src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  30 #include <vtkImageReader2.h>
  31
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33 #if defined(_WIN32)
  34 #pragma warning(disable: 4996)
  35 #endif
  36
  37 namespace creaImageIO{
  38   //=====================================================================
  39   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  40                                        const std::string& name,
  41                                        const std::string& extensions)
  42     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  43   {
  44
  45         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  46         mReader->FileLowerLeftOff();
  47
  48     if (name.size() == 0)
  49       {
  50                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  51                   //warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour
  52                   //if(test != "")
  53                   std::string emptyString("");
  54                   if(test != emptyString)
  55                   {
  56                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  57                   }
  58       }
  59     else
  60       {
  61         SetName ( name );
  62       }
  63
  64
  65   }
  66   //=====================================================================
  67
  68   //=====================================================================
  69   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  70   {
  71
  72     mReader->Delete();
  73   }
  74   //=====================================================================
  75
  76   //=====================================================================
  77   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  78   {
  79
  80     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  81 /*        if(filename != "")
  82           {
  83                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  84           }
  85           else
  86           {
  87                   return false;
  88           }*/
  89   }
  90   //=====================================================================
  91   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  92                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  93    {
  94    }
  95   //=====================================================================
  96   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  97   {
  98     vtkImageData* im = 0;
  99     try
 100       {
 101         printf("EED VtkImageReader::ReadImage  Name:%s\n", GetName().c_str() );
 102         mReader->SetFileName( filename.c_str() );
 103         mReader->Update();
 104         im = vtkImageData::New();
 105
 106         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
 107
 108
 109 printf("EED ......\n");
 110 printf("EED ......\n");
 111 printf("EED VtkImageReader::ReadImage line 108   Missing FlipImage for JPEG, PNG, etc\n");
 112 printf("EED ......\n");
 113 printf("EED ......\n");
 114 /*
 115         im=FlipImageY(im);
 116
 117         if ( (GetName()=="JPEG") || (GetName()=="PNG") )
 118         {
 119
 120                 im->Update();
 121                 int inputdims[3];
 122                 im->GetDimensions (inputdims);
 123
 124                 int nbScalComp  = im->GetNumberOfScalarComponents();
 125                 int scalarSize  = im->GetScalarSize();
 126                 int lineSize    = inputdims[0]*scalarSize*nbScalComp;
 127                 int planeSize   = inputdims[1]*lineSize;
 128                 int volumeSize  = inputdims[2]*planeSize;
 129                 char *pixelsIn  = (char *)im->GetScalarPointer();
 130                 char *pixelsOut = (char *)mImageOut->GetScalarPointer();
 131
 132                 char *lineIn;
 133                 char *lineOut;
 134                 char *debPlanIn;
 135                 char *debPlanOut;
 136                 int i,j,k;
 137
 138                 for(k=0; k<inputdims[2]; k++)  // iterate  planes
 139                         {
 140                                 debPlanIn       = pixelsIn+k*planeSize;
 141                                 debPlanOut      = pixelsOut+k*planeSize;
 142                                 for(j=0; j<inputdims[1]; j++)  // iterates  rows
 143                                 {
 144                                         lineIn = debPlanIn+j*lineSize;
 145                                         lineOut = debPlanOut+(inputdims[1]-1-j)*lineSize;
 146                                         memcpy(lineOut,  lineIn, lineSize);
 147                                 }       // for j
 148                         } // for k
 149         } // FLIP : JPEG PNG
 150 */
 151       }
 152     catch (...)
 153       {
 154         if (im!=0) im->Delete();
 155         im = 0;
 156       }
 157     return im;
 158   }
 159   //=====================================================================
 160
 161   //=====================================================================
 162   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
 163                                const std::string& delimiters,
 164                                std::vector<std::string>& tokens)
 165   {
 166     // Skip delimiters at beginning.
 167     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
 168     // Find first delimiter.
 169     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 170
 171     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
 172       {
 173         // Found a token, add it to the vector.
 174         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
 175         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
 176         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
 177         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
 178         // Find next delimiter
 179         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 180       }
 181
 182     }
 183   //=====================================================================
 184
 185   //=====================================================================
 186   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 187   {
 188     std::string ext = mExtensions;
 189     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 190
 191     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 192   }
 193   //=====================================================================
 194
 195
 196
 197   //=====================================================================
 198   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 199                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 200   {
 201
 202     // Get image dimensions
 203     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 204     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 205     mReader->Update(); //OpenFile();
 206     int ext[6];
 207     mReader->GetDataExtent(ext);
 208     // Columns
 209     char cols[128];
 210     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 211     // Rows
 212     char rows[128];
 213     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 214     // Planes
 215     char planes[128];
 216     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 217
 218         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 219     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 220       {
 221         i->second = filename;
 222       }
 223     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 224       {
 225         boost::filesystem::path full_path(filename);
 226         std::string f = full_path.leaf().string();
 227         i->second = f;
 228       }
 229     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 230       {
 231         i->second = rows;
 232       }
 233     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 234       {
 235         i->second = cols;
 236       }
 237
 238     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 239       {
 240                 i->second = planes;
 241       }
 242           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 243       {
 244          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 245                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 246           }
 247
 248
 249   }
 250   //=====================================================================
 251
 252 } // namespace creaImageIO