src2/creaImageIOGimmickView.cpp

   1 #include <creaImageIOGimmickView.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3 #include "boost/filesystem.hpp"
   4 #include <gdcmGlobal.h>
   5 #include <gdcmSerieHelper.h>
   6 #include <vtkGdcmReader.h>
   7 namespace fs = boost::filesystem;
   8 namespace creaImageIO
   9 {
  10
  11         ///Class used to represent the actual state of the image selected and to perform comparisons on its values
  12   class ImageExtent
  13   {
  14   public:
  15     ImageExtent(const std::string& x, const std::string& y, const std::string& z, const std::string& t)
  16         {
  17                  sscanf(x.c_str(),"%d",&mExtent[0]);
  18                  sscanf(y.c_str(),"%d",&mExtent[1]);
  19                  sscanf(z.c_str(),"%d",&mExtent[2]);
  20                  sscanf(t.c_str(),"%d",&mExtent[3]);
  21                  if(x==""){mExtent[0]=1;}
  22              if(y==""){mExtent[1]=1;}
  23              if(z==""){mExtent[2]=1;}
  24                  if(t==""){mExtent[3]=1;}
  25
  26                  if (mExtent[3]>1) mDim=4;
  27                  else if (mExtent[2]>1) mDim=3;
  28              else if (mExtent[1]>1) mDim=2;
  29              else if (mExtent[0]>1) mDim=1;
  30                  else mDim=0;
  31         }
  32
  33
  34         ///Clears the extent
  35     void Clear() { mExtent[0] = mExtent[1] = mExtent[2] = mExtent[3] = 1; }
  36
  37         ///Returns true if the two extents are compatible
  38     bool IsCompatible( const ImageExtent& );
  39
  40         ///Adds the extent passed as a parameter to the current extent
  41     void Add ( const ImageExtent& );
  42
  43         ///Returns the ieth position of the extent
  44     int Get(int i) { return mExtent[i]; }
  45
  46         ///Returns the dimension of the current image
  47     void SetDimension(int dim) { mDim=dim; }
  48
  49         ///Returns the dimension of the current image
  50     int GetDimension() { return mDim; }
  51
  52   private:
  53     int mExtent[4];
  54     int mDim;
  55   };
  56
  57   //======================================================================
  58
  59   //======================================================================
  60   // CTor
  61   GimmickView::GimmickView(boost::shared_ptr<Gimmick> gimmick, int threads)
  62     : mGimmick(gimmick),
  63           mReader(threads)
  64   {
  65     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::GimmickView"
  66                         <<std::endl);
  67         // Anciently started the threads ...
  68     // Threads now automatically start at first image request
  69     //mReader.Start();
  70
  71   }
  72   //======================================================================
  73
  74   //======================================================================
  75   /// Destructor
  76   GimmickView::~GimmickView()
  77   {
  78     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::~GimmickView"
  79                         <<std::endl);
  80   }
  81    //======================================================================
  82
  83   //======================================================================
  84   /// Initializes the view :
  85   /// Creates the TreeViews for all the TreeHandler of the Controller
  86   ///
  87   void GimmickView::Initialize()
  88   {
  89         mReaderStarted=false;
  90   }
  91   //======================================================================
  92
  93   //======================================================================
  94   /// Finalize
  95   void GimmickView::Finalize()
  96   {
  97   }
  98
  99   //======================================================================
 100
 101   //======================================================================
 102   /// Create the tree views
 103   void GimmickView::CreateTreeViews()
 104   {
 105     GimmickMessage(2,"Creating the tree views"<<std::endl);
 106     Gimmick::TreeHandlerMapType::const_iterator i;
 107     for (i = mGimmick->GetTreeHandlerMap().begin();
 108          i!= mGimmick->GetTreeHandlerMap().end();
 109          ++i)
 110       {
 111         this->CreateTreeView(i->second);
 112       }
 113   }
 114
 115   /// Create a tree view with a given name
 116   void GimmickView::CreateSingleTreeView(std::string &i_name)
 117   {
 118         this->CreateTreeView(mGimmick->GetTreeHandlerMap()[i_name]);
 119
 120   }
 121
 122
 123   //======================================================================
 124
 125   //======================================================================
 126   /// Updates the TreeView of given name from level l to bottom
 127   /// (calls the virtual method TreeView::Update())
 128   void GimmickView::UpdateTreeViewLevel(const std::string& t, int l)
 129   {
 130     TreeViewMapType::iterator i;
 131     i = GetTreeViewMap().find(t);
 132     if ( i == GetTreeViewMap().end() )
 133       {
 134         GimmickError("INTERNAL ERROR : GimmickView::UpdateTreeView : '"
 135                      <<t<<"' is not in TreeViewMap");
 136       }
 137     i->second->UpdateLevel(l);
 138   }
 139
 140   //======================================================================
 141   /// Clears the status and begins a new selection process
 142   void GimmickView::ResetExtent()
 143   {
 144           if(mImageExtent!=0)
 145           {
 146                   mImageExtent.reset();
 147           }
 148           valid=true;
 149   }
 150
 151   //======================================================================
 152
 153   //======================================================================
 154   bool ImageExtent::IsCompatible(const ImageExtent& ie)
 155   {
 156           bool compatible=true;
 157           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 158           if((*extent).Get(0)!=Get(0)
 159                  || (*extent).Get(1)!=Get(1))
 160           {
 161                   compatible=false;
 162           }
 163           return compatible;
 164   }
 165
 166   //======================================================================
 167
 168   //======================================================================
 169   void ImageExtent::Add(const ImageExtent& ie)
 170   {
 171           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 172           mExtent[2]+=(*extent).Get(2);
 173           if(mExtent[2]>1)
 174           {
 175           SetDimension(3);
 176           }
 177   }
 178
 179   //======================================================================
 180   /// No selected image
 181   bool GimmickView::NoValidateSelected ()
 182   {
 183         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 184         std::string mMessage;
 185         mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 186         valid=false;
 187         modifyValidationSignal(valid);
 188         SetMessage(mMessage);
 189         return valid;
 190   }
 191
 192   //======================================================================
 193   ///Validates the dimension compliance of the images with the maximum and
 194   ///minimum given, and between their sizes
 195   bool GimmickView::ValidateSelected (tree::Node* sel, int min_dim, int max_dim)
 196   {
 197         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 198         std::string mMessage;
 199
 200         if(sel==0)
 201         {
 202                 mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 203                 valid=false;
 204         }
 205         else
 206         {
 207                 boost::shared_ptr<ImageExtent> ie=boost::shared_ptr<ImageExtent>(new ImageExtent((*sel).GetAttribute("D0028_0010"),
 208                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0011"),
 209                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0012"),
 210                                                                         ""));
 211         if(mImageExtent==0)
 212         {
 213                 mImageExtent=ie;
 214                 if((mImageExtent->Get(min_dim-1)<2)||(mImageExtent->Get(max_dim)>1))
 215                 {
 216                         valid=false;
 217                 }
 218                 else
 219                 {
 220                         std::stringstream out;
 221                         out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 222                         mMessage = out.str();
 223                         mImageExtent->SetDimension(2);
 224                         valid=true;
 225                 }
 226         }
 227         else
 228         {
 229                 if(mImageExtent->IsCompatible(*ie))
 230                 {
 231                         if(mImageExtent->GetDimension()==max_dim && mImageExtent->Get(max_dim)>2)
 232                         {
 233                                 std::stringstream out;
 234                                 out<<"Cannot add this image to selection : would result in a "<<mImageExtent->GetDimension()+1<<"D image!";
 235                                 mMessage=out.str();
 236                                 valid=false;
 237                         }
 238                         else if(max_dim<3)
 239                         {
 240                                 std::stringstream out;
 241                                 out<<"Selecting "<<mImageExtent->GetDimension()<<"D images is not allowed !";
 242                                 mMessage=out.str();
 243                                 valid=false;
 244                         }
 245                         else if(min_dim==3 && (ie->Get(2)+mImageExtent->Get(2))<2)
 246                         {
 247                                 std::stringstream out;
 248                                 out << "Cannot build the selection as it would result in a ";
 249                                 out << mImageExtent->GetDimension();
 250                                 out << "D image, and the minimum is ";
 251                                 out << min_dim;
 252                                 out << "D!";
 253                                 mMessage=out.str();
 254                                 valid=false;
 255                         }
 256                         else
 257                         {
 258                                 mImageExtent->Add(*ie);
 259                                 std::stringstream out;
 260                                 out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 261                                 mMessage = out.str();
 262                         }
 263                 }
 264                 else
 265                 {
 266                         mMessage="The selected images are not compatible.";
 267                         valid=false;
 268                 }
 269           }
 270         }
 271
 272         modifyValidationSignal(valid);
 273         SetMessage(mMessage);
 274         return valid;
 275   }
 276
 277   //======================================================================
 278   void GimmickView::modifyValidationSignal(bool ivalid)
 279   {
 280           mValidationSignal(ivalid);
 281   }
 282
 283    //======================================================================
 284   ///Reads Images (Non Threaded)
 285 void GimmickView::ReadImagesNotThreaded(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 286 {
 287         mReader.Stop();
 288 /* remember!
 289
 290 #define GIMMICK_NO_IMAGE_SELECTION 0
 291 #define GIMMICK_2D_IMAGE_SELECTION 2
 292 #define GIMMICK_3D_IMAGE_SELECTION 3
 293 #define GIMMICK_4D_IMAGE_SELECTION 4
 294
 295 #define NATIVE 0
 296 #define _2D    2
 297 #define _3D    3
 298
 299 */
 300         // Create the output data
 301         if (im.size()==1)
 302         {
 303                 vtkImageData * out=vtkImageData::New();
 304                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 305                 s.push_back(out);
 306         }
 307     else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 308         {
 309                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 310                 if (dimension == 2)
 311                 {
 312                  // n3D
 313                     std::vector<std::string>::iterator it;
 314                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 315                         {
 316                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 317                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 318                                 s.push_back(out);
 319                         }
 320                 }
 321                 else
 322                 {
 323                         // n*2D to 3D
 324                         vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 325 //                      out->CopyStructure(first);
 326                         out->SetScalarType(first->GetScalarType());
 327                         out->SetNumberOfScalarComponents(first->GetNumberOfScalarComponents());
 328                         int ext[6];
 329                         //first->GetExtent(ext);  // JPR
 330                         first->GetWholeExtent(ext);  // renvoie egalement 0,0 en Z // JPR
 331
 332                         if(ext[5] == 0)
 333                         {
 334                                 ext[5] = im.size()-1;
 335                         }
 336                         else
 337                         {
 338                                 ext[5] = ext[5] * im.size()-1; // to deal with multiframes - JPR
 339                         }
 340                         out->SetExtent(ext);
 341
 342                         // LG : TODO : Z Spacing  ?
 343
 344                         int dim[3];
 345                         first->GetDimensions(dim);
 346
 347                         out->SetDimensions(dim[0], dim[1], im.size() );
 348                         out->AllocateScalars();
 349                         out->Update();
 350
 351                         unsigned long imsize = dim[0] * dim[1];
 352                         imsize = imsize * dim[2] ;  // deal with multiframes // JPR
 353
 354
 355 //EED 03-11-2009
 356                         // differents formats char , short, etc...
 357                         // differents components 1..3  ex. jpg ->RGB 3
 358                         imsize = imsize * first->GetScalarSize() * first->GetNumberOfScalarComponents();
 359
 360
 361                         // Order the file name vector
 362
 363                         double spc[3];
 364                         first->GetSpacing(spc);
 365                         spc[2]=OrderTheFileNameVector(im);
 366                         out->SetSpacing(spc);
 367                         int slice = 0;
 368                         std::vector<std::string>::iterator it;
 369
 370                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 371                         {
 372                                 vtkImageData* cur = mReader.GetImage( (*it) );
 373                                 memcpy(out->GetScalarPointer(0,0,slice), cur->GetScalarPointer(0,0,0), imsize);
 374                                 slice++;
 375                         }
 376                         s.push_back(out);
 377
 378                 }  // dimension == 3
 379
 380         }  // size >1
 381
 382 }
 383   //======================================================================
 384
 385
 386 double GimmickView::OrderTheFileNameVector(std::vector<std::string> &im)
 387 {
 388         double spacing=1;
 389         typedef std::vector<GDCM_NAME_SPACE::File* > FileList;
 390         FileList fileVector;
 391         //GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 392         GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 393         std::vector<std::string> lstAux;
 394         std::vector<std::string>::iterator it;
 395         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 396         {
 397                 ///\TODO liberer les GDCM_NAME_SPACE::File a la fin!  // JPR
 398                 GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 399                 f->SetFileName(*it);
 400                 f->Load();
 401                 if (f->IsReadable())
 402                 {
 403                         fileVector.push_back(f);
 404                 } else {
 405                         lstAux.push_back(*it);
 406                 }
 407         } // for
 408
 409
 410         if ((fileVector.size()>1) && (sh->IsCoherent( &fileVector )))
 411         {
 412                         sh->OrderFileList(&fileVector);
 413                         spacing= sh->GetZSpacing();
 414                         im.clear();
 415                         int i;
 416                         for (i=0; i<fileVector.size(); i++)
 417                         {
 418                                 im.push_back( (fileVector[i])->GetFileName() );
 419                         }
 420                         for (i=0; i<lstAux.size(); i++)
 421                         {
 422                                 im.push_back( lstAux[i] );
 423                         }
 424         }else {
 425                 std::sort( im.begin(), im.end() );
 426         }
 427
 428    return spacing;
 429 }
 430
 431
 432 //======================================================================
 433
 434
 435 void GimmickView::ReadImagesNotThreadedInVector(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 436 {
 437         // Create the output data
 438         if (im.size()==1)
 439         {
 440                 // Only one image : give it
 441                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 442                 GimmickDebugMessage(3, "State Check: Full Filename: "
 443                                                 <<im.front()
 444                                                 <<std::endl);
 445                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 446                 s.push_back( out );
 447         }
 448         else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 449         {
 450                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 451                 if (dimension == 2)
 452                 {
 453                  // n3D
 454                   std::vector<std::string>::iterator it;
 455                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 456                         {
 457                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 458                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 459                                 s.push_back(out);
 460                         }
 461                 }
 462                 else
 463                 {
 464                         // n2D to 3D // NO!
 465                         // n *2D + T in a vector :
 466
 467                         std::vector<std::string>::iterator it;
 468                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 469                         {
 470                                 vtkImageData* out = mReader.GetImage( (*it));
 471                                 s.push_back(out);
 472                         }
 473                 }
 474         }
 475 }
 476   //======================================================================
 477
 478   //======================================================================
 479   ///Requests the reading of an image
 480   void GimmickView::RequestReading(tree::Node* n,
 481           int prio, int selection_index, boost::shared_ptr<ImagePointerHolder> p)
 482   {
 483           if(!mReaderStarted)
 484           {
 485                 mReader.Start();
 486                 mReaderStarted=true;
 487           }
 488     ImageEventType t(n,selection_index);
 489         t.pointerHolder = p;
 490     mImageEventMap[n->GetAttribute("FullFileName")] = t;
 491     mReader.Request(this,n->GetAttribute("FullFileName"),prio);
 492   }
 493   //======================================================================
 494
 495   //======================================================================
 496   void GimmickView::
 497   OnMultiThreadImageReaderEvent(const std::string& filename,
 498                                 MultiThreadImageReaderUser::EventType e,
 499                                 vtkImageData* image)
 500   {
 501     GimmickDebugMessage(7,
 502                         "MultiThreadImageReader event : "<<e<<std::endl);
 503         if (e==ImageLoaded)
 504         {
 505                 if (filename.size()==0)
 506                 {
 507                   //What to do in this case?
 508                   /*
 509                         GimmickDebugMessage(5,
 510                                         "Pushing unknown image in queue"
 511                                         <<std::endl);
 512                         mImageEventQueue.push_back(ImageEventType(image));*/
 513                         return;
 514                 }
 515                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 516 //JCP 22-06-2009, test mImageEventMap.size() > 0
 517                 if(mImageEventMap.size()>0){
 518                         i = mImageEventMap.find(filename);
 519                         if (i!=mImageEventMap.end())
 520                         {
 521                                 GimmickDebugMessage(5,
 522                                                 "Putting image of file '"<<filename<<"' on pointer"
 523                                                 <<std::endl);
 524                                 ImageEventType ie(i->second);
 525                                 ie.image = image;
 526                                 ie.pointerHolder->Set(ie.image);
 527                                 //mImageEventMap.erase(i);
 528                         }
 529                 }
 530         }
 531         else if (e==Error)
 532         {
 533                 std::string mess="ERROR: MultiThreadImageReader: Cannot read image in file ";
 534                 mess+=filename;
 535                 mess+="\n";
 536                 GimmickMessage(1,mess);
 537                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 538                 i = mImageEventMap.find(filename);
 539                 if (i!=mImageEventMap.end())
 540                 {
 541                 ImageEventType ie(i->second);
 542                 ie.image = image;
 543                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 544                 //mImageEventMap.erase(i);
 545                 }
 546         }
 547
 548         else if (e==ImageUnloaded)
 549         {
 550                 std::string mess="Unloaded image in file ";
 551                 mess+=filename;
 552                 mess+="\n";
 553                 GimmickMessage(1,mess);
 554                                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 555                 i = mImageEventMap.find(filename);
 556                 if (i!=mImageEventMap.end())
 557                 {
 558                 ImageEventType ie(i->second);
 559                 ie.image = image;
 560                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 561                 //mImageEventMap.erase(i);
 562                 }
 563         }
 564   }
 565
 566   //====================================================================
 567
 568   //====================================================================
 569   void GimmickView::ConnectValidationObserver(ValidationCallbackType callback)
 570   {
 571     mValidationSignal.connect(callback);
 572   }
 573
 574 } // EO namespace creaImageIO
 575