src/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4
   5
   6
   7 #include <creaImageIOSystem.h>
   8 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   9
  10 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  11 #include <vtkStringArray.h>
  12 #include <creaImageIOGimmick.h>
  13 #ifdef _DEBUG
  14 #define new DEBUG_NEW
  15 #endif
  16 namespace creaImageIO
  17 {
  18
  19   //=====================================================================
  20   DicomImageReader::DicomImageReader()
  21   {
  22     mReader = vtkGdcmReader::New();
  23
  24 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  25         mReader->SetFlipY(false);
  26
  27     SetName ( "Dicom" );
  28
  29   };
  30   //=====================================================================
  31
  32   //=====================================================================
  33   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  34   {
  35     mReader->Delete();
  36   }
  37   //=====================================================================
  38
  39   //=====================================================================
  40   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  41   {
  42     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  43     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  44     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  45     file->SetFileName(filename.c_str());
  46     file->Load();
  47     bool ok = file->IsReadable();
  48         if(!ok)
  49         {
  50                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  51                 ok = doc->IsReadable();
  52         }
  53     file->Delete();
  54     return ok;
  55   }
  56   //=====================================================================
  57
  58   //=====================================================================
  59   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  60   {
  61     vtkImageData* im = 0;
  62     try
  63       {
  64         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  65         mReader->Update();
  66         im = vtkImageData::New();
  67         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  68       }
  69     catch (...)
  70       {
  71         if (im!=0) im->Delete();
  72           im = 0;
  73       }
  74     return im;
  75   }
  76
  77   //=====================================================================
  78   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  79   {
  80     v.push_back("dcm");
  81     v.push_back("");
  82   }
  83   //=====================================================================
  84
  85   //========================================================================
  86   std::string irclean(const std::string& str)
  87   {
  88           if(str.size() > 0)
  89           {
  90                 if (str == "GDCM::Unfound")
  91                   {
  92                 return "";
  93                   }
  94                 if (str[str.size()-1]==' ')
  95                   {
  96                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  97                   }
  98                 if (str[str.size()-1]==0)
  99                   {
 100                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 101                   }
 102           }
 103
 104     return str;
 105   }
 106   //========================================================================
 107   void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 108                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 109         {
 110                 std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 111                 for(; it != i_attr.end(); it++)
 112                 {
 113                         infos[(*it)] = "";
 114                 }
 115                 ReadAttributes(filename, infos);
 116         }
 117   //=====================================================================
 118   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 119                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 120   {
 121     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 122                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 123
 124     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 125         //boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New());//, DicomImageReader::deleter());
 126
 127     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 128     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 129     doc->SetFileName(filename.c_str());
 130     doc->Load();
 131     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 132     file->SetFileName(filename.c_str());
 133     file->Load();
 134     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 135       {
 136         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 137         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 138           {
 139             if ( i->first == "D0004_1500" )
 140               {
 141                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 142                 std::string f = full_path.leaf();
 143                 i->second = f;
 144               }
 145             else if ( i->first == "FullFileName" )
 146               {
 147                 i->second = filename;
 148               }
 149                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 150               {
 151                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 152                           //find first separator
 153                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 154               }
 155             else
 156               {
 157                 uint16_t el;
 158                 uint16_t gr;
 159
 160                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 161                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 162                   {
 163                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 164                     i->second = irclean(val);
 165                   }
 166               }
 167           }
 168       }
 169   }
 170
 171   //=====================================================================
 172
 173 } // namespace creaImageIO
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