src2/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO{
   7   //=====================================================================
   8   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
   9                                        const std::string& name,
  10                                        const std::string& extensions)
  11     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  12   {
  13     if (name.size() == 0)
  14       {
  15                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  16                   if(test != "")
  17                   {
  18                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  19                   }
  20
  21       }
  22     else
  23       {
  24         SetName ( name );
  25       }
  26     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  27                         <<std::endl);
  28
  29   }
  30   //=====================================================================
  31
  32   //=====================================================================
  33   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  34   {
  35
  36     mReader->Delete();
  37   }
  38   //=====================================================================
  39
  40   //=====================================================================
  41   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  42   {
  43
  44     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  45 /*        if(filename != "")
  46           {
  47                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  48           }
  49           else
  50           {
  51                   return false;
  52           }*/
  53   }
  54   //=====================================================================
  55
  56   //=====================================================================
  57   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  58   {
  59     vtkImageData* im = 0;
  60     try
  61       {
  62         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  63         mReader->Update();
  64         im = vtkImageData::New();
  65         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  66       }
  67     catch (...)
  68       {
  69         if (im!=0) im->Delete();
  70         im = 0;
  71       }
  72     return im;
  73   }
  74   //=====================================================================
  75
  76   //=====================================================================
  77   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  78                                const std::string& delimiters,
  79                                std::vector<std::string>& tokens)
  80   {
  81     // Skip delimiters at beginning.
  82     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  83     // Find first delimiter.
  84     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  85
  86     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  87       {
  88         // Found a token, add it to the vector.
  89         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  90         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  91         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  92         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  93         // Find next delimiter
  94         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  95       }
  96
  97     }
  98   //=====================================================================
  99
 100   //=====================================================================
 101   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 102   {
 103     std::string ext = mExtensions;
 104     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 105
 106     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 107   }
 108   //=====================================================================
 109
 110
 111
 112   //=====================================================================
 113   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 114                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 115   {
 116     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 117     // Get image dimensions
 118     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 119     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 120     mReader->Update(); //OpenFile();
 121     int ext[6];
 122     mReader->GetDataExtent(ext);
 123     // Columns
 124     char cols[128];
 125     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 126     // Rows
 127     char rows[128];
 128     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 129     // Planes
 130     char planes[128];
 131     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 132
 133         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 134     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 135       {
 136         i->second = filename;
 137       }
 138     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 139       {
 140         boost::filesystem::path full_path(filename);
 141         std::string f = full_path.leaf();
 142         i->second = f;
 143       }
 144     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 145       {
 146         i->second = rows;
 147       }
 148     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 149       {
 150         i->second = cols;
 151       }
 152
 153     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 154       {
 155                 i->second = planes;
 156       }
 157           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 158       {
 159          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 160                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 161           }
 162
 163     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 164   }
 165   //=====================================================================
 166
 167 } // namespace creaImageIO