 143               {
 144                 i->second = filename;
 145               }
 146                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 147               {
 148                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 149                           //find first separator
 150                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 151               }
 152             else
 153               {
 154                 uint16_t el;
 155                 uint16_t gr;
 156
 157                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 158                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 159                   {
 160                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 161                     i->second = irclean(val);
 162                   }
 163               }
 164           }
 165       }
 166   }
 167
 168   //=====================================================================
 169
 170 } // namespace creaImageIO
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