src/creaImageIODicomScanner.cpp

   1 #include <creaImageIODicomScanner.h>
   2 #include "creaImageIOSystem.h"
   3 #include <boost/filesystem.hpp>
   4 #include "boost/algorithm/string.hpp"
   5
   6
   7
   8 #include <creaImageIOSystem.h>
   9 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  10
  11 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  12 #include <vtkStringArray.h>
  13 #include <creaImageIOGimmick.h>
  14 #include <gdcmDirectory.h>
  15
  16 #include <fstream>
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  18
  19 #ifdef _DEBUG
  20 #define new DEBUG_NEW
  21 #endif
  22 namespace creaImageIO
  23 {
  24
  25   //=====================================================================
  26   DicomImageScanner::DicomImageScanner()
  27   {
  28           mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  29         mscan.ClearTags();
  30         b_loaded = false;
  31   };
  32   //=====================================================================
  33
  34   //=====================================================================
  35   DicomImageScanner::~DicomImageScanner()
  36   {
  37           mReader->Delete();
  38   }
  39   //=====================================================================
  40
  41   //=====================================================================
  42   bool DicomImageScanner::addDirectory(std::string& filename,  std::map<std::string,std::string>& attr)
  43   {
  44                 if(!b_loaded)
  45         {
  46                 mscan.ClearTags();
  47                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
  48                 int j= 0;
  49                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
  50                   {
  51                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
  52                         {
  53
  54                         }
  55                         else
  56                         {
  57                         uint16_t el;
  58                         uint16_t gr;
  59
  60                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
  61                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
  62
  63                         }
  64                 }
  65                 b_loaded = true;
  66         }
  67           gdcm::Directory d;
  68
  69           boost::algorithm::replace_all(filename,"\\", "/");
  70           d.Load(filename.c_str(),true);
  71           mscan.Scan(d.GetFilenames());
  72
  73       return  true;
  74
  75   }
  76   //=====================================================================
  77
  78   //=====================================================================
  79   vtkImageData* DicomImageScanner::ReadImage(const std::string& filename)
  80   {
  81     vtkImageData* im = 0;
  82     try
  83       {
  84         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  85         mReader->Update();
  86         im = vtkImageData::New();
  87         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  88       }
  89     catch (...)
  90       {
  91         if (im!=0) im->Delete();
  92           im = 0;
  93       }
  94     return im;
  95   }
  96
  97
  98   //=====================================================================
  99
 100   //========================================================================
 101   std::string DicomImageScanner::irclean(const std::string& str)
 102   {
 103           if(str.size() > 0)
 104           {
 105                 if (str == "GDCM::Unfound")
 106                   {
 107                 return "";
 108                   }
 109                 if (str[str.size()-1]==' ')
 110                   {
 111                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 112                   }
 113                 if (str[str.size()-1]==0)
 114                   {
 115                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 116                   }
 117           }
 118
 119     return str;
 120   }
 121   //========================================================================
 122
 123   //=====================================================================
 124
 125 void DicomImageScanner::ReadAttributes(const std::string& filename,
 126                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 127   {
 128           std::string name = "E:\\data-images\\dicoms\\CD1\\DICOM\\09112417\\37390000/31582235";
 129
 130          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 131     if( b )      {
 132                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 133                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 134
 135                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 136
 137                   for (;it != mapping.end(); ++it)
 138                   {              char key[12] ;
 139                                   sprintf(key,"D%04x_%04x", it->first.GetGroup(), it->first.GetElement());
 140                                   attr[key] = irclean(it->second);
 141                   }
 142
 143
 144                  /*
 145
 146
 147                   for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
 148                 {*/
 149                         if ( attr.find("D0004_1500") != attr.end())
 150                         {
 151                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 152                                 std::string f = full_path.leaf();
 153                                 attr["D0004_1500"] = f;
 154                         }
 155                         if ( attr.find("FullFileName")!= attr.end())
 156                         {
 157                                 attr["FullFileName"] = filename;
 158                         }
 159                         if ( attr.find("FullFileDirectory" )!= attr.end())
 160                         {
 161                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 162                                   //find first separator
 163                                   attr["FullFileDirectory" ] = filename.substr(0, last_pos);
 164                         }
 165                 //      else
 166                 //      {
 167
 168                 //              uint16_t el;
 169                 //              uint16_t gr;
 170
 171                 //              tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 172
 173                 //      mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 174
 175                 //      //      const char *value = it->second;
 176                 //              i->second = irclean(it->second);
 177                 //              ++it;
 178                 //      }
 179                 //}
 180         }
 181 }
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 194
 195
 196
 197
 198   const std::string DicomImageScanner::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 199 {
 200   static std::string buffer;
 201   buffer = "";  // cleanup previous call
 202
 203
 204     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 205     if( bv ) // Can be Type 2
 206       {
 207       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 208       // Will be padded with at least one \0
 209       }
 210
 211
 212   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 213   return buffer.c_str();
 214 }
 215   //=====================================================================
 216
 217 } // namespace creaImageIO
 218