src/creaImageIOImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIOImageReader.h>
  30 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32
  33 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  34 #if defined (USE_GDCM)
  35         #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  36 #endif
  37 #if defined(USE_GDCM2)
  38         #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
  39 #endif
  40 #include <creaImageIOUltrasonixImageReader.h>
  41 #include <vtkPNGReader.h>
  42 #include <vtkTIFFReader.h>
  43 #include <vtkJPEGReader.h>
  44 #include <vtkBMPReader.h>
  45 #include <vtkSLCReader.h>
  46 #include <vtkMetaImageReader.h>
  47 //#include <vtkGESignalReader.h>
  48
  49 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  50
  51 namespace creaImageIO
  52 {
  53
  54   //=====================================================================
  55   ImageReader::ImageReader()
  56     :
  57     mUnreadableImage(NULL),
  58     mLastFilename("&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&")
  59   {
  60     //    std::cout << "#### ImageReader::ImageReader()"<<std::endl;
  61     if (mUnreadableImage!=NULL) return;
  62
  63
  64         Register( boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkPNGReader::New() , "PNG", ".png")));
  65     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkTIFFReader::New(), "TIFF", ".tiff")));
  66     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkJPEGReader::New(), "JPEG", ".jpeg")));
  67     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkBMPReader::New(), "BMP", ".bmp")));
  68     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkSLCReader::New())));
  69     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkMetaImageReader::New(),"MHD",".mhd")));
  70     //   Register(new VtkImageReader(vtkGESignalReader::New()));
  71     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new DicomImageReader));
  72     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new UltrasonixImageReader));
  73
  74         UnRegister(".txt");
  75
  76     mUnreadableImage = vtkImageData::New();
  77     int dim[3];
  78     dim[0] = dim[1] = 128;
  79     dim[2] = 1;
  80     mUnreadableImage->SetDimensions ( dim );
  81
  82 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  83 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  84     mUnreadableImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  85     mUnreadableImage->AllocateScalars();
  86 #else
  87     mUnreadableImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  88 #endif
  89
  90     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  91         {
  92                 for (int j=0;j<dim[1];j++)
  93                 {
  94                         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,j,0,0,0);
  95                 } // for j
  96         } // for i
  97
  98     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  99     {
 100                 mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,i,0,0,255);
 101                 mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(dim[0]-1-i,i,0,0,255);
 102     } // for i
 103   }
 104   //=====================================================================
 105
 106   //=====================================================================
 107   ImageReader::~ImageReader()
 108   {
 109
 110  //   for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 111  //     {
 112         //delete (*i);
 113  //     }
 114 //    mReader.clear();
 115     if (mUnreadableImage!=NULL)
 116     {
 117                 mUnreadableImage->Delete();
 118                 mUnreadableImage = NULL;
 119     }
 120   }
 121   //=====================================================================
 122
 123   //=====================================================================
 124   void ImageReader::Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader> r)
 125   {
 126     mReader.push_back(r);
 127   }
 128
 129   void ImageReader::UnRegister(const std::string i_val)
 130   {
 131     mUnReader.push_back(i_val);
 132
 133   }
 134   //=====================================================================
 135
 136    //=====================================================================
 137   // Returns true iff the file is readable
 138   bool ImageReader::ShallNotRead( const std::string& filename )
 139   {
 140     bool ok = true;
 141         if(filename != "")
 142         {
 143                 std::vector<std::string >::iterator i ;
 144                 for (i=mUnReader.begin(); i!=mUnReader.end(); i++)
 145                 {
 146                         if ( (*i).c_str() == filename)
 147                         {
 148                                 ok = false;
 149                                 break;
 150                         }
 151                 }
 152         }
 153         return ok;
 154   }
 155
 156   //=====================================================================
 157   // Returns true iff the file is readable
 158   bool ImageReader::CanRead( const std::string& filename )
 159   {
 160
 161     bool ok = false;
 162
 163         if( !ShallNotRead(filename))
 164         {
 165                 return ok;
 166         }
 167         if(filename != "")
 168         {
 169                 std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 170                 for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 171                 {
 172                         ok = (*i)->CanRead(filename);
 173                         if (ok)
 174                         {
 175                                 mLastFilename = filename;
 176                                 mLastReader = *i;
 177                                 break;
 178                         }
 179                 }
 180         }
 181         return ok;
 182   }
 183   //=====================================================================
 184
 185   //=====================================================================
 186   // Reads the file (CanRead must be called before : no test here)
 187   vtkImageData*  ImageReader::ReadImage( const std::string& filename)
 188   {
 189                 if (mLastFilename!=filename)
 190                 {
 191                         if (!CanRead(filename))
 192                         {
 193                                 vtkImageData* im = vtkImageData::New();
 194                                 im->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 195                                 return im;
 196                         } // CanRead
 197                 } // for mLastFilename
 198                 vtkImageData* i = mLastReader->ReadImage(mLastFilename);
 199                 if (i==NULL)
 200                 {
 201                         i = vtkImageData::New();
 202                         i->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 203                 } // i
 204
 205                 return i;
 206   }
 207   //=====================================================================
 208   // Another function to read attributes for a file
 209   void ImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 210                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 211   {
 212            if (mLastFilename!=filename)
 213       {
 214         if (!CanRead(filename))
 215           {
 216             return;
 217           }
 218       }
 219     mLastReader->getAttributes(filename, infos, i_attr);
 220   }
 221   //=====================================================================
 222    void ImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 223                                     std::map<std::string,std::string>& attr)
 224    {
 225     if (mLastFilename!=filename)
 226       {
 227         if (!CanRead(filename))
 228           {
 229             return;
 230           }
 231       }
 232     mLastReader->ReadAttributes(mLastFilename,attr);
 233    }
 234   //=====================================================================
 235
 236
 237   //=====================================================================
 238   /// Pushes back all kwown extensions (without dot) in the vector given
 239   void ImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 240   {
 241           std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 242     for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 243       {
 244         (*i)->PushBackExtensions(v);
 245       }
 246   }
 247   //=====================================================================
 248
 249 } // namespace creaImageIO