src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9 #include <creaImageIOGimmick.h>
  10 #ifdef _DEBUG
  11 #define new DEBUG_NEW
  12 #endif
  13 namespace creaImageIO
  14 {
  15
  16   //=====================================================================
  17   DicomImageReader::DicomImageReader()
  18   {
  19     mReader = vtkGdcmReader::New();
  20     SetName ( "Dicom" );
  21   };
  22   //=====================================================================
  23
  24   //=====================================================================
  25   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  26   {
  27     mReader->Delete();
  28   }
  29   //=====================================================================
  30
  31   //=====================================================================
  32   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  33   {
  34     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  35     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  36     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  37     file->SetFileName(filename.c_str());
  38     file->Load();
  39     bool ok = file->IsReadable();
  40         if(!ok)
  41         {
  42                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  43                 ok = doc->IsReadable();
  44         }
  45     file->Delete();
  46     return ok;
  47   }
  48   //=====================================================================
  49
  50   //=====================================================================
  51   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  52   {
  53     vtkImageData* im = 0;
  54     try
  55       {
  56         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  57         mReader->Update();
  58         im = vtkImageData::New();
  59         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  60       }
  61     catch (...)
  62       {
  63         if (im!=0) im->Delete();
  64           im = 0;
  65       }
  66     return im;
  67   }
  68
  69   //=====================================================================
  70   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  71   {
  72     v.push_back("dcm");
  73     v.push_back("");
  74   }
  75   //=====================================================================
  76
  77   //========================================================================
  78   std::string irclean(const std::string& str)
  79   {
  80           if(str.size() > 0)
  81           {
  82                 if (str == "GDCM::Unfound")
  83                   {
  84                 return "";
  85                   }
  86                 if (str[str.size()-1]==' ')
  87                   {
  88                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  89                   }
  90                 if (str[str.size()-1]==0)
  91                   {
  92                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  93                   }
  94           }
  95
  96     return str;
  97   }
  98   //========================================================================
  99
 100   //=====================================================================
 101   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 102                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 103   {
 104     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 105                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 106
 107     //GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 108         boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New(), DicomImageReader::deleter());
 109
 110     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 111     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 112     doc->SetFileName(filename.c_str());
 113     doc->Load();
 114     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 115     file->SetFileName(filename.c_str());
 116     file->Load();
 117     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 118       {
 119         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 120         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 121           {
 122             if ( i->first == "D0004_1500" )
 123               {
 124                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 125                 std::string f = full_path.leaf();
 126                 i->second = f;
 127               }
 128             else if ( i->first == "FullFileName" )
 129               {
 130                 i->second = filename;
 131               }
 132                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 133               {
 134                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 135                           //find first separator
 136                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 137               }
 138             else
 139               {
 140                 uint16_t el;
 141                 uint16_t gr;
 142
 143                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 144                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 145                   {
 146                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 147                     i->second = irclean(val);
 148                   }
 149               }
 150           }
 151       }
 152   }
 153
 154   //=====================================================================
 155
 156 } // namespace creaImageIO
 157