src2/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO{
   7   //=====================================================================
   8   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
   9                                        const std::string& name,
  10                                        const std::string& extensions)
  11     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  12   {
  13     if (name.size() == 0)
  14       {
  15                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  16                   if(test != "")
  17                   {
  18                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  19                   }
  20
  21       }
  22     else
  23       {
  24         SetName ( name );
  25       }
  26     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  27                         <<std::endl);
  28
  29   }
  30   //=====================================================================
  31
  32   //=====================================================================
  33   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  34   {
  35     GimmickDebugMessage(5,"Destructing vtkImageReader : "<<GetName()
  36                         <<std::endl);
  37     mReader->Delete();
  38   }
  39   //=====================================================================
  40
  41   //=====================================================================
  42   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  43   {
  44
  45     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  46 /*        if(filename != "")
  47           {
  48                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  49           }
  50           else
  51           {
  52                   return false;
  53           }*/
  54   }
  55   //=====================================================================
  56
  57   //=====================================================================
  58   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  59   {
  60     vtkImageData* im = 0;
  61     try
  62       {
  63         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  64         mReader->Update();
  65         im = vtkImageData::New();
  66         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  67       }
  68     catch (...)
  69       {
  70         if (im!=0) im->Delete();
  71         im = 0;
  72       }
  73     return im;
  74   }
  75   //=====================================================================
  76
  77   //=====================================================================
  78   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  79                                const std::string& delimiters,
  80                                std::vector<std::string>& tokens)
  81   {
  82     // Skip delimiters at beginning.
  83     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  84     // Find first delimiter.
  85     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  86
  87     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  88       {
  89         // Found a token, add it to the vector.
  90         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  91         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  92         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  93         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  94         // Find next delimiter
  95         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  96       }
  97
  98     }
  99   //=====================================================================
 100
 101   //=====================================================================
 102   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 103   {
 104     std::string ext = mExtensions;
 105     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 106
 107     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 108   }
 109   //=====================================================================
 110
 111
 112
 113   //=====================================================================
 114   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 115                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 116   {
 117     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 118     // Get image dimensions
 119     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 120     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 121     mReader->Update(); //OpenFile();
 122     int ext[6];
 123     mReader->GetDataExtent(ext);
 124     // Columns
 125     char cols[128];
 126     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 127     // Rows
 128     char rows[128];
 129     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 130     // Planes
 131     char planes[128];
 132     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 133
 134         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 135     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 136       {
 137         i->second = filename;
 138       }
 139     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 140       {
 141         boost::filesystem::path full_path(filename);
 142         std::string f = full_path.leaf();
 143         i->second = f;
 144       }
 145     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 146       {
 147         i->second = rows;
 148       }
 149     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 150       {
 151         i->second = cols;
 152       }
 153
 154     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 155       {
 156                 i->second = planes;
 157       }
 158           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 159       {
 160          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 161                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 162           }
 163
 164     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 165   }
 166   //=====================================================================
 167
 168 } // namespace creaImageIO