src/creaImageIOUnMosaicVtkImageData.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Sante)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 #include "creaImageIOUnMosaicVtkImageData.h"
  29 #include <math.h>
  30
  31
  32 namespace creaImageIO
  33 {
  34
  35 // ------------------------------------------------------------------------
  36 creaImageIOUnMosaicVtkImageData::creaImageIOUnMosaicVtkImageData()
  37 {
  38 }
  39
  40 // ------------------------------------------------------------------------
  41 creaImageIOUnMosaicVtkImageData::~creaImageIOUnMosaicVtkImageData()
  42 {
  43 }
  44
  45 // ------------------------------------------------------------------------
  46 std::vector<vtkImageData*> creaImageIOUnMosaicVtkImageData::unMosaicVectorVtkImageData (std::vector<vtkImageData*> imageInput, std::vector<int> NbImagesInMosaicVector)
  47 {
  48         std::vector<int> nbImagesInMosaic;
  49
  50         for(int i = 0; i < NbImagesInMosaicVector.size(); i++)
  51         {
  52                 nbImagesInMosaic.push_back(NbImagesInMosaicVector[i]);
  53         }
  54
  55         if(imageInput.size() != NbImagesInMosaicVector.size())
  56         {
  57                 for(int j = NbImagesInMosaicVector.size(); j < imageInput.size(); j++)
  58                 {
  59                         nbImagesInMosaic.push_back( NbImagesInMosaicVector[NbImagesInMosaicVector.size()-1] );
  60                 }
  61         }
  62
  63         if ( nbImagesInMosaic.size()==0 )
  64    {
  65                 std::cout << "VtkUnMosaicVectorVtkImageData ERROR: The number of Images by mosaic is not set " << std::endl;
  66         }
  67
  68         std::vector<vtkImageData*> imageIn = imageInput;
  69
  70         std::vector<vtkImageData*> mImageOut;
  71         for (int i = 0 ; i < (unsigned int)imageIn.size() ; i++)
  72         {
  73                         mImageOut.push_back( unMosaic(imageIn[i], nbImagesInMosaic[i]) );
  74         }
  75
  76         return mImageOut;
  77 }
  78
  79
  80 // ------------------------------------------------------------------------
  81 vtkImageData * creaImageIOUnMosaicVtkImageData::unMosaic(vtkImageData *imageIn, int numberOfImagesInMosaic)
  82 {
  83         int nbImagesPerRow = ceil( sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic) );
  84    int inputdims[3];
  85    int outputdims[3];
  86    imageIn->GetDimensions (inputdims);
  87    unsigned short *input = (unsigned short *)(imageIn->GetScalarPointer());
  88    imageIn->Update();
  89
  90    unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
  91    outputdims[0] = inputdims[0] / div;
  92    outputdims[1] = inputdims[1] / div;
  93    outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
  94
  95     vtkImageData *vtkImageOut;
  96     vtkImageOut = vtkImageData::New();
  97     vtkImageOut->SetDimensions( outputdims );
  98     vtkImageOut->SetExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
  99     vtkImageOut->SetWholeExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 100     vtkImageOut->SetNumberOfScalarComponents(1);
 101 //vtkImageOut->SetSpacing( blabla );
 102     vtkImageOut->SetScalarType( VTK_UNSIGNED_SHORT );
 103     vtkImageOut->AllocateScalars();
 104     vtkImageOut->Update();
 105
 106     unsigned short *output =(unsigned short *)(vtkImageOut->GetScalarPointer());
 107
 108     unsigned short *dest = output;
 109     int dimXImageElem = outputdims[0];
 110     int dimYImageElem = outputdims[1];
 111     int lgrImage = dimXImageElem*dimYImageElem;
 112     int debImage;
 113     int i,j;
 114     for (i=0; i<numberOfImagesInMosaic; i++)
 115 //      for (i=numberOfImagesInMosaic-1; i>=0; i--)
 116     {
 117        debImage=(i/nbImagesPerRow) * lgrImage*nbImagesPerRow + (i%nbImagesPerRow)*dimXImageElem;
 118        for(j=0; j<dimYImageElem; j++)
 119 //       for(int j=dimYImageElem-1; j>=0; j--)
 120        {
 121           memcpy(dest, input+debImage, dimXImageElem*sizeof(unsigned short));
 122           debImage += dimXImageElem*nbImagesPerRow;
 123           dest += dimXImageElem;
 124        }
 125     }
 126     return  vtkImageOut;
 127 }
 128
 129
 130 } // namespace creaImageIO
 131
 132