src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9 #include <creaImageIOGimmick.h>
  10 #ifdef _DEBUG
  11 #define new DEBUG_NEW
  12 #endif
  13 namespace creaImageIO
  14 {
  15
  16   //=====================================================================
  17   DicomImageReader::DicomImageReader()
  18   {
  19     mReader = vtkGdcmReader::New();
  20 //EED   mReader->SetFlipY(false);
  21     SetName ( "Dicom" );
  22   };
  23   //=====================================================================
  24
  25   //=====================================================================
  26   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  27   {
  28     mReader->Delete();
  29   }
  30   //=====================================================================
  31
  32   //=====================================================================
  33   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  34   {
  35     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  36     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  37     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  38     file->SetFileName(filename.c_str());
  39     file->Load();
  40     bool ok = file->IsReadable();
  41         if(!ok)
  42         {
  43                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  44                 ok = doc->IsReadable();
  45         }
  46     file->Delete();
  47     return ok;
  48   }
  49   //=====================================================================
  50
  51   //=====================================================================
  52   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  53   {
  54     vtkImageData* im = 0;
  55     try
  56       {
  57         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  58         mReader->Update();
  59         im = vtkImageData::New();
  60         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  61       }
  62     catch (...)
  63       {
  64         if (im!=0) im->Delete();
  65           im = 0;
  66       }
  67     return im;
  68   }
  69
  70   //=====================================================================
  71   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  72   {
  73     v.push_back("dcm");
  74     v.push_back("");
  75   }
  76   //=====================================================================
  77
  78   //========================================================================
  79   std::string irclean(const std::string& str)
  80   {
  81           if(str.size() > 0)
  82           {
  83                 if (str == "GDCM::Unfound")
  84                   {
  85                 return "";
  86                   }
  87                 if (str[str.size()-1]==' ')
  88                   {
  89                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  90                   }
  91                 if (str[str.size()-1]==0)
  92                   {
  93                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  94                   }
  95           }
  96
  97     return str;
  98   }
  99   //========================================================================
 100
 101   //=====================================================================
 102   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 103                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 104   {
 105     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 106                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 107
 108     //GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 109         boost::shared_ptr<GDCM_NAME_SPACE::File> file(GDCM_NAME_SPACE::File::New(), DicomImageReader::deleter());
 110
 111     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 112     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 113     doc->SetFileName(filename.c_str());
 114     doc->Load();
 115     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 116     file->SetFileName(filename.c_str());
 117     file->Load();
 118     if (file->IsReadable())// ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 119       {
 120         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 121         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 122           {
 123             if ( i->first == "D0004_1500" )
 124               {
 125                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 126                 std::string f = full_path.leaf();
 127                 i->second = f;
 128               }
 129             else if ( i->first == "FullFileName" )
 130               {
 131                 i->second = filename;
 132               }
 133                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 134               {
 135                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 136                           //find first separator
 137                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 138               }
 139             else
 140               {
 141                 uint16_t el;
 142                 uint16_t gr;
 143
 144                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 145                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 146                   {
 147                     std::string val =  file->GetEntryString(gr,el);
 148                     i->second = irclean(val);
 149                   }
 150               }
 151           }
 152       }
 153   }
 154
 155   //=====================================================================
 156
 157 } // namespace creaImageIO
 158