src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO{
   7   //=====================================================================
   8   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
   9                                        const std::string& name,
  10                                        const std::string& extensions)
  11     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  12   {
  13     if (name.size() == 0)
  14       {
  15                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  16                   if(test != "")
  17                   {
  18                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  19                   }
  20       }
  21     else
  22       {
  23         SetName ( name );
  24       }
  25     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  26                         <<std::endl);
  27
  28   }
  29   //=====================================================================
  30
  31   //=====================================================================
  32   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  33   {
  34
  35     mReader->Delete();
  36   }
  37   //=====================================================================
  38
  39   //=====================================================================
  40   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  41   {
  42
  43     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  44 /*        if(filename != "")
  45           {
  46                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  47           }
  48           else
  49           {
  50                   return false;
  51           }*/
  52   }
  53   //=====================================================================
  54   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  55                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  56    {
  57    }
  58   //=====================================================================
  59   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  60   {
  61     vtkImageData* im = 0;
  62     try
  63       {
  64         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  65         mReader->Update();
  66         im = vtkImageData::New();
  67         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  68       }
  69     catch (...)
  70       {
  71         if (im!=0) im->Delete();
  72         im = 0;
  73       }
  74     return im;
  75   }
  76   //=====================================================================
  77
  78   //=====================================================================
  79   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  80                                const std::string& delimiters,
  81                                std::vector<std::string>& tokens)
  82   {
  83     // Skip delimiters at beginning.
  84     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  85     // Find first delimiter.
  86     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  87
  88     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  89       {
  90         // Found a token, add it to the vector.
  91         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  92         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  93         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  94         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  95         // Find next delimiter
  96         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  97       }
  98
  99     }
 100   //=====================================================================
 101
 102   //=====================================================================
 103   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 104   {
 105     std::string ext = mExtensions;
 106     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 107
 108     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 109   }
 110   //=====================================================================
 111
 112
 113
 114   //=====================================================================
 115   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 116                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 117   {
 118     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 119     // Get image dimensions
 120     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 121     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 122     mReader->Update(); //OpenFile();
 123     int ext[6];
 124     mReader->GetDataExtent(ext);
 125     // Columns
 126     char cols[128];
 127     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 128     // Rows
 129     char rows[128];
 130     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 131     // Planes
 132     char planes[128];
 133     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 134
 135         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 136     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 137       {
 138         i->second = filename;
 139       }
 140     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 141       {
 142         boost::filesystem::path full_path(filename);
 143         std::string f = full_path.leaf();
 144         i->second = f;
 145       }
 146     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 147       {
 148         i->second = rows;
 149       }
 150     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 151       {
 152         i->second = cols;
 153       }
 154
 155     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 156       {
 157                 i->second = planes;
 158       }
 159           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 160       {
 161          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 162                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 163           }
 164
 165     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 166   }
 167   //=====================================================================
 168
 169 } // namespace creaImageIO