src2/creaImageIODicomImageReader2.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
   2
   3
   4
   5 #include <creaImageIOSystem.h>
   6 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   7
   8 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   9 #include <vtkStringArray.h>
  10 #include <creaImageIOGimmick.h>
  11 #ifdef _DEBUG
  12 #define new DEBUG_NEW
  13 #endif
  14 namespace creaImageIO
  15 {
  16
  17   //=====================================================================
  18   DicomImageReader::DicomImageReader()
  19   {
  20           mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  21     SetName ( "Dicom" );
  22
  23   };
  24   //=====================================================================
  25
  26   //=====================================================================
  27   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  28   {
  29           mReader->Delete();
  30   }
  31   //=====================================================================
  32
  33   //=====================================================================
  34   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  35   {
  36           gdcm::Reader reader;
  37       reader.SetFileName( filename.c_str() );
  38       return  reader.Read();
  39
  40   }
  41   //=====================================================================
  42
  43   //=====================================================================
  44   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  45   {
  46     vtkImageData* im = 0;
  47     try
  48       {
  49         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  50         mReader->Update();
  51         im = vtkImageData::New();
  52         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  53       }
  54     catch (...)
  55       {
  56         if (im!=0) im->Delete();
  57           im = 0;
  58       }
  59     return im;
  60   }
  61
  62   //=====================================================================
  63   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  64   {
  65     v.push_back("dcm");
  66     v.push_back("");
  67   }
  68   //=====================================================================
  69
  70   //========================================================================
  71   std::string irclean(const std::string& str)
  72   {
  73           if(str.size() > 0)
  74           {
  75                 if (str == "GDCM::Unfound")
  76                   {
  77                 return "";
  78                   }
  79                 if (str[str.size()-1]==' ')
  80                   {
  81                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  82                   }
  83                 if (str[str.size()-1]==0)
  84                   {
  85                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  86                   }
  87           }
  88
  89     return str;
  90   }
  91   //========================================================================
  92
  93   //=====================================================================
  94   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
  95                       std::map<std::string,std::string>& attr)
  96   {
  97     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
  98                    <<filename<<"'"<<std::endl);
  99
 100
 101          gdcm::Reader reader;
 102       reader.SetFileName( filename.c_str() );
 103           if (reader.Read())
 104       {
 105         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 106         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 107           {
 108             if ( i->first == "D0004_1500" )
 109               {
 110                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 111                 std::string f = full_path.leaf();
 112                 i->second = f;
 113               }
 114             else if ( i->first == "FullFileName" )
 115               {
 116                 i->second = filename;
 117               }
 118                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 119               {
 120                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 121                           //find first separator
 122                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 123               }
 124             else
 125               {
 126                 uint16_t el;
 127                 uint16_t gr;
 128
 129                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 130                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 131                   {
 132                            gdcm::DataElement de( gdcm::Tag(gr,el) );
 133                            std::string val = GetStringValueFromTag(reader.GetFile().GetHeader().GetDataElement(gdcm::Tag(gr,el)));
 134                     i->second = irclean(val);
 135                   }
 136               }
 137           }
 138       }
 139   }
 140
 141   const std::string DicomImageReader::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 142 {
 143   static std::string buffer;
 144   buffer = "";  // cleanup previous call
 145
 146
 147     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 148     if( bv ) // Can be Type 2
 149       {
 150       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 151       // Will be padded with at least one \0
 152       }
 153
 154
 155   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 156   return buffer.c_str();
 157 }
 158   //=====================================================================
 159
 160 } // namespace creaImageIO
 161