src/creaImageIOTreeAttributeDescriptor.cpp

   1 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3
   4
   5 #if defined(USE_GDCM)
   6 #include <gdcmGlobal.h>
   7 #include <gdcmDictSet.h>
   8 #endif
   9
  10 #if defined(USE_GDCM2)
  11 #include <gdcmGlobal.h>
  12 #include <gdcmDicts.h>
  13 #include <gdcmDict.h>
  14 #endif
  15
  16 #include <boost/algorithm/string/replace.hpp>
  17
  18 namespace creaImageIO
  19 {
  20
  21   namespace tree
  22   {
  23
  24     //========================================================================
  25     void AttributeDescriptor::CleanName(std::string& str) const
  26     {
  27       // quote must be doubled for SQL
  28       //    crea::Utils::Replace( str, "'", "''" );
  29       boost::algorithm::replace_all(str,"'","''");
  30       // Found strange strings which contained NULL char INSIDE string
  31       int i,size=str.size();
  32       for (i=0;i<size;++i)
  33         {
  34           if (str[i]==0)
  35             {
  36               str = str.substr(0,i);
  37               break;
  38             }
  39         }
  40     }
  41     //========================================================================
  42
  43     //=====================================================================
  44     // Ctor with key, name and flags
  45      AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(const std::string& key,
  46                                              const std::string& name,
  47                                              unsigned int flags)
  48       : mKey(key), mName(name), mGroup(0), mElement(0), mFlags(flags)
  49     {
  50
  51       CleanName(mName);
  52       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<key
  53                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  54       GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  55     }
  56
  57     //=====================================================================
  58
  59      //=====================================================================
  60    // Ctor with dicom group, elem and flags
  61     // The key is built as 'Dgroup_elem'
  62     // The user name is retreived from dicom dictionnary
  63     AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(unsigned short group,
  64                                              unsigned short element,
  65                                              unsigned int flags)
  66       : mGroup(group), mElement(element), mFlags(flags)
  67     {
  68
  69       //GDCM_NAME_SPACE::TagKey tag(group,element);
  70       char ctag[12];
  71       sprintf(ctag,"D%04x_%04x",group,element);
  72       mKey = ctag;
  73
  74       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<mKey
  75                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  76
  77 #if defined(USE_GDCM)
  78       // Retrieve the name from gdcm dict
  79       GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
  80         GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
  81         ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(mGroup,mElement);
  82
  83       if (entry)
  84         {
  85           mName = entry->GetName();
  86           CleanName(mName);
  87           GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  88         }
  89       else
  90         {
  91           GimmickMessage(1,"!! WARNING : tag '"<<mKey
  92                          <<"' is not in DICOM dictionnary ! "
  93                          <<"Considering it as a user attribute"
  94                          << std::endl);
  95           mName = "UNKNOWN";
  96           mGroup = mElement = 0;
  97         }
  98 #endif
  99
 100
 101
 102
 103 #if defined(USE_GDCM2)
 104       // Retrieve the name from gdcm dict
 105         const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance();
 106          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 107   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict();
 108           gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(mGroup, mElement));
 109
 110       mName = dictentry.GetName();
 111           if(!mName.empty())
 112           {
 113                   CleanName(mName);
 114                   GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
 115           }
 116       else
 117           {
 118                 GimmickMessage(1,"!! WARNING : tag '"<<mKey
 119                          <<"' is not in DICOM dictionnary ! "
 120                          <<"Considering it as a user attribute"
 121                          << std::endl);
 122                 mName = "UNKNOWN";
 123                 mGroup = mElement = 0;
 124                 }
 125 #endif
 126
 127     }
 128     //=====================================================================
 129
 130
 131     //=====================================================================
 132     /// Extracts group and element from a key of the form "Dgroup_elem"
 133     void AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(const std::string& key,
 134                                                           unsigned short& group,
 135                                                           unsigned short& elem)
 136     {
 137       group = elem = 0;
 138       if ( (key.size()==10) &&
 139            (key[0] == 'D') &&
 140            (key[5] == '_') )
 141           {
 142          sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 143           GimmickDebugMessage(3,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "                     <<group<<"|"<<elem<<std::endl);
 144         }
 145       else
 146         {
 147           GimmickMessage(5,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "
 148                          <<" not a DICOM key format"<<std::endl);
 149         }
 150       return;
 151     }
 152
 153         //=====================================================================
 154         /// test if the type is a date
 155         bool AttributeDescriptor::isDateEntry() const
 156         {
 157
 158                 bool btest = false;
 159                 // Retrieve the name from gdcm dict
 160 #if defined(USE_GDCM)
 161                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =     GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 162                 if(     entry != 0)
 163                 {
 164                         if( entry->GetVR().str() == "DA" )
 165                         {
 166                                 btest = true;
 167                         }
 168                 }
 169 #endif
 170 #if defined(USE_GDCM2)
 171          const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance();
 172          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 173   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict();
 174           if(mGroup != 0 && mElement != 0)
 175           {
 176                   gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(GetGroup(), GetElement()));
 177                 if( gdcm::VR::GetVRString(dictentry.GetVR()) == "DA")
 178                 {
 179                                 btest = true;
 180                 }
 181           }
 182 #endif
 183                 return btest;
 184         }
 185
 186         //=====================================================================
 187         /// test if the type is a time
 188         bool AttributeDescriptor::isTimeEntry() const
 189         {
 190
 191                 bool btest = false;
 192 #if defined(USE_GDCM)
 193                 // Retrieve the name from gdcm dict
 194                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =     GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 195                 if(     entry != 0)
 196                 {
 197                         if( entry->GetVR().str() == "TM" )
 198                         {
 199                                 btest = true;
 200                         }
 201                 }
 202 #endif
 203
 204 #if defined(USE_GDCM2)
 205          const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance(); // sum of all knowledge !
 206          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 207   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict(); // Part 6
 208           if(mGroup != 0 && mElement != 0)
 209           {
 210                 gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(mGroup, mElement));
 211                 if(gdcm::VR::GetVRString(dictentry.GetVR()) == "TM")
 212                 {
 213                                 btest = true;
 214                 }
 215           }
 216 #endif
 217
 218                 return btest;
 219         }
 220
 221
 222     //=====================================================================
 223         /// Decodes the type of the attribute
 224      void AttributeDescriptor::DecodeType(unsigned int& typ) const
 225           {
 226                  std::string type="";
 227 #if defined(USE_GDCM)
 228                   // Retrieve the name from gdcm dict
 229                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
 230                 GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
 231                 ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 232
 233                 if (entry==0)
 234                 {
 235                         typ = 2;
 236                         return;
 237                 }
 238                  type = entry->GetVR().str();
 239 #endif
 240 #if defined(USE_GDCM2)
 241          const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance(); // sum of all knowledge !
 242          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 243   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict(); // Part 6
 244           gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(mGroup, mElement));
 245           type = gdcm::VR::GetVRString(dictentry.GetVR());
 246 #endif
 247
 248                 GimmickDebugMessage(3,"VR Value is "<<type<<"!"<<std::endl);
 249                 if(type=="AS" ||
 250                 type=="DA" ||
 251                 type=="FL" ||
 252                 type=="FD" ||
 253                 type=="IS" ||
 254                 type=="SL" ||
 255                 type=="SS" ||
 256                 type=="UI" ||
 257                 type=="US" ||
 258                 type=="SH")
 259                 {
 260                         // Numerical
 261                         typ = 1;
 262                 }
 263                 else
 264                 {
 265                         // String
 266                         typ = 2;
 267                 }
 268
 269           }
 270           //=====================================================================
 271
 272   } // EO namespace tree
 273
 274 } // EO namespace creaImageIO