src/creaImageIODicomScanner.cpp

   1 #include <creaImageIODicomScanner.h>
   2 #include "creaImageIOSystem.h"
   3 #include <boost/filesystem.hpp>
   4 #include "boost/algorithm/string.hpp"
   5
   6
   7
   8 #include <creaImageIOSystem.h>
   9 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  10
  11 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  12 #include <vtkStringArray.h>
  13 #include <creaImageIOGimmick.h>
  14 #include <gdcmDirectory.h>
  15
  16 #include <fstream>
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  18
  19 #ifdef _DEBUG
  20 #define new DEBUG_NEW
  21 #endif
  22 namespace creaImageIO
  23 {
  24
  25   //=====================================================================
  26   DicomImageScanner::DicomImageScanner()
  27   {
  28           mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  29         mscan.ClearTags();
  30         b_loaded = false;
  31   };
  32   //=====================================================================
  33
  34   //=====================================================================
  35   DicomImageScanner::~DicomImageScanner()
  36   {
  37           mReader->Delete();
  38   }
  39   //=====================================================================
  40
  41   //=====================================================================
  42   bool DicomImageScanner::addDirectory(std::string& filename,  std::map<std::string,std::string>& attr)
  43   {
  44                 if(!b_loaded)
  45         {
  46                 mscan.ClearTags();
  47                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
  48                 int j= 0;
  49                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
  50                   {
  51                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
  52                         {
  53
  54                         }
  55                         else
  56                         {
  57                         uint16_t el;
  58                         uint16_t gr;
  59
  60                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
  61                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
  62
  63                         }
  64                 }
  65                 b_loaded = true;
  66         }
  67           gdcm::Directory d;
  68
  69           boost::algorithm::replace_all(filename,"\\", "/");
  70           d.Load(filename.c_str(),true);
  71           mscan.Scan(d.GetFilenames());
  72
  73       return  true;
  74
  75   }
  76   //=====================================================================
  77
  78   //=====================================================================
  79   vtkImageData* DicomImageScanner::ReadImage(const std::string& filename)
  80   {
  81     vtkImageData* im = 0;
  82     try
  83       {
  84         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  85         mReader->Update();
  86         im = vtkImageData::New();
  87         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  88       }
  89     catch (...)
  90       {
  91         if (im!=0) im->Delete();
  92           im = 0;
  93       }
  94     return im;
  95   }
  96
  97
  98   //=====================================================================
  99
 100   //========================================================================
 101   std::string DicomImageScanner::irclean(const std::string& str)
 102   {
 103           if(str.size() > 0)
 104           {
 105                 if (str == "GDCM::Unfound")
 106                   {
 107                 return "";
 108                   }
 109                 if (str[str.size()-1]==' ')
 110                   {
 111                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 112                   }
 113                 if (str[str.size()-1]==0)
 114                   {
 115                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 116                   }
 117           }
 118
 119     return str;
 120   }
 121   //========================================================================
 122
 123   //=====================================================================
 124
 125 void DicomImageScanner::ReadAttributes(const std::string& filename,
 126                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 127   {
 128           std::string name = "E:\\data-images\\dicoms\\CD1\\DICOM\\09112417\\37390000/31582235";
 129
 130          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 131     if( b )      {
 132                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 133                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 134
 135                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 136                   int j= 0;
 137
 138
 139
 140                   for (;it != mapping.end(); ++it)
 141                   {
 142                                         /*std::stringstream val;
 143                                         val <<  "D";
 144                                         val << std::hex << it->first.GetGroup() ;
 145                                         val << "_";;
 146                                         val << std::hex <<  it->first.GetElement();
 147                                         var >> key*/
 148                                  char key[12] ;
 149
 150                                   sprintf(key,"D%04x_%04x", it->first.GetGroup(), it->first.GetElement());
 151                                   attr[key] = irclean(it->second);
 152                   }
 153
 154
 155                  /*
 156
 157
 158                   for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
 159                 {*/
 160                         if ( attr.find("D0004_1500") != attr.end())
 161                         {
 162                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 163                                 std::string f = full_path.leaf();
 164                                 attr["D0004_1500"] = f;
 165                         }
 166                         if ( attr.find("FullFileName")!= attr.end())
 167                         {
 168                                 attr["FullFileName"] = filename;
 169                         }
 170                         if ( attr.find("FullFileDirectory" )!= attr.end())
 171                         {
 172                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 173                                   //find first separator
 174                                   attr["FullFileDirectory" ] = filename.substr(0, last_pos);
 175                         }
 176                 //      else
 177                 //      {
 178
 179                 //              uint16_t el;
 180                 //              uint16_t gr;
 181
 182                 //              tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 183
 184                 //      mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 185
 186                 //      //      const char *value = it->second;
 187                 //              i->second = irclean(it->second);
 188                 //              ++it;
 189                 //      }
 190                 //}
 191         }
 192 }
 193
 194
 195
 196
 197
 198
 199
 200
 201
 202
 203
 204
 205
 206
 207
 208
 209   const std::string DicomImageScanner::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 210 {
 211   static std::string buffer;
 212   buffer = "";  // cleanup previous call
 213
 214
 215     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 216     if( bv ) // Can be Type 2
 217       {
 218       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 219       // Will be padded with at least one \0
 220       }
 221
 222
 223   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 224   return buffer.c_str();
 225 }
 226   //=====================================================================
 227
 228 } // namespace creaImageIO
 229