PackRecalage/src/bbPackRecalageReSlicerBox.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 #
   8 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
   9 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  10 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  11 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  12 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  13 #  or in the file LICENSE.txt.
  14 #
  15 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  16 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  17 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  18 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  19 #  liability.
  20 #
  21 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  22 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  23 # ------------------------------------------------------------------------
  24 */
  25
  26
  27 #include "bbPackRecalageReSlicerBox.h"
  28 #include "bbPackRecalagePackage.h"
  29
  30 namespace bbPackRecalage
  31 {
  32
  33 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(PackRecalage,ReSlicerBox)
  34 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ReSlicerBox,bbtk::AtomicBlackBox);
  35 void ReSlicerBox::Process()
  36 {
  37         if(!bbGetInputOrigin().empty()  && bbGetInputTransform() != NULL)
  38         {
  39                 //image = vtkImageChangeInformation::New();
  40                 image->SetInput( bbGetInputIn() );
  41                 image->SetOutputSpacing( 1,1,1 );
  42
  43                 if(bbGetInputCentered())
  44                 {
  45                         image->CenterImageOn();
  46                 }
  47
  48                 //slicer =vtkImageReslice::New();
  49                 slicer->SetInput( image->GetOutput() );
  50                 slicer->SetInformationInput( image->GetOutput() );
  51                 slicer->SetResliceTransform(bbGetInputTransform());
  52                 slicer->SetOutputOrigin( -(bbGetInputOrigin()[0]) , -(bbGetInputOrigin()[1]) , -(bbGetInputOrigin()[2]) );
  53
  54
  55                 if(bbGetInputInterpolate())
  56                 {
  57                         slicer->InterpolateOn();
  58                 }
  59                 slicer->Update();
  60
  61                 //imageResult = vtkImageChangeInformation::New();
  62                 imageResult->SetInput( slicer->GetOutput() );
  63                 double spc[3];
  64                 bbGetInputIn()->GetSpacing(spc);
  65                 imageResult->SetOutputSpacing( spc );
  66                 imageResult->SetOutputOrigin( 0,0,0 );
  67
  68                 bbSetOutputOut( imageResult->GetOutput() );
  69
  70                 if (bbGetInputTransform()!=NULL)
  71                 {
  72                    bbGetInputTransform()->Update();
  73                    vtkMatrix4x4 *m = bbGetInputTransform()->GetMatrix();
  74                    if (m!=NULL)
  75                    {
  76                      printf("EED ReSlicerBox::Process Translation %d %d %d \n",-(bbGetInputOrigin()[0]),-(bbGetInputOrigin()[1]),-(bbGetInputOrigin()[2]));
  77                      printf("EED ReSlicerBox::Process Matrix %f %f %f %f\n", m->GetElement(0,0),m->GetElement(0,1),m->GetElement(0,2),m->GetElement(0,3));
  78                      printf("EED ReSlicerBox::Process Matrix %f %f %f %f\n", m->GetElement(1,0),m->GetElement(1,1),m->GetElement(1,2),m->GetElement(1,3));
  79                      printf("EED ReSlicerBox::Process Matrix %f %f %f %f\n", m->GetElement(2,0),m->GetElement(2,1),m->GetElement(2,2),m->GetElement(2,3));
  80                      printf("EED ReSlicerBox::Process Matrix %f %f %f %f\n", m->GetElement(3,0),m->GetElement(3,1),m->GetElement(3,2),m->GetElement(3,3));
  81                    } // if m
  82                 } // if Transform
  83         }
  84         else
  85         {
  86                 bbSetOutputOut( NULL );
  87         }
  88 }
  89
  90
  91 void ReSlicerBox::bbUserSetDefaultValues()
  92 {
  93         std::vector<int> empty;
  94         bbSetInputOrigin(empty);
  95     bbSetInputIn(NULL);
  96     bbSetInputTransform(NULL);
  97     bbSetOutputOut(NULL);
  98         bbSetInputCentered(false);
  99         bbSetInputInterpolate(false);
 100
 101 }
 102
 103
 104 void ReSlicerBox::bbUserInitializeProcessing()
 105 {
 106
 107 //  THE INITIALIZATION METHOD BODY :
 108 //    Here does nothing
 109 //    but this is where you should allocate the internal/output pointers
 110 //    if any
 111         image = vtkImageChangeInformation::New();
 112     slicer =vtkImageReslice::New();
 113         imageResult = vtkImageChangeInformation::New();
 114 }
 115
 116 void ReSlicerBox::bbUserFinalizeProcessing()
 117 {
 118         image->Delete();
 119         slicer->Delete();
 120     imageResult->Delete();
 121 }
 122
 123 }
 124 // EO namespace bbPackRecalage