src/creaImageIOOutputModel.h

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 #ifndef __creaImageIOoutputModel_h_INCLUDED__
  29 #define __creaImageIOoutputModel_h_INCLUDED__
  30 #if defined (USE_XERCES)
  31 #include <creaImageIOOutputModelParser.h>
  32 #endif
  33 #if defined(USE_GDCM2)
  34 #include <gdcmScanner.h>
  35 #endif
  36
  37 #include <vector>
  38 #include <string>
  39
  40 #define OUTPUTMODEL_TAG_i       ""
  41 #define OUTPUTMODEL_TAG_0       "TAG_BEGIN"
  42 #define OUTPUTMODEL_TAG_1       "TAG_END"
  43 #define OUTPUTMODEL_TAG_2       "TAG_STEP"
  44 #define OUTPUTMODEL_TAG_3       "DICOM_TAG"
  45 #define OUTPUTMODEL_TAG_4       "ANCHOR"
  46 #define OUTPUTMODEL_TAG(i)      OUTPUTMODEL_TAG_ ## i
  47
  48 namespace creaImageIO
  49 {
  50
  51         class  OutputModel
  52         {
  53         public:
  54                 OutputModel(){}
  55                 virtual ~OutputModel();
  56                 double orderFilesWithZspacing(std::vector<std::string> &im);
  57
  58 #if defined(USE_XERCES)
  59                 OutputModel(OutputModelParser *i_outparser);
  60
  61                 // Test if we need to check the "dicom" tag if it exists on database
  62                 void setDB(const std::string i_db, const std::string i_table);
  63
  64                 const std::string getTag();
  65
  66         private:
  67
  68                 OutputModelParser *m_outparser;
  69
  70                 // dimensions of output
  71                 int dim;
  72
  73                 // index to indicate if one model is available to perform sorting
  74                 bool bmodel;
  75
  76                 // index to indicate of a "DICOM" tag is selected to perform sorting
  77                 // not necessary a dicom tag
  78                 // for the moment only Gimmick Tag format accepted but should be GDCM2 format or GDCM1.3 too
  79                 bool bDicom;
  80
  81                 // database name
  82                 std::string m_dbname;
  83
  84                 std::string m_tag;
  85 #if defined(USE_GDCM)
  86                 //m_tag1;
  87                 template<typename T>
  88                 //void getReadValues(const std::vector<std :: string> i_filenames, std::vector<T> &o_val);
  89                 double orderFiles(std::vector<std::string> im, std::vector<std::string> &out);
  90
  91 #endif
  92 #if defined(USE_GDCM2)
  93                 gdcm::Tag       m_tag2;
  94
  95                 template<typename T>
  96                 void getScanValues(const std::vector<std :: string> i_filenames, const std::string i_stag, std::map<std::string,T> &o_val);
  97
  98                 /*template<typename T>
  99                 T getTypeTag();*/
 100 #endif
 101
 102                 // the initial value to start sorting
 103                 int tag_begin;
 104
 105                 // the final value to end sorting
 106                 int tag_end;
 107
 108                 // step for the values
 109                 int tag_step;
 110
 111                 // if the sorting is not the same for the set of data, we include another OutputModel
 112                 // ex : if we want a step = 20 for the 100 first values, next a step = 10 for the next 100 and step = 1 for the lastest value
 113                 OutputModel *m_model;
 114
 115                 // indicates if the sorting tag is present in database or not
 116                 bool b_db;
 117
 118                 std::string m_db;
 119
 120                 std::string m_table;
 121
 122                 template<typename T>
 123                 void getValues(const std::vector<std::string> i_filenames,const std::string i_tag, std::map< std::string, T> &o_val);
 124                 template<typename T>
 125                 void getDBValues(const std::vector<std::string> i_filenames, const std::string i_stag, std::map<std::string,T> &o_val);
 126
 127                 void sort(const std::vector<std::string> i_filenames, std::vector<std::string> &o_sort, int level);
 128
 129                 bool checkModel(std::map<std::string, std::string> i_model, const std::string i_val);
 130 #endif
 131         };
 132
 133 /*
 134          template <class T>
 135          class OutputSort
 136          {
 137          public :
 138                  std::map <std::string, T> values;
 139                  std::map<std::string, T> tags;
 140
 141                  void setTag(T i_tag, const std::string name)
 142                  {
 143                          tags[name] = i_tag;
 144                  }
 145
 146                  void sort (const std::map<std::string, T> i_values, std::vector<std::string> &o_sort)
 147                  {
 148                         std::map<std::string, T>::const_iterator it_val;
 149                         for(T index = tags[OUTPUTMODEL_TAG(0)]; index <= tags[OUTPUTMODEL_TAG(1)]; index += tags[OUTPUTMODEL_TAG(2)])
 150                         {
 151                                 //std::map<std::string, T>::const_iterator it_val;
 152                                 for(it_val = i_values.begin();it_val != i_values.end(); it_val++)
 153                                 {
 154                                         if(it_val->second.c_str()  == index)
 155                                         {
 156                                                 o_sort.push_back(it_val->first.c_str());
 157                                                 break;
 158                                         }
 159                                 }
 160                          }
 161                  }
 162          };
 163 */
 164
 165 } // namespace creaImageIO
 166 #endif //__creaImageIOoutputModel_h_INCLUDED__