src/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  30 #include <vtkGdcmReader.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33
  34 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  35 #include <vtkStringArray.h>
  36 #include <creaImageIOGimmick.h>
  37 #ifdef _DEBUG
  38 #define new DEBUG_NEW
  39 #endif
  40 namespace creaImageIO
  41 {
  42
  43   //=====================================================================
  44   DicomImageReader::DicomImageReader()
  45   {
  46     mReader = vtkGdcmReader::New();
  47
  48 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  49         mReader->SetFlipY(false);
  50
  51     SetName ( "Dicom" );
  52
  53   };
  54   //=====================================================================
  55
  56   //=====================================================================
  57   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  58   {
  59     mReader->Delete();
  60   }
  61   //=====================================================================
  62
  63   //=====================================================================
  64   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  65   {
  66     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  67     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  68     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  69     file->SetFileName(filename.c_str());
  70     file->Load();
  71     bool ok = file->IsReadable();
  72         if(!ok)
  73         {
  74                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  75                 ok = doc->IsReadable();
  76         }
  77     file->Delete();
  78     return ok;
  79   }
  80   //=====================================================================
  81
  82   //=====================================================================
  83   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  84   {
  85     vtkImageData* im = 0;
  86     try
  87       {
  88         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  89         mReader->Update();
  90         im = vtkImageData::New();
  91         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  92       }
  93     catch (...)
  94       {
  95         if (im!=0) im->Delete();
  96           im = 0;
  97       }
  98     return im;
  99   }
 100
 101   //=====================================================================
 102   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 103   {
 104     v.push_back("dcm");
 105     v.push_back("");
 106   }
 107   //=====================================================================
 108
 109   //========================================================================
 110   std::string irclean(const std::string& str)
 111   {
 112           if(str.size() > 0)
 113           {
 114                 if (str == "GDCM::Unfound")
 115                   {
 116                 return "";
 117                   }
 118                 if (str[str.size()-1]==' ')
 119                   {
 120                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 121                   }
 122                 if (str[str.size()-1]==0)
 123                   {
 124                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 125                   }
 126           }
 127
 128     return str;
 129   }
 130   //========================================================================
 131   void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 132                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 133         {
 134                 std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 135                 for(; it != i_attr.end(); it++)
 136                 {
 137                         infos[(*it)] = "";
 138                 }
 139                 ReadAttributes(filename, infos);
 140         }
 141   //=====================================================================
 142   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 143                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 144   {
 145     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 146                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 147
 148     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 149         //boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New());//, DicomImageReader::deleter());
 150
 151     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 152     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 153     doc->SetFileName(filename.c_str());
 154     doc->Load();
 155     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 156     file->SetFileName(filename.c_str());
 157     file->Load();
 158     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 159       {
 160         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 161         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 162           {
 163             if ( i->first == "D0004_1500" )
 164               {
 165                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 166                 std::string f = full_path.leaf().string();
 167                 i->second = f;
 168               }
 169             else if ( i->first == "FullFileName" )
 170               {
 171                 i->second = filename;
 172               }
 173                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 174               {
 175                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 176                           //find first separator
 177                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 178               }
 179             else
 180               {
 181                 uint16_t el;
 182                 uint16_t gr;
 183
 184                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 185                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 186                   {
 187                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 188                     i->second = irclean(val);
 189                   }
 190               }
 191           }
 192       }
 193   }
 194
 195   //=====================================================================
 196
 197 } // namespace creaImageIO
 198