src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  30 #include <vtkImageReader2.h>
  31
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33 #if defined(_WIN32)
  34 #pragma warning(disable: 4996)
  35 #endif
  36
  37 namespace creaImageIO{
  38   //=====================================================================
  39   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  40                                        const std::string& name,
  41                                        const std::string& extensions)
  42     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  43   {
  44
  45         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  46         mReader->FileLowerLeftOn();
  47
  48     if (name.size() == 0)
  49       {
  50                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  51                   //warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour
  52                   //if(test != "")
  53                   std::string emptyString("");
  54                   if(test != emptyString)
  55                   {
  56                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  57                   }
  58       }
  59     else
  60       {
  61         SetName ( name );
  62       }
  63
  64
  65   }
  66   //=====================================================================
  67
  68   //=====================================================================
  69   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  70   {
  71
  72     mReader->Delete();
  73   }
  74   //=====================================================================
  75
  76   //=====================================================================
  77   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  78   {
  79
  80     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  81 /*        if(filename != "")
  82           {
  83                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  84           }
  85           else
  86           {
  87                   return false;
  88           }*/
  89   }
  90   //=====================================================================
  91   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  92                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  93    {
  94    }
  95   //=====================================================================
  96   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  97   {
  98     vtkImageData* im = 0;
  99     try
 100       {
 101
 102         mReader->SetFileName(filename.c_str());
 103         mReader->Update();
 104         im = vtkImageData::New();
 105         mReader->FileLowerLeftOff();
 106         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
 107 printf("EED VtkImageReader::ReadImage GetFileLowerLeft %d\n" , mReader->GetFileLowerLeft() );
 108       }
 109     catch (...)
 110       {
 111         if (im!=0) im->Delete();
 112         im = 0;
 113       }
 114     return im;
 115   }
 116   //=====================================================================
 117
 118   //=====================================================================
 119   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
 120                                const std::string& delimiters,
 121                                std::vector<std::string>& tokens)
 122   {
 123     // Skip delimiters at beginning.
 124     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
 125     // Find first delimiter.
 126     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 127
 128     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
 129       {
 130         // Found a token, add it to the vector.
 131         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
 132         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
 133         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
 134         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
 135         // Find next delimiter
 136         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 137       }
 138
 139     }
 140   //=====================================================================
 141
 142   //=====================================================================
 143   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 144   {
 145     std::string ext = mExtensions;
 146     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 147
 148     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 149   }
 150   //=====================================================================
 151
 152
 153
 154   //=====================================================================
 155   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 156                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 157   {
 158
 159     // Get image dimensions
 160     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 161     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 162     mReader->Update(); //OpenFile();
 163     int ext[6];
 164     mReader->GetDataExtent(ext);
 165     // Columns
 166     char cols[128];
 167     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 168     // Rows
 169     char rows[128];
 170     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 171     // Planes
 172     char planes[128];
 173     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 174
 175         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 176     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 177       {
 178         i->second = filename;
 179       }
 180     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 181       {
 182         boost::filesystem::path full_path(filename);
 183         std::string f = full_path.leaf().string();
 184         i->second = f;
 185       }
 186     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 187       {
 188         i->second = rows;
 189       }
 190     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 191       {
 192         i->second = cols;
 193       }
 194
 195     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 196       {
 197                 i->second = planes;
 198       }
 199           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 200       {
 201          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 202                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 203           }
 204
 205
 206   }
 207   //=====================================================================
 208
 209 } // namespace creaImageIO