src/creaImageIODicomImageReader2.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
  30 #include "gdcmStringFilter.h"
  31 #include "vtkGDCMImageReader.h"
  32
  33 #include <creaImageIOSystem.h>
  34 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  35
  36 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  37 #include <vtkStringArray.h>
  38 #include <creaImageIOGimmick.h>
  39
  40 #include "gdcmUIDs.h"
  41 #ifdef _DEBUG
  42 #define new DEBUG_NEW
  43 #endif
  44 namespace creaImageIO
  45 {
  46
  47   //=====================================================================
  48   DicomImageReader::DicomImageReader()
  49   {
  50       mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  51       SetName ( "Dicom" );
  52
  53   };
  54   //=====================================================================
  55
  56   //=====================================================================
  57   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  58   {
  59       mReader->Delete();
  60   }
  61   //=====================================================================
  62
  63   //=====================================================================
  64   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  65   {
  66       gdcm::Reader reader;
  67       reader.SetFileName( filename.c_str() );
  68       return  reader.Read();
  69
  70   }
  71   //=====================================================================
  72
  73   //=====================================================================
  74   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  75   {
  76     vtkImageData* im = 0;
  77     try
  78       {
  79         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  80         mReader->Update();
  81         im = vtkImageData::New();
  82         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  83       }
  84     catch (...)
  85       {
  86         if (im!=0) im->Delete();
  87           im = 0;
  88       }
  89     return im;
  90     //gdcm::Tag grouplength(0x0000,0x0000);
  91     //gdcm::DataElement de(gdcm::Tag(0x0000, 0x0000));
  92     //de.SetByteValue("0",gdcm::VR::UL);
  93     //
  94     //
  95     //gdcm::UIDs::GetUIDString(gdcm::UIDS::uid_1_2_840_10008_1_1),gdcm::VR::UI);
  96
  97     //std::ostream os;
  98     //de.Write(&os);
  99
 100   }
 101
 102   //=====================================================================
 103   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 104   {
 105     v.push_back("dcm");
 106     v.push_back("");
 107   }
 108
 109   //========================================================================
 110   std::string irclean(const std::string& str)
 111   {
 112           if(str.size() > 0)
 113           {
 114                 if (str == "GDCM::Unfound")
 115                   {
 116                 return "";
 117                   }
 118                 if (str[str.size()-1]==' ')
 119                   {
 120                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 121                   }
 122                 if (str[str.size()-1]==0)
 123                   {
 124                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 125                   }
 126           }
 127
 128     return str;
 129   }
 130   //========================================================================
 131   //=====================================================================
 132
 133
 134         void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 135                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 136         {
 137                 gdcm::Reader reader;
 138                 reader.SetFileName( filename.c_str() );
 139                 if (reader.Read())
 140                 {
 141                         std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 142                         for(;it != i_attr.end(); it++)
 143                         {
 144                                 unsigned short el;
 145                                 unsigned short gr;
 146                                 sscanf((*it).c_str(),"D%04hx_%04hx",&gr,&el);
 147                                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 148                                 {
 149                                         infos[(*it)] =  ( GetStringValueFromTag(reader.GetFile().GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(gr,el))) );
 150                                 }
 151                         }
 152                 }
 153         }
 154
 155   //=====================================================================
 156   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 157                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 158   {
 159     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 160                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 161
 162
 163       gdcm::Reader reader;
 164       reader.SetFileName( filename.c_str() );
 165       if (reader.Read())
 166       {
 167                   gdcm::StringFilter sf;
 168                   sf.SetFile(reader.GetFile());
 169                   std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 170                   for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 171               {
 172                           if ( i->first == "D0004_1500" )
 173                           {
 174                                   boost::filesystem::path full_path(filename);
 175                                   std::string f = full_path.leaf();
 176                                   i->second = f;
 177                           }
 178                           else if ( i->first == "FullFileName" )
 179                           {
 180                                 i->second = filename;
 181                           }
 182                           else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 183                           {
 184                                  std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 185                                  //find first separator
 186                                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 187                           }
 188                           else
 189                           {
 190                                   uint16_t el;
 191                                   uint16_t gr;
 192                       {
 193             gdcm::Attribute<  0x0008,0x103e> at;
 194             std::string sr;
 195             at.SetValue(sr);
 196
 197         }
 198                                   tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 199                                   //if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 200                                   const gdcm::Tag tag(gr, el);
 201                                   if( reader.GetFile().GetDataSet().FindDataElement( tag ) )
 202                                   {
 203                                           i->second = irclean(sf.ToString(tag));
 204                                   }
 205                                   else
 206                                   {
 207                                           i->second = "";
 208                                   }
 209                           }
 210                   }
 211           }
 212   }
 213
 214 void DicomImageReader::ReadAttributes2(const std::string& filename,
 215                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 216   {
 217         if(!b_loaded)
 218         {
 219                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 220                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 221                   {
 222                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
 223                         {
 224
 225                         }
 226                         else
 227                         {
 228                         uint16_t el;
 229                         uint16_t gr;
 230
 231                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 232                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 233                         }
 234                 }
 235                 b_loaded = true;
 236         }
 237          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 238      if( b )
 239       {
 240                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 241                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 242                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 243                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, ++it)
 244                 {
 245                         if ( i->first == "D0004_1500" )
 246                         {
 247                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 248                                 std::string f = full_path.leaf();
 249                                 i->second = f;
 250                         }
 251                         else if ( i->first == "FullFileName" )
 252                         {
 253                                 i->second = filename;
 254                         }
 255                         else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 256                         {
 257                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 258                                   //find first separator
 259                                   i->second = filename.substr(0, last_pos);
 260                         }
 261                         else
 262                         {
 263                                 const char *value = it->second;
 264                                 i->second = irclean(it->second);
 265                         }
 266                 }
 267          }
 268 }
 269
 270 const std::string DicomImageReader::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 271 {
 272   static std::string buffer;
 273   buffer = "";  // cleanup previous call
 274
 275
 276     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 277     if( bv ) // Can be Type 2
 278       {
 279       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 280       // Will be padded with at least one \0
 281       }
 282
 283   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 284   return buffer.c_str();
 285 }
 286   //=====================================================================
 287
 288 } // namespace creaImageIO
 289