src/creaImageIODicomScanner.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 #include <creaImageIODicomScanner.h>
  29 #include "creaImageIOSystem.h"
  30 #include <boost/filesystem.hpp>
  31 #include "boost/algorithm/string.hpp"
  32
  33
  34
  35 #include <creaImageIOSystem.h>
  36 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  37
  38 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  39 #include <vtkStringArray.h>
  40 #include <creaImageIOGimmick.h>
  41 #include <gdcmDirectory.h>
  42
  43 #include <fstream>
  44
  45
  46 #ifdef _DEBUG
  47 #define new DEBUG_NEW
  48 #endif
  49 namespace creaImageIO
  50 {
  51
  52   //=====================================================================
  53   DicomImageScanner::DicomImageScanner()
  54   {
  55           mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  56         mscan.ClearTags();
  57         b_loaded = false;
  58   };
  59   //=====================================================================
  60
  61   //=====================================================================
  62   DicomImageScanner::~DicomImageScanner()
  63   {
  64           mReader->Delete();
  65   }
  66   //=====================================================================
  67
  68   //=====================================================================
  69   bool DicomImageScanner::addDirectory(std::string& filename,  std::map<std::string,std::string>& attr)
  70   {
  71                 if(!b_loaded)
  72         {
  73                 mscan.ClearTags();
  74                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
  75                 int j= 0;
  76                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
  77                   {
  78                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
  79                         {
  80
  81                         }
  82                         else
  83                         {
  84                         uint16_t el;
  85                         uint16_t gr;
  86
  87                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
  88                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
  89
  90                         }
  91                 }
  92                 b_loaded = true;
  93         }
  94           gdcm::Directory d;
  95
  96           boost::algorithm::replace_all(filename,"\\", "/");
  97           d.Load(filename.c_str(),true);
  98           mscan.Scan(d.GetFilenames());
  99
 100       return  true;
 101
 102   }
 103   //=====================================================================
 104
 105   //=====================================================================
 106   vtkImageData* DicomImageScanner::ReadImage(const std::string& filename)
 107   {
 108     vtkImageData* im = 0;
 109     try
 110       {
 111         mReader->SetFileName(filename.c_str());
 112         mReader->Update();
 113         im = vtkImageData::New();
 114         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
 115       }
 116     catch (...)
 117       {
 118         if (im!=0) im->Delete();
 119           im = 0;
 120       }
 121     return im;
 122   }
 123
 124
 125   //=====================================================================
 126
 127   //========================================================================
 128   std::string DicomImageScanner::irclean(const std::string& str)
 129   {
 130           if(str.size() > 0)
 131           {
 132                 if (str == "GDCM::Unfound")
 133                   {
 134                 return "";
 135                   }
 136                 if (str[str.size()-1]==' ')
 137                   {
 138                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 139                   }
 140                 if (str[str.size()-1]==0)
 141                   {
 142                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 143                   }
 144           }
 145
 146     return str;
 147   }
 148   //========================================================================
 149
 150   //=====================================================================
 151
 152 void DicomImageScanner::ReadAttributes(const std::string& filename,
 153                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 154   {
 155           std::string name = "E:\\data-images\\dicoms\\CD1\\DICOM\\09112417\\37390000/31582235";
 156
 157          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 158     if( b )      {
 159                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 160                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 161
 162                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 163
 164                   for (;it != mapping.end(); ++it)
 165                   {              char key[12] ;
 166                                   sprintf(key,"D%04x_%04x", it->first.GetGroup(), it->first.GetElement());
 167                                   attr[key] = irclean(it->second);
 168                   }
 169
 170
 171                  /*
 172
 173
 174                   for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
 175                 {*/
 176                         if ( attr.find("D0004_1500") != attr.end())
 177                         {
 178                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 179                                 std::string f = full_path.leaf().string();
 180                                 attr["D0004_1500"] = f;
 181                         }
 182                         if ( attr.find("FullFileName")!= attr.end())
 183                         {
 184                                 attr["FullFileName"] = filename;
 185                         }
 186                         if ( attr.find("FullFileDirectory" )!= attr.end())
 187                         {
 188                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 189                                   //find first separator
 190                                   attr["FullFileDirectory" ] = filename.substr(0, last_pos);
 191                         }
 192                 //      else
 193                 //      {
 194
 195                 //              uint16_t el;
 196                 //              uint16_t gr;
 197
 198                 //              tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 199
 200                 //      mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 201
 202                 //      //      const char *value = it->second;
 203                 //              i->second = irclean(it->second);
 204                 //              ++it;
 205                 //      }
 206                 //}
 207         }
 208 }
 209
 210
 211
 212
 213
 214
 215
 216
 217
 218
 219
 220
 221
 222
 223
 224
 225   const std::string DicomImageScanner::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 226 {
 227   static std::string buffer;
 228   buffer = "";  // cleanup previous call
 229
 230
 231     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 232     if( bv ) // Can be Type 2
 233       {
 234       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 235       // Will be padded with at least one \0
 236       }
 237
 238
 239   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 240   return buffer.c_str();
 241 }
 242   //=====================================================================
 243
 244 } // namespace creaImageIO
 245