src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO{
   7   //=====================================================================
   8   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
   9                                        const std::string& name,
  10                                        const std::string& extensions)
  11     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  12   {
  13     if (name.size() == 0)
  14       {
  15                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  16                   //warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour
  17                   //if(test != "")
  18                   std::string emptyString("");
  19                   if(test != emptyString)
  20                   {
  21                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  22                   }
  23       }
  24     else
  25       {
  26         SetName ( name );
  27       }
  28     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  29                         <<std::endl);
  30
  31   }
  32   //=====================================================================
  33
  34   //=====================================================================
  35   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  36   {
  37
  38     mReader->Delete();
  39   }
  40   //=====================================================================
  41
  42   //=====================================================================
  43   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  44   {
  45
  46     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  47 /*        if(filename != "")
  48           {
  49                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  50           }
  51           else
  52           {
  53                   return false;
  54           }*/
  55   }
  56   //=====================================================================
  57   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  58                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  59    {
  60    }
  61   //=====================================================================
  62   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  63   {
  64     vtkImageData* im = 0;
  65     try
  66       {
  67         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  68         mReader->Update();
  69         im = vtkImageData::New();
  70         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  71       }
  72     catch (...)
  73       {
  74         if (im!=0) im->Delete();
  75         im = 0;
  76       }
  77     return im;
  78   }
  79   //=====================================================================
  80
  81   //=====================================================================
  82   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  83                                const std::string& delimiters,
  84                                std::vector<std::string>& tokens)
  85   {
  86     // Skip delimiters at beginning.
  87     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  88     // Find first delimiter.
  89     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  90
  91     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  92       {
  93         // Found a token, add it to the vector.
  94         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  95         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  96         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  97         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  98         // Find next delimiter
  99         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 100       }
 101
 102     }
 103   //=====================================================================
 104
 105   //=====================================================================
 106   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 107   {
 108     std::string ext = mExtensions;
 109     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 110
 111     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 112   }
 113   //=====================================================================
 114
 115
 116
 117   //=====================================================================
 118   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 119                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 120   {
 121     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 122     // Get image dimensions
 123     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 124     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 125     mReader->Update(); //OpenFile();
 126     int ext[6];
 127     mReader->GetDataExtent(ext);
 128     // Columns
 129     char cols[128];
 130     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 131     // Rows
 132     char rows[128];
 133     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 134     // Planes
 135     char planes[128];
 136     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 137
 138         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 139     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 140       {
 141         i->second = filename;
 142       }
 143     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 144       {
 145         boost::filesystem::path full_path(filename);
 146         std::string f = full_path.leaf();
 147         i->second = f;
 148       }
 149     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 150       {
 151         i->second = rows;
 152       }
 153     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 154       {
 155         i->second = cols;
 156       }
 157
 158     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 159       {
 160                 i->second = planes;
 161       }
 162           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 163       {
 164          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 165                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 166           }
 167
 168     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 169   }
 170   //=====================================================================
 171
 172 } // namespace creaImageIO