src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO{
   7   //=====================================================================
   8   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
   9                                        const std::string& name,
  10                                        const std::string& extensions)
  11     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  12   {
  13     if (name.size() == 0)
  14       {
  15                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  16                   if(test != "")
  17                   {
  18                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  19                   }
  20
  21       }
  22     else
  23       {
  24         SetName ( name );
  25       }
  26     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  27                         <<std::endl);
  28
  29   }
  30   //=====================================================================
  31
  32   //=====================================================================
  33   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  34   {
  35
  36     mReader->Delete();
  37   }
  38   //=====================================================================
  39
  40   //=====================================================================
  41   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  42   {
  43
  44     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  45 /*        if(filename != "")
  46           {
  47                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  48           }
  49           else
  50           {
  51                   return false;
  52           }*/
  53   }
  54   //=====================================================================
  55   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  56                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  57    {
  58    }
  59   //=====================================================================
  60   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  61   {
  62     vtkImageData* im = 0;
  63     try
  64       {
  65         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  66         mReader->Update();
  67         im = vtkImageData::New();
  68         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  69       }
  70     catch (...)
  71       {
  72         if (im!=0) im->Delete();
  73         im = 0;
  74       }
  75     return im;
  76   }
  77   //=====================================================================
  78
  79   //=====================================================================
  80   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  81                                const std::string& delimiters,
  82                                std::vector<std::string>& tokens)
  83   {
  84     // Skip delimiters at beginning.
  85     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  86     // Find first delimiter.
  87     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  88
  89     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  90       {
  91         // Found a token, add it to the vector.
  92         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  93         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  94         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  95         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  96         // Find next delimiter
  97         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  98       }
  99
 100     }
 101   //=====================================================================
 102
 103   //=====================================================================
 104   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 105   {
 106     std::string ext = mExtensions;
 107     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 108
 109     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 110   }
 111   //=====================================================================
 112
 113
 114
 115   //=====================================================================
 116   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 117                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 118   {
 119     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 120     // Get image dimensions
 121     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 122     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 123     mReader->Update(); //OpenFile();
 124     int ext[6];
 125     mReader->GetDataExtent(ext);
 126     // Columns
 127     char cols[128];
 128     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 129     // Rows
 130     char rows[128];
 131     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 132     // Planes
 133     char planes[128];
 134     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 135
 136         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 137     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 138       {
 139         i->second = filename;
 140       }
 141     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 142       {
 143         boost::filesystem::path full_path(filename);
 144         std::string f = full_path.leaf();
 145         i->second = f;
 146       }
 147     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 148       {
 149         i->second = rows;
 150       }
 151     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 152       {
 153         i->second = cols;
 154       }
 155
 156     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 157       {
 158                 i->second = planes;
 159       }
 160           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 161       {
 162          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 163                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 164           }
 165
 166     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 167   }
 168   //=====================================================================
 169
 170 } // namespace creaImageIO