src2/creaImageIOTreeAttributeDescriptor.cpp

   1 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3
   4 #include <gdcmGlobal.h>
   5 #include <gdcmDictSet.h>
   6
   7 #include <boost/algorithm/string/replace.hpp>
   8
   9 namespace creaImageIO
  10 {
  11
  12   namespace tree
  13   {
  14
  15     //========================================================================
  16     void AttributeDescriptor::CleanName(std::string& str) const
  17     {
  18       // quote must be doubled for SQL
  19       //    crea::Utils::Replace( str, "'", "''" );
  20       boost::algorithm::replace_all(str,"'","''");
  21       // Found strange strings which contained NULL char INSIDE string
  22       int i,size=str.size();
  23       for (i=0;i<size;++i)
  24         {
  25           if (str[i]==0)
  26             {
  27               str = str.substr(0,i);
  28               break;
  29             }
  30         }
  31     }
  32     //========================================================================
  33
  34     //=====================================================================
  35     // Ctor with key, name and flags
  36      AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(const std::string& key,
  37                                              const std::string& name,
  38                                              unsigned int flags)
  39       : mKey(key), mName(name), mGroup(0), mElement(0), mFlags(flags)
  40     {
  41
  42       CleanName(mName);
  43       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<key
  44                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  45       GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  46     }
  47
  48     //=====================================================================
  49
  50      //=====================================================================
  51    // Ctor with dicom group, elem and flags
  52     // The key is built as 'Dgroup_elem'
  53     // The user name is retreived from dicom dictionnary
  54     AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(unsigned short group,
  55                                              unsigned short element,
  56                                              unsigned int flags)
  57       : mGroup(group), mElement(element), mFlags(flags)
  58     {
  59
  60       //GDCM_NAME_SPACE::TagKey tag(group,element);
  61       char ctag[12];
  62       sprintf(ctag,"D%04x_%04x",group,element);
  63       mKey = ctag;
  64
  65       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<mKey
  66                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  67
  68       // Retrieve the name from gdcm dict
  69       GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
  70         GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
  71         ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(mGroup,mElement);
  72
  73       if (entry)
  74         {
  75           mName = entry->GetName();
  76           CleanName(mName);
  77           GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  78         }
  79       else
  80         {
  81           GimmickMessage(1,"!! WARNING : tag '"<<mKey
  82                          <<"' is not in DICOM dictionnary ! "
  83                          <<"Considering it as a user attribute"
  84                          << std::endl);
  85           mName = "UNKNOWN";
  86           mGroup = mElement = 0;
  87         }
  88
  89     }
  90     //=====================================================================
  91
  92
  93     //=====================================================================
  94     /// Extracts group and element from a key of the form "Dgroup_elem"
  95     void AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(const std::string& key,
  96                                                           unsigned short& group,
  97                                                           unsigned short& elem)
  98     {
  99       group = elem = 0;
 100       if ( (key.size()==10) &&
 101            (key[0] == 'D') &&
 102            (key[5] == '_') )
 103           {
 104           std::string g = key.substr(1,4);
 105           std::string e = key.substr(6,4);
 106           std::stringstream val;
 107           val <<  std::dec << g.c_str() ;
 108           val >> std::hex >> group;
 109           val.clear();
 110           val << std::dec << e.c_str();
 111           val >> std::hex >> elem;
 112           //sscanf_s(key.c_str(),"D%04x_%04x ",&group,&elem);
 113           GimmickDebugMessage(3,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "                     <<group<<"|"<<elem<<std::endl);
 114         }
 115       else
 116         {
 117           GimmickMessage(5,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "
 118                          <<" not a DICOM key format"<<std::endl);
 119         }
 120       return;
 121     }
 122
 123         //=====================================================================
 124         /// test if the type is a date
 125         bool AttributeDescriptor::isDateEntry() const
 126         {
 127
 128                 bool btest = false;
 129                 // Retrieve the name from gdcm dict
 130                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =     GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 131                 if(     entry != 0)
 132                 {
 133                         if( entry->GetVR().str() == "DA" )
 134                         {
 135                                 btest = true;
 136                         }
 137                 }
 138                 return btest;
 139         }
 140
 141         //=====================================================================
 142         /// test if the type is a time
 143         bool AttributeDescriptor::isTimeEntry() const
 144         {
 145
 146                 bool btest = false;
 147                 // Retrieve the name from gdcm dict
 148                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =     GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 149                 if(     entry != 0)
 150                 {
 151                         if( entry->GetVR().str() == "TM" )
 152                         {
 153                                 btest = true;
 154                         }
 155                 }
 156                 return btest;
 157         }
 158
 159
 160     //=====================================================================
 161         /// Decodes the type of the attribute
 162      void AttributeDescriptor::DecodeType(unsigned int& typ) const
 163           {
 164
 165
 166                   // Retrieve the name from gdcm dict
 167                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
 168                 GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
 169                 ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 170
 171                 if (entry==0)
 172                 {
 173                         typ = 2;
 174                         return;
 175                 }
 176                 std::string type = entry->GetVR().str();
 177                 GimmickDebugMessage(3,"VR Value is "<<type<<"!"<<std::endl);
 178                 if(type=="AS" ||
 179                 type=="DA" ||
 180                 type=="FL" ||
 181                 type=="FD" ||
 182                 type=="IS" ||
 183                 type=="SL" ||
 184                 type=="SS" ||
 185                 type=="UI" ||
 186                 type=="US" ||
 187                 type=="SH")
 188                 {
 189                         // Numerical
 190                         typ = 1;
 191                 }
 192                 else
 193                 {
 194                         // String
 195                         typ = 2;
 196                 }
 197
 198           }
 199           //=====================================================================
 200
 201   } // EO namespace tree
 202
 203 } // EO namespace creaImageIO