src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  30 #include <vtkImageReader2.h>
  31 #include <creaImageIOSystem.h>
  32 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  33
  34 namespace creaImageIO{
  35   //=====================================================================
  36   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  37                                        const std::string& name,
  38                                        const std::string& extensions)
  39     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  40   {
  41
  42         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  43         mReader->FileLowerLeftOn();
  44
  45     if (name.size() == 0)
  46       {
  47                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  48                   //warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour
  49                   //if(test != "")
  50                   std::string emptyString("");
  51                   if(test != emptyString)
  52                   {
  53                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  54                   }
  55       }
  56     else
  57       {
  58         SetName ( name );
  59       }
  60     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  61                         <<std::endl);
  62
  63   }
  64   //=====================================================================
  65
  66   //=====================================================================
  67   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  68   {
  69
  70     mReader->Delete();
  71   }
  72   //=====================================================================
  73
  74   //=====================================================================
  75   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  76   {
  77
  78     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  79 /*        if(filename != "")
  80           {
  81                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  82           }
  83           else
  84           {
  85                   return false;
  86           }*/
  87   }
  88   //=====================================================================
  89   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  90                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  91    {
  92    }
  93   //=====================================================================
  94   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  95   {
  96     vtkImageData* im = 0;
  97     try
  98       {
  99         mReader->SetFileName(filename.c_str());
 100         mReader->Update();
 101         im = vtkImageData::New();
 102         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
 103       }
 104     catch (...)
 105       {
 106         if (im!=0) im->Delete();
 107         im = 0;
 108       }
 109     return im;
 110   }
 111   //=====================================================================
 112
 113   //=====================================================================
 114   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
 115                                const std::string& delimiters,
 116                                std::vector<std::string>& tokens)
 117   {
 118     // Skip delimiters at beginning.
 119     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
 120     // Find first delimiter.
 121     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 122
 123     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
 124       {
 125         // Found a token, add it to the vector.
 126         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
 127         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
 128         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
 129         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
 130         // Find next delimiter
 131         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 132       }
 133
 134     }
 135   //=====================================================================
 136
 137   //=====================================================================
 138   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 139   {
 140     std::string ext = mExtensions;
 141     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 142
 143     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 144   }
 145   //=====================================================================
 146
 147
 148
 149   //=====================================================================
 150   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 151                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 152   {
 153     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 154     // Get image dimensions
 155     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 156     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 157     mReader->Update(); //OpenFile();
 158     int ext[6];
 159     mReader->GetDataExtent(ext);
 160     // Columns
 161     char cols[128];
 162     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 163     // Rows
 164     char rows[128];
 165     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 166     // Planes
 167     char planes[128];
 168     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 169
 170         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 171     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 172       {
 173         i->second = filename;
 174       }
 175     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 176       {
 177         boost::filesystem::path full_path(filename);
 178         std::string f = full_path.leaf().string();
 179         i->second = f;
 180       }
 181     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 182       {
 183         i->second = rows;
 184       }
 185     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 186       {
 187         i->second = cols;
 188       }
 189
 190     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 191       {
 192                 i->second = planes;
 193       }
 194           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 195       {
 196          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 197                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 198           }
 199
 200     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 201   }
 202   //=====================================================================
 203
 204 } // namespace creaImageIO