src/creaImageIOImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIOImageReader.h>
  30 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32
  33 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  34 #if defined (USE_GDCM)
  35         #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  36 #endif
  37 #if defined(USE_GDCM2)
  38         #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
  39 #endif
  40 #include <creaImageIOUltrasonixImageReader.h>
  41 #include <vtkPNGReader.h>
  42 #include <vtkTIFFReader.h>
  43 #include <vtkJPEGReader.h>
  44 #include <vtkBMPReader.h>
  45 #include <vtkSLCReader.h>
  46 #include <vtkMetaImageReader.h>
  47 //#include <vtkGESignalReader.h>
  48
  49 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  50
  51 namespace creaImageIO
  52 {
  53
  54   //=====================================================================
  55   ImageReader::ImageReader()
  56     :
  57     mUnreadableImage(0),
  58     mLastFilename("&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&")
  59   {
  60     //    std::cout << "#### ImageReader::ImageReader()"<<std::endl;
  61     if (mUnreadableImage!=0) return;
  62
  63
  64         Register( boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkPNGReader::New() , "PNG", ".png")));
  65     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkTIFFReader::New(), "TIFF", ".tiff")));
  66     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkJPEGReader::New(), "JPEG", ".jpeg")));
  67     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkBMPReader::New(), "BMP", ".bmp")));
  68     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkSLCReader::New())));
  69     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkMetaImageReader::New(),"MHD",".mhd")));
  70     //   Register(new VtkImageReader(vtkGESignalReader::New()));
  71     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new DicomImageReader));
  72     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new UltrasonixImageReader));
  73
  74         UnRegister(".txt");
  75
  76     mUnreadableImage = vtkImageData::New();
  77     int dim[3];
  78     dim[0] = dim[1] = 128;
  79     dim[2] = 1;
  80     mUnreadableImage->SetDimensions ( dim );
  81
  82 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  83 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  84     mUnreadableImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  85     mUnreadableImage->AllocateScalars();
  86 #else
  87     mUnreadableImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  88 #endif
  89
  90     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  91       for (int j=0;j<dim[1];j++)
  92         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,j,0,0,0);
  93     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  94       {
  95         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,i,0,0,255);
  96         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(dim[0]-1-i,i,0,0,255);
  97       }
  98   }
  99   //=====================================================================
 100
 101   //=====================================================================
 102   ImageReader::~ImageReader()
 103   {
 104
 105  //   for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 106  //     {
 107         //delete (*i);
 108  //     }
 109 //    mReader.clear();
 110     if (mUnreadableImage!=0)
 111       {
 112         mUnreadableImage->Delete();
 113         mUnreadableImage = 0;
 114       }
 115   }
 116   //=====================================================================
 117
 118   //=====================================================================
 119   void ImageReader::Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader> r)
 120   {
 121     mReader.push_back(r);
 122
 123   }
 124
 125   void ImageReader::UnRegister(const std::string i_val)
 126   {
 127     mUnReader.push_back(i_val);
 128
 129   }
 130   //=====================================================================
 131
 132    //=====================================================================
 133   // Returns true iff the file is readable
 134   bool ImageReader::ShallNotRead( const std::string& filename )
 135   {
 136     bool ok = true;
 137         if(filename != "")
 138         {
 139                 std::vector<std::string >::iterator i ;
 140                 for (i=mUnReader.begin(); i!=mUnReader.end(); i++)
 141                 {
 142
 143                         if ( (*i).c_str() == filename)
 144                         {
 145                                 ok = false;
 146                                 break;
 147                         }
 148                 }
 149         }
 150         return ok;
 151   }
 152
 153   //=====================================================================
 154   // Returns true iff the file is readable
 155   bool ImageReader::CanRead( const std::string& filename )
 156   {
 157     bool ok = false;
 158
 159         if( !ShallNotRead(filename))
 160         {
 161                 return ok;
 162         }
 163         if(filename != "")
 164         {
 165                 std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 166                 for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 167                 {
 168                         ok = (*i)->CanRead(filename);
 169                         if (ok)
 170                         {
 171                                 mLastFilename = filename;
 172                                 mLastReader = *i;
 173                                 break;
 174                         }
 175                 }
 176         }
 177         return ok;
 178   }
 179   //=====================================================================
 180
 181   //=====================================================================
 182   // Reads the file (CanRead must be called before : no test here)
 183   vtkImageData*  ImageReader::ReadImage( const std::string& filename)
 184   {
 185           if (mLastFilename!=filename)
 186       {
 187         if (!CanRead(filename))
 188           {
 189             vtkImageData* im = vtkImageData::New();
 190             im->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 191             return im;
 192           }
 193       }
 194     vtkImageData* i = mLastReader->ReadImage(mLastFilename);
 195     if (i==0)
 196       {
 197         i = vtkImageData::New();
 198         i->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 199       }
 200     return i;
 201   }
 202   //=====================================================================
 203   // Another function to read attributes for a file
 204   void ImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 205                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 206   {
 207            if (mLastFilename!=filename)
 208       {
 209         if (!CanRead(filename))
 210           {
 211             return;
 212           }
 213       }
 214     mLastReader->getAttributes(filename, infos, i_attr);
 215   }
 216   //=====================================================================
 217    void ImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 218                                     std::map<std::string,std::string>& attr)
 219    {
 220     if (mLastFilename!=filename)
 221       {
 222         if (!CanRead(filename))
 223           {
 224             return;
 225           }
 226       }
 227     mLastReader->ReadAttributes(mLastFilename,attr);
 228    }
 229   //=====================================================================
 230
 231
 232   //=====================================================================
 233   /// Pushes back all kwown extensions (without dot) in the vector given
 234   void ImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 235   {
 236           std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 237     for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 238       {
 239         (*i)->PushBackExtensions(v);
 240       }
 241   }
 242   //=====================================================================
 243
 244 } // namespace creaImageIO