src/creaImageIOImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIOImageReader.h>
  30 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32
  33 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  34 #if defined (USE_GDCM)
  35         #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  36 #endif
  37 #if defined(USE_GDCM2)
  38         #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
  39 #endif
  40 #include <creaImageIOUltrasonixImageReader.h>
  41 #include <vtkPNGReader.h>
  42 #include <vtkTIFFReader.h>
  43 #include <vtkJPEGReader.h>
  44 #include <vtkBMPReader.h>
  45 #include <vtkSLCReader.h>
  46 #include <vtkMetaImageReader.h>
  47 //#include <vtkGESignalReader.h>
  48
  49 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  50
  51 namespace creaImageIO
  52 {
  53
  54   //=====================================================================
  55   ImageReader::ImageReader()
  56     :
  57     mUnreadableImage(0),
  58     mLastFilename("&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&")
  59   {
  60     //    std::cout << "#### ImageReader::ImageReader()"<<std::endl;
  61     if (mUnreadableImage!=0) return;
  62
  63
  64         Register( boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkPNGReader::New() , "PNG", ".png")));
  65     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkTIFFReader::New(), "JPEG", ".jpeg")));
  66     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkJPEGReader::New())));
  67     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkBMPReader::New())));
  68     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkSLCReader::New())));
  69     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkMetaImageReader::New(),"MHD",".mhd")));
  70     //   Register(new VtkImageReader(vtkGESignalReader::New()));
  71     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new DicomImageReader));
  72     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new UltrasonixImageReader));
  73
  74         UnRegister(".txt");
  75
  76     mUnreadableImage = vtkImageData::New();
  77     int dim[3];
  78     dim[0] = dim[1] = 128;
  79     dim[2] = 1;
  80     mUnreadableImage->SetDimensions ( dim );
  81     mUnreadableImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  82     mUnreadableImage->AllocateScalars();
  83     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  84       for (int j=0;j<dim[1];j++)
  85         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,j,0,0,0);
  86     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  87       {
  88         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,i,0,0,255);
  89         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(dim[0]-1-i,i,0,0,255);
  90       }
  91   }
  92   //=====================================================================
  93
  94   //=====================================================================
  95   ImageReader::~ImageReader()
  96   {
  97
  98  //   for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
  99  //     {
 100         //delete (*i);
 101  //     }
 102 //    mReader.clear();
 103     if (mUnreadableImage!=0)
 104       {
 105         mUnreadableImage->Delete();
 106         mUnreadableImage = 0;
 107       }
 108   }
 109   //=====================================================================
 110
 111   //=====================================================================
 112   void ImageReader::Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader> r)
 113   {
 114     mReader.push_back(r);
 115
 116   }
 117
 118   void ImageReader::UnRegister(const std::string i_val)
 119   {
 120     mUnReader.push_back(i_val);
 121
 122   }
 123   //=====================================================================
 124
 125    //=====================================================================
 126   // Returns true iff the file is readable
 127   bool ImageReader::ShallNotRead( const std::string& filename )
 128   {
 129     bool ok = true;
 130         if(filename != "")
 131         {
 132                 std::vector<std::string >::iterator i ;
 133                 for (i=mUnReader.begin(); i!=mUnReader.end(); i++)
 134                 {
 135
 136                         if ( (*i).c_str() == filename)
 137                         {
 138                                 ok = false;
 139                                 break;
 140                         }
 141                 }
 142         }
 143         return ok;
 144   }
 145
 146   //=====================================================================
 147   // Returns true iff the file is readable
 148   bool ImageReader::CanRead( const std::string& filename )
 149   {
 150     bool ok = false;
 151
 152         if( !ShallNotRead(filename))
 153         {
 154                 return ok;
 155         }
 156         if(filename != "")
 157         {
 158                 std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 159                 for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 160                 {
 161                         ok = (*i)->CanRead(filename);
 162                         if (ok)
 163                         {
 164                                 mLastFilename = filename;
 165                                 mLastReader = *i;
 166                                 break;
 167                         }
 168                 }
 169         }
 170         return ok;
 171   }
 172   //=====================================================================
 173
 174   //=====================================================================
 175   // Reads the file (CanRead must be called before : no test here)
 176   vtkImageData*  ImageReader::ReadImage( const std::string& filename)
 177   {
 178           if (mLastFilename!=filename)
 179       {
 180         if (!CanRead(filename))
 181           {
 182             vtkImageData* im = vtkImageData::New();
 183             im->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 184             return im;
 185           }
 186       }
 187     vtkImageData* i = mLastReader->ReadImage(mLastFilename);
 188     if (i==0)
 189       {
 190         i = vtkImageData::New();
 191         i->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 192       }
 193     return i;
 194   }
 195   //=====================================================================
 196   // Another function to read attributes for a file
 197   void ImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 198                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 199   {
 200            if (mLastFilename!=filename)
 201       {
 202         if (!CanRead(filename))
 203           {
 204             return;
 205           }
 206       }
 207     mLastReader->getAttributes(filename, infos, i_attr);
 208   }
 209   //=====================================================================
 210    void ImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 211                                     std::map<std::string,std::string>& attr)
 212    {
 213     if (mLastFilename!=filename)
 214       {
 215         if (!CanRead(filename))
 216           {
 217             return;
 218           }
 219       }
 220     mLastReader->ReadAttributes(mLastFilename,attr);
 221    }
 222   //=====================================================================
 223
 224
 225   //=====================================================================
 226   /// Pushes back all kwown extensions (without dot) in the vector given
 227   void ImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 228   {
 229           std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 230     for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 231       {
 232         (*i)->PushBackExtensions(v);
 233       }
 234   }
 235   //=====================================================================
 236
 237 } // namespace creaImageIO