src2/creaImageIOGimmickView.cpp

   1 #include <creaImageIOGimmickView.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3 #include "boost/filesystem.hpp"
   4 #include <gdcmGlobal.h>
   5 #include <gdcmSerieHelper.h>
   6 #include <vtkGdcmReader.h>
   7 namespace fs = boost::filesystem;
   8
   9 namespace creaImageIO
  10 {
  11
  12         ///Class used to represent the actual state of the image selected and to perform comparisons on its values
  13   class ImageExtent
  14   {
  15   public:
  16     ImageExtent(const std::string& x, const std::string& y, const std::string& z, const std::string& t)
  17         {
  18                  sscanf(x.c_str(),"%d",&mExtent[0]);
  19                  sscanf(y.c_str(),"%d",&mExtent[1]);
  20                  sscanf(z.c_str(),"%d",&mExtent[2]);
  21                  sscanf(t.c_str(),"%d",&mExtent[3]);
  22                  if(x==""){mExtent[0]=1;}
  23              if(y==""){mExtent[1]=1;}
  24              if(z==""){mExtent[2]=1;}
  25                  if(t==""){mExtent[3]=1;}
  26
  27                  if (mExtent[3]>1) mDim=4;
  28                  else if (mExtent[2]>1) mDim=3;
  29              else if (mExtent[1]>1) mDim=2;
  30              else if (mExtent[0]>1) mDim=1;
  31                  else mDim=0;
  32         }
  33
  34
  35         ///Clears the extent
  36     void Clear() { mExtent[0] = mExtent[1] = mExtent[2] = mExtent[3] = 1; }
  37
  38         ///Returns true if the two extents are compatible
  39     bool IsCompatible( const ImageExtent& );
  40
  41         ///Adds the extent passed as a parameter to the current extent
  42     void Add ( const ImageExtent& );
  43
  44         ///Returns the ieth position of the extent
  45     int Get(int i) { return mExtent[i]; }
  46
  47         ///Returns the dimension of the current image
  48     void SetDimension(int dim) { mDim=dim; }
  49
  50         ///Returns the dimension of the current image
  51     int GetDimension() { return mDim; }
  52
  53   private:
  54     int mExtent[4];
  55     int mDim;
  56   };
  57
  58   //======================================================================
  59
  60   //======================================================================
  61   // CTor
  62   GimmickView::GimmickView(boost::shared_ptr<Gimmick> gimmick, int threads)
  63     : mGimmick(gimmick),
  64           mReader(threads)
  65   {
  66     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::GimmickView"
  67                         <<std::endl);
  68         // Anciently started the threads ...
  69     // Threads now automatically start at first image request
  70     //mReader.Start();
  71
  72   }
  73   //======================================================================
  74
  75   //======================================================================
  76   /// Destructor
  77   GimmickView::~GimmickView()
  78   {
  79     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::~GimmickView"
  80                         <<std::endl);
  81   }
  82    //======================================================================
  83
  84   //======================================================================
  85   /// Initializes the view :
  86   /// Creates the TreeViews for all the TreeHandler of the Controller
  87   ///
  88   void GimmickView::Initialize()
  89   {
  90         mReaderStarted=false;
  91   }
  92   //======================================================================
  93
  94   //======================================================================
  95   /// Finalize
  96   void GimmickView::Finalize()
  97   {
  98   }
  99
 100   //======================================================================
 101
 102   //======================================================================
 103   /// Create the tree views
 104   void GimmickView::CreateTreeViews()
 105   {
 106     GimmickMessage(2,"Creating the tree views"<<std::endl);
 107     Gimmick::TreeHandlerMapType::const_iterator i;
 108     for (i = mGimmick->GetTreeHandlerMap().begin();
 109          i!= mGimmick->GetTreeHandlerMap().end();
 110          ++i)
 111       {
 112         this->CreateTreeView(i->second);
 113       }
 114   }
 115
 116   /// Create a tree view with a given name
 117   void GimmickView::CreateSingleTreeView(std::string &i_name)
 118   {
 119         this->CreateTreeView(mGimmick->GetTreeHandlerMap()[i_name]);
 120
 121   }
 122
 123
 124   //======================================================================
 125
 126   //======================================================================
 127   /// Updates the TreeView of given name from level l to bottom
 128   /// (calls the virtual method TreeView::Update())
 129   void GimmickView::UpdateTreeViewLevel(const std::string& t, int l)
 130   {
 131     TreeViewMapType::iterator i;
 132     i = GetTreeViewMap().find(t);
 133     if ( i == GetTreeViewMap().end() )
 134       {
 135         GimmickError("INTERNAL ERROR : GimmickView::UpdateTreeView : '"
 136                      <<t<<"' is not in TreeViewMap");
 137       }
 138     i->second->UpdateLevel(l);
 139   }
 140
 141   //======================================================================
 142   /// Clears the status and begins a new selection process
 143   void GimmickView::ResetExtent()
 144   {
 145           if(mImageExtent!=0)
 146           {
 147                   mImageExtent.reset();
 148           }
 149           valid=true;
 150   }
 151
 152   //======================================================================
 153
 154   //======================================================================
 155   bool ImageExtent::IsCompatible(const ImageExtent& ie)
 156   {
 157           bool compatible=true;
 158           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 159           if((*extent).Get(0)!=Get(0)
 160                  || (*extent).Get(1)!=Get(1))
 161           {
 162                   compatible=false;
 163           }
 164           return compatible;
 165   }
 166
 167   //======================================================================
 168
 169   //======================================================================
 170   void ImageExtent::Add(const ImageExtent& ie)
 171   {
 172           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 173           mExtent[2]+=(*extent).Get(2);
 174           if(mExtent[2]>1)
 175           {
 176           SetDimension(3);
 177           }
 178   }
 179
 180   //======================================================================
 181   /// No selected image
 182   bool GimmickView::NoValidateSelected ()
 183   {
 184         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 185         std::string mMessage;
 186         mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 187         valid=false;
 188         modifyValidationSignal(valid);
 189         SetMessage(mMessage);
 190         return valid;
 191   }
 192
 193   //======================================================================
 194   ///Validates the dimension compliance of the images with the maximum and
 195   ///minimum given, and between their sizes
 196   bool GimmickView::ValidateSelected (tree::Node* sel, int min_dim, int max_dim)
 197   {
 198         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 199         std::string mMessage;
 200
 201         if(sel==0)
 202         {
 203                 mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 204                 valid=false;
 205         }
 206         else
 207         {
 208                 boost::shared_ptr<ImageExtent> ie=boost::shared_ptr<ImageExtent>(new ImageExtent((*sel).GetAttribute("D0028_0010"),
 209                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0011"),
 210                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0012"),
 211                                                                         ""));
 212         if(mImageExtent==0)
 213         {
 214                 mImageExtent=ie;
 215                 if((mImageExtent->Get(min_dim-1)<2)||(mImageExtent->Get(max_dim)>1))
 216                 {
 217                         valid=false;
 218                 }
 219                 else
 220                 {
 221                         std::stringstream out;
 222                         out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 223                         mMessage = out.str();
 224                         mImageExtent->SetDimension(2);
 225                         valid=true;
 226                 }
 227         }
 228         else
 229         {
 230                 if(mImageExtent->IsCompatible(*ie))
 231                 {
 232                         if(mImageExtent->GetDimension()==max_dim && mImageExtent->Get(max_dim)>2)
 233                         {
 234                                 std::stringstream out;
 235                                 out<<"Cannot add this image to selection : would result in a "<<mImageExtent->GetDimension()+1<<"D image!";
 236                                 mMessage=out.str();
 237                                 valid=false;
 238                         }
 239                         else if(max_dim<3)
 240                         {
 241                                 std::stringstream out;
 242                                 out<<"Selecting "<<mImageExtent->GetDimension()<<"D images is not allowed !";
 243                                 mMessage=out.str();
 244                                 valid=false;
 245                         }
 246                         else if(min_dim==3 && (ie->Get(2)+mImageExtent->Get(2))<2)
 247                         {
 248                                 std::stringstream out;
 249                                 out << "Cannot build the selection as it would result in a ";
 250                                 out << mImageExtent->GetDimension();
 251                                 out << "D image, and the minimum is ";
 252                                 out << min_dim;
 253                                 out << "D!";
 254                                 mMessage=out.str();
 255                                 valid=false;
 256                         }
 257                         else
 258                         {
 259                                 mImageExtent->Add(*ie);
 260                                 std::stringstream out;
 261                                 out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 262                                 mMessage = out.str();
 263                         }
 264                 }
 265                 else
 266                 {
 267                         mMessage="The selected images are not compatible.";
 268                         valid=false;
 269                 }
 270           }
 271         }
 272
 273         modifyValidationSignal(valid);
 274         SetMessage(mMessage);
 275         return valid;
 276   }
 277
 278   //======================================================================
 279   void GimmickView::modifyValidationSignal(bool ivalid)
 280   {
 281           mValidationSignal(ivalid);
 282   }
 283
 284    //======================================================================
 285   ///Reads Images (Non Threaded)
 286 void GimmickView::ReadImagesNotThreaded(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 287 {
 288         mReader.Stop();
 289
 290 /* remember!
 291
 292 #define GIMMICK_NO_IMAGE_SELECTION 0
 293 #define GIMMICK_2D_IMAGE_SELECTION 2
 294 #define GIMMICK_3D_IMAGE_SELECTION 3
 295 #define GIMMICK_4D_IMAGE_SELECTION 4
 296
 297 #define NATIVE 0
 298 #define _2D    2
 299 #define _3D    3
 300
 301 */
 302         // Create the output data
 303         if (im.size()==1)
 304         {
 305                 vtkImageData * out=vtkImageData::New();
 306                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 307                 s.push_back(out);
 308         }
 309     else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 310         {
 311                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 312                 if (dimension == 2)
 313                 {
 314                  // n3D
 315                     std::vector<std::string>::iterator it;
 316                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 317                         {
 318                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 319                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 320                                 s.push_back(out);
 321                         }
 322                 }
 323                 else
 324                 {
 325                         // n*2D to 3D
 326                         vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 327 //                      out->CopyStructure(first);
 328                         out->SetScalarType(first->GetScalarType());
 329                         out->SetNumberOfScalarComponents(first->GetNumberOfScalarComponents());
 330                         int ext[6];
 331                         //first->GetExtent(ext);  // JPR
 332                         first->GetWholeExtent(ext);  // renvoie egalement 0,0 en Z // JPR
 333
 334                         if(ext[5] == 0)
 335                         {
 336                                 ext[5] = im.size()-1;
 337                         }
 338                         else
 339                         {
 340                                 ext[5] = ext[5] * im.size()-1; // to deal with multiframes - JPR
 341                         }
 342                         out->SetExtent(ext);
 343
 344                         // LG : TODO : Z Spacing  ?
 345
 346                         int dim[3];
 347                         first->GetDimensions(dim);
 348
 349                         out->SetDimensions(dim[0], dim[1], im.size() );
 350                         out->AllocateScalars();
 351                         out->Update();
 352
 353                         unsigned long imsize = dim[0] * dim[1];
 354                         imsize = imsize * dim[2] ;  // deal with multiframes // JPR
 355
 356
 357 //EED 03-11-2009
 358                         // differents formats char , short, etc...
 359                         // differents components 1..3  ex. jpg ->RGB 3
 360                         imsize = imsize * first->GetScalarSize() * first->GetNumberOfScalarComponents();
 361
 362
 363                         // Order the file name vector
 364
 365                         double spc[3];
 366                         first->GetSpacing(spc);
 367                         spc[2]=OrderTheFileNameVector(im);
 368                         out->SetSpacing(spc);
 369                         int slice = 0;
 370                         std::vector<std::string>::iterator it;
 371
 372                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 373                         {
 374                                 vtkImageData* cur = mReader.GetImage( (*it) );
 375                                 memcpy(out->GetScalarPointer(0,0,slice), cur->GetScalarPointer(0,0,0), imsize);
 376                                 slice++;
 377                         }
 378                         s.push_back(out);
 379
 380                 }  // dimension == 3
 381
 382         }  // size >1
 383
 384 }
 385   //======================================================================
 386
 387
 388 double GimmickView::OrderTheFileNameVector(std::vector<std::string> &im)
 389 {
 390         double spacing=1;
 391         typedef std::vector<GDCM_NAME_SPACE::File* > FileList;
 392         FileList fileVector;
 393         //GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 394         GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 395         std::vector<std::string> lstAux;
 396         std::vector<std::string>::iterator it;
 397         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 398         {
 399                 ///\TODO liberer les GDCM_NAME_SPACE::File a la fin!  // JPR
 400                 GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 401                 f->SetFileName(*it);
 402                 f->Load();
 403                 if (f->IsReadable())
 404                 {
 405                         fileVector.push_back(f);
 406                 } else {
 407                         lstAux.push_back(*it);
 408                 }
 409         } // for
 410
 411
 412         if ((fileVector.size()>1) && (sh->IsCoherent( &fileVector )))
 413         {
 414                         sh->OrderFileList(&fileVector);
 415                         spacing= sh->GetZSpacing();
 416                         im.clear();
 417                         int i;
 418                         for (i=0; i<fileVector.size(); i++)
 419                         {
 420                                 im.push_back( (fileVector[i])->GetFileName() );
 421                         }
 422                         for (i=0; i<lstAux.size(); i++)
 423                         {
 424                                 im.push_back( lstAux[i] );
 425                         }
 426         }else {
 427                 std::sort( im.begin(), im.end() );
 428         }
 429
 430    return spacing;
 431 }
 432
 433
 434 //======================================================================
 435
 436
 437 void GimmickView::ReadImagesNotThreadedInVector(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 438 {
 439         // Create the output data
 440         if (im.size()==1)
 441         {
 442                 // Only one image : give it
 443                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 444                 GimmickDebugMessage(3, "State Check: Full Filename: "
 445                                                 <<im.front()
 446                                                 <<std::endl);
 447                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 448                 s.push_back( out );
 449         }
 450         else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 451         {
 452                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 453                 if (dimension == 2)
 454                 {
 455                  // n3D
 456                   std::vector<std::string>::iterator it;
 457                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 458                         {
 459                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 460                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 461                                 s.push_back(out);
 462                         }
 463                 }
 464                 else
 465                 {
 466                         // n2D to 3D // NO!
 467                         // n *2D + T in a vector :
 468
 469                         std::vector<std::string>::iterator it;
 470                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 471                         {
 472                                 vtkImageData* out = mReader.GetImage( (*it));
 473                                 s.push_back(out);
 474                         }
 475                 }
 476         }
 477 }
 478   //======================================================================
 479
 480   //======================================================================
 481   ///Requests the reading of an image
 482   void GimmickView::RequestReading(tree::Node* n,
 483           int prio, int selection_index, boost::shared_ptr<ImagePointerHolder> p)
 484   {
 485           if(!mReaderStarted)
 486           {
 487                 mReader.Start();
 488                 mReaderStarted=true;
 489           }
 490     ImageEventType t(n,selection_index);
 491         t.pointerHolder = p;
 492     mImageEventMap[n->GetAttribute("FullFileName")] = t;
 493     mReader.Request(this,n->GetAttribute("FullFileName"),prio);
 494   }
 495   //======================================================================
 496
 497   //======================================================================
 498   void GimmickView::
 499   OnMultiThreadImageReaderEvent(const std::string& filename,
 500                                 MultiThreadImageReaderUser::EventType e,
 501                                 vtkImageData* image)
 502   {
 503     GimmickDebugMessage(7,
 504                         "MultiThreadImageReader event : "<<e<<std::endl);
 505         if (e==ImageLoaded)
 506         {
 507                 if (filename.size()==0)
 508                 {
 509                   //What to do in this case?
 510                   /*
 511                         GimmickDebugMessage(5,
 512                                         "Pushing unknown image in queue"
 513                                         <<std::endl);
 514                         mImageEventQueue.push_back(ImageEventType(image));*/
 515                         return;
 516                 }
 517                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 518 //JCP 22-06-2009, test mImageEventMap.size() > 0
 519                 if(mImageEventMap.size()>0){
 520                         i = mImageEventMap.find(filename);
 521                         if (i!=mImageEventMap.end())
 522                         {
 523                                 GimmickDebugMessage(5,
 524                                                 "Putting image of file '"<<filename<<"' on pointer"
 525                                                 <<std::endl);
 526                                 ImageEventType ie(i->second);
 527                                 ie.image = image;
 528                                 ie.pointerHolder->Set(ie.image);
 529                                 //mImageEventMap.erase(i);
 530                         }
 531                 }
 532         }
 533         else if (e==Error)
 534         {
 535                 std::string mess="ERROR: MultiThreadImageReader: Cannot read image in file ";
 536                 mess+=filename;
 537                 mess+="\n";
 538                 GimmickMessage(1,mess);
 539                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 540                 i = mImageEventMap.find(filename);
 541                 if (i!=mImageEventMap.end())
 542                 {
 543                 ImageEventType ie(i->second);
 544                 ie.image = image;
 545                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 546                 //mImageEventMap.erase(i);
 547                 }
 548         }
 549
 550         else if (e==ImageUnloaded)
 551         {
 552                 std::string mess="Unloaded image in file ";
 553                 mess+=filename;
 554                 mess+="\n";
 555                 GimmickMessage(1,mess);
 556                                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 557                 i = mImageEventMap.find(filename);
 558                 if (i!=mImageEventMap.end())
 559                 {
 560                 ImageEventType ie(i->second);
 561                 ie.image = image;
 562                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 563                 //mImageEventMap.erase(i);
 564                 }
 565         }
 566   }
 567
 568   //====================================================================
 569
 570   //====================================================================
 571   void GimmickView::ConnectValidationObserver(ValidationCallbackType callback)
 572   {
 573     mValidationSignal.connect(callback);
 574   }
 575
 576 } // EO namespace creaImageIO
 577