src/creaImageIODicomImageReader2.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
   2
   3
   4
   5 #include <creaImageIOSystem.h>
   6 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   7
   8 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   9 #include <vtkStringArray.h>
  10 #include <creaImageIOGimmick.h>
  11
  12
  13 #ifdef _DEBUG
  14 #define new DEBUG_NEW
  15 #endif
  16 namespace creaImageIO
  17 {
  18
  19   //=====================================================================
  20   DicomImageReader::DicomImageReader()
  21   {
  22           mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  23     SetName ( "Dicom" );
  24
  25   };
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  30   {
  31           mReader->Delete();
  32   }
  33   //=====================================================================
  34
  35   //=====================================================================
  36   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  37   {
  38           gdcm::Reader reader;
  39       reader.SetFileName( filename.c_str() );
  40       return  reader.Read();
  41
  42   }
  43   //=====================================================================
  44
  45   //=====================================================================
  46   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  47   {
  48     vtkImageData* im = 0;
  49     try
  50       {
  51         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  52         mReader->Update();
  53         im = vtkImageData::New();
  54         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  55       }
  56     catch (...)
  57       {
  58         if (im!=0) im->Delete();
  59           im = 0;
  60       }
  61     return im;
  62   }
  63
  64   //=====================================================================
  65   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  66   {
  67     v.push_back("dcm");
  68     v.push_back("");
  69   }
  70   //=====================================================================
  71
  72   //========================================================================
  73   std::string irclean(const std::string& str)
  74   {
  75           if(str.size() > 0)
  76           {
  77                 if (str == "GDCM::Unfound")
  78                   {
  79                 return "";
  80                   }
  81                 if (str[str.size()-1]==' ')
  82                   {
  83                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  84                   }
  85                 if (str[str.size()-1]==0)
  86                   {
  87                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  88                   }
  89           }
  90
  91     return str;
  92   }
  93   //========================================================================
  94
  95   //=====================================================================
  96   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
  97                       std::map<std::string,std::string>& attr)
  98   {
  99     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 100                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 101
 102
 103          gdcm::Reader reader;
 104       reader.SetFileName( filename.c_str() );
 105           if (reader.Read())
 106       {
 107         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 108         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 109           {
 110             if ( i->first == "D0004_1500" )
 111               {
 112                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 113                 std::string f = full_path.leaf();
 114                 i->second = f;
 115               }
 116             else if ( i->first == "FullFileName" )
 117               {
 118                 i->second = filename;
 119               }
 120                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 121               {
 122                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 123                           //find first separator
 124                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 125               }
 126             else
 127               {
 128                 uint16_t el;
 129                 uint16_t gr;
 130
 131                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 132                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 133                   {
 134                            gdcm::DataElement de( gdcm::Tag(gr,el) );
 135                            std::string val = GetStringValueFromTag(reader.GetFile().GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(gr,el)));
 136                     i->second = irclean(val);
 137                   }
 138               }
 139           }
 140       }
 141   }
 142
 143 void DicomImageReader::ReadAttributes2(const std::string& filename,
 144                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 145   {
 146
 147         if(!b_loaded)
 148         {
 149                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 150                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 151                   {
 152                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
 153                         {
 154
 155                         }
 156                         else
 157                         {
 158                         uint16_t el;
 159                         uint16_t gr;
 160
 161                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 162                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 163                         }
 164                 }
 165                 b_loaded = true;
 166         }
 167          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 168      if( b )
 169       {
 170                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 171                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 172                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 173                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, ++it)
 174                 {
 175                         if ( i->first == "D0004_1500" )
 176                         {
 177                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 178                                 std::string f = full_path.leaf();
 179                                 i->second = f;
 180                         }
 181                         else if ( i->first == "FullFileName" )
 182                         {
 183                                 i->second = filename;
 184                         }
 185                         else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 186                         {
 187                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 188                                   //find first separator
 189                                   i->second = filename.substr(0, last_pos);
 190                         }
 191                         else
 192                         {
 193                                 const char *value = it->second;
 194                                 i->second = irclean(it->second);
 195                         }
 196                 }
 197          }
 198 }
 199
 200
 201
 202
 203
 204
 205
 206
 207
 208
 209
 210
 211
 212
 213
 214
 215   const std::string DicomImageReader::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 216 {
 217   static std::string buffer;
 218   buffer = "";  // cleanup previous call
 219
 220
 221     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 222     if( bv ) // Can be Type 2
 223       {
 224       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 225       // Will be padded with at least one \0
 226       }
 227
 228
 229   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 230   return buffer.c_str();
 231 }
 232   //=====================================================================
 233
 234 } // namespace creaImageIO
 235