src/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  30 #include <vtkGdcmReader.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33
  34 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  35 #include <vtkStringArray.h>
  36 #include <creaImageIOGimmick.h>
  37 #ifdef _DEBUG
  38 #define new DEBUG_NEW
  39 #endif
  40 namespace creaImageIO
  41 {
  42
  43   //=====================================================================
  44   DicomImageReader::DicomImageReader()
  45   {
  46     mReader = vtkGdcmReader::New();
  47
  48 //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  49         mReader->SetFlipY(false);
  50
  51     SetName ( "Dicom" );
  52
  53   };
  54   //=====================================================================
  55
  56   //=====================================================================
  57   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  58   {
  59     mReader->Delete();
  60   }
  61   //=====================================================================
  62
  63   //=====================================================================
  64   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  65   {
  66     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  67     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  68     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  69     file->SetFileName( filename );
  70     file->Load();
  71     bool ok = file->IsReadable();
  72         if(!ok)
  73         {
  74                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  75                 ok = doc->IsReadable();
  76         } // if ok
  77     file->Delete();
  78     return ok;
  79   }
  80   //=====================================================================
  81
  82   //=====================================================================
  83   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  84   {
  85 printf("EED DicomImageReader::ReadImage Start\n");
  86     vtkImageData* im = 0;
  87     try
  88     {
  89 printf("EED DicomImageReader::ReadImage 1\n");
  90                 mReader->SetFileName(filename.c_str());
  91 printf("EED DicomImageReader::ReadImage 2 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa\n");
  92                 mReader->Update();
  93 printf("EED DicomImageReader::ReadImage 3 bbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbb\n");
  94                 im = vtkImageData::New();
  95 printf("EED DicomImageReader::ReadImage 4\n");
  96                 im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  97 printf("EED DicomImageReader::ReadImage 5\n");
  98     } catch (...) {
  99 printf("EED DicomImageReader::ReadImage 6\n");
 100                 if (im!=0) im->Delete();
 101                 im = 0;
 102     }
 103 printf("EED DicomImageReader::ReadImage End\n");
 104
 105     return im;
 106   }
 107
 108   //=====================================================================
 109   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 110   {
 111     v.push_back("dcm");
 112     v.push_back("");
 113   }
 114   //=====================================================================
 115
 116   //========================================================================
 117   std::string irclean(const std::string& str)
 118   {
 119           if(str.size() > 0)
 120           {
 121                 if (str == "GDCM::Unfound")
 122                   {
 123                 return "";
 124                   }
 125                 if (str[str.size()-1]==' ')
 126                   {
 127                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 128                   }
 129                 if (str[str.size()-1]==0)
 130                   {
 131                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 132                   }
 133           }
 134
 135     return str;
 136   }
 137   //========================================================================
 138   void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 139                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 140         {
 141                 std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 142                 for(; it != i_attr.end(); it++)
 143                 {
 144                         infos[(*it)] = "";
 145                 }
 146                 ReadAttributes(filename, infos);
 147         }
 148   //=====================================================================
 149   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 150                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 151   {
 152     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 153                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 154
 155     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 156         //boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New());//, DicomImageReader::deleter());
 157
 158     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 159     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 160     doc->SetFileName(filename.c_str());
 161     doc->Load();
 162     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 163     file->SetFileName(filename.c_str());
 164     file->Load();
 165     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 166       {
 167         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 168         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 169           {
 170             if ( i->first == "D0004_1500" )
 171               {
 172                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 173                 std::string f = full_path.leaf().string();
 174                 i->second = f;
 175               }
 176             else if ( i->first == "FullFileName" )
 177               {
 178                 i->second = filename;
 179               }
 180                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 181               {
 182                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 183                           //find first separator
 184                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 185               }
 186             else
 187               {
 188                 uint16_t el;
 189                 uint16_t gr;
 190
 191                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 192                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 193                   {
 194                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 195                     i->second = irclean(val);
 196                   }
 197               }
 198           }
 199       }
 200   }
 201
 202   //=====================================================================
 203
 204 } // namespace creaImageIO
 205