src/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  30 #include <vtkGdcmReader.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33
  34 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  35 #include <vtkStringArray.h>
  36 #include <creaImageIOGimmick.h>
  37 #ifdef _DEBUG
  38 #define new DEBUG_NEW
  39 #endif
  40 namespace creaImageIO
  41 {
  42
  43   //=====================================================================
  44   DicomImageReader::DicomImageReader()
  45   {
  46     mReader = vtkGdcmReader::New();
  47
  48 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  49         mReader->SetFlipY(false);
  50
  51     SetName ( "Dicom" );
  52
  53   };
  54   //=====================================================================
  55
  56   //=====================================================================
  57   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  58   {
  59     mReader->Delete();
  60   }
  61   //=====================================================================
  62
  63   //=====================================================================
  64   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  65   {
  66     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  67     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  68     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  69     file->SetFileName( filename );
  70     file->Load();
  71     bool ok = file->IsReadable();
  72         if(!ok)
  73         {
  74                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  75                 ok = doc->IsReadable();
  76         } // if ok
  77     file->Delete();
  78     return ok;
  79   }
  80   //=====================================================================
  81
  82   //=====================================================================
  83   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  84   {
  85     vtkImageData* im = 0;
  86     try
  87     {
  88                 mReader->SetFileName(filename.c_str());
  89                 mReader->Update();
  90                 im = vtkImageData::New();
  91                 im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  92     } catch (...) {
  93                 if (im!=0) im->Delete();
  94                 im = 0;
  95     }
  96     return im;
  97   }
  98
  99   //=====================================================================
 100   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 101   {
 102     v.push_back("dcm");
 103     v.push_back("");
 104   }
 105   //=====================================================================
 106
 107   //========================================================================
 108   std::string irclean(const std::string& str)
 109   {
 110           if(str.size() > 0)
 111           {
 112                 if (str == "GDCM::Unfound")
 113                   {
 114                 return "";
 115                   }
 116                 if (str[str.size()-1]==' ')
 117                   {
 118                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 119                   }
 120                 if (str[str.size()-1]==0)
 121                   {
 122                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 123                   }
 124           }
 125
 126     return str;
 127   }
 128   //========================================================================
 129   void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 130                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 131         {
 132                 std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 133                 for(; it != i_attr.end(); it++)
 134                 {
 135                         infos[(*it)] = "";
 136                 }
 137                 ReadAttributes(filename, infos);
 138         }
 139   //=====================================================================
 140   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 141                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 142   {
 143     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 144                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 145
 146     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 147         //boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New());//, DicomImageReader::deleter());
 148
 149     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 150     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 151     doc->SetFileName(filename.c_str());
 152     doc->Load();
 153     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 154     file->SetFileName(filename.c_str());
 155     file->Load();
 156     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 157       {
 158         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 159         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 160           {
 161             if ( i->first == "D0004_1500" )
 162               {
 163                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 164                 std::string f = full_path.leaf().string();
 165                 i->second = f;
 166               }
 167             else if ( i->first == "FullFileName" )
 168               {
 169                 i->second = filename;
 170               }
 171                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 172               {
 173                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 174                           //find first separator
 175                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 176               }
 177             else
 178               {
 179                 uint16_t el;
 180                 uint16_t gr;
 181
 182                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 183                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 184                   {
 185                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 186                     i->second = irclean(val);
 187                   }
 188               }
 189           }
 190       }
 191   }
 192
 193   //=====================================================================
 194
 195 } // namespace creaImageIO
 196