lib/PlaneReorientation.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------      */
  26
  27 #include "PlaneReorientation.h"
  28
  29 /*
  30 * Constructor
  31 */
  32 //------------------------------------------------------------
  33 PlaneReorientation::PlaneReorientation()
  34 {
  35         _transform=vtkTransform::New();
  36 }
  37
  38 /*
  39 * Destructor
  40 */
  41 //------------------------------------------------------------
  42 PlaneReorientation::~PlaneReorientation()
  43 {
  44         if (_transform != NULL ) { _transform->Delete(); }
  45 }
  46
  47 void PlaneReorientation::CalculateNormal()
  48 {
  49         normal[0]=(a[1]*b[2])-(a[2]*b[1]);
  50         normal[1]=(a[2]*b[0])-(a[0]*b[2]);
  51         normal[2]=(a[0]*b[1])-(a[1]*b[0]);
  52
  53         vtkMath::Normalize(normal);
  54
  55         std::cout << "Normal axis : " << "X: " << normal[0] << " Y: " << normal[1] << " Z: " << normal[2] << std::endl;
  56 }
  57
  58 void PlaneReorientation::SetVectors(std::vector<int> pointsX, std::vector<int> pointsY, std::vector<int> pointsZ, std::vector<std::string> labels)
  59 {
  60         //This part is for head reorientation using the chiasma and optical nerves
  61         if(labels[0].compare("CHIASMA") == 0 || labels[1].compare("CHIASMA") == 0 || labels[2].compare("CHIASMA") == 0)
  62         {
  63                 int i;
  64                 for(i = 0; i < 2; i++)
  65                 {
  66                         //Gets the point that represents the optic chiasma and sets it as the origin point
  67                         if(labels[i].compare("CHIASMA")==0)
  68                         {
  69                                 o[0] = pointsX[i];
  70                                 o[1] = pointsY[i];
  71                                 o[2] = pointsZ[i];
  72                         }
  73                         //The point that represents the right eye (and subsequent first vector)
  74                         else if(labels[i].compare("RY")==0)
  75                         {
  76                                 a[0] = pointsX[i];
  77                                 a[1] = pointsY[i];
  78                                 a[2] = pointsZ[i];
  79                         }
  80                         //The point that represents the left eye (and subsequent second vector)
  81                         else if(labels[i].compare("LY")==0)
  82                         {
  83                                 b[0] = pointsX[i];
  84                                 b[1] = pointsY[i];
  85                                 b[2] = pointsZ[i];
  86                         }
  87                 }
  88
  89                 //Creates the first vector
  90                 a[0] = a[0] - o[0];
  91                 a[1] = a[1] - o[1];
  92                 a[2] = a[2] - o[2];
  93
  94                 //Creates the second vector
  95                 b[0] = b[0] - o[0];
  96                 b[1] = b[1] - o[1];
  97                 b[2] = b[2] - o[2];
  98         }
  99         else
 100         {
 101                 /*First Vector*/
 102                 a[0] = pointsX[1]-pointsX[0];
 103                 a[1] = pointsY[1]-pointsY[0];
 104                 a[2] = pointsZ[1]-pointsZ[0];
 105
 106                 /*Second Vector*/
 107                 b[0] = pointsX[2]-pointsX[0];
 108                 b[1] = pointsY[2]-pointsY[0];
 109                 b[2] = pointsZ[2]-pointsZ[0];
 110         }
 111 }
 112
 113 vtkTransform* PlaneReorientation::getTransform()
 114 {
 115         return _transform;
 116 }
 117
 118 void PlaneReorientation::Run()
 119 {
 120
 121 }