lib/creaVtk/creaVtkFromVtk4DToItk4D.cpp~

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Sante)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28 #include "creaVtkFromVtk4DToItk4D.h"
  29 #include "itkImage.h"
  30 #include "itkImageLinearConstIteratorWithIndex.h"
  31 #include "itkImageRegionConstIterator.h"
  32 #include "itkImageRegionIterator.h"
  33 #include "itkImageFileReader.h"
  34 #include <vector>
  35
  36 template <class TImage>
  37 creaVtkFromVtk4DToItk4D<TImage>::creaVtkFromVtk4DToItk4D()
  38 {
  39 }
  40
  41 template <class TImage>
  42 creaVtkFromVtk4DToItk4D<TImage>::~creaVtkFromVtk4DToItk4D()
  43 {
  44 }
  45
  46 template <class TImage>
  47 void creaVtkFromVtk4DToItk4D<TImage>::SetImage4D(TImage *image)
  48 {
  49    _image4D = image;
  50 }
  51
  52 template <class TImage>
  53 void creaVtkFromVtk4DToItk4D<TImage>::SetImage4Dvtk(std::vector<vtkImageData*> image)
  54 {
  55         image4Dvtk = image;
  56 }
  57
  58 template <class TImage>
  59 std::vector<itk::Image< unsigned char > >  creaVtkFromVtk4DToItk4D<TImage>::Process()
  60 {
  61         /*
  62         int dir;
  63         double pv[65];
  64         int count = 0;
  65         typedef itk::ImageLinearConstIteratorWithIndex< TImage > ConstIteratorType;
  66         const unsigned int Dimension = 4;
  67   typedef unsigned char PixelType;
  68   typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType;
  69
  70         ConstIteratorType inputIt( _image4D, inputRegion );
  71         inputIt.SetDirection(3);
  72         inputIt.GoToBegin();
  73
  74   ImageType::RegionType outputRegion;
  75   ImageType::RegionType::IndexType outputStart;
  76   outputStart[0] = 0;
  77   outputStart[1] = 0;
  78   outputRegion.SetSize( size );
  79   outputRegion.SetIndex( outputStart );
  80
  81         while( !inputIt.IsAtEnd() )
  82         {
  83                         inputIt.GoToBeginOfLine();
  84                         count = 0;
  85                         while( !inputIt.IsAtEndOfLine() )
  86                         {
  87                                 pv[count] = inputIt.Get();
  88                                 ++inputIt;
  89                                 ++count;
  90                         }
  91         }
  92 */
  93         const unsigned int Dimension = 4;
  94   typedef unsigned char PixelType;
  95   typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType;
  96   typedef itk::ImageRegionConstIterator< ImageType > ConstIteratorType;
  97   typedef itk::ImageRegionIterator< ImageType> IteratorType;
  98
  99   //typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;
 100   //typedef itk::ImageFileWriter< ImageType > WriterType;
 101
 102   ImageType::RegionType inputRegion;
 103   ImageType::RegionType::IndexType inputStart;
 104   ImageType::RegionType::SizeType  size;
 105   inputStart[0] = ::atoi( "20" );
 106   inputStart[1] = ::atoi( "70" );
 107   size[0]  = ::atoi( "210" );
 108   size[1]  = ::atoi( "140" );
 109   inputRegion.SetSize( size );
 110   inputRegion.SetIndex( inputStart );
 111
 112   ImageType::RegionType outputRegion;
 113   ImageType::RegionType::IndexType outputStart;
 114   outputStart[0] = 0;
 115   outputStart[1] = 0;
 116         outputStart[2] = 0;
 117   outputStart[3] = 0;
 118   outputRegion.SetSize( size );
 119   outputRegion.SetIndex( outputStart );
 120
 121         /*
 122   ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 123         reader->SetFileName( "foo.vtk" );
 124   try
 125     {
 126     reader->Update();
 127     }
 128         catch ( itk::ExceptionObject &err)
 129     {
 130     std::cerr << "ExceptionObject caught !" << std::endl;
 131     std::cerr << err << std::endl;
 132     return -1;
 133     }
 134
 135   if ( ! reader->GetOutput()->GetRequestedRegion().IsInside( inputRegion ) )
 136     {
 137     std::cerr << "Error" << std::endl;
 138     std::cerr << "The region " << inputRegion << "is not contained within the input image region "
 139               << reader->GetOutput()->GetRequestedRegion() << std::endl;
 140     return -1;
 141     }*/
 142         std::vector<ImageType::Pointer> outputImage4D;
 143         for(int k = 0 ; k < image4Dvtk.size() ; k++){
 144                         ImageType::Pointer outputImage = ImageType::New();
 145                         outputImage->SetRegions( outputRegion );
 146                         const ImageType::SpacingType& spacing = image4Dvtk[k]->GetSpacing();
 147                         const ImageType::PointType& inputOrigin = image4Dvtk[k]->GetOrigin();
 148                         double outputOrigin[ Dimension ];
 149                         for(unsigned int i=0; i< Dimension; i++)
 150                                 {
 151                                 outputOrigin[i] = inputOrigin[i] + spacing[i] * inputStart[i];
 152                                 }
 153                         outputImage->SetSpacing( spacing );
 154                         outputImage->SetOrigin(  outputOrigin );
 155                         outputImage->Allocate();
 156
 157                         ConstIteratorType inputIt( image4Dvtk[k], inputRegion  );
 158                         IteratorType outputIt( outputImage, outputRegion );
 159                         inputIt.GoToBegin();
 160                         outputIt.GoToBegin();
 161
 162                         while( !outputIt.IsAtEnd() )
 163                                 {
 164                                 outputIt.Set( inputIt.Get() );
 165                                 ++inputIt;
 166                                 ++outputIt;
 167                                 }
 168                         outputImage4D[k]=outputImage;
 169         }
 170         return outputImage4D;
 171 }
 172 //---------------------------------------------
 173 //Method template
 174 //---------------------------------------------
 175 /*
 176 void creaVtkFromVtk4DToItk4D::FunctionName(int& parameterA)
 177 {
 178   parameterA = 2 * parameterA;
 179   return;
 180 }
 181 */