src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO{
   7   //=====================================================================
   8   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
   9                                        const std::string& name,
  10                                        const std::string& extensions)
  11     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  12   {
  13
  14         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  15         mReader->FileLowerLeftOn();
  16
  17     if (name.size() == 0)
  18       {
  19                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  20                   //warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour
  21                   //if(test != "")
  22                   std::string emptyString("");
  23                   if(test != emptyString)
  24                   {
  25                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  26                   }
  27       }
  28     else
  29       {
  30         SetName ( name );
  31       }
  32     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  33                         <<std::endl);
  34
  35   }
  36   //=====================================================================
  37
  38   //=====================================================================
  39   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  40   {
  41
  42     mReader->Delete();
  43   }
  44   //=====================================================================
  45
  46   //=====================================================================
  47   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  48   {
  49
  50     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  51 /*        if(filename != "")
  52           {
  53                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  54           }
  55           else
  56           {
  57                   return false;
  58           }*/
  59   }
  60   //=====================================================================
  61   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  62                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  63    {
  64    }
  65   //=====================================================================
  66   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  67   {
  68     vtkImageData* im = 0;
  69     try
  70       {
  71         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  72         mReader->Update();
  73         im = vtkImageData::New();
  74         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  75       }
  76     catch (...)
  77       {
  78         if (im!=0) im->Delete();
  79         im = 0;
  80       }
  81     return im;
  82   }
  83   //=====================================================================
  84
  85   //=====================================================================
  86   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  87                                const std::string& delimiters,
  88                                std::vector<std::string>& tokens)
  89   {
  90     // Skip delimiters at beginning.
  91     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  92     // Find first delimiter.
  93     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  94
  95     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  96       {
  97         // Found a token, add it to the vector.
  98         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  99         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
 100         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
 101         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
 102         // Find next delimiter
 103         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 104       }
 105
 106     }
 107   //=====================================================================
 108
 109   //=====================================================================
 110   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 111   {
 112     std::string ext = mExtensions;
 113     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 114
 115     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 116   }
 117   //=====================================================================
 118
 119
 120
 121   //=====================================================================
 122   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 123                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 124   {
 125     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 126     // Get image dimensions
 127     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 128     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 129     mReader->Update(); //OpenFile();
 130     int ext[6];
 131     mReader->GetDataExtent(ext);
 132     // Columns
 133     char cols[128];
 134     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 135     // Rows
 136     char rows[128];
 137     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 138     // Planes
 139     char planes[128];
 140     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 141
 142         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 143     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 144       {
 145         i->second = filename;
 146       }
 147     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 148       {
 149         boost::filesystem::path full_path(filename);
 150         std::string f = full_path.leaf();
 151         i->second = f;
 152       }
 153     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 154       {
 155         i->second = rows;
 156       }
 157     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 158       {
 159         i->second = cols;
 160       }
 161
 162     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 163       {
 164                 i->second = planes;
 165       }
 166           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 167       {
 168          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 169                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 170           }
 171
 172     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 173   }
 174   //=====================================================================
 175
 176 } // namespace creaImageIO