src/creaImageIODicomScanner.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 #include <creaImageIODicomScanner.h>
  29
  30 #include <boost/filesystem.hpp>
  31 #include "boost/algorithm/string.hpp"
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33
  34 #include <fstream>
  35 #if defined(_WIN32)
  36 #pragma warning(disable: 4996)
  37 #endif
  38
  39 #ifdef _DEBUG
  40 #define new DEBUG_NEW
  41 #endif
  42 namespace creaImageIO
  43 {
  44
  45   //=====================================================================
  46   DicomImageScanner::DicomImageScanner()
  47   {
  48           mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  49         mscan.ClearTags();
  50         b_loaded = false;
  51   };
  52   //=====================================================================
  53
  54   //=====================================================================
  55   DicomImageScanner::~DicomImageScanner()
  56   {
  57           mReader->Delete();
  58   }
  59   //=====================================================================
  60
  61   //=====================================================================
  62   bool DicomImageScanner::addDirectory(std::string& filename,  std::map<std::string,std::string>& attr)
  63   {
  64                 if(!b_loaded)
  65         {
  66                 mscan.ClearTags();
  67                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
  68                 int j= 0;
  69                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
  70                   {
  71                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
  72                         {
  73
  74                         }
  75                         else
  76                         {
  77                         uint16_t el;
  78                         uint16_t gr;
  79
  80                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
  81                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
  82
  83                         }
  84                 }
  85                 b_loaded = true;
  86         }
  87           gdcm::Directory d;
  88
  89           boost::algorithm::replace_all(filename,"\\", "/");
  90           d.Load(filename.c_str(),true);
  91           mscan.Scan(d.GetFilenames());
  92
  93       return  true;
  94
  95   }
  96   //=====================================================================
  97
  98   //=====================================================================
  99   vtkImageData* DicomImageScanner::ReadImage(const std::string& filename)
 100   {
 101     vtkImageData* im = 0;
 102     try
 103       {
 104         mReader->SetFileName(filename.c_str());
 105         mReader->Update();
 106         im = vtkImageData::New();
 107         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
 108       }
 109     catch (...)
 110       {
 111         if (im!=0) im->Delete();
 112           im = 0;
 113       }
 114     return im;
 115   }
 116
 117
 118   //=====================================================================
 119
 120   //========================================================================
 121   std::string DicomImageScanner::irclean(const std::string& str)
 122   {
 123           if(str.size() > 0)
 124           {
 125                 if (str == "GDCM::Unfound")
 126                   {
 127                 return "";
 128                   }
 129                 if (str[str.size()-1]==' ')
 130                   {
 131                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 132                   }
 133                 if (str[str.size()-1]==0)
 134                   {
 135                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
 136                   }
 137           }
 138
 139     return str;
 140   }
 141   //========================================================================
 142
 143   //=====================================================================
 144
 145 void DicomImageScanner::ReadAttributes(const std::string& filename,
 146                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 147   {
 148           std::string name = "E:\\data-images\\dicoms\\CD1\\DICOM\\09112417\\37390000/31582235";
 149
 150          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 151     if( b )      {
 152                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 153                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 154
 155                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 156
 157                   for (;it != mapping.end(); ++it)
 158                   {              char key[12] ;
 159                                   sprintf(key,"D%04x_%04x", it->first.GetGroup(), it->first.GetElement());
 160                                   attr[key] = irclean(it->second);
 161                   }
 162
 163
 164                  /*
 165
 166
 167                   for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, j++)
 168                 {*/
 169                         if ( attr.find("D0004_1500") != attr.end())
 170                         {
 171                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 172                                 std::string f = full_path.leaf().string();
 173                                 attr["D0004_1500"] = f;
 174                         }
 175                         if ( attr.find("FullFileName")!= attr.end())
 176                         {
 177                                 attr["FullFileName"] = filename;
 178                         }
 179                         if ( attr.find("FullFileDirectory" )!= attr.end())
 180                         {
 181                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 182                                   //find first separator
 183                                   attr["FullFileDirectory" ] = filename.substr(0, last_pos);
 184                         }
 185                 //      else
 186                 //      {
 187
 188                 //              uint16_t el;
 189                 //              uint16_t gr;
 190
 191                 //              tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 192
 193                 //      mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 194
 195                 //      //      const char *value = it->second;
 196                 //              i->second = irclean(it->second);
 197                 //              ++it;
 198                 //      }
 199                 //}
 200         }
 201 }
 202
 203
 204
 205
 206
 207
 208
 209
 210
 211
 212
 213
 214
 215
 216
 217
 218   const std::string DicomImageScanner::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 219 {
 220   static std::string buffer;
 221   buffer = "";  // cleanup previous call
 222
 223
 224     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 225     if( bv ) // Can be Type 2
 226       {
 227       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 228       // Will be padded with at least one \0
 229       }
 230
 231
 232   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 233   return buffer.c_str();
 234 }
 235   //=====================================================================
 236
 237 } // namespace creaImageIO
 238