src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9
  10 namespace creaImageIO
  11 {
  12
  13   //=====================================================================
  14   DicomImageReader::DicomImageReader()
  15   {
  16     mReader = vtkGdcmReader::New();
  17     SetName ( "Dicom" );
  18   };
  19   //=====================================================================
  20
  21   //=====================================================================
  22   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  23   {
  24     mReader->Delete();
  25   }
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  30   {
  31     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  32     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  33     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  34     file->SetFileName(filename.c_str());
  35     file->Load();
  36     bool ok = file->IsReadable();
  37         if(!ok)
  38         {
  39                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  40                 ok = doc->IsReadable();
  41         }
  42     file->Delete();
  43     return ok;
  44   }
  45   //=====================================================================
  46
  47   //=====================================================================
  48   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  49   {
  50     vtkImageData* im = 0;
  51     try
  52       {
  53         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  54         mReader->Update();
  55         im = vtkImageData::New();
  56         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  57       }
  58     catch (...)
  59       {
  60         if (im!=0) im->Delete();
  61           im = 0;
  62       }
  63     return im;
  64   }
  65
  66   //=====================================================================
  67   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  68   {
  69     v.push_back("dcm");
  70     v.push_back("");
  71   }
  72   //=====================================================================
  73
  74   //========================================================================
  75   std::string irclean(const std::string& str)
  76   {
  77           if(str.size() > 0)
  78           {
  79                 if (str == "GDCM::Unfound")
  80                   {
  81                 return "";
  82                   }
  83                 if (str[str.size()-1]==' ')
  84                   {
  85                 return str.substr(0,str.size()-1);
  86                   }
  87                 if (str[str.size()-1]==0)
  88                   {
  89                 return str.substr(0,str.size()-1);
  90                   }
  91           }
  92
  93     return str;
  94   }
  95   //========================================================================
  96
  97   //=====================================================================
  98   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
  99                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 100   {
 101     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 102                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 103
 104     //GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 105         boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New(), DicomImageReader::deleter());
 106
 107     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 108     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 109     doc->SetFileName(filename.c_str());
 110     doc->Load();
 111     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 112     file->SetFileName(filename.c_str());
 113     file->Load();
 114     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 115       {
 116         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 117         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 118           {
 119             if ( i->first == "D0004_1500" )
 120               {
 121                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 122                 std::string f = full_path.leaf();
 123                 i->second = f;
 124               }
 125             else if ( i->first == "FullFileName" )
 126               {
 127                 i->second = filename;
 128               }
 129                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 130               {
 131                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 132                           //find first separator
 133                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 134               }
 135             else
 136               {
 137                 uint16_t el;
 138                 uint16_t gr;
 139
 140                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 141                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 142                   {
 143                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 144                     i->second = irclean(val);
 145                   }
 146               }
 147           }
 148       }
 149   }
 150
 151   //=====================================================================
 152
 153 } // namespace creaImageIO
 154