]> Creatis software - gdcm.git/blob - ChangeLog
* Minor coding-style clean up
[gdcm.git] / ChangeLog
1 Mon Oct 18 10:27:49 2005 by regrain
2    * Minor coding-style clean up
3    * Replace the ContentEntry and its derived classes (BinEntry and ValEntry)
4      by the DataEntry. This unique entry considers all datas like binary datas.
5      Some methods are added to interpret - at fly - the binary datas.
6      Due to this important change, some methods of the DocEntrySet, concerning
7      the BinEntry and ValEntry classes, are erased ; and new methods for the
8      DataEntry class are created.
9      Some methods to set the ValEntry or the BinEntry are renamed to
10      correspond to the new DataEntry, like for example :
11       - SetValEntry -> SetEntryString
12       - SetBinEntry -> SetEntryBinArea
13      This change will remove all useless creation of the string when working
14      directly on values.
15
16 Thu Aug 25 16:59:49 2005 by jpr
17    gdcmBinEntry.cxx
18    Now Print displays the BinEntry Content (if it's printable, and loaded)
19    Usefull for a lot od Implicit VR 'Bin'Entry (if we knew there VR, they wouldn't
20    be Bin ...)
21    Appreciate the difference having a look at PrintFile result for
22    gdcmData/SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq0.dcm.
23
24 Thu Aug 25 16:55:47 2005 by jpr
25    gdcmUtil.cxx
26    Add methods to check the 'printability' of a bin area
27
28 Thu Aug 25 15:45:40 2005  by jpr
29   gdcmBinEntry.cxx 
30   According to Mathieu's suggestion, Print now display FL BinEntries in a human
31   readable form
32
33 Thu Aug 25 15:12:43 2005 by jpr
34    gdcmDocEntry.cxx
35    According to Mathieu's suggestion, *all* the elements 0x000
36    are now named 'Group Length' (even if they belong to a Shadow Group')
37
38 Wed Aug 24 14:09:13 2005 by jpr
39   gdcmDocEntry.cxx,h, gdcmDocEntrySet.cxx,h
40   Removal of QD patch for Private Sequence + Immplicit VR.
41    Add a clean solution (Backtracking if an Item Starter is found
42     out of any SQItem)
43
44 Tue Aug 23 14:57:49 2005 by jpr
45    gdcmDocument.cxx
46    Brutal patch, waiting till we find a clever way to guess
47    if a doc entry is a Sequence,
48         - when it's odd number
49                   - and the file is Implicit VR Transfert Syntax
50 It solves temporarily some Philips Medical Systems image problems
51
52 Mon Aug 22 18:17:54 200 by jpr
53    gdcmUtil.cxx
54    Save a *few* microseconds at run time : inline method Util::GetVersion()
55    ;-)
56
57 Tue Aug 23 14:58:49 2005 by jpr
58    gdcmSeqEntry.cxx, gdcmDocEntry.cxx
59    Improve 'Print' methods
60
61 Sat Aug 20 11:10:24 2005by jpr
62    TestWriteSimple.cxx
63    Use new style FileHelper contructor
64
65 Sat Aug 20 11:04:50 2005 by jpr
66    gdcmFileHelper.cxx
67    FileHelper::Initialize() doesn't call GrabInformationFromFile(),
68    in order not to do the job twice when using new style FileHelper Constructor.
69
70 Fri Aug 19 18:31:07 2005 by malaterre
71   gdcmCommon.h
72   ENH: Provide a GetVersion function, apparently need for python
73
74 Fri Aug 19 15:12:15 2005 by jpr
75    gdcmFileHelper.cxx
76    Initialize UserFunction pointer to 0, even for 'deprecated' form 
77         of constructor.
78
79 Sat Jul 30 20:27:00 2005 by jpr
80    gdcmFileHelper.cxx, gdcmPixelReadConvertor.cxx
81       User is now allowed to pass a Pointer to a function of his own
82       to allow modification of pixel order (i.e. : Mirror, TopDown, )
83       to gdcm::FileHeleper, using SetUserFunction(userSuppliedFunction)
84       described as : void userSuppliedFunction(uint8_t *im, gdcm::File *f);
85       NB : the "uint8_t *" type of first param is just for prototyping.
86         User will Cast it according what he founds with f->GetPixelType()
87         See ctkgdcmSerieViewer for an example
88
89 Sat Jul 30 20:13:24 2005 by jpr
90    gdcmSerieHelper.cxx
91    Add SerieHelper::IsCoherent() method to allow checking that the files with same
92    Serie UID have the same sizes and pixel type.
93         
94 Fri Jul 29 17:07:16 2005 by jpr
95    gdcmSerieHelper.cxx
96    User may now use
97       SetSortOrderToDirect() or SetSortOrderToReverse()
98    to choose the ways the File* will be sorted.
99
100 Thu Jul 21 06:55:50 2005 by jpr
101    AnonymizeDicomDir.cxx, AnomymizeNoLoad.cxx, PrintFile.cxx, PrintDicomDir.cxx
102    Unify user interface
103
104 Thu Jul 21 06:55:30 2005 by jpr
105    exSerieHelper.cxx
106    Add an example of use for SerieHelper
107
108 Thu Jul 21 07:00:15 2005 by jpr
109    gdcmSerieHelper.cxx
110    Extend 'Restriction' syntax :
111    void SerieHelper::AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
112                                     std::string const &value, int op)
113    op belongs to :
114    /// \brief comparaison operators
115    enum CompOperators {
116       GDCM_EQUAL = 0,
117       GDCM_DIFFERENT,
118       GDCM_GREATER,
119       GDCM_GREATEROREQUAL,
120       GDCM_LESS,
121       GDCM_LESSOREQUAL
122    };
123
124 Wed Jul 20 15:39:00 2005  by jpr
125    AnonymizeNoLoad.cxx
126    AnonymizeNoLoad user can now ask for anonymization of 'BinEntries'
127    (e.g. Private entries when the TS is Implict VR)
128    AnonymizeNoLoad filein=... rubout=0x0009-0x0001,0x0013-0x1100
129    Thx to Luca Picello for reporting pb and supplying data to fix the bug.
130
131 Wed Jul 20 16:49:41 2005 by jpr
132    gdcmFile.cxx
133    Use GDCM_LEGACY for DicomDir, as well
134
135 Wed Jul 20 15:31:01 2005 by jpr
136    gdcmFile.cxx
137    We can now anonymize 'BinEntries' as well
138
139 Wed Jul 20 15:29:42 2005 by jpr
140    gdcmArgMgr.cxx
141    Add ArgMgrGetXInt16Enum to decode from the command line pairs of unsigned int
142    16, written in hexadecimal.
143    (usefull to allow terminal user to pass the (private) elements he wants to
144    anonymize)
145
146 Tue Jul 19 17:25:53 2005  by jpr
147    gdcmFile.cxx
148    Add some comments on the 'Patient Position'
149
150 Tue Jul 19 11:04:58 2005 by jpr
151    gdcmSerieHelper.cxx
152    Add SerieHelper::AddGdcmFile(File *header) method.
153     * \brief add a gdcm::File to the first (and supposed to be unique) list
154     *        of the gdcm::SerieHelper.
155     * \warning : this method should be used by aware users only!
156     *            User is supposed to know the files he want to deal with
157     *           and consider them they belong to the same Serie
158     *           (even if their Serie UID is different)
159     *           user will probabely OrderFileList() this list (actually, ordering
160     *           user choosen gdm::File is the sole interest of this method)
161     *           Moreover, using vtkGdcmReader::SetCoherentFileList() will avoid
162     *           vtkGdcmReader parsing twice the same files.
163     *           *no* coherence check is performed, but those specified
164     *           by SerieHelper::AddRestriction()
165
166 Mon Jul 18 12:20:20 2005 by jpr
167    gdcmCommon.cxx
168    In order to prepare the future extension of SerieHelper::AddRestriction (key,
169    string, operator)
170    operator = { EQUAL, DIFFERENT, LESS, LESSOREQUAL, GREATER, GREATEROOREQUAL}
171    add method
172    bool Util::CompareDicomString(const std::string &s1, const char *s2, int op)
173
174 Sun Jul 17 06:27:49 2005 by jpr
175    gdcmSerieHelper.cxx
176    Use new style for Loading files
177
178 Tue Jul 12 19:08:12 2005 by jpr
179    gdcmCommon.cxx, gdcmSQItem.cxx
180    To speed up DicomDir, instead of copying -and removing the source afterwards-
181    each entry of the SQItem (found after gdcm::Document parsing) towards
182    the gdcm::Object  belonging to the gdcm::DicomDir, we just copy
183    the chained list itself.
184
185 Tue Jul 12 16:55:43 2005 by jpr
186    AnonymizeNoLoad.cxx
187    AnonymizeNoLoad has now one more option :
188    dirin=
189    to give the (single Patient) directory name whose content we want to anonymize.
190
191 Mon Jul 11 10:20:25 2005 by jpr
192    gdcmDicomDirStudy.cxx
193    Reorder methods
194
195 Fri Jul 8 21:07:12 2005 by jpr
196    gdcmDicomDir...
197    Add the VISIT object within DicomDir
198
199 Fri Jul 8 12:15:08 2005 by jpr
200    gdcmDicomDir...
201    Use new style for DicomDir loading
202
203 Fri Jul 8 16:36:48 2005 by jpr
204    gdcmFileHelper.cxx
205    To remain unimpared, gdcm::FileHelper class needs also its
206    void FileHelper::SetLoadMode(int loadMode)
207    void FileHelper::SetFileName(std::string const &fileName)
208    bool FileHelper::Load()
209
210 Thu Jul 7 19:31:53 2005 by jpr
211    Example/*.cxx
212    Begin of kosherization of Example
213    New 'gdcm2' style.
214
215 Thu Jul 7 18:37:40 2005 by jpr
216    gdcmDocument.cxx
217    On the way to gdcm2 ...
218    Now, the stand way to use a file is :
219    gdcm::File *f = new gdcm::File();
220    f->SetLoadMode ( user say here what he wants *not* to load );
221    f->SetFileName("myFile.gdcm");
222    f->Load();
223    Old styles are kept, not to break the C++ API.
224       - gdcm::File *f = new gdcm::File("myFile.gdcm");
225       - f->Load("myFile.gdcm");
226    Due to the syntaxic abilities of Python maybe some troubles will occur
227    (not sure ...)
228
229 Thu Jul 7 15:55:39 2005 by jpr
230   gdcmDocument.cxx
231   Comment out the time consuming, never used/useless
232   'Extended tag' stuff for Sequence embedded Entries
233
234 Thu Jul 7 15:11:38 2005 by jpr
235   gdcmDocument.cxx
236   Move code lines LTTG so save some CPU time.
237   (hope so)
238
239 Tue Jun 7 13:12:10 2005 CEST by jpr
240    Example/*.cxx
241    Use Argument Manager in 'utilities'
242
243 Thu Jul 7 12:12:32 2005 by jpr
244    gdcmFile.cxx
245    Due to something stupid in the gdcm::File constructor, the file was parsed 
246    twice when we used old style, e.g :
247    gdcm::File *f = new gdcm::File(fileName);
248    instead of new style, e.g. :
249    gdcm::File *f = new gdcm::File( );
250    f->SetLoadMode ( choose what you want *not* to load here );
251    f->Load( filename );
252
253 Wed Jul 6 11:53:43 2005 by jpr
254    TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx
255    Now TestAllReadCompareDicom.cxx TestReadWriteReadCompare.cxx accept a third
256    param, in order not to have to recompile to gdcm::Debug::DebugOn().
257
258 Wed Jul 6 17:18:42 2005 by jpr
259    gdcmDocument.cxx
260    According to Mathieu's requirement, Load twice the same file keeps the rseult of
261    the first Load (instead of doing it twice)
262
263 Wed Jul 6 11:25:12 2005 by jpr
264    gdcmDocument.cxx
265    - Clean out the Entries if a Document is parsed more than once
266    - Uncomment (usefull) warning messages
267
268 Wed Jul 6 10:42:33 2005 by jpr
269    gdcmDocument.cxx
270    - Comment out a for the moment too much verbose warning message.
271    - Delay some statement as late as possible, to save some CPU time when they're
272      useless
273   
274 Wed Jul 6 13:01:08 2005 by jpr
275    gdcmFile.cxx
276    Now gdcmFile::Load() returns false if file is not gdcm parsable
277    Only gdcmDocument::Load() did it, before.
278    Thx to Benoit for reporting bug
279
280 Sun Jul 3 14:42:04 2005 by jpr
281    gdcmDocument.cxx
282    Should avoid some troubles with 'no length' SQItems within 'true length'
283    Sequences.
284    Thx to Loic Boussel for providing data to fix the bug.
285
286 Sun Jul 3 14:42:04 2005 by jpr
287    gdcmDocument.cxx
288    Should avoid some troubles with 'no length' SQItems within 'true length'
289    Sequences.
290    Thx to Loic Boussel for providing data to fix the bug.
291
292 Sun Jul 3 14:47:23 2005 by jpr 
293    gdcmSQItem.cxx
294    Enh warning message
295
296 Fri Jul 1 13:25:51 2005 by jpr
297    gdcmPixelReadConvert.cxx
298    Initialize RLEInfo and JPEGInfo to 0 a avoid further problems
299    (e.g. PrintFile on a DICOMDIR document)
300
301 Thu Jun 30 16:49:02 2005 by jpr
302    gdcmFile.cxx
303    Enhance gdcm::File::IsReable() heuristics to be able to process some Loic
304    Boussel's Hall of Shame Dicom images
305
306 Wed Jun 29 17:58:33 2005 by jpr
307    gdcmDocument.cxx
308    Add the NO_SHADOWSEQ load mode
309
310 2005-06-26 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
311     * Quite a few new dictionaries were added in gdcm. The file:
312       gdcm/Dict/README should always explain were the info was found
313       (in case of double check). Also some dict are still only
314       express as 'template' (they contain 'xx'), therefore
315       a python script should be run first to generate a full dict.
316       In the longer term this python script should be replaced by
317       a cmake script.
318
319 2005-06-25 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
320    * dicomV3.dic is deprecated in favor of gdcm.dic
321      There is now a dictionary per family:
322      - dicomV3.dic -> DICOM V3
323      - Papyrus.dic -> Papyrus
324      - NIH.dic     -> tags that were never allowed in the main standard
325
326 Fri Jun 24 12:50:20 2005 CEST by jpr
327    gdcmFile.cxx
328    Pixel Spacing related problems : update comments.
329    Thx to D. Clunie for providing data to check the code
330
331 Fri Jun 24 12:55:58 2005 by jpr
332    Summer nights are really too hot to sleep.
333    Coding style : kosherization of all the 'if's (300 amongst 900 were haram)
334
335 Thu Jun 23 11:20:23 2005 by jpr
336    gdcmDocument.cxx
337    Extend warning message, for debugging purpose
338
339 Wed Jun 22 10:11:23 2005 by jpr
340    gdcmFile.cxx
341    Coding Style
342
343 Wed Jun 22 10:00:29 2005  by jpr
344    gdcmPixelReadConvert.cxx
345    Fix misstyping, while removing spurious \t characters
346
347 Wed Jun 22 09:52:32 2005 by jpr
348    gdcmPixelReadConvert.cxx
349    Some constructors (at least one ...) use BitsAllocated =! BitsStored for
350    negative Pixels.
351    That break at lot of viewers ...
352    We now *propagate the sign bit* upon the unused ones, better than masking them
353    out.
354    Thx to Luca Picello for profiding data to fix the bug
355
356 Wed Jun 22 09:53:52 2005 by jpr
357    gdcmFileHelper.cxx
358    gdcm images are now "GDCM 1.1" built.
359
360 Mon Jun 20 19:10:17 2005 by jpr
361    gdcmFileHelper.cxx
362    Avoid re writing Palette Color Lookup Table UID when Palette Color is removed
363
364 Mon Jun 20 17:58:53 2005 by jpr
365    gdcmDocument.cxx
366    Preventive bug fix for LUT Data.
367    I said : LUT Date, *not* Palette Color
368
369 Sun Jun 19 17:57:29 2005 by jpr
370    gdcmDocumentcxx
371    To avoid warnings at compile time
372
373 Fri Jun 17 14:27:52 2005 by jpr
374    gdcmRLEFrames.cxx
375    Try to solve RLE pb
376
377 Fri Jun 17 14:36:07 2005 by jpr
378    gdcmDocument.cxx
379    Add comments
380
381 Fri Jun 17 14:35:00 2005 by jpr
382    gdcmFileHelper.cxx
383    Add some accessors for debugging purpose
384
385 Tue Jun 14 15:56:41 2005 by jpr
386    gdcmPixelReadConvert.cxx
387    Now gdcm deals with 16 bits per pixel images with 16 bits Palette colors
388    (3 * 65536 short int ...)
389    Nice fat header.
390    "Segmented Palettes" pb still pending, but I never saw any viewer dealing with it.
391
392 Mon Jun 13 17:43:48 2005 by jpr
393    gdcmPixelReadConvert.cxx
394    Some more oddities dealt with.
395    Doesn't work yet with 65536 entries 16 Bits LUT (?!?), with 16 bits pixels.
396    Still looking for accurate info on the web about it
397
398 Fri Jun 10 16:05:38 2005 by jpr
399    gdcmDocument.cxx
400    Bug fix in Load method.
401    Thx to Benoit for providing fix.
402 2005-06-08 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
403    * src/gdcmUtil.cxx : change call to Util::Format to sprintf because of 
404      lantency with the Util::Format function
405
406 Tue Jun 7 15:48:35 2005 by jpr
407    gdcmUtil.cxx
408    The highy time consuming method GetMacAdress is now called just once
409
410 Tue Jun 7 11:58:29 2005 by jpr
411    gdcmDicomDirElement.cxx
412    Use TranslateToKey better than Format
413
414 Tue Jun 7 12:07:20 by jpr
415    gdcmDictEntry.cxx
416    Remove some spurious calls to Format
417    // according to 'Purify', TranslateToKey is one of the most
418    // time consuming methods.
419    // Let's try to shorten it !
420
421 Mon Jun 6 14:37:58 2005
422    class ArgMgr (for Arguments Manager) is designed for
423        command line arguments management
424        (to make programmer's live easier)
425        (could be used for any kind of 'command line program')
426
427 2005-06-07 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
428    * Adding users file in CVSROOT for mail blaming 
429
430 2005-06-04 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
431    * Adding potential support for JPEG-LS DICOM files.
432
433 Fri Jun 3 18:05:23 2005 by jpr
434    gdcmDocument.cxx
435    Fix VR processing, to be CP-288 conform.
436    Now we can parse any kind of DICOM SR.
437
438 Fri Jun 3 11:05:15 2005 by jpr
439    gdcmDocument.h
440    Doxygenation
441
442 Thu Jun 2 15:42:18 2005 by jpr
443   gdcmDocument.cxx
444    Add warning about Load Mode
445
446 Thu Jun 2 16:20:14 2005 by jpr
447    gdcmFile.cxx
448    Harden gdcm::File::IsReadable(), in order not to be confused any longer
449    by lost of Pixel Element
450
451 Fri May 27 12:51:00 2005 by jpr
452    gdcmFileHelper.cxx
453    To avoid pushing out twice the meta elements, wile trying to write 'ACR-NEMA-
454    style.
455    And avoid some memry leaks -hope so-
456
457 Wed May 25 14:54:17 2005 by jpr
458    gdcmDocument.cxx
459    Should avoid some memory leaks
460
461 2005-05-22 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
462    * Adding potential support for mpeg and jpeg2000 through two new lin
463     - JasPer for JPEG2000
464     - libmpeg2 from the MPEG consortium
465     Also adding intial work to use this lib.
466
467 Fri May 20 10:27:55 2005 by jpr
468    gdcmFileHelper.cxx
469    To avoid warning.
470    (this time, it's wasn't dangerous at run time)
471
472 Thu May 19 17:31:21 2005 by jpr
473    gdcmFileHelper.cxx
474    FIX possible troubles when checking
475      'Hight Bit Position' vs 'Bits Allocated' and 'Bits Stored'
476    Thx to Mathieu for reporting bug
477
478 Wed May 18 12:12:07 2005 by jpr
479    gdcmDocument.cxx
480    Fix : now dcm deals with 'No preamble', Big Endian Explicit VR group 0002.
481    Thx to Dennis Hu for providing a sample image to fix the bug.
482
483 Tue May 17 14:44:09 2005 by jpr
484    gdcmFile.cxx
485    ENH : According to David Clunie's advice, we check now 'Imager Pixel Spacing'
486       before 'Pixel Spacing', when we want to get X or Y Spacing.
487
488 Tue May 17 19:10:49 2005 by jpr
489    gdcmFileHelper.cxx
490    ENH : Now, FileHelper::CheckMandatoryElements() makes some consistency checking,
491          at LTTG (Least Time To Go)
492          around Bits Allocated, Bits Stored, High Bit Position,
493          to avoid unaware user to mess up the stuff.
494
495 Tue May 3 11:43:04 2005 by jpr
496    gdcmDicomDir.h, .cxx
497    Load returns now a bool (allow user not to call IsReadable() )
498
499 Tue May 3 11:51:06 2005by jpr
500    gdcmFileHelper.cxx
501    Now the gdcm::File remains unimpaired after writting, in any case
502
503 Fri Apr 29 17:10:55 2005by jpr
504    gdcmDocument.cxx
505    Don't abort the prog when File not open
506
507 Wed Apr 27 12:00:35 2005 by jpr
508    gdcmFile.cxx
509    Removal of now useless lut-related stuff
510
511 Wed Apr 27 11:52:27 2005 by jpr
512    gdcmFile.cxx
513    Pb of 'Bits Allocated = 12' is now dealt with in
514    FileHelper::CheckMandatoryElements, no longer in File::Write.
515    Thx to Mathieu for reporting bug.
516
517 2005-04-26 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
518    * Testing/TestAllReadCompareDicom.cxx : update the test printed results and
519      description.
520
521 Tue Apr 26 18:18:23 2005 by jpr
522    gdcmDocument.cxx
523    Should leave gdcm::Document constructor in a much quicker
524    and much cleaner way when anything wrong occurs.
525
526 Tue Apr 26 18:25:49 2005 by jpr
527    gdcmPixelReadConvert.cxx
528    Prepare MPEG Dicom encapsulated processing (within a loooong future)
529
530 Fri Apr 22 14:59:58 2005 by jpr
531    gdcmDocument.cxx
532    Modify Print() output
533
534 Fri Apr 22 15:37:57 2005  by jpr
535    gdcmTS.cxx
536    Prepare (future) MPEG integration
537
538 Thu Apr 21 09:40:00 2005 by jpr
539    gdcmTS.cxx
540    Taking into account Dicom MPEG
541
542 2005-04-20 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
543    * FIX : Numerical exception on borland (cannot divide by 0, doh !)
544          But this is a case where we should really signify the user there is
545          few chance the serie is really a serie...
546
547 2005-04-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
548    * FIX : on X, the python part is correctly installed. All files are
549      installed in gdcm sub-directory
550
551 Tue Apr 19 11:58:19 2005 by jpr
552    gdcmDocEntry
553    Should suppress some warnings from Borland compiler
554
555 2005-04-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
556    * Builder/ : add something to facilitate the RPM creation of gdcm
557
558 2005-04-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
559    * Fix gdcmDirList::IsDirectory. Apparently borland did not like the ending
560      '/'
561    * Also fix compilation on gcc 3.3.5 does not have ios::failure either ...
562
563 Thu Apr 14 16:26:19 2005 by jpr
564    gdcmDicomDir.h, .cxx
565    Now, user can ask gdcm::DicomDir to skip SeqEntries or shadow groups, when
566    possible :
567      // Old style (still available) :
568      dcmdir = new gdcm::DicomDir(dirName, true);
569
570     // new style (user is allowed no to load Sequences an/or Shadow Groups)
571     dcmdir = new gdcm::DicomDir( );
572     dcmdir->SetParseDir(true);
573     dcmdir->SetLoadMode(NO_SEQ | NO_SHADOW);
574     dcmdir->Load(dirName);
575
576 2005-04-11 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
577    * vtk/vtkGdcmWriter fix bug when writing spacing. The Y spacing comes first
578      then the X spacing.
579     * Fix compilation on gcc 2.96 (which does not have ios::failure)
580
581 Mon Apr 4 17:15:24 2005 by jpr
582    gdcmFileHelper.cxx
583    Fix stupid bug when writting ACR-NEMA image from 'ACR-LibIDO' one.
584
585 2005-04-05 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
586    * src/gdcmDictGroupName.[h|cxx] : add a correlation between a group (number)
587      and it's representation name (for the NIH)
588
589 2005-03-31 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
590    * src/gdcmPixelReadConvert.cxx : problems of around of double to uint8, when
591      conversion of YBR to RGB pixels. So, now, the conversion is made using 
592      integers only
593
594 2005-03-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
595    * Testing/TestAllReadCompareDicom.cxx : now use test files (invented file
596      format) to replace 'at-run' dicom files generated by the 
597      TestAllReadCompareDicom test
598
599 Tue Mar 22 12:29:37 2005 by jpr
600    gdcmDocument.cxx
601    * FIX : element 0x0000 of shadow groups is now force to a ValEntry, 
602      and it's VR is forced to UL
603    * ENH : user id now allowed to tell he doesn't want to deal with Sequences
604       and/or with Shadow groups
605       use SetLoadMode (NO_SEQ | NO-SHADOW);
606
607 Tue Mar 22 12:40:13 2005 by jpr
608    gdcmFileHelper.cxx
609    *FIX Restore pushed out elements
610
611 Fri Mar 11 12:08:31 2005 by jpr
612    gdcmDocEntry.cxx
613    Remove spurious #define MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE
614
615 Fri Mar 11 12:12:13 2005 by jpr
616    gdcmFile.cxx
617    Final removal of gdcmFileHelper::InitializeDefaultFile();
618
619 Wed Mar 9 20:29:38 2005 by jpr
620    gdcmDicomDir.h, .cxx
621    Add Anonymize method (not yet fully checked)
622
623 2005-03-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
624    * src/gdcmFileHelper.cxx : remove memory leaks and bugs when writing files
625
626 Wed Mar 2 18:18:32 2005by jpr
627    gdcmFile.cxx
628    Fix gdcm::FileHelper::CheckMandatoryElements() to take into account David
629    Clunie's remarks.
630
631 2005-02-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
632    * src/gdcmFileHelper.cxx : JPR bad personal choices fix
633
634 Mon Feb 21 18:45:41 2005 by jpr
635    gdcmFileHelper.cxx
636    * Replace method CheckMetaElements by CheckManadatoryElements
637      To deal with the pb of UID's, and with Type 1 an Type 2 Entries
638      (probabely some stuff still missing)
639    * We shall have to decide the way we proceed to allow user 'freeze' Serie UID
640       between a given call and the next one (to add images to a Serie he just
641       created)
642   * We shall have to decide the way we proceed to allow user 'freeze' Study UID
643       between a given call and the next one, or to reuse an already existing
644       Study UID (i he wants to add his own Series to an already existing Study)
645
646 Thu Feb 17 17:18:33 2005 by jpr
647    gdcmFile.cxx
648    To avoid further pb, Initialize defaults now Photochromatic Interpretation to
649    MONOCHROME2 (low values = dark), better than MONOCHRONE1.
650    Thx to Benoit for reporting bug
651
652 Thu Feb 17 11:56:20 2005 by jpr
653    gdcmUtil.cxx
654    Prepare FileMetaInformationVersion (group 0002) management
655
656 Thu Feb 17 12:02:47 2005 by jpr
657    gdcmFile.cxx
658    Group 0002 management
659
660 Thu Feb 17 12:03:32 2005 by jpr
661    gdcmDocEntryArchive.cxx
662    Fix comments
663
664 Wed Feb 16 11:19:19 2005 CET by jpr
665    gdcmPixelReadConvert.cxx
666    Taking into account MONOCHROME1 + Signed Pixels (?!)
667
668 Tue Feb 15 19:12:34 2005  by jpr
669    gdcmFile.cxx
670    Taking into account the difference between MONOCHROME1 (low values = bright)
671    and MONOCHROME2 (low values = dark)
672
673 Mon Feb 14 11:45:04 2005by jpr
674    gdcmDocument.cxx
675    Remove some useless mask operations, to save CPU time
676
677 Mon Feb 14 15:51:10 2005 by jpr
678    gdcmUtil.cxx
679    *never* forget to re-compile just *before* committing!
680
681 Mon Feb 14 15:34:27 2005 by jpr
682    gdcmUtil.cxx
683    First commit on the post 1.0 (Version? / Tag? / Branch?) :
684    Fix Doxygen warnings
685
686 Mon Feb 14 11:45:47 2005 by jpr
687    gdcmValEntry.cxx
688    remove useless comments
689
690 2005-02-11 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
691    * Testing/TestMAkeIcon.cxx : complete the test
692
693 2005-02-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
694    * Testing/TestWriteSimple.cxx, TestSequence.cxx : fix memory leaks
695
696 Fri Feb 11 16:22:18 2005 by jpr
697    gdcmDocEntrySet.cxx
698    Typo, comments, doxygenation
699
700 Thu Feb 10 11:55:26 2005 by jpr
701    gdcmFile.cxx
702    AnonymizeNoLoad improvement
703
704 Thu Feb 10 10:07:19 2005 by jpr
705    gdcmFile.cxx
706    Duplicate Matthieu's hack to prevent bombing in Anonymize
707
708 Thu Feb 10 12:20:34 2005by jpr
709    gdcmDocEntrySrt.cxx
710    The following gdcm::DocEntrySet methods, no re-definable is child classes are no
711    longer virtual
712     virtual ValEntry *GetValEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
713     virtual BinEntry *GetBinEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
714     virtual SeqEntry *GetSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
715     virtual bool SetValEntry(std::string const &content,
716     virtual bool SetBinEntry(uint8_t *content, int lgth,
717     virtual bool SetValEntry(std::string const &content, ValEntry *entry);
718     virtual bool SetBinEntry(uint8_t *content, int lgth, BinEntry *entry);
719     virtual ValEntry *InsertValEntry(std::string const &value,
720     virtual BinEntry *InsertBinEntry(uint8_t *binArea, int lgth,
721     virtual SeqEntry *InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem);
722
723 2005-02-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
724    * src/gdcmFileHelper.[h|cxx] : now correctly set the VR of the datas when 
725      writting the file
726
727 2005-02-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
728    * Test/VTKTestWriteSeq.cxx : add a VTK test to write sequences
729
730 2005-02-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
731    * Test/ : accelerate tests (it's not very significant accelerations).
732      Remove TestCopyDicom that is redundant with TestCopyRescaleDicom
733
734 Mon Feb 7 15:48:34 2005 by jpr
735    gdcmDicomDir.h, .cxx
736    Add some commented out lines to prepare future version of 'Full DICOMDIR' stuff
737
738
739 2005-02-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
740    * Testing/TestSequence.cxx : add test for sequences of images... test that
741      we have the same serie or the same study UID
742
743 2005-02-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
744    * gdcmPython/gdcm.i : bug fix. Now string are correctly converted in python
745      string type
746    * src/gdcmDict.h : remove commented code
747    * src/gdcmDocument.cxx : initialize values
748    * src/gdcmFile.cxx : bug fix when reading values
749    * gdcmPython/demo/ : change file names. Remove useless files
750
751 Sun Feb 6 15:31:09 2005 by jpr
752    gdcmDicomDirStudy.h
753    Update comments for DicomDir stuff
754
755 Sun Feb 6 15:39:35 2005 by jpr
756    gdcmDocument.cxx
757    * Add method File::AnonymizeNoLoad, to allow anomymizing files
758            even when the pixels are not gdcm Readable
759     * Add methods File::AddAnonymizeElement and File::ClearAnonymizeList
760             to allow user to choose the elements whose value
761             he wants to white out / replace
762
763 2005-02-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
764    * src/gdcmFile.cxx : remove the default array of initialization.
765      The static array contained pointers to non-static values (comming from
766      strings). To have coherences, when creating files, these values can't be
767      static. So, the array can't be static, too ! To simplify, the array have
768      been replaced by repeted lines to insert values in the File
769
770 Fri Feb 4 15:49:01 2005 by jpr
771    gdcmDocEntry.cxx
772    * Add GetFirstValEntry + GetNextValEntry, for Python users
773    * Some more Doxygenation + typo fixing
774
775 2005-02-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
776    * src/gdcmBinEntry.cxx : bug fix for BIG_ENDIAN part when writing the content
777    * gdcmPython/gdcm.i : rename gdcmHeader to gdcmHelper
778
779 Thu Feb 3 18:12:46 2005 by jpr
780    gdcmPixelReadConvert.cxx
781    Fix Doxygen warning
782
783 2005-02-02 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
784    * FIX SQItem::AddEntry inserts now *in the right place* any Entry
785               (Dicom Element) into the Sequence Item
786
787 2005-01-31 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
788    * src/*.cxx : first parss to normalize file organisation
789
790 2005-01-31 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
791    * src/gdcmDirList.[h|cxx] : add method to find a directory
792    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : bug fix under Windows
793
794 2005-01-31 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
795    * Finish cleaning up my JPEG mess. Should be ok now.
796    * Getting toward a RLE very similar to JPEG. Every RLE stuff is now self
797       contained within the RLE* class(doh!)
798
799 2005-01-30 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
800    * SerieHeader::SetDirectory() allow recursive exploration of the Directory
801    * SerieHeader::AddFileName() creates as many Coherent Files lists 
802              (same Serie UID) as it founds different Serie UID 
803               amongst the files instead of discarting any file 
804              that doesn't match with the first one he found.
805     * SerieHeader::OrderGdcmFileList has now one parameter : 
806                the Coherent Files list the user wants to sort
807    * SerieHeader::GetFirstCoherentFileList()  |
808    * SerieHeader::GetLastCoherentFileList()   | allow to parse 
809                the set of Coherent Files lists 
810    * const SerieHeader::GdcmFileList &GetGdcmFileList() is kept, for backwards
811                compatibility (it returns the *first* Coherent Files list, 
812                since there was only one before)
813    * Test/TestSerieHeader gets gdcmData as a default root directory
814   
815 2005-01-28 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
816    * Remove friend between DocEntry and File classes
817    * Remove friend between PixelReadConverter and RLEFramesInfo, 
818      JPEGFragmentsInfo
819
820 2005-01-28 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
821    * src/gdcmFile.cxx, gdcmDocument.cxx : fix the bug on the group|element
822      0002|0000. The value was incorrect.
823
824 2005-01-28 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
825    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the gestion of UID
826
827 2005-01-28 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
828    * src/gdcmUtil.cxx : compilation fix on Win32
829    * src/gdcmUtil.[h|cxx] : Set the default GDCM UID in a static constant
830      variable, to be easy found. Add methods to change the default UID.
831      Amelioration of the CreateUniqueUID to use the correct default UID.
832    * src/gdcmFile.cxx : correct use of the CreateUniqueUID method to create
833      a new file
834
835 2005-01-28 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
836    * Test/TestVR.cxx : fix memory leaks
837
838 2005-01-27 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
839    * Rewrite the base 256 to base 10 conversion, using string operation only.
840      This allows us to get rid of the problematic 64bits integer type (does not
841      always exist on target platform).
842
843 2005-01-27 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
844    * Add construct and destructor to class gdcm::Debug to close the debug file
845           automatically
846    * Don't let uset to open twice the same file
847    * gdcm has now an official UID prefix,
848           supplied by http://www.medicalconnections.co.uk
849           1.2.826.0.1.3680043.2.1143
850           (Thx to Mathieu for providing URL)
851    * Add a forty-entries private Dicom Dictionary (Philips MR Intera)
852          to be able to perform some more tests
853    * gdcm::ContentEntry : Contructors and Destructor are now protected,
854          in order to be sure no user will try to use them.
855          (at user level, only the children classes are meaningfull)
856
857 2005-01-26 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
858    * move RLEInfo & JPEGInfo from Document to File
859
860 2005-01-26 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
861    * FIX : remove so many friend between classes
862
863 2005-01-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
864    * src/gdcmDocEntrySet.cxx : Bug fix when getting the value
865    * src/gdcmContentEntry.[h|cxx], gdcmValEntry.cxx : amelioration of code
866
867 2005-01-25 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
868    In order to avoid missbehaviour :
869    . gdcm::DocEntry is now specialized in
870      - gdcm::SeqEntry (Dicom Sequence) as opposed to :
871      - gdcm::ContentEntry (Dicom entry with a 'content')
872    . gdcm::ContentEntry is specialized in
873      - gdcm::ValEntry (Dicom entry with a std::string representable value, i.e.
874        characters value, or integers)
875      - gdcm::BinEntry (Dicom entry with a non strig representable value
876    (user hasn't any longer to thing about the precedence of his dynamic_casts)
877
878 2005-01-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
879    * Test/VTKTest*.cxx : bug fix under linux
880
881 2005-01-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
882    * src/ : rename some methods on Entry (SetXxx, InsertXxx) to have a better
883      use with python. Some methods are moved from Document to ElementSet or
884      DocEntrySet. The equivalent methods to ElementSet have been added to 
885      SQItem and are virtual in DocEntrySet. Methods that may have the same code
886      in SQItem and ElementSet is directly placed in DocEntrySet
887
888 2005-01-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
889    * Test/VTKTest*.cxx : remove the show variable in each test method because
890      it's useless (the viewer variable replace this variable)
891
892 2005-01-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
893    * src/gdcmDocument.cxx : bug fix on potential memory leak
894    * src/gdcmSQItem.cxx : initialize the SQItemNumber value in the constructor
895    * src/gdcmSQItem.[h|cxx], gdcmElementSet.[h|cxx], gdcmDicomDir*.[h|cxx] : 
896      Add ClearXxx methods to remove all the content of the list or map
897    * gdcmDocEntrySet.h : add GetFirst/NextEntry in pure virtual
898
899 2005-01-25 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
900    * methods ReplaceOrCreate renamed as Insert
901      (nobody will be any longer confused by 'CreateOrReplace')
902   
903 2005-01-24 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
904    * Grealty simplify the JPEg decompression, no need to differenciate based on 
905      the JPEG possible type (with/without fragment, with/without multiple frame). 
906      Everything is done throught the JPEG IO Suspension mechanism in IJG
907
908 2005-01-24 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
909    * Stage 3 of normalization :
910      in order to avoid any missunderstanding while reading method names :
911      - All the methods xxxEntry now deal with dicom Entries
912      - Methods GetEntry splitted into
913         GetEntryValue
914         GetEntryBinArea
915      - Method SetEntry renamed as SetEntryValue
916      - Method SetEntryBinArea let as it was
917
918 2005-01-24 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
919     - Add empty nutshell for JPEG-LS (JPG-LS in NOT jpeg 'lossless')
920     - Position correctly the entry points for JPEG2000 and JPEG-LS
921       (Now Fragments info is get from the file, even for JPEG2000 and JPEG-LS)
922
923 2005-01-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
924    * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDict.h : rename AddNewXxx methods to AddXxx.
925    * src/gdcmDict.h : rename GetDictEntry moethod to GetEntry, to be coherent 
926      with other method names
927    * gdcmPython/gdcm.i : bug fix. Add the typemaps for the TagName type
928    * Test/TestDicomDirElement.cxx : add new test
929
930 2005-01-22 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
931    * Finish the CreateUniqueUID stuff. Seems to compiled/runs on every
932      plateforms ITK support. Had some troubles with uint64_t on Win32, go to
933      http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/vclang/html/_langref_data_type_ranges.asp
934      for more info. Basically you can not used 'unsigned' __int8 in an ostream.
935      So can't you use __int64 in ostream at all.
936
937 2005-01-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
938    * bug fix for compilation on MSVC6
939    * gdcmPython/gdcm.i : rename of classes missed
940
941 2005-01-21 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
942    * Stage 2 of names normalization :
943      - A gdcm::Document is now either a gdcm::DicomDir or a gdcm::File
944        (easy to understand ...)
945      - gdcm::FileHelper replaces old class gdcm::File
946
947 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
948    * gdcmDicomDirElement.[h|cxx] : change the AddEntry method. Now, it gets a
949      type and not a string. So, there remove problems on the format of the
950      string.
951
952 2005-01-20 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
953    * Add Example/TestPapyrus.cxx
954      - reads a Papyrus file (gdcm::Header compliant),
955      - gets the pixels of all the images, using low level iterators
956      - writes an multiframes Dicom image.
957    (Just to show it's *possible* to do that)
958     Uses SQItems accessors (we could use it as a 'Test' program, to improve test
959     coverage ...)
960
961 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
962    * src/gdcmDicomDirObject.h : set the FillObject method in protected.
963      Thus, DicomDirXXX are created with a flad that indicates if the created
964      object is empty or not (when not empty, the DicomDirElement is used to
965      fill the object)
966
967 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
968    * src/gdcmDicomDir.cxx : simplify the NewPatient method, like made in
969      gdcm::DicomDirPatient, gdcm::DicomDirStudy, gdcm::DicomDirSerie
970
971 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
972    * src/gdcmSQItem[h|cxx] : rename some methods to have coherent names
973
974 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
975    * src/gdcmDicomDir*.[h|cxx] : rename methods to be logik in their name.
976      Remove all access to the hash-tables or lists in the objects.
977
978 2005-01-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
979    * src/gdcmDebug.h : remove the Debug test in the gdcmErrorMacro
980    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : rename the Initialise method to Initialize, to
981      be complient with all the gdcm source code
982
983 2005-01-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
984    * src/gdcmDocEntry.h : DocEntry is now secure. User can't change the
985      DictEntry or the VR.
986
987 2005-01-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
988    * gdcmPython/ : change GDCM_DATA_PATH to GDCM_DATA_ROOT to be complient with
989      all in gdcm
990
991 2005-01-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
992    * Test/ : rename VTK tests to have a best name for the tests
993    * gdcmPython/demo/*.py.in : Change the InitTraversal/GetNextEntry use to
994      GetFirstEntry/GetNextEntry use
995
996 2005-01-18 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
997    * In SerieHeader::ImagePositionPatientOrdering()
998      // a Dicom 'Serie' may contain scout views
999      // and images may have differents directions.
1000      // -> More than one may have the same 'pos'
1001      // Sorting has then NO meaning !
1002      Thx to Eduardo Davila for reporting bug.
1003
1004 2005-01-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1005    * Test/ShowDicom.cxx, ShowDicomSeq.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : change the
1006      test. Now it's on image content and not on the resulting visualisation...
1007      might solve the problem on linux when using the OpenGL drivers
1008
1009 2005-01-18 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1010    * ENH for DicomDir, DicomDirPatient, DicomDirStudy, 
1011              DicomDirSerie, DicomDirImage
1012              Dict, DictSet classes :
1013          -add method GetFirstEntry to replace call to InitTraversal+GetNextEntry
1014          -remove InitTraversal method.
1015    * UPD Test programs + Example programs
1016
1017 2005-01-18 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1018    * remove useless and never updated keyword \ingroup         
1019    * Solve pb when structure (list, map, ...) is empty.
1020      Thx to Benoit for reporting bug
1021
1022 2005-01-18 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1023    * Taking into account of 'Transfer Syntax' value
1024        (for 'true' Dicom V3 files, the 'ACR-NEMA' heuristics sometimes gives
1025          unaccurate result)
1026
1027 2005-01-17 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1028    * src/gdcmUtil.cxx : bug fix to find the Windows MAC address. Now, there
1029      is no memory access violation
1030    * gdcmPython/demo : add python demos using VTK
1031
1032 2005-01-16 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1033     * FIX 'Dictionnary' is now spelt 'Dictionary'
1034           'wether' is now spelt 'whether'
1035           'archieve' is now spelt 'archive'   ;-)
1036
1037 2005-01-15 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1038     * ADD DicomDir, DicomDirPatient, DicomDirStudy, DicomDirSerie, DicomDirImage
1039           related methods, in order not to expose internal mechanisms
1040         InitTraversal();
1041         GetNextEntry();
1042     * REM methods that exposed internal mechanisms :
1043         DicomDir::GetDicomDirPatients()
1044         DicomDirPatient::GetDicomDirStudies()
1045         DicomDirStudy::GetDicomDirSeries()
1046         DicomDirSerie::GetDicomDirImages()
1047     * UPD Test programs :
1048         makeDicomDir.cxx
1049         BuildUpDicomDir.cxx
1050         TestDicomDir.cxx
1051      * UPD Example program
1052         PrintDicomDir.cxx
1053     * ADD DictSet methods
1054         InitTraversal()
1055         GetNextEntry()
1056
1057 2005-01-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1058    * Removed the Print/indent/default parameter mess. There is absolutely no
1059     reason to have to methods, moreover with the second taking the ostream as
1060     *SECOND* parameter. This was clearly a bad hack to get things compile.
1061
1062 2005-01-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1063    * Complete rewrite of the GetMacAddress code. Now the code is *much*
1064     smaller (no more MacOSX specific crap). A lot more POSIX oriented.
1065     Unfortunately the main code does not work on SunOS, thus provide a specific
1066     code for this platform only (and Win32 of course). Since this seems to be
1067     working, change CreateUniqueUID to use GetMACAddress instead of the
1068     problematic GctestetIPAddress
1069
1070 2005-01-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1071    * Unfortunately to be able to test gdcmDirList I had to break the API
1072      a little. Now the class is not a std::list anymore but has a member
1073      std::vector (more ITK compatible). Allow unit testing on Win32 and
1074      shared libs.
1075
1076 2005-01-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1077    * Update SerieHeader to take into account a Serie Instance UID to properly
1078      sort DICOM files
1079
1080 2005-01-13 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1081    * ENH - Comment out Mathieu's (dangerous) Super Hack
1082          for dealing with BIGENDIAN processors
1083          - Move equivalent stuff to BinEntry::WriteContent
1084          When necessary, 16 Bits Pixels are swapped in a small buffer
1085          and then written. This avoid allocating a huge buffer, in
1086          PixelWriteConvertor, and avoid modifying the Pixel Area.
1087          Note :
1088          Probabely, the same operation will have to be done when we want 
1089          to write image with Big Endian Transfert Syntax, 
1090          and we are working on Little Endian Processor
1091                   
1092 2005-01-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1093    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : comment all methods concerning a flat hash
1094      table.
1095    * src/gdcmElementSet.[h|cxx] : rename Initialize into InitTraversal
1096    * src/gdcmDict.[h|cxx] : add InitTraversal/getNextEntry methods to parse
1097      all the dict content.
1098    * src/gdcmDictEntry.cxx : add a carriage return at the end of the DictEntry
1099      print
1100    * Test/TestDict.cxx : add a new test for the dict classes
1101
1102 2005-01-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1103    * src/gdcmDebug.h : Adding an option to redirect debug stream to a 
1104                        file. Debug is yanked if compiled with NDEBUG
1105
1106 2005-01-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1107    * src/gdcmDictSet.h : set the default output to the os variable
1108    * src/gdcmDictEntry.[h|cxx] : add the Print method
1109    * gdcmPython/demo/ : add a new test
1110
1111 2005-01-13 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1112    * merging of Test/PrintDicomDir and Test/TestDicomDir
1113    * removal of now redundant Test/PrintDicomDir
1114    * enhancement of Example/PrintDicomDir
1115
1116 2005-01-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1117    * Now, python test might work on systems
1118    * Add the PrintDicomDir test
1119
1120 2005-01-13 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1121    * FIX : First entry following group 0002 was lost for
1122            Explicit Big Endian Transfer Syntax files
1123           (group and elem not swaped)
1124    
1125 2005-01-12 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1126    * FIX : Old quick and dirty 'optimistic' heuristic to deal with
1127            Big Endian Transfer Syntax supposed the group following 0002
1128            begins always by element 0000 (element 0000 is *optional*)
1129            To avoid further troubles, let's be pessimistic, and use
1130            Document::HandleOutOfGroup0002() method 
1131     * FIX : comparison between GDCM_NOTLOADED and Transfer Syntax
1132               (related pb not yet solved)
1133
1134 2005-01-12 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1135    * Bug fix for the python part use
1136    * Now, PrintHeader.py pass... but outside the ctest use. shit !
1137
1138 2005-01-12 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1139    * gdcmPython/gdcm.i : bug fix when compiling with MSCV
1140
1141 2005-01-11 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1142    * Untangle TransferSynatx from gdcm::Document. Now Document only manipulate
1143      a string and should ask the global TS dict what are the propreties of 
1144      the transfer syntax
1145
1146 2005-01-11 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1147    * Replace confusing name SwitchSwapToBigEndian name by SwitchByteSwapCode
1148    * Add the Document::HandleOutOfGroup0002(uint16_t group) method
1149        to swap the Swap Code, at parsing time, when we come out of group 0002
1150        and Transfer Syntax is Big Endian
1151        We should be able to read now 'true DICOM" Big Endian coded images
1152     * Add optional run time SetDebugOn (last param) for PrintHeader, PrintFile
1153     * Replace the french 'Transfert Syntax' by the english 'Transfer Syntax'
1154
1155 2005-01-10 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1156    * Hopefully fix the bug on MacOSX and static global initialization.
1157    This is the only -minor- patch I found that both please MacOSX and VS6.
1158    Other patch would be to declare a const std::string & GDCM_UNFOUND() instead,
1159    but this would require a lot of change. Another approach would be that Global
1160    create those string and GDCM_UNFOUND becomes a pointer to a string (which
1161    gdcm::Global would destroy at exit).
1162
1163 2005-01-08 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1164    * Fix bug on MacOSX with static initialization in a multy threaded
1165     environment. static const string in a header file used to be ill
1166     initialized provoquing the freeze of any tests. patch should solve this
1167     issue.
1168
1169 2005-01-08 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1170    * According to Benoit's suggestion, and without any objection from anybody
1171       - methods SetxxxByNumber and GetxxxByNumber renamed as Setxxx and Getxxx
1172       - methods Dict::Print() and Dict::PrintByKey() merged into Dict::Print()
1173       - method gdcmDicomDirObject::GetEntry() renamed as 
1174          gdcmDicomDirObject::GetEntryHT() to avoid confusion (and compile error)
1175
1176 2005-01-07 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1177    * Now gdcm::Debug is clearly a copy/paste of VTK approach. You can manipulate
1178      you debug/warning message just as c++ streams which make them very convinient
1179      to use. Once this is stabilize I will change the ostringstrem to be
1180      redirected to a file (ofstream).
1181    * Properly support C99 extension: __FUNCTION__ which allow us to display
1182      the name of the function call (GNUC also allow __PRETTY_FUNCTION__ for c++)
1183
1184 2005-01-07 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1185    * Removal of useless and dangerous methods :
1186          GetEntryByName, GetEntryVRByName, GetDocEntryByName, SetEntryByName
1187          GetDocEntryByName, GetEntryByName, GetDictEntryByName
1188    * Removal of usless methods :
1189          Dict::PrintByName, Dict::GetDictEntryByName
1190    * Commenting out of probabely useless methods :
1191          Dict::GetDictEntryNames()
1192          Dict::GetDictEntryNamesByCategory()
1193          DictSet::GetPubDictEntryNames()
1194          DictSet::GetPubDictEntryNamesByCategory()         
1195    * ENH : New Dicom Dictionary (with Value Multiplicity) is now used    
1196    * ENH : Use dicomTS.dic as described in 2004 version   
1197    * ENH : Removal out of the Dicom Dictionary of non dicom 'fourth' field
1198            Add         to the Dicom Dictionary of Dicom 'Value Multiplicity' field
1199            Add Accessors on VM (Value Multiplicity), and VM related methods           
1200    * ADD : Add a list of 'Dicom Attribute types', as found in
1201            http://medical.nema.org/dicom/2004/04_15PU.PDF
1202                       Unused till now...           
1203    * ADD : Add dicomGroupNameAbbreviations.dic
1204            should be used to write a method to replace the former
1205            Dict::GetDictEntryNamesByCategory()
1206
1207 2005-01-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1208    * src/gdcmDocEntry.[h|cxx] : now the ReadLength is the length of the data
1209      to read in the file... and only it ! Length is the efective length of the
1210      data in the DocEntry structure
1211
1212 2005-01-07 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1213    * Change the gdcmDebug approach. Remov the global static debug 'dbg'.
1214      And now use a static function call instead, with a global variable. i
1215      This is much closer to the VTK approach. Hopefully should be bulletproof
1216      and easier to use...hopefully
1217
1218 2005-01-06 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1219    * Adding GetMACAddres very alpha for now. This is tricky to be cross plateform.
1220
1221 2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1222    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : remove all copy of DocEntry when parsing a file
1223
1224 2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1225    * src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.[h|cxx] : amelioration of
1226      ValEntry, BinEntry, SeqEntry creation or replace
1227
1228 2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1229    * src/gdcmDictEntry.h : now, the IsVRUnknown is correct
1230    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : simplify the search of VR value when parsing
1231      a file
1232    * src/gdcmDocEntrySet.cxx : now the created DocEntry without values is good
1233      when specifying the VR
1234    * src/gdcmVR.[h|cxx] : add usefull method to test the validity of a VR
1235    * src/gdcmDocEntry.cxx : amelioration of print
1236
1237 2005-01-05 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr>
1238    * ADD : Add the method Util::IsCurrentProcessorBigEndian
1239           (we'll need it for 'Explicit VR Big Endian' Transfert Syntax)
1240    * ADD  Method Document::ComputeGroupLength
1241    * ENH : now  parsing creates a Vitual DictEntry for Pixels Element,
1242            in order to allow further VR modification by user
1243    * REM : removal of once-called method File::WriteBase   
1244            integration of its code in formerly one-line method File::Write
1245
1246 2005-01-05 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1247    * src/gdcmCommon.h : add the GDCM_UNKNOWN constant. This constant is to
1248      replace the different values "??", "Unkn", "Unknown".
1249    * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDictEntry.h, gdcmDictSet.h,
1250      gdcmDocEntry.cxx, gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.h, gdcmSQItem.cxx,
1251      gdcmVR.cxx : use the GDCM_UNKNOWN constant.
1252    * Appears a bug in gdcmDictEntry : IsVRUnknown always returns false... bad
1253
1254 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1255    * src/gdcmBase.[h|cxx] : new base class. Contains the PrintLevel and an
1256      empty Print Method
1257    * Set the gdcm::Base class to some Printable classes
1258
1259 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1260    * src/gdcmFile.[h|cxx] : add the Print method
1261    * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : add the generalized Print method
1262    * src/gdcmDocEntrySet.h : generalize the Print with the PrintLevel
1263    * src/gdcmDocument.h : remove the PrintLevel informations
1264    * Example/PrintFile.cxx : use the new gdcm::File::Print
1265
1266 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1267    * src/gdcmFile.cxx : Add the code of ReplaceOrCreateByNumber to not have
1268      problems when compiling with the python wrapping
1269
1270 2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1271    * src/gdcmFile.cxx : bug fix. Omitted a Push in the DocEntryArchive when
1272      writting in ImplicitVR
1273
1274 2004-12-12 Jean-Michel Rouet <jm.rouet@noos.fr>
1275    * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx], src/gdcmJpeg*.cxx : new handling of
1276      JPEG decompression, especially when dicom frames are split into several
1277      JPEG Fragments. This makes use of jpeg decompression from memory buffer.
1278      This solves reading for example gdcm-JPEG-Lossless_Thoravision.dcm.
1279
1280 2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1281    * src/gdcmHeader.cxx : change the initialisation of default header.
1282      Now, this header is readable by gdm, e-film, DicomWorks
1283
1284 2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1285    * src/gdcmFile.[h|cxx], gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : change the API.
1286      Rename Decompressed to Raw
1287    * Use the API changes in gdcm::File.
1288    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the possibility to write in other modes
1289      Memory leaks fixed
1290
1291 2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1292    * vtk/vtkGdcmWriter.cxx, Example/WriteDicomSimple.cxx : add comments for
1293      each added entry in the header. Replace the 'Planes' field by the 'Number
1294      of Frames' field
1295
1296 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1297    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : now can write stack of images.
1298    * vtk/vtkWriteDicom.cxx : can write 2D stack or 3D image
1299
1300 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1301    * Example/WriteDicomSimple.cxx : example to write a dicom file from nothing.
1302      At this time, this image isn't readable by e-film... waiting JPR help to
1303      solve it.
1304
1305 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1306    * src/gdcmPixelReadConvert.cxx : bug fix when would forcing load of a
1307      DocEntry. Now use methods of the Document !
1308
1309 2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1310    * Test/ShowDicomSeq.cxx : bug fix
1311  
1312 2004-12-08 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1313    * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : bug fix. Plane order isn't inverted
1314    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : correctly write images (the Y axis is inverted)
1315    * Test/ShowDicomSeq.cxx : new test to verify the use of AddFileName method
1316    * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : set the threshold of regression
1317      test to 0.0
1318    * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : remove unused variable
1319    * Test/CMakeLists.txt : add the creation of the gdcmDataSeqImages.h file
1320      containing found sequences
1321
1322 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1323    * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : bug fix, now this test pass
1324      not at all time
1325    * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : rearrange the test to correctly pass...
1326      Some fields in BinEntry must be copied to not seg fault when making the :
1327               gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
1328      and tests are now made on good variables
1329
1330 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1331    * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add a first version of vtkGdcmWriter
1332    * src/gdcmValEntry.cxx : bug fix when setting the value. Problems of odd
1333      length
1334    * src/gdcmHeader.cxx : Remove a useless call to Util::DicomString
1335    * Add vtkGdcmWriter example and test
1336
1337 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1338    * Test/TestUtil.cxx : reformat the source code
1339    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove and change prints
1340    * src/gdcmValEntry.[cxx|h] : now set the length of the value when calling
1341      SetValue
1342    * src/gdcmBinEntry.[cxx|h] : SetValue method don't set the length
1343    * src/*.cxx : remove all useless call to SetLength of a ValEntry object
1344
1345 2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1346    * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : ficnished this class
1347    * src/gdcmFile.cxx : finished the correctly use of PixelWriteConvert
1348
1349 2004-12-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1350    * src/gdcmDocument.cxx : bug fix when opening the file. All read is followed
1351      by an eof to prevent all bad read of the file... and in this case, the
1352      file isn't readable. 
1353
1354 2004-12-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1355    * Example/Volume2Dicom.cxx : comment unused variables
1356    * Test/PrintDicomDir.cxx : comment unused variables
1357    * Test/BuildUpDicomDir.cxx : remove dbg.Verbose. Remove the FIXME.
1358    * src/SQItem.[h|cxx] : remove the PtagHT variable. Remove the AddDocEntry
1359      method that is redondant with AddEntry.
1360    * src/gdcmDocEntrySet.h : add pure virtual methods common to ElementSet and
1361      SQItem
1362
1363 2004-12-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1364    * Bug fix due my last commit (compilation under Windows).
1365    * Example/Volume2Dicom : bug fix in the file and reformatting source code
1366    * src/gdcmFile.h : bug fix. Variable type and variable name had same name
1367
1368 2004-12-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1369    * Huge cleanup:
1370      - Remove printf / sprintf
1371      - include iostream AFTER gdcm so we don't get warnings
1372      - GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM shouldn't be used explitely ouside of gdcm 
1373        source
1374      - Also remove tons of include from header files, hopefully this should 
1375        speeup the compilation time, since it was becoming a dog slow.
1376      - Remove gdcm.h as it include way too many files and slow down compilation 
1377        (plus it is not up to date)
1378      - remove 'using namespace std' this is BAD !
1379
1380 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1381    * Remove memory leaks on the DicomDir
1382    * Remove some useless data in DicomDirObject
1383    * Add usefull methods in SQItem, to be complient withe the ElementSet
1384
1385 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1386    * src/gdcmFile.[h|cxx] : now use FileType instead of TWriteType.
1387
1388 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1389    * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : new class to write data (and in the
1390      future, with convertion)
1391    * src/gdcmFile.[h|cxx] : the PixelWriteConverter instance replace Pixel_Data
1392      and ImageDataSize values. Remove the method to get the PixelReadConverter
1393      from the output of the class
1394
1395 2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1396    * Rename src/gdcmPixelConvert.[h|cxx] to src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx]
1397
1398 2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1399    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
1400      and vtkErrorMacro use.
1401    * gdcmPython/gdcm.i : corrections to avoid warnings at compilation
1402
1403 2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1404    * Test/TestCopyDicom.cxx : the new dicom created is created empty, without
1405      file name in input
1406    * src/gdcmSeqEntry.cxx : bug fix in destruction of an element
1407    * src/gdcmHeader.cxx : bug fix. Keep the string, otherwise it is destroyed.
1408      The string leaves only in the fonction. So when we make a .c_str(), we
1409      get the pointeur on the first element, element that will be destroyed 
1410      immediately after thee instruction.
1411    * src/gdcmDocument.cxx : remove memory leaks. Bug fix when testing if the
1412      file has been opened : the test must be made on the content of the 
1413      pointer and not directly on the pointer !
1414      Code formatting
1415
1416 2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1417    * gdcmPython/gdcm.i : change gdcmHeaderHelper to gdcmSerieHeader. Now,
1418      the python part recompiles
1419
1420 2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1421    * Test/ShowDicom.cxx : Change the test to only open one vtkImageViewer.
1422      Otherwise, under linux (Graphic card : NVidia / SE : FedoraCore 1) the
1423      X session is killed (for my computer... it seems to not be identic on
1424      all linux)
1425
1426 2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1427    * Test/ShowDicom.cxx : now can be used with an off-screen rendering to
1428      avoid problems (otherwise, the difference test between the visible image
1429      and the reference is incorrect. If the reference is greater than the
1430      screen resolution, it's produce errors).
1431      Can be used for only one image. Can be used with a visible flag.
1432    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove commented codes.
1433    * vtk/vtkGdcmReader.h : add the gdcmCommon.h include file to avoid warnings
1434      under windows at compilation
1435    * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : reformat the file. Apply a default window/level
1436      for grayscale images
1437    * vtk/GdcmToBaseline.cxx : new program to easy create the reference image
1438
1439 2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1440    * src/gdcmFile.[h|cxx] : bug fix for ACR-LIBIDO files when writting the file
1441    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : add
1442      tests on the image size X, Y, Z
1443
1444 2004-11-26 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1445    * Remove some useless methods in gdcm::Document, gdcm::Header and gdcm::File
1446    * Rename gdcmHeaderHelper.[h|cxx] to gdcmSerieHeader.[h|cxx] to be coherent
1447      between the class name and the file name
1448
1449 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1450    * src/ : fix compilation warnings for the Write method (2 different
1451      proto). So Rename 'Write(ifstream* fp' into 'WriteContent(ifstream* fp'
1452      fix compilation warnings for the gdcm::Document::TransferSyntaxStrings
1453      variable... create a static method in gdcm::Document to access to
1454      this variable content.
1455
1456 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1457    * src/gdcmDocument.[h|cxx] : set the Transfert Syntax values to the header
1458      file, to be accessed by other files (like gdcmFile). Remove commented
1459      code. Move the change of the header to the gdcmFile, using the
1460      DocEntryArchive
1461    * src/gdcmHeader.[h|cxx] : the write is completely made in the Header.
1462      To be sure of that (and simplify calls), the Write of the header now
1463      gets a file name and not a file pointer (std::ifstream).
1464    * src/gdcmFile.[h|cxx] : apply the write file type to the header, using the
1465      DocEntryArchive. Remove all open of the written file
1466
1467 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1468    * vtk/vtkGdcmReader.cxx : compilation bug fix for the vtk part
1469
1470 2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1471    * src/gdcmDocument.cxx : fix bug... test if the fp is opened to use it
1472    * src/gdcmPixelConvert.cxx : calculate the image size when while the grab of
1473      the header.
1474    * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove PixelRead and ImageDataSizeRaw variables and
1475      some corresponding methods. Write correctly the file and check before
1476      write
1477    * Test/TestCopyDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx,
1478      TestAllReadCompareDicom.cxx : pass the write of images to RGB and test
1479      is now on RGB data (as before my last commit
1480    * Example/PrintHeader.cxx, PrintFile.cxx : repad files.
1481
1482 2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1483    * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmSeqEntry.cxx, gdcmSQItem.cxx, gdcmValEntry.cxx :
1484      Add a print information of the type of the entry
1485    * src/gdcmDocument.cxx : add the write of the preambule of a Dicom file.
1486      It was in the gdcmFile, and all write have been regrouped
1487    * src/gdcmFile.[h|cxx] : add methods to get the Raw data elements and size.
1488      Write correctly all dicom files (in decompressed mode only at this time)
1489    * Test/ : test on files are now made using Raw data and not color data if
1490      any.
1491    * Example/PrintFile.cxx : add more printings
1492
1493 2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1494    * Amelioration of code, remove some code copy. For the loading of
1495      BinEntry (in gdcmDocument), add the test to verify if the file is already
1496      opened or not.
1497
1498 2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1499    * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : bug fix and add a method to temporary
1500      remove a DocEntry in the header (push an empty DocEntry)
1501    * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove some useless variables, methods and code
1502      lines. Bug fix in the initialization of the PixelConvert and the 
1503      DocEntryArchive
1504    * src/gdcmElementSet.[h|cxx] : add methods Initialize and GetNext to
1505      use in TestCopyDicom (now this test can run under windows... but fails)
1506    * Test/TestCopyDicom.cxx : amelioration of the test :
1507      - test the pixels written
1508      - add test points to quickly find where is the error
1509      - can set a file name input and output in arguments
1510    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : 
1511      amelioration of the test output
1512
1513 2004-11-23 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1514    * src/gdcmDocEntryArchive.cxx : complete the print function, that prints
1515      all replaced DocEntry's
1516    * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove all changes of the header when getting data.
1517      Now, each needed DocEntry to modify is duplicated, modified and inserted
1518      to the header using DocEntryArchive. Thus, after save, we can restore the
1519      header initial state.
1520
1521 2004-11-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1522    * src/gdcmFile.h : fix compilation errors on zorglub linuc computer
1523
1524 2004-11-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1525    * src/gdcmDocEntry.cxx : remove the copy of the DictEntry... there isn't
1526      correct to copy it. The DictEntry is specified at the DocEntry creation,
1527      then, it musn't change in the time.
1528    * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : new class. It's goal is to change the
1529      header correctly. At this time, the change is only made for the first
1530      level of the Document. In the future, it might consider sequences.
1531      The change is made by replacing a DocEntry by an other that is created
1532      outside the class. The old value is kept. When we restore the header
1533      status, the added DocEntry is deleted and replaced by the old value.
1534    * src/gdcmElementSet.h : Set the DocEntryArchive like friend.
1535    * src/gdcmFile.[h|cxx] : Use the gdcmDocEntryArchive. Add methods to
1536      set the write type to explicit VR, implicit VR or ACR. Add methods to set
1537      the write mode to native, decompressed or RGB (but not used at this time)
1538
1539 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1540    * src/gdcmSeqEntry.cxx : add initialisation of variable SeqTerm
1541    * src/gdcmDocument.cxx : add delete of DocEntry's to remove some memory leaks
1542
1543 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1544    * src/gdcmDocument.cxx : now, when using the ReplaceOrCreateByNumber to
1545      set a BinEntry, the binArea is copied (like to set a ValEntry, the string
1546      is copied).
1547    * Test/TestCopyDicom.cxx, Example/TestCopyDicom.cxx : the image data isn't 
1548      set because already copied when copying the BinEntry's of the header
1549    * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : remove warnings
1550
1551 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1552    * FIX : now, the DocEntries are all deleted in the gdcmElementSet.
1553      Two problems appear when doing it :
1554       - with the gdcmFile : when the GetImageData method is called, the pixels
1555         are stored in the gdcmPixelConvert, but a gdcmBinEntry link to these
1556         data (pixels). And each structure destruct the data when it's
1557         destructed. So we have two destructions for the same data. To solve it,
1558         a flag is added in the gdcmBinEntry to indicate if the BinEntry owns the
1559         data or not. If it doesn't own data, then they will not destroyed by
1560         the gdcmBinEntry.
1561       - with the gdcmDicomDir : the sequences (gdcmSQItem) contain DocEntry
1562         elements. The DicomDir* (DicomDirPatient, etc.) inherit from SQItem.
1563         Thus destruct the DicomDir* elements and the TagHT of the ElementSet 
1564         create a double destruction of the same DocEntry's. So, to solve it, 
1565         the TagHT is simply cleared and the DicomDir* elements are destroyed.
1566    * TODO : add an entry concerning memory leaks in the DicomDir
1567
1568 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1569    * FIX : src/gdcmDocument.cxx Remove obvious code in the destructor
1570    * FIX : src/gdcmPixelConvert : Set to NULL the deleted structures in the
1571      squeeze method
1572
1573 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1574    * FIX: src/gdcmUtil.cxx : to compile with MSVC6
1575    * src/gdcmDocument.cxx : fix memory leaks. Fix possible bugs : use an object
1576      after it have been deleted
1577
1578 2004-11-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1579    * FIX: src/* fix the doxygen warnings.
1580    * src/gdcmVR.cxx: removed some redundant tests (e.g. LO)
1581    * src/gdcmDocument.cxx: FIX ::ComputeRLEInfo() rleSegmentOffsetTable[]
1582      was erroneously defined with a size of 15 instead of 16. [many thanks
1583      to Jean Michel Rouet for pointing out this bug].
1584
1585 2004-11-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1586     1. Finish merging JMR patch for writting DICOM from scratch
1587     2. Fix -hopefully- bug with MONOCHROME and space vs null character
1588     3. Use const ref when possible
1589     4. Add a new function InitializeDefaultHeader, which create a template DICOM header (CT image for now)
1590     5. A few more comments
1591     6. CreateUniqueUID can now be called without parameter"
1592
1593 2004-11-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1594   * ENH: Slightly bigger patch:
1595     1. Getting toward full integration of JMR patch for writting dicom from scratch
1596     2. Update Test to test part of this patch: CreateUniqueUID
1597     3. File was not close properly in gdcmDict
1598     4. Use of typedef is to be prefered when possible (gdcmDict.cxx)
1599     5. Use of const ref instead of copy (speed issue)
1600     6. Remove temporary (duplicate) string in TranslateToKey
1601     7. Mark extremely dangerous code as such (gdcmDocument.cxx and AddEntry fallback case)
1602     8. Do not repeat virtual in subclasses
1603     9. Implemented in gdcm::Util two new function: GetIPAddress, and CreateUniqueUID
1604
1605 2004-11-15 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1606   * Apply first patch toward better string comparison when dealing with broken 
1607     DICOM files. Essentially the string could be padded with a space instead 
1608     of a null character as defined by standard
1609   
1610 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1611   * src/gdcmDocument.[cxx|h] : fix memory leaks. The return is suppressed
1612     because never used... and in the same time, that's remove some memory leaks
1613
1614 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1615   * src/gdcmFile.cxx : now delete the PixelConvert instance.
1616   * In examples and tests : change the type of image data variables from void*
1617     to uint8_t*. Remmove all delete on image data variables
1618
1619 2004-11-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1620   * src/gdcmDocument.cxx : Set the file pointer TP to 0 in the constructors.
1621     Verify the file pointer value before open the file, and if it's not null,
1622     a verbose message is generated.
1623     Close correctly the file when the file isn't considered dicom-like. The
1624     correctly close is a call to CloseFile.
1625     When closing the file pointer, test if its not null to close the file.
1626   * src/gdcmPixelConvert.cxx : bug fix for the SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
1627     file. For an uncompressed image, the copied data correspond in the least 
1628     case to the image size (calculated) or the image size specified in the 
1629     header. A verbose is generated if these two size mismatch
1630
1631 2004-11-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1632   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : test the existence of the directory
1633     using an 'ifstream' other than a 'FILE *'. The previous solution ('FILE *')
1634     break under windows (with msvc6 compilation).
1635
1636 2004-11-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1637   * src/gdcmDicomDir.h : bug fix for the last Boix's commit (problem when
1638     compiling with MSVC6)
1639
1640 2004-11-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
1641   * Bugs fix for the Windows build with VC6
1642   * CMakeLists.txt : bug fix - The include of the VTK lib is made only when it's
1643     needed (only for projects required VTK). If the VTK is included in all
1644     projects, there is conflicts with the jpeg lib of vtk when compiling the
1645     gdcmjpeg[8,12,16] projects. The first conflict is on the jmorecfg.h file.
1646   * src/gdcmUtil.h : export binary_write methods. Otherwise, there's problems
1647     when compiling the gdcm_wrap.cxx file (created by the compilation of the
1648     gdcm.i file)
1649   * vtk/vtkGdcmDemo.cxx : remove the use of std namespace for the cerr use
1650     (like it's already made for the cout use). Otherwise, conflict with the
1651     std::cerr of vtk.
1652
1653 2004-11-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1654   * src/gdcmDicomDit.h the Method typedef is now local to DicomDir class.
1655   * gdcmPython/gdcm.i:
1656     - comments on the DicomDir::Method related usage added.
1657     - now that we use the namespace gdcm, a lot of internal classes do
1658       NOT need to be wrapped anymore.
1659   * gdcmPython/demo/DicomDirProgressMethod.py (that uses the above
1660     DicomDir::Method) new example added.
1661
1662 2004-11-05 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1663   * Improve string manipulation. I now inforce the notion of 'DicomString'
1664     A DicomString can contain as many \0 as they want
1665     and it is *always* of even length.
1666     We only support odd length for very rare case. 
1667     And in the near future this should be removed.
1668
1669 2004-11-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1670   * /binary_write/ gdcm source. Now even on big endian we are writting
1671     little endian. This should -heopfully- fix some tests
1672
1673 2004-11-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1674   * Now the dictionary is compiled into gdcm lib. This is a default
1675     behavior, thus any dic file specified is picked before failback to 
1676     the one comiled into lib
1677
1678 2004-10-27 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1679   * Change internals for gdcmDict. Don't use any 'new' any more.
1680     This should definitely solve any leak problem, and we should be
1681     as fast as before, as long as don't modify too much the dictionary.
1682
1683 2004-10-25 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1684   * STYLE: ivars should start with a capital letter. 
1685   * Accessors should be const to avoid people starting modifying stuff (since this is a ref). 
1686   * remove 'virtual' as Style specify subclasses shouldn't reuse the keyword
1687   
1688 2004-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1689   * Doc/Dicom2004_Part5.pdf added (thanks to JPR).
1690   * Dicts/dicomTS2004.dic, dicomV3VM2004.dic, groupNameAbbreviations2004.dic
1691     new 2004 dictionaries added (thanks to JPR).
1692   * FIX dashboard warning RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
1693   * CLEANUP_ROUND (15) for gdcmPixelConvert
1694     - RLEFrame::NumberFragments is now of type unsigned int
1695     - gdcmFile::GetImageData(), GetImageDataIntoVector(), GetImageDataRaw()
1696       are now all based on PixelConverter. ::GetImageDataIntoVectorRaw()
1697       no longer exists.
1698
1699 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1700   * Initial work in gathering all transfer syntax accessors. clearly 
1701    IsDecompressed/IsJPEG2000/IsJPEGLossless/IsRLELossless shouldn't be all 
1702    ivars, but only one transfersyntax (class) ivar with equivalent method on 
1703    the class.
1704   
1705 2004-10-21 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1706   * Removed all FILE* ref and replace by ifstream/ofstream. For now I use a temp 
1707     solution with the two files jdatadst.cxx and jdatasrc.cxx, this need to be 
1708     discussed (plus I didn't like having a 2000 lines patch not commited)
1709
1710 2004-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1711   * src/gdcmDocument.cxx: wrong type on return fixed (thanks dashboard)
1712   * CLEANUP_ROUND (14) for gdcmPixelConvert
1713     - PixelConvert::GetLutRGBA(FILE*) is now GetLutRGBA() (no fp needed)
1714     - PixelConvert::BuildRGBImage()(FILE*) is now BuildRGBImage() (no fp needed)
1715     - File::GetImageDataIntoVector() doesn't need unnecessary OpenFile() and
1716       CloseFile() anymore.
1717     - File::GetImageDataRaw() doesn't call GetImageDataIntoVectorRaw()
1718       anymore and hence avoids storing a copy of PixelConvert::Decompressed
1719       into File::Pixel_Data.
1720
1721 2004-10-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1722   * src/gdcmDocument.cxx ftell() return properly stored in a long (i.e.
1723     no longer depends on's programmers PMS = Preposterous Mood Swings ;).
1724   * CLEANUP_ROUND (13) for gdcmPixelConvert
1725     Substituted File::ParsePixelData() with PixelConvert::Print() new
1726     method:
1727     - src/gdcmParsePixels.cxx removed (only contained File::ParsePixelData())
1728     - src/gdcmRLEFrame.cxx, gdcmJPEGFragment.cxx added. Added a ::Print()
1729       method to those classes.
1730     - src/gdcmFile.[cxx|h]:
1731       -- Added a ::Print() method.
1732       -- PixelConverter is now a reference instead of a member.
1733       -- gdcmPython/gdcm.i: added "using namespace gdcm" in order for
1734          gdcm_wrap.cxx to "understand" File::GetPixelConverter()
1735
1736 2004-10-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1737   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: when dot is present the
1738     collaboration diagram and inheritance diagram should be generated with
1739     doxygen.
1740   * Doc/Website/Sidebar.html: Dashboard is now also in the sidebar.
1741   * gdcmPython/gdcm.i: gdcmRLEFramesInfo.h gdcmJPEGFragmentsInfo.h are
1742     pointlessly wrapped (see
1743     http://www.creatis.insa-lyon.fr/pipermail/dcmlib/2004-October/000692.html )
1744   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (sugar is my friend stage)
1745     - Header::GetLUTRGBA() moved to PixelConvert::GetLutRGBA()
1746     - vtk/vtkGdcmReader.cxx: adapted to displacment of Header::GetLUTRGBA()
1747     - Document::RLEInfo and JPEGInfo are now pointer members (Swig thing)
1748     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
1749       -- File::Initialise: PixelConverter setup moved away to
1750            PixelConverter::GrabInformationsFromHeader()
1751       -- File::GetImageDataIntoVector(): Lut R + Lut G + Lut B color table
1752          interpretation moved away to PixelConverter::BuildRGBImage()
1753
1754 2004-10-16 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1755   * Remove GDCM_EXPORT keyword from gdcm::DirList due to :
1756     http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP
1757
1758 2004-10-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1759   * src/gdcmDebug.cxx last ditch attempt to get warning/error messages
1760     displayed on Win32 when a brutal abort() occurs (because of uncatched
1761     exception). See TODO new entry of this commit for more on this.
1762   * TODO added new entry.
1763   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (nicotine is my friend stage)
1764     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
1765     - HandleColor is no longer called from gdcmFile.cxx
1766     - gdcmPixelConvert.cxx clean up on method arguments and internal
1767       variable names for semantical coherence.
1768
1769 2004-10-14 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1770   * Finished lossless transition, not only do we now read all lossless jpeg
1771   images, without the need of the Cornwell lib, but we do read them properly now
1772   * To reduce code (well to avoid code duplication), I defined a common place
1773   for jpeg read/write: gdcmJpeg.cxx. Now gdcmJpeg[8,12 16] include this file and
1774   redefine symbols. This is not perfect but this the best solution I found for a
1775   compilation time jpeg option.
1776
1777 2004-10-13 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1778   * Update jpeg ijg lib to support lossless jpeg implementation
1779     For more info look in jpeg/libijg/README.GDCM.txt for necessary steps to
1780     reproduce at home.
1781   * Also added a special copyright for dcmtk since we use their bugfixes.
1782   Thanks dcmtk crew !
1783
1784 2004-10-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1785   * Doc/Website/MailingList.html added (Sidebar.html changed accordingly).
1786   * gdcmPython/gdcm.i: fix for compilation of wrappers (Note: %include order
1787     matters, as stated in warning note at beginning of %include section).
1788   * src/gdcmDicomDir*.[cxx|h]: coding style
1789   * src/gdcmDocument.h: doxygen \ref seems uncompatible with \todo.
1790   * src/gdcmJpeg8.cxx: doxygen fix.
1791   * CLEANUP_ROUND (12) for gdcmPixelConvert (seing the ligth stage)
1792     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: color handling moved
1793     from File:: to PixelConvert::.
1794
1795 2004-10-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1796   * CLEANUP_ROUND (11) for gdcmPixelConvert (cafeine is my friend stage)
1797     src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]:
1798      - more code moved away from File:: to PixelConvert::
1799      - fat setup of PixelConverter set in place in File::Initialise.
1800
1801 2004-10-12 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1802   * Apply patch for namespace in gdcm. Didn't rename files for keeping a sort of
1803   namespace at the file system level. So now you should convert your examples
1804   like this:
1805     gdcmHeader  ->   gdcm::Header
1806   It would be nice if people keep in mind to no open the namespace, since it
1807   allows compilation on broken plateform which were defining common symbol in
1808   the standard namespace (like LP, Unknown ...)
1809
1810 2004-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1811   * CLEANUP_ROUND (10) for gdcmPixelConvert (Xanax is my friend stage)
1812     The JPEG fragments are now parsed at the same stage than the RLE
1813     information. All code related to JPEG is now in gdcmPixelConvert:
1814     - src/gdcmJPEGFragment.h and gdcmJPEGFragmentsInfo.[h|cxx] added 
1815     - src/gdcmJpeg12.cxx, gdcmJpeg2000.cxx and gdcmJpeg8.cxx no longer
1816       export a gdcmFile:: method. Those are simply global functions
1817       (for the time being this is better than having them attach to
1818        either gdcmFile:: or gdcmPixelConvert::).
1819     - src/gdcmDocument.[cxx|h], gdcmDocument:: now parser the JPEG fragments
1820       and stores the result in a gdcmJPEGFragmentsInfo.
1821     - src/gdcmFile.[cxx|h] and gdcmPixelConvert.[cxx|h]: all JPEG related
1822       code (among other stuff) moved away from gdcmFile:; to 
1823       gdcmPixelConvert::
1824
1825 2004-10-08 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1826   * src/gdcmCommon.h now declares int8_t for non stdint.h plateforms.
1827   * CLEANUP_ROUND (7) for gdcmPixelConvert (lost at sea)
1828     - src/gdcmFile.h gdcmPixelConvert.cxx gdcmPixelConvert.h gdcmRLE.cxx:
1829       clean up of RLE related code. 
1830   * CLEANUP_ROUND (8) for gdcmPixelConvert (end of RLE nigthmare)
1831     - src/gdcmRLE.cxx removed
1832     - src/gdcmPixelConvert.cxx all RLE code is now in PixelConvert::
1833     - src/CMakeLists.txt gdcmFile.[cxx|h] changed accordingly
1834     - src/gdcmRLEFrame*.h gdcmPixelConvert is now a friend class.
1835   * CLEANUP_ROUND (9) for gdcmPixelConvert
1836     - src/gdcmFile.[cxx|h} gdcmPixelConvert.[cxx|h], SwapZone(),
1837       ConvertReorderEndianity(), ConvertDecmpres12BitsTo16Bits() moved
1838       away from gdcmFile:: to gdcmPixelConvert::.
1839
1840 2004-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1841   * CLEANUP_ROUND (5) for gdcmPixelConvert (Upshit creek without a paddle)
1842     - src/gdcmDocument.[cxx|h] Parse7Fe0 renamed to ComputeRLEInfo.
1843       This is because Parse7Fe0 used to parse the pixels to compute the
1844       length. This task was passed over to FindDocEntryLengthOB() a long
1845       time ago, EXCEPT I forgot the OW case...
1846       Hence Parse7Fe0 was no longer necessary. When renaming to ComputeRLEInfo
1847       we just recylce the code for parsing RLE fragments and computing
1848       offsets.
1849   * CLEANUP_ROUND (6) for gdcmPixelConvert (man, I need a paddle bad)
1850     - src/gdcmRLE.cxx: is now much simpler and avoids code replication
1851         with the retired Parse7Fe0().
1852     - src/gdcmRLEFrame.h: type fix for properly computing OffSet[]
1853     - src/gdcmDocument.cxx: segments offset are now correct + clean up.
1854
1855 2004-10-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1856   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert (nightmare stage)
1857     - src/gdcmRLEFramesInfo.[cxx|h], gdcmRLEFrame.h added
1858     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::Parse7FE0 now sets up the RLEInfo.
1859     - src/CMakeLists.txt: alphabetic order reodering + new entries.
1860   * CLEANUP_ROUND (4) for gdcmPixelConvert
1861     - src/gdcmDocument.[cxx|h] ::ParseDES and ::ParseSQ no longer bother
1862       to return an unused length.
1863
1864 2004-10-09 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1865   * Remove all sprintf from the code to centralize in one spot in gdcmUtil
1866     this should be cleanner from the plane view. The iostream are erally a pain
1867     to use to do simple stuff.
1868
1869 2004-10-04 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
1870   * Redo the compilation of the ijg jpeg library. Now only one source is
1871     necesseray. No need to rename file by hand what so ever. CMake handle the
1872     copying of the file within different directory, configure header file to
1873     modify some symbol. The only addition made to ijg wasd a mangle table so
1874     that symbol are different whether we are within 8bits or 12bits.
1875
1876 2004-10-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1877   * Added documentation of vtkgdcmReader on Website:
1878      - testvtkGdcmReader.cxx renamed to vtkGdcmDemo.cxx (to be compatible
1879        with it's binary name).
1880      - vtk/vtkGdcmDemo.cxx and vtkgdcmViewer.cxx: added comments for
1881        the Website to be more complete.
1882      - Doc/doxygen.config.in: vtk/vtkGdcmReader.cxx now appears on 
1883        doxygenated documentation.
1884      - Doc/DoxyVtkGdcmReaderExamples.txt added
1885        (see http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/html.developper/
1886                   DoxyVtkGdmReaderExamples.html )
1887   * src/win32, vtk/win32 manually maintained .dsp and .dsw removed.
1888   * CLEANUP_ROUND (3) for gdcmPixelConvert
1889    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
1890
1891 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1892   * CLEANUP_ROUND (2) for gdcmPixelConvert
1893    - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h splitting GetImageDataIntoVectorRaw
1894
1895 2004-09-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1896   * CLEANUP_ROUND for gdcmPixelConvert:
1897     - src/gdcmFile.cxx, gdcmFile.h, gdcmHeader.cxx, gdcmHeader.h clean up
1898     - src/gdcmPixelStuff[h|cxx] removed
1899     - src/gdcmPixelConvert[h|cxx] added. Preparatory work included.
1900     - src/CMakeLists.txt changed accordingly
1901   * GDCMHOME clean up:
1902     - MANIFEST.in, WrapSwig.py, WrapVTK.py, distutilsWrapping.py and
1903       gdcmVersion.py moved to newly created ATTIC related
1904       gdcmPython/SetupOldies/ directory.
1905   * Autotools clean up:
1906     - */*/Makefile.am removed AT EXCEPTION of gdcmPython/Makefile.am
1907     - autogen.sh configure.in acinclude.m4 python.m4 removed 
1908
1909 2004-09-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1910   * src/*.cxx *.h Reference to License.htm fixed to License.html.
1911   * Doc/CMakeLists.txt, doxygen.config.in: fix.
1912   * Doc/Website/ConformanceSummary.html, minimal conformance statement added.
1913
1914 2004-09-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1915   * TODO updated with Mathieu suggestions. I proposed a template for
1916     describing TODO entries and used it for new entries.
1917   * Added Doc/Website/CodingStyle.html, Developpers.html,
1918     DeveloppersPython.html, GdcmDataCvs.html and
1919     DownloadVersion0_1.html, DownloadVersion0_3.html.
1920   * Some Doc/*.txt Doxygen files (which do not really concern the
1921     documentation itself, but the website) moved to html and
1922     placed in directory Doc/Website:
1923     - Doc/DoxyDevelInstal.txt moved to Doc/Website/Developpers.html
1924     - Doc/DoxyInstallation.txt moved to Doc/Website/Installation.html
1925     - Doc/DoxyIntroduction.txt included in Doc/Website/Main.html
1926   * Doc/DoxyfileDeveloppers, DoxyfileUsers, Makefile.am oldies removed.
1927   * CMakeLists.txt changed accordingly.
1928   * DEVELOPPER spread out in Doc/Website/Developpers.html, CodingStyle.html,
1929     DeveloppersPython.html
1930   * INSTALL nows refers to Doc/Website/Installation.html
1931
1932 2004-09-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1933   * Added Doc/Website directory, that contains a first raw version
1934     of gdcm Web site.
1935
1936 2004-09-23 Jean-Pierre Roux
1937   * FIX In order not to be poluted any longer by casting problems,
1938     the member VoidArea of gdcmBinEntry is now uint8_t* (instead of void *)
1939     we can now delete[] it safely 
1940   * VoidArea is now called BinArea (less confusing name),
1941     and all the methods called ...VoidArea... are now ... BinArea...
1942   * class gdcmObject is now called gdcmDicomDirObject (less confusing name)
1943
1944 2004-09-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1945   * src/gdcmDocument.cxx: gdcmDocument::~gdcmDocument() doesn't clear (nor
1946     clear) TagHT, which is an inherited member of gdcmElementSet. It is
1947     up to the destructor of gdcmElementSet to clean up TagHt and it's
1948     pointed content.
1949
1950 2004-09-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1951   * Test/CMakeLists.txt: update to follow gdcmData renamings.
1952   * src/gdcmCommon.h, gdcmDocument.cxx: doxygen typos
1953
1954 2004-09-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1955   * ENH: added some utility method that builds a flat dictionary
1956     holding all the Dicom entries contained in the recursive structure
1957     of a gdcmElementSet. Refer to add FlatHashTablePrint.cxx for 
1958     an example of usage.
1959     - src/gdcmDocument.[h|cxx] added BuildFlatHashTableRecurse() and
1960       BuildFlatHashTable() that build a flat dictionary.
1961     - src/gdcmElementSet.h: added a new private GetTag() accessor.
1962       gdcmDocument is now a friend of gdcmElementSet.
1963     - src/gdcmElementSet.cxx: clean up.
1964     - Example/FlatHashTablePrint.cxx added.
1965     - Example/CmakeLists.txt changed accordingly
1966
1967 2004-09-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1968   * gdcmDocEntrySet::SQDepthLevel and gdcmDocEntrySet::BaseTagKey attributes
1969     moved away from gdcmDocEntrySet (since this class is an abstract class
1970     acting like an interface). SQDepthLevel and BaseTagKey are now
1971     in class 
1972     - src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx] removal of SQDepthLevel and BaseTagKey
1973       and associated accessors. Doxygenation of the class.
1974     - src/gdcmSQItem.[h|cxx] SQDepthLevel and BaseTagKey and associated
1975       accessors added.
1976     - src/gdcmSeqEntry.[h|cxx]: constructor doesn't handle depth anymore.
1977       Use SQDepthLevel accessor instead. ::Print() adapted.
1978     - src/gdcmElementSet.cxx changed according to changes in gdcmSeqEntry.
1979     - src/gdcmDocument.cxx changed accordingly.
1980
1981 2004-09-13 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
1982   * Preparation of writing a gdcmHeader iterator: generalisation of gdcmTagKey
1983     - The following is the doxygen comment of the typedef declaration
1984       of gdcmTagKey in src/gdcmCommon.h:
1985            gdcmTagKey is made to old an "universal" (as in URL, Universal
1986            Ressource Locator)  key to a gdcmDocEntry i.e. a dicom tag.
1987            A dicom tag always has a group and an element, but a set of tags
1988            embeded in various (optionally nested) sequences and sharing
1989            the same group and element all share the same (group, element)
1990            "identifier". Hence the (group, element) cannot be used as an
1991            identifier (in gdcm we shall refer to a "TagKey") of a tag.
1992            In order to construct a proper tag identifier (i.e. a key) we
1993            consider the following definition of a TagKey:
1994            - let Group, Element be the string representation of the
1995              group and element dicom tag members,
1996            - let ItemNumber be the string representation of the integer
1997              index of the considered item number of a sequence,
1998            Let the key of a tag embeded in a sequence, noted SeqTag, be
1999            the form:
2000               /ItemNumber#Group|Element
2001            where "/", "#" and "|" are characters acting as separators.
2002            Then the general form of a gdcmTagKey is given by:
2003               Group|Element<SeqTag>
2004            where <SeqTag> means NO or many instances of SeqTag.
2005            Hence the gdcmTagKey of a tag not "leaving" in a sequence is the
2006            string e.g.
2007                0028|1201
2008            but the gdcmTagKey of a tag "embeded" is the first item of
2009            a sequence, itself nested in the third item of a sequence is the
2010            string e.g.
2011                0004|1220/2#0008|0082/0#0008|0090
2012     - src/gdcmDocEntry.h: added a new Key (of type gdcmTagKey) member, in
2013       order to hold the new sequence compatible key. Previously, the 
2014       GetKey() method would look in the underlying gdcmDictEntry.
2015     - src/gdcmDocEntry.cxx:
2016       -- constructor now copies the underlying DictEntry key, in the local
2017          Key member.
2018       -- ::Print: displays the member Key, instead of the (group, element).
2019     - src/gdcmCommon.h: added some comments on typedef gdcmTagKey.
2020     - src/gdcmDocEntrySet.h:xi
2021       -- ::ParseDES() now setups the gdcmTagKey of the sequence it is parsing.
2022       -- now has a new BaseTagKey member.
2023       -- STYLE.
2024   * src/gdcmValEntry.[h|cxx], src/gdcmBinEntry.[h|cxx]: the member VoidArea,
2025     previously a member of gdcmValEntry, moved to gdcmBinEntry were is
2026     truly belongs.
2027     This poses the problem with the semantics of the following lines
2028        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
2029        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
2030        LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
2031     in gdcmDocument::gdcmDocument(std::string const & ). Please refer
2032     to the long FIXME note for what the problem is. Nevertheless in
2033     order to get things working the dicom dictionary was altered !
2034     Please fix things urgently...
2035   * Dicts/dicomV3.dic WRONGLY altered (this means we introduced a uncorrect
2036     information), see above note on moving the member VoidArea. Nevertheless
2037     the following entries previously correctly set as US are now inproperly
2038     set to OW:
2039       0028 1201 OW IMG Red Palette Color Lookup Table Data
2040       0028 1202 OW IMG Green Palette Color Lookup Table Data
2041       0028 1203 OW IMG Blue Palette Color Lookup Table Data
2042   * src/gdcmDocEntry.[h|cxx], src/gdcmSeqEntry.h: SQDepthLevel member
2043     of gdcmDocEntry moved to gdcmSeqEntry.
2044   * src/gdcmSeqEntry.cxx: STYLE.
2045
2046 2004-08-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2047   * Test/TestAllEntryVerify.cxx minor fix and added comments.
2048
2049 2004-08-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2050   * gdcmPython/testSuite.py: all the test suite in python is now moved
2051     to it's C++ version (see gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt)
2052   * Test/CMakeLists.txt adapted to renaming of files in gdcmData
2053   * gdcm/TODO and src/gdcmDictSet.h cleaned up frow the "TODO Swig" oldies
2054
2055 2004-08-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2056   * gdcmPython/CMakeLists.txt: SWIG_FLAGS doesn't declare includeall
2057     to avoid inclusion recursion until STL is reached.
2058   * src/gdcmDocument.[h|cxx]: exceptions substituted to errno C-style
2059     mecanism. errno.h is not included in gdcm anymore.
2060   * src/gdcmException.h: introduced new gdcmFormatUnexpected class
2061     (gdcmFormatError now inherits from gdcmFormatUnexpected).
2062   * TODO updated
2063   * gdcmPython/testSuite.py checks on CR-MONO1-10-chest.dcm moved to
2064     gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
2065   * Test/TestAllEntryVerify.cxx is now effective (used always return true)
2066   * src/gdcmDocument.[cxx|h]: constructors no longer use the bool
2067     exception_on_error parameter.
2068     - src/gdcmFile.[cxx|h], src/gdcmHeader.[cxx|h] changed accordingly,
2069     - vtk/vtkGdcmReader.cxx changed accordingly,
2070     - Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
2071
2072 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2073   * src/gdcmDicomDir.cxx, gdcmDocEntrySet.cxx: removed inclusion of errno.h
2074   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
2075     enable_sequences removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
2076   * Example/PrintHeader.cxx: fixed accordingly (enable_sequences removal).
2077   * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: dummy fix.
2078   * src/gdcmDocument.[h|cxx], gdcmFile.[h|cxx], gdcmHeader.[h|cxx]:
2079     skip_shadow removed from gdcmHeader constructor and dependencies.
2080   * Example/*.cxx and Test/*.cxx changed accordingly.
2081
2082 2004-07-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2083   * Test/CMakeLists.txt: newly re-introduced SIEMENS_Sonata-12-MONO2-SQ.dcm
2084     in gdcmData (previously known as E00001S03I0015.dcm) is blacklisted.
2085
2086 2004-07-21 Jean-Pierre Roux
2087   * FIX Now, Parsing and Printing a DICOMDIR do work!
2088        ( troubles remain in makeDicomDir and BuildUpDicomDir :-(
2089  
2090 2004-07-20 Jean-Pierre Roux
2091   * FIX Some brain damaged headers have Zero-Lenght fields 
2092         for 'Transfert Syntax UID', or 'Media Stored SOP Class UID'.
2093
2094 2004-07-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2095    * src/gdcmCommon.h, gdcmDict.cxx, gdcmTS.cxx : bug fix for msvc6 compilation
2096    * src/gdcmDebug.[h|cxx] : bug fix for msvc6 compilation. Replace the dbg
2097      variable (instance of gdcmDebug) by a definition macro, and the instance
2098      is now in static in the gdcmDebug class
2099    * src/gdcmSQItem.h : (FIXME) remove an undefined method
2100    * Test/PrintAllDocument.cxx : bug fix in the result of the test
2101
2102 2004-07-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2103    * WARNING: ctest now depends more tightly on gdcmData. You should
2104      check out gdcmData properly for things to run smoothly...
2105    * src/gdcmDocument.cxx MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE is set back to 0xfff
2106      (4096) for "ctest -R TestAllEntryVerify" to be able to run (i.e.
2107      we need the pixels not be loaded in order to use the ValEntry
2108      that displays position and size).
2109    * Test/TestAllEntryVerify.cxx a new low level test now seems fair.
2110      This is a C++ based equivalent of gdcmPython/testSuite.py that should
2111      be deprecated. If you have any doubts about the advantages of a
2112      modern scripting language (read Python) versus grass root C++ (i.e.
2113      without lex + yacc, because of gdcm commitement to MS-VC++, sighhh),
2114      I suggest you compare TestAllEntryVerify.cxx (639 lines, without the
2115      reference file gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt) and testSuite.py.
2116         Anyhow, consider documenting the gdcmData images in 
2117      gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt (and please run ctest before
2118      commiting changes).
2119    * Test/CMakeLists.txt:
2120       - now uses TestAllEntryVerify.cxx
2121       - specific comments on oldACR00001.ima (now renamed in gdcmData
2122         to SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr) moved away to
2123         gdcmData/TestAllEntryVerifyReference.txt
2124    * TODO updated.
2125
2126 2004-07-02 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2127    * src/*.[h|cxx] : typedef clean up
2128      - guint16 and guint32 removed. Use ISO C uint16_t, uint32_t instead.
2129      - TagKey renamed to gdcmTagKey (for external usage)
2130      - VRKey renamed to gdcmVRKey (for external usage)
2131      - removal of typedef duplication.
2132      - Removed all unecessary inline keyword from class inline definitions.
2133      - Some method|function(void) declarations replaced with method|function().
2134    * src/jpeg/libijg12/jdhuff12.c:
2135       - printf polluting ctest removed.
2136       - TAB removal for comminting
2137    * Test:
2138      - TestAllReadCompareDicom.cxx: added a test that compares all the
2139        images in gdcmDataImages.h with corresponding images in 
2140        gdcmData/BaselineDicom/. When baseline images are not present
2141        this test creates them.
2142        Note: we need to validate each reference image, but before that
2143              I'd like to rename them with a more explicit name...
2144      - CMakeLists.txt: changed accordingly.
2145    * Example/*.cxx: examples now only include gdcm.h (as opposed to 
2146      including each header needed).
2147
2148 2004-07-01 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2149    * Test/*.cxx and Example/*.cxx: moved some examples away from the
2150      test suite to the Example directory. Are concerned:
2151      - PrintHeader.cxx
2152      - TestDcm2Acr.cxx
2153      - TestFindTags.cxx
2154      - TestWrite.cxx was
2155      - TestWriteSimple.cxx
2156    * Test/CMakeLists.txt: added some comments on reasons for black listing
2157      image gdcmData/oldACR00001.ima
2158
2159 2004-06-30 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2160    * Test/CmakeList.txt: removed the following from black list (to be coherent
2161      with removal from gdcmData):
2162       - gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.fixed.dcm
2163       - gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
2164       - US.3405.1.dcm
2165      Added the following because after last cvs update, they cause
2166        ctest -R TestReadWriteReadCompare 
2167      to segfault:
2168       - gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr
2169       - oldACR00001.ima
2170    * Test/TestReadWriteReadCompare.cxx was properly written (with a call
2171      to gdcmFile::SetImageData()) BUT since gdcmFile is brain damaged (see
2172      new comments in this file) we temporarily (sigh) move to a weaker
2173      form of test...
2174    * Test/CmakeList.txt: with the change to Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
2175      we don't need to black list the following images anymore:
2176       - 8BitsUncompressedColor.dcm
2177       - OT-PAL-8-face.dcm
2178       - US-PAL-8-10x-echo.dcm
2179    * src/gdcmDocument.[h|cxx]: RE-Reverting to version 1.42 with the proper
2180      fixes and the beautified code ;-)
2181      This fixes the bug introduced in version 1.42 (when beautifying)
2182      that made the parsing of 8BitsRunLengthColor.dcm unproper.
2183      Note: ctest was blind to this bug (this means we need to still
2184            improve the test suite). The bug could be detected by using
2185            gdcmbin/bin/PrintDocument $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
2186            or by using
2187            gdcmbin/bin/ReadWrite $GDCM_DATA/8BitsRunLengthColor.dcm
2188            and by displaying the (garbage) produced file temp.XDCM...
2189
2190 2004-06-29 Jean-Pierre Roux
2191    FIX : - remove Frog's beautified, but never checked 'Parse7FE0' code,
2192          - replace by uggly but working old code :-(
2193    A lot of things should be OK again.
2194    It's really urgent to have a test suite that *tests*, 
2195    to prevent Frog's beautifying sessions to break all the stuff
2196    (twice, withing a fortnigh ...)    
2197
2198 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2199    * Test/TestWriteRead.cxx and TestReadWrite.cxx merged (because of
2200      redundancy) to added Test/TestReadWriteReadCompare.cxx
2201    * Test/CmakeList.txt: because the compare test of
2202      Test/TestReadWriteReadCompare.cxx fails, the following images are
2203      black listed: - 8BitsUncompressedColor.dcm
2204                    - OT-PAL-8-face.dcm
2205                    - US-PAL-8-10x-echo.dcm
2206    * src/gdcmDocument.cxx: for broken (non DICOM V3 conformal) images
2207      (e.g. gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm see comments in
2208      gdcm/gdcmPython/testSuite.py for details) ::FindDocLengthOB() had
2209      and ad-hoc kludge. This kludge is now removed, and on encountering
2210      such an image (OB field brain damaged) we set errno. Then in 
2211      ::FindDocLength() we "fix" the length as being ALL what remains
2212      in the file (until EOF). We then proceed, hoping for the best...
2213      This fixes a SegFault in ShowDicom when trying to write such an
2214      image.
2215    * Test/CmakeList.txt: 8BitsRunLengthColor.dcm is now blacklisted
2216      (because TestWriteRead breaks on it, after a non conformal commit?).
2217      ctest now runs properly, except for MakeDicomDir (which was always
2218      broken) and the Python related stuff (still not fixed).
2219    
2220 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
2221   ADD : Examples/WriteRead, that acts like the former Test/TestWriteRead
2222   FIX : Test/TestReadWrite now iterates on all the file names 
2223                           (instead of infinite loop)
2224   ENH : Test/TestWriteRead now iterates on all the file names 
2225
2226 2004-06-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2227    * Test/TestReadWrite.cxx: now uses all the images of gdcmData.
2228
2229 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
2230    FIX : - now Write drops LUT Descriptors and LUTs (if any)
2231            when SamplesPerPixel =3
2232          - now Write is no longer confused by 
2233           'BitsAllocated = 12" and 'BitsStored=12"
2234          - "UN" value representation Elements are now written correctly 
2235                (their legth is stored on 4 bytes -just like OB, OW, and SQ-)
2236    ENH : - now gdcmHeader has its own Write methods 
2237            (in order to split the job that has not to be done 
2238            for gdcmDicomDir)
2239
2240 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2241    * Test/PrintAllDocument.cxx: looping on files is now effective. It used to
2242      loop on the same image until memory went out. 
2243      Note: this means we still have gobs of memory loss in PrintDocument
2244    * src/gdcmDocument.cxx: fixes problem on parsing on file
2245      gdcmData/16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.
2246
2247 2004-06-24 Jean-Pierre Roux
2248    FIX : Write - All the Sequences and Sequence Item are now written 
2249             as 'no length' stuff, and a Sequence Delimitor aor an Item Delimitor
2250             is added a the end, when necessary.
2251             - A lot of brain-damaged images, that were read correctly are 
2252               now written correctly
2253             - length compatible BinEntry are now loaded correctly 
2254               (even for odd groups) 
2255         Note : only Explicit Value Representation was checked.
2256                (question : is implicit VR really necessary for gdcm ?)
2257
2258 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2259    * DEVELOPPER: added a proposition of coding style.
2260    * src/gdcmDocEntry.h: removed every inline declaration (for test of 
2261      coding style).
2262
2263 2004-06-23 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2264    * gdcmDocEntry::PrintCommonPart() and ::WriteCommonPart() removed.
2265      Use the gdcmDocEntry::Print() and Write() instead.
2266    * src/gdcmDocument.cxx: bug fix.
2267
2268 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
2269    FIX : gdcmDocument.cxx
2270       - Now we do recognize the JpegLossLess format (there was a misstyping in
2271         code 'beautyfication' :-(
2272       - Now we automaticaticaly load the Luts, if any
2273
2274 2004-06-22 Jean-Pierre Roux
2275    In order : to write Sequences, whatever their imbrication level, 
2276             : to allow user to create his own Sequences
2277    a lot of modif where necessary (adding, moving, or virtualising methods)
2278
2279    WARNING : save your own sources *before* cvs up !
2280
2281    - gdcmBinEntry
2282      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
2283   
2284    - gdcmDocEntry
2285      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
2286      ADD void gdcmDocEntry::WriteCommonPart(FILE *fp, FileType filetype);
2287   
2288    - gdcmDocEntrySet
2289      ADD virtual void Write (FILE *fp, FileType filetype)=0;
2290      ADD virtual gdcmDocEntry *GetDocEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
2291      ADD gdcmDocEntry *GetDocEntryByName(std::string name);
2292      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) = 0;
2293      ADD std::string GetEntryByName(TagName name);            
2294      ADD gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
2295                                             guint16 element,
2296                                             std::string vr     = "unkn",
2297                                             std::string fourth = "unkn",
2298                                             std::string name   = "unkn"); 
2299      ADD gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);  
2300      ADD gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
2301      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
2302      ADD gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);   
2303      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByName   (std::string Name);
2304      ADD gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
2305      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element)=0;
2306      REM virtual gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name)=0;
2307   
2308    - gdcmDocument
2309      ADD virtual bool WriteF(FileType type); // New stuff, with recursive exploration
2310      ADD virtual std::string GetEntryByName    (TagName tagName);
2311      ADD virtual std::string GetEntryVRByName  (TagName tagName);
2312      REM virtual bool Write(FILE *, FileType);
2313      REM virtual void WriteEntryTagVRLength(gdcmDocEntry *tag,
2314                                         FILE *_fp, FileType type);
2315      REM virtual void WriteEntryValue(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
2316      REM virtual bool WriteEntry(gdcmDocEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
2317      REM virtual bool WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
2318      REM virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
2319      REM virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
2320      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
2321      REM gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
2322      REM gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group, 
2323                                             guint16 element,
2324                                             std::string vr     = "unkn",
2325                                             std::string fourth = "unkn",
2326                                             std::string name   = "unkn");
2327      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
2328      REM gdcmDocEntry *NewDocEntryByName  (std::string Name);
2329      REM gdcmValEntry *NewValEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
2330      REM gdcmBinEntry *NewBinEntryByNumber(guint16 group, guint16 element); 
2331                                              
2332    - gdcmElementSet
2333      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
2334      
2335    - gdcmSeqEntry
2336      ADD virtual void Write(FILE *fp,FileType filetype);
2337  
2338    - gdcmSQItem
2339      ADD virtual void Write(FILE *fp, FileType filetype);
2340      ADD virtual std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);         
2341      REM std::string GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element);
2342      REM std::string GetEntryByName(TagName name);
2343
2344    - gdcmValEntry
2345     ADD virtual void gdcmValEntry::Write(FILE *fp, FileType filetype); 
2346               
2347 2004-06-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2348     * Test/TestWriteSimple.cxx: fix to gdcmHeader-gdcmHeaderHelper revamping.
2349       The default constructor invoked by the line
2350          gdcmHeader *f1 = new gdcmHeader( header );
2351       was gdcmHeader::gdcmHeader(bool) instead of the expected
2352       gdcmHeader::gdcmHeader(std::string const &, bool = false, bool, bool).
2353       Hence the parsing wasn't executed... See also below.
2354     * src/gdcmHeader.h: the declaration of gdcmHeader::gdcmHeader(bool)
2355       as explicit constructor didn't do the trick to fix the above problem.
2356       Could anyone explain why ?
2357     * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmValEntry.cxx: gdcmBinEntry::Print() now
2358       properly calls gdcmValEntry::Print() (that was weed out from 
2359       code related to gdcmBinEntry).
2360
2361 2004-06-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2362     * In order to fix memory leaks:
2363      - Test/TestWriteSimple.cxx: added cleaning of free store through
2364        some delete calls.
2365      - src/gdcmBinEntry.cxx: fix to avoid SegFault.
2366      - src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: fixed initialisation in constructor
2367        gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool) [either the constructor itself
2368        (through the call to ::AddDicomDirMeta()) or the destructor
2369        would crash when deleting uninitialized ::metaElems].
2370      - src/gdcmDictEntry.cxx: annotation of ununderstood memory leak.
2371      - src/gdcmDocument.cxx:
2372        -- ::~gdcmDocument() destructor now cleans up all dictionary entries
2373           from dynamic stores.
2374        -- ::ParseDES() misplaced deletion of temporary NewDocEntry
2375           was causing memory leaks.
2376      - src/gdcmSQItem.cxx:
2377        -- ::~gdcmSQItem() dummy code cleaned (learned that deletion is
2378           cleanly handled with polymophism: sorry but my milage is low).
2379        -- ::SetEntryByNumber(string, guint16, guint16) now cleanly allocates
2380           a gdcmValENtry, and makes no assumption on type (gdcmDocEntry,
2381           gdcmSeqEntry vs gdcmValEntry) of existing entry (when present).
2382           This avoids SegFaulting.
2383      - src/gdcmSQItem.h: coding style.
2384     * Conclusion:
2385      - Test/TestWriteSimple still severely sucks. The output image content
2386        (when $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm in input) is brain
2387        damaged when displayed with vtkgdcmViewer.
2388      - on memory leaks: TestWriteSimple leaks really less (see entry
2389        of 2004-06-18 in Changelog file for the call to valgrind).
2390      - on segfaults: ctest now passes all the tests but one (no more
2391        segfaults).
2392     * Erroneous leading white fix:
2393      - src/gdcmDict.cxx: getline(from,xxx) doesn't remove the leading
2394        white[s] (as opposed to from >> xxx, that removes it [them].
2395      - src/gdcmTS.cxx: ditto.
2396      - gdcmPython/testSuite.py: dirty related kludge removed.
2397     * src/*: remaining references to gdcmParser removed.
2398     * src/*[cxx|h]: added copy[way]left header.
2399
2400
2401 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2402     * In order to fix writing of dicom files:
2403      - Test/TestWriteSimple.cxx: a simpler example of writing.
2404      - Test/CMakeLists.txt changed accordingly.
2405      - src/gdcmDocument.cxx:
2406        -- The destructor now recursilvely removes potential sequences.
2407        -- Bug fix in ::IsJPEG2000()
2408        -- ::ReplaceOrCreateByNumber(std::string, guint16, guint16)
2409           now handles promotion of gdcmDocEntry to gdcmValEntry in a cleaner
2410           manner.
2411        -- ::GetValEntryByNumber(guint16, guint16) now defined (as opposed
2412           to only declared) and build on top of
2413           ::GetDocEntryByNumber(guint16, guint16).
2414        -- ::SetEntryByNumber() now uses GetValEntryByNumber(group, element)
2415      - src/gdcmElementSet.[h|cxx]: added ::RemoveEntry(gdcmDocEntry *)
2416        for usage in destructor and treatement of promotion in
2417        ::ReplaceOrCreateByNumber().
2418      - src/gdcmSQItem.cxx: destructor should better handle his job.
2419       Test/TestWriteSimple now runs (or at least it DOES something).
2420     * We can now start hutting memory links. A good starting point is:
2421       valgrind -q --skin=memcheck --leak-check=yes --leak-resolution=high
2422       --num-callers=100 --show-reachable=yes gdcmTests TestWriteSimple
2423       $(GDCMDATA_HOME)/012345.002.050.dcm foo.dcm
2424
2425 2004-06-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2426     * Valgrind note: after Mathieu Malaterre teached me how to read
2427       the valgrind FAQ ;-] (see http://valgrind.kde.org/faq.html), I
2428       learned that:
2429           Using gcc, you can force the STL to use malloc and to free memory as
2430           soon as possible by globally disabling memory caching.
2431           With 3.2.2 and later, you should export the environment variable
2432           GLIBCPP_FORCE_NEW before running your program.
2433       By setting GLIBCPP_FORCE_NEW, STL related memory leak messages of gdcm
2434       simply vanish (it is still not clear to me, whether this means that
2435       STL std::string leaks or if valgrind believes it leaks...).
2436     * Fixing of SegFault of Test/makeDicomDir (as shown by ctest or by
2437       running bin/gdcmTests makeDicomDir):
2438       - src/gdcmDicomDir.cxx: dynamic casting used + clean up.
2439       - Test/makeDicomDir.cxx now properly traps empty lists and returns
2440         with 1.
2441       NOW, makeDicomDir cleanly fails (in ctest terminology) instead of
2442       SegFaulting (I drowned in DicomDir related code when trying to
2443       understand why the list is empty...).
2444     * src/gdcmDocument.h: first BSD license header try.
2445     * Doc/License.txt added.
2446
2447 2004-06-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2448     * src/gdcmDocument.[h|cxx]:
2449       - Clean up of the Transfer related predicates. They are now all based
2450         on new method isGivenTransferSyntax, that (should) handle properly
2451         the padding problem.
2452       - general clean up, simplification, and coding style.
2453       - Specific clean up of Parse7FE0() (umproperly named actually).
2454     * gdcmPython/testSuite.py: an odd temporary kludge introduced.
2455
2456 2004-06-14 Jean-Pierre Roux      
2457    *  gdcmSeqEntry.cxx
2458       - fix the display of Sequence Delimitor (SQDepthLevel pb)
2459       - fix the display of SQItem ordinal number
2460       - add the GetSQItemByOrdinalNumber method
2461       - remove some useless never written private methods   
2462       
2463 2004-06-14 Jean-Pierre Roux
2464    * gdcmBinEntry.cxx 
2465       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param
2466       - ReplaceOrCreateByNumber now returns :
2467          a gdcmBinEntry * if a Binary (void *) value is passed as a param
2468          a gdcmValEntry * if a string value is passed as a param
2469    * dcmDocument.cxx
2470       - SetEntryByNumber now allows setting gdcmValEntry or gdcmBinEntry, 
2471          according to the param type (no longer sets a gdcmDocEntry)
2472       - GetValEntryByNumber, GetBinEntryByNumber added
2473       - NewValEntryByNumber and NewBinEntryByNumber added
2474    * gdcmFile.cxx
2475       - Pixel Data are now linked to the (7fe0,0010) elements, after reading
2476    * gdcmSQItem.h
2477       - GetSQItemNumber and SetSQItemNumber added, to provide 
2478             a (relative) Item identier inside a given Sequence
2479             \warning : some pb remaining around this number
2480             will be solved asap
2481       - AddEntry now takes the Item Number as a param    
2482    * gdcmValEntry.cxx 
2483       - adding a constructor taking a gdcmDocEntry as an input param   
2484
2485 2004-06-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2486     * Memory leak hunt with the following command:
2487       valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
2488                --show-reachable=yes gdcmTests PrintDocument
2489       It looks like many (all?) leaks are due to the STL (or a bad usage
2490       of the STL. The lines producing the leaks now have a comment with
2491       a "MEMORY LEAK" tag: you can retrieve them with 
2492           grep "MEMORY LEAK" src/*
2493       Here are two typical examples which I can't help fixing:
2494       -----
2495           #include <string>
2496           int main() {
2497              std::string name;
2498              char * test = "babo";
2499              name = test;    //// <--- valgrind detects 960 bytes lost in
2500                              ////   call to std::string::operator=(char const*)
2501              name.clear();   //// Doesn't help !
2502              return 0;
2503           }
2504       -----
2505           #include <string>
2506           #include <iostream>
2507           int main() {
2508              std::string line;
2509              std::cout << "Type a bunch of characters followed by RETURN: ";
2510              getline(std::cin, line);   //// <--- valgrind dectects a loss
2511                                         //// of 1320 bytes in call to
2512                                         /// std::basic_istream<>& std::getline<>
2513             return 0;
2514           }
2515       -----
2516
2517
2518 2004-06-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2519     * src/gdcmHeader.[cxx|h]:
2520       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*)
2521         and related, moved away to gdcmDocument.
2522       - Accessors (on the form [Get|Set]Entry*) set up to expose publicly
2523         the corresponding protected accessors of inherited class
2524         gdcmDocument, removed ! As a consequence gdcmFile had to be 
2525         declared friend of class gdcmDocument (see below).
2526       - operator< moved to gdcmDocument (in fact it belongs to gdcmDicomDir).
2527       - Clean up of undefined or unused methods.
2528     * src/gdcmFile.[cxx|h]: added SetEntryByNumber (in order to take into
2529       account the changes to gdcmHeader.h).
2530     * src/gdcmDocument.h:
2531       - gdcmFile is now a friend class (in order to take into account the
2532         changes to gdcmHeader.h).
2533       - Predicates on the Transfer syntax (of the form Is[JPEG|RLE]*) added
2534         (see changes to gdcmHeader.h).
2535       - Accessors (reading on the form GetEntry*) are now public.
2536       - Clean up of undefined or unused methods.
2537     * src/gdcmDocument.cxx:
2538       - adaptation to changes to gdcmDocument.h
2539       - ::OpenFile now writes a verbose message when file cannot be opened.
2540       - some std::string properly set to VRKey
2541     * src/gdcmDicomDir.h: historical references to gdcmHeader changed to
2542       references to gdcmDocument. 
2543     * Test/TestFindTags.cxx: changed accordingly to above changes.
2544     * gdcmPython/testSuite.py: adapted to renaming of acr files in 
2545       cvs repository gdcmData.
2546
2547 2004-06-09 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2548     * src/gdcmValEntry.h: member voidArea type changed from char* to void*.
2549     * src/gdcmBinEntry.h: member voidArea commented out, since it potentially
2550       conflicts with gdcmValEntry::voidArea.
2551     * src/gdcmValEntry.cxx: unmatching comment wiped out.
2552     * src/gdcmVR.[h|cxx]: added two predicates that partition the possible
2553       Value representation between StringRepresentable and BinaryRepresentable.
2554     * src/gdcmDocument.cxx: 
2555       - method ParseDES: proper indentation restored and usage of
2556         gdcmVR::IsVROfGdcmStringRepresentable wired in.
2557       - method LoadDocEntry: the fingerprint left in the SetValue() of
2558         unloaded entries (length > MaxSizeLoadEntry) had curiously been
2559         removed. Reverting to previous code segment with the proper
2560         dynamic_cast< gdcmValEntry* >.
2561         Note: this was (partially) breaking the python test suite
2562               (gdcmPython/testSuite.py) that made usage of the above
2563               fingerprint to check presence of "Pixel Data".
2564     * src/gdcmDocEntry.h: coding style.
2565     * gdcmPython/__init__.py: environement variable GDCM_DATA_PATH is
2566       now taken into account.
2567     * gdcmPython/gdcm.i: adaptation to the new internal representation
2568       of gdcm (exit gdcmParser, hello gdcmDocument).
2569     * gdcmPython/testSuite.py: quick and dirty fix for loading vtkgdcmPython
2570       on posix.
2571     * gdcmPython/demo/PrintHeader.py: doesn't use the gdcmDocument::Print()
2572       anymore, but instead prints the loaded Python dictionary.
2573     * .... alas, the python testSuite is still broken.
2574
2575 2004-05-18 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2576     * gdcmPython/gdcm.i : remove useless lines concerning the gdcmGlobal
2577       gdcmGlob
2578     * gdcmPython/setup.py : replace the use of cvar.gdcmGlob to gdcmGlobal
2579     * src/gdcmUtil.h : export methods
2580
2581 2004-05-16  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2582     * Some more cleanup/enhancement in gdcmPython/CMakeLists.txt getting close
2583       to right behavior
2584     * Initial addition of automatic python testing
2585     * Initial addition of automatic image comparison
2586
2587 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2588     * src/gdcmCommon.h, gdcmDicomDir.cxx, gdcmFile.cxx, gdcmHeaderHelper.h,
2589       gdcmParser.cxx, gdcmParser.h : bug fix for the Microsoft .Net compilation
2590
2591 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2592      * src/gdcmFile.cxx, gdcmHeader.cxx : bug fix for the msvc compilation
2593      * Test/ShowDicom.cxx : bug fix for msvc compilation
2594      * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : bug fix for msvc compilation
2595
2596 2004-05-04 Jean-Pierre Roux
2597      * ADD Taking into account the 'Dicom Sequences' leads up to introduce
2598        new concepts (and new classes) :
2599        a 'gdcmDocument' is composed of a set of Doc Entries, that are
2600         - elementary gdcmDocEntries (former gdcmHeaderEntries)
2601         - Sequence Doc Entries (gdcmSeqEntries)
2602        a Sequence is composed of Items.
2603        Each item is a set of Doc Entries (this is recursive)
2604        The non uniqueness of the 'Dicom tag' is due to this recursivity
2605        (never taken into account)
2606        Our unability to add a new 'entry' in the header
2607        at the proper location (neither in the H-Table (map or multimap),
2608        nor in the Chained List is also due to this recursivity.
2609        Don't try, right now, to use/modify/compile these new sources :
2610        nothing is finished.
2611        We just commit all the stuff, 'as is', in order not to loose it.
2612
2613 2004-05-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2614      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix in the setting of file name
2615      
2616 2004-05-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
2617      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading a list of files using the
2618        file prefix (SetFilePrefix)
2619
2620 2004-05-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2621      * Add a new test: ShowDicom, for now this is just the c++ version of
2622        checkRead.sh, later it will be able to compare the image read against a
2623        baseline.
2624      * Replace the DEBUG on the stack with a global entry in cmake interface:
2625        GDCM_DEBUG, so you can turn verbosity ON/OFF for debug statement.
2626
2627 2004-04-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2628      * Add an example subdir, with a real example on how to read + write a 
2629        dicom image
2630
2631 2004-04-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2632      * Doc/gdcmUML.xmi added raw UML class view (umbrello format)
2633      * Doc/CMakeLists.txt: the main page is now properly differentiated
2634        between the developper and user version.
2635      * Doc/doxygen.config.in: dropped search related obsolete flags
2636      * src/gdcmParser.h, gdcmHeader.h: doxygenation
2637
2638 2004-04-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2639      * DEVELOPPER: added some helpfull comments for compile/test/install
2640        when using cmake.
2641
2642 2004-04-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2643      * ENH: 1. Remove remp solution of gdcmTests.cxx+ gdcmMain directly in 
2644                src directory, now generated in the build dir.
2645             2. Tests as mentionned smarter
2646             3. Some clean up
2647             4. Add a new method in gdcmDict that return the PubDict by name 
2648           this is interesting for 3rd party lib like ITK, 
2649           where we could set the institution name / patient name...
2650
2651        * ENH: 1. Now the test suite is working for real
2652               2. All binaries are now output in the gdcm-bin directory 
2653                  (this was not true before)
2654
2655 2004-04-28  Jean-Pierre Roux
2656      * ENH add the provisional  gdcmHeader::SQDepthLevel to allow 
2657            SeQuence indented printing of Dicom Header.
2658      * ENH merge methods gdcmParser::Parse and gdcmParser::LoadHeaderEntries
2659            into the single gdcmParser::LoadHeaderEntries for efficiency purpose.
2660       Computation of SQDepthLevel is now part of gdcmHeader constructor
2661      * ENH add self defined param 'new' to PrintHeader to 'show' the SeQuence
2662            tree-like structure of a Dicom Header.
2663      * FIX Test code cleaning     
2664            
2665 2004-04-25  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2666      * ENH: Adding automatic testing
2667        1. Need a DartConfig.cmake to submit to public
2668        2. Add a test driver gdcmTest.cxx
2669        3. gdcmTestMain, an helper for the main test driver gdcmTest
2670        4. Files in Test don't have a main anymore, this becomes interesting 
2671           when we add more and more tests, thus dsw don't have to load 
2672           too many projects
2673      * ENH: Adding a GDCM_DATA_ROOT for testing
2674      * ENH: Remove redundancie about GDCM_DICT stuff, now we only need to modify
2675        one file instead of seven + some small cleanup
2676
2677 2004-04-22  Jean-Pierre Roux
2678      * ENH Minor changes to the Print() methods.
2679      * ADD gdcmParser::PrintEntryNiceSQ() to allow SQ-indented
2680            Header printing. Example given with :
2681       > PrintHeader fileName  2 new
2682           (SQ based tree-like structure still to be done for the Header ...)
2683       
2684 2004-04-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
2685      * ENH: Some cosmetic clean up for compilation with -W -Wall -Werror
2686          1. I have added some unsigned where needed
2687          2. Some function parameter not used -> (void)
2688          3. In gdcmDicomDir.cxx, add GDCM_DICOMDIR_NONE case
2689          4. g++ don't like character '\' in comment
2690          5. #define jpeg_create_decompress  jCreaDecompress
2691                     this really need to be fixed
2692          6. virtualize destructor of gdcmObject ... leakage
2693          7. sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); 
2694                     this also really need to be fixed
2695          8. gdcm/src/jpeg/libijg8/CMakeLists.txt, 
2696                     remove compression file 
2697                     (as we only do decompression, right ?)     
2698      * ENH: Change malloc/calloc/free with c++ equivalent
2699
2700 2004-04-21  Jean-Pierre Roux
2701      * FIX gdcmHeaderHelper::GetXSpacing
2702            when a single value is found (bug ?), xpacing is now 
2703            defaulted to yspacing
2704       
2705 2004-04-19  Jean-Pierre Roux
2706      * ADD gdcmData/Wrist.pap (PAPYRUS 3.0 -single frame-) for checking purpose
2707      * ENH add parameters :
2708                bool  exception_on_error = false, 
2709                bool  enable_sequences   = false,
2710           bool  ignore_shadow      = false
2711            to the gdcmFile constructors to be full gdcmParser compliant
2712      * FIX vtk/vtkGdcmReader.cxx now uses  enable_sequences = true in gdcmFile
2713            to allow reading of PAPYRUS 3.0 files 
2714          
2715 2004-04-06  Jean-Pierre Roux
2716      * ADD gdcmData/E00001S03I0015.dcm for SQ checking purpose
2717      
2718 2004-04-02  Jean-Pierre Roux
2719      * ADD : Test/checksequence.sh, for a general recap on SQ pb
2720      * FIX : gdcmParser::WriteEntryTagVRLength emprovement of special treatement
2721              for Philips spurious Tag fffe|0000 while rewritting Dicom files
2722         
2723 2004-03-30  Jean-Pierre Roux
2724      * FIX gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber shouldn't seg fault any more 
2725          for ACR file, written out as DICOM files (hope so...)
2726
2727 2004-03-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2728      * src/gdcmParser.[cxx|h] and gdcmHeader.[cxx.h]: gdcmHeader::Write split
2729        in WriteEntryTagVRLength and WriteEntryValue. Those methods were
2730        moved to base class gdcmParser and only the specialisation is kept
2731        in gdcmHeader.
2732      * src/gdcmParser.[cxx|h]: ReplaceOrCreateByNumber(char*, guint16, guint16)
2733        trashed out (because ReplaceOrCreateByNumber(string, guint16, guint16)
2734        already does the job.
2735      * src/gdcmDicomDir.[cxx|h]: WriteDicomDirEntries renamed to WriteEntries
2736        (to be consistent with gdcmParser::WriteEntries).
2737
2738 2004-03-30 Benoit Regrain
2739      * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : fix the read of 3 gdcmHeader when making an
2740        upate of the object's instance. It's passed to 2 in the unfavorable
2741        case : one in the ExecuteInformation, one in the ExecuteData
2742
2743 2004-03-29  Jean-Pierre Roux
2744      * ENH : Check on file type to be written moved
2745              from gdcmParser::WriteEntry to gdcmParser::WriteEntries
2746      * FIX : gdcmObject::ResetBoundaries now stops properly
2747              when end-of-list is reached
2748       : gdcmVersion modified (as Benoit Regrain asked)
2749
2750 2004-03-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2751      * src/gdcmParser.cxx: removal of all TAB character. Indentation fixed.
2752      * src/gdcmUtil.cxx: added forgotten iostream include.
2753      * src/gdcmCommon.h: FileType enum entry DICOMDIR removed (since
2754        equivalent to ExplicitVR in existing code).
2755
2756 2004-03-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2757      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmGlobal.[cxx|h]
2758        now contains all the gdcmGlobal related code.
2759      * minor coding style and doxygenation changes.
2760
2761 2004-03-26  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2762      * src/gdcmUtil.[cxx|h] split in two. Additional file gdcmDebug.[cxx|h]
2763        now contains all the Debug related code.
2764      * minor clean-up of includes in src/*.cxx
2765      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _cleanString C style function (replaced with
2766        CreateCleanString) removed.
2767      * src/gdcmUtil.[cxx|h] _CreateCleanString renamed to CreateCleanString
2768      * Doc/DoxyMainPageUser.txt added.
2769      * Doc/Doc/DoxyfileUsers updated to version 1.3.4 of Doxygen.
2770      * src/gdcmCommon.h now defines getcwd for Win32 (moved away from
2771        src/gdcmDirList.cxx)
2772
2773 2004-03-24  Jean-Pierre Roux
2774      * FIX a lot of little surface modifications to be doxygen 1.3.6 compliant
2775
2776 2004-03-23  Jean-Pierre Roux
2777      * FIX Now gdcmFile::SwapZone doesn't seg faults any longer for
2778            big endian made volumes
2779      * ENH Now gdcmParser constructor and destructor are protected to forbid
2780            end user to instanciate class gdcmParser
2781           (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
2782
2783 2004-03-22 Benoit Regrain
2784      * FIX : src/gdcmDicomDir.cxx : make windows compilable
2785      * FIX : gdcmPython/gdcm.i : change gdcmStudy to gdcmDicomDirStudy and
2786              gdcmSerie to gdcmDicomDirSerie
2787
2788 2004-03-19  Jean-Pierre Roux
2789      * ENH Now the tree-like structure describing a DICOMDIR comming from
2790            an already existing DICOMDIR file is consistent with
2791            the home-made tree-like structure build ex-nihilo
2792            or build from the files held (recursively) in a Directory
2793            functions gdcmDicomDir::CheckBoundaries()
2794            gdcmObject::SetBoundaries() added
2795
2796 2004-03-17  Jean-Pierre Roux
2797      * REM (Eric Boix bug) : removal of meaningless
2798                              gdcmDicomDirImage::NewImage function.
2799      * FIX now file names and directory name are written properly in the
2800            DICOMDIR
2801      * FIX now gdcmDicomDir constructor may be call without any trick
2802            about the name
2803
2804 2004-03-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
2805      * FIX (JPR bug) : src/gdcmDicomDirImage.cxx added missing definition
2806                        of gdcmDicomDirImage::NewImage as empty function.
2807
2808 2004-02-28  Jean-Pierre Roux
2809      * ENH add gdcmDicomDir:NewPatient
2810            add gdcmDicomDirPatient:NewStudy
2811            add gdcmDicomDirStudy:NewSerie
2812            add gdcmDicomDirSerie:NewImage
2813       to allow making gdcDicomDir object.
2814      * ADD PrintDicomDir executable that uses gdcmDicomDir tree-like structure
2815           (as opposite to the gdcmHeader chained list)
2816
2817 2004-02-11 Benoit Regrain
2818      * FIX : memory leaks and the set of ArgDelete methods in gdcmDicomDir
2819              when using from python
2820              
2821 2004-02-10 Benoit Regrain
2822      * FIX : bug fix in the gdcmDirList for the recursivity in directories
2823      * FIX : in gdcmDicomDir when the directory is empty
2824      * ENH : add callback and methods to get the progression of dicomDir
2825              directory parsing
2826
2827 2004-02-06 Jean-Pierre Roux
2828      * ENH : - now gdcmDicomDir::CreateDicomDir() returns also the meta elements
2829              - GDCM_META added to gdcmDicomDirType
2830              - class gdcmMeta created
2831      * ENH : - A brief summary is now displayed at the beginning of
2832              'testDicomDir' to help disaster magnitude estimation
2833      * REM : Now useless Test/explDICOMDIR.cxx
2834
2835 2004-02-05 Benoit Regrain
2836      * ENH : add methods in gdcmObject to get the hash table or the list of
2837              header entries
2838      * FIX : wrapping python for ListPatient, ListStudy, ListSerie, ListImage
2839      * FIX : wrapping python for TagHeaderEntryHT
2840
2841 2004-02-04 Benoit Regrain
2842      * FIX : even length for some strings when writting the dicom dir
2843      * FIX : sort the images in the dicom dir
2844      * FIX : Bug fix for python use of dicom dir
2845      * ADD : a python demo
2846
2847 2004-02-04 Jean-Pierre Roux
2848      * FIX : Final solution (?) for icone embedded images
2849      * FIX : dicomVR.dic Overlay group is not *only* 6000, but 60xxx
2850              (see http://medical.nema.org/dicom/2003/03_06PU.PDF)
2851              add groups 6002, 6004, 6006, to allow 'clean' parsing of
2852              gdcmData/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1
2853      * ENH add gdcmData/checkWriteExplicit.sh gdcmData/checkWriteImplicit.sh
2854            to make full checking easier
2855         
2856 2004-02-04 Benoit Regrain
2857      * FIX : WriteEntries : coding style & logic in parameters
2858      * FIX : Set the elements to create the DicomDir in a dictionary file
2859
2860 2004-02-03 Benoit Regrain
2861      * gdcmDirList : to parse a hard drive directory in recursive (or not)
2862      * gdcmDicomDir : add the load of directory
2863      * Bug fix and print add-on
2864
2865 2004-02-03 Jean-Pierre Roux
2866      * ENH gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
2867      * FIX handling 'non string elements' unsecure area (LUT, overlays, etc)
2868      * FIX Dicts/dicomV3.dic : Add a few missing 'group length' Elements 
2869      * FIX gdcmParser.cxx : 'group length' elements are now considered 
2870            as integers, even for shadow groups, when file is Implicit VR
2871         
2872 2004-02-02 Jean-Pierre Roux
2873      * FIX : gdcmWrite : equal_range() for multimap doesn't return a 'second' 
2874              iterator on last
2875              of the last synonym :-(
2876      * FIX : gdcmWrite::WriteBase : method stops if Pixels not yet Read (except 
2877              for DICOMDIR ;-)
2878      * ENH gdcmData/checkWrite.sh :modif for full check of Explicit VR writting
2879      * FIX taking into account the possible 7fe0,0010 multiplicity        
2880      * FIX add GRPixel,NumPixel,countGrPixel (gdcmParser protected members)
2881            to allow removal of references to 7fe0,0010, to deal with
2882       ACR-NEMA images, when 0028,0200 is meaningfull
2883
2884 2004-01-31 Jean-Pierre Roux
2885      * FIX gdcmParser::WriteEntries : when a VR is tagged as 'Unknown'
2886            no longer writes 'Un' on disk
2887      * FIX SQ elements with actual length are now dealt with corectly
2888      * FIX gdcmFile::WriteBase make the difference, for color images, between
2889            the length (for Palette expanded images)
2890            and Raw Length (non expanded image + Palette)
2891      * FIX Dicts/dicomV3.dic : removal of 'CTX' (context dependant) VR
2892            (that broke Write). Replaced by UL.
2893            Aware user will reload the field if he 
2894            thinks it's necesssary
2895              
2896 2004-01-30 Jean-Pierre Roux
2897      * gdcmParser::CheckSwap() now defaults the filetype to ACR 
2898        when 'dirty Acr' is found, to be compliant with the new 
2899        IsReadable() methods.
2900        
2901      * gdcmHeaderHelper :add Pixel Type 'FD', for dealing with 'double' images.
2902       (no DOUBLE images in kosher DICOM, 
2903       but so usefull for people that miss them ;-)
2904       
2905      * add Test/testDicomDir.cxx, Test/makeDicomDir.cxx , Test/explDICOMDIR.cxx
2906        DICOMDIR related utilities (not checked as Windoze compliant)
2907
2908 2004-01-28 Jean-Pierre Roux
2909      * upgrade GdcmHeaderEntry Print Method for DICOMDIR
2910
2911 2004-01-27 Jean-Pierre Roux
2912      * gdcmParser constructor has a new boolean param,'ignore_shadow', 
2913              to allow skipping the shadow elements, to save memory space.
2914         The TRUE value for this param has to be used 
2915         with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
2916         ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
2917      * gdcmHeader methods now deal with 'embedded icones images' in the header
2918              (even when an 'icone image sequence' is announced by the 
2919         element (0x0088,0x0200), but there is NO icone at all ...
2920         
2921      * gdcmHeader sometimes Image Location value doesn't follow  
2922              the supposed processor endianity (see gdcmData/cr172241.dcm).
2923              Fixed
2924
2925      * gdcmHeader add the method
2926              IterHT  GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);
2927         to get *all* the Header Entries with the same tag.
2928         GetHeaderEntrySameName is probabely *useless* 
2929         (no meaning : Name is *not* an identifier within the Dictionary)
2930
2931 2004-01-26 Benoit Regrain
2932      * Bug fix in the print of hexadecimal representations. Remove long fields 
2933        in the print and add a third level of print to print them
2934
2935 2004-01-23 Benoit Regrain
2936      * Bug fix on field having a VR = 'UI'. Assume that is a string field
2937      * Bug fix on test suite after remove the strip made on not string fields
2938      * Split the IsReadable method between gdcmParser which test that the file
2939        is dicom and gdcmHeader which test that it's an image file
2940
2941 2004-01-22 Benoit Regrain
2942      * DicomDir : clean code, add methods, set variables in protected or private
2943      * gdcmUtil : bug fix for the clean string method
2944
2945 2004-01-19 Benoit Regrain
2946      * Add the use of shadow dictionaries
2947      * bug fix and coding style
2948
2949 2004-01-19 Benoit Regrain
2950      * src/gdcmFile.cxx : bug fix concerning the close of file
2951      * src/gdcmParser.[h|cxx] : remove obvious Pub informations
2952      * Add the update of header entries using the shadow library
2953
2954 2004-01-19 Benoit Regrain
2955      * removal of file gdcmHeader2.cxx
2956      * split class gdcmHeader into gdcmParser and gdcmHeader, with gdcmHeader
2957        inheriting from gdcmParser. This split is to prepare the integration
2958        of dicom dir parsing
2959      * bug fix under python
2960
2961 2004-01-16 Jean-Pierre Roux
2962     * REM removal of class gdcmHeaderEntrySet
2963     * REM removal of files gdcmHeaderEntrySet.cxx, gdcmHeaderEntrySet.h
2964     * ADD add file gdcmHeader2.cxx 
2965     * ADD add method gdcmHeader::SetPrintLevel (for PrintHeader)
2966
2967 2004-01-15 Benoit Regrain
2968      * src/gdcmDicSet.[h|cxx] : add virtual entries to have a reference of
2969        entries created while parsing the header. Thus, they will be destroyed
2970        when the gdcmDictSet will be destroyed
2971      * src/gdcmHeader.cxx, gdcmHeaderEntrySet.cxx : uses virtual entries of
2972        gdcmDictSet
2973
2974 2004-01-15 Benoit Regrain
2975      * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix : before, with python only, the program
2976        made a fatal error because of the memory release at the end of program.
2977        The problem was in vtkGdcmReader::ExecuteData where we were allocate
2978        some memory and vtk seems to have some problems with that.
2979      * src/gdcmHeaderEntrySet.cxx : bug fix for std lib and cout
2980
2981 2004-01-14 Benoit Regrain
2982      * src/gdcmHeaderEntry.[h|cxx] : gdcmElValue -> gdcmHeaderEntry
2983      * src/gdcmHeaderEntrySet.[h|cxx] : gdcmElValSet -> gdcmHeaderEntrySet
2984      * src/*.[h|cxx] : make changes due to class name changes
2985      * gdcmPython/demo/*.py : bug fix due to method names
2986
2987 2004-01-13 Benoit Regrain
2988      * src/*.[h|cxx] : coding style
2989      * vtk/*.[h|cxx] : coding style
2990
2991 2004-01-13 Benoit Regrain
2992      * gdcmPython/testSuite.py : test the readable flag of file for tests
2993      * src/gdcmDict.cxx, gdcmElValSet.cxx : bug fix under windows for prints.
2994        It's lied to the stl compilation by MSVC (windows, always windows...)
2995      * src/gdcmIdo.h, gdcmHeaderIdo.cxx : remove the Ido unused files
2996
2997 2004-01-12 Benoit Regrain
2998      * src/*.h : add comments
2999      * src/gdcmDictSet.h : set the method BuildDictPath in public
3000      * src/gdcmTS.cxx, gdcmVR.cxx : use now a dictionary file other than to be
3001        directly setted in the source code
3002      * Dicts/dicomTS.dic, dicomVR.dic : 2 new dictionary files loaded by
3003        gdcmTS and gdcmVR
3004
3005 2004-01-09 Benoit Regrain
3006      * gdcmPython/gdcmVersion.py : add a gdcmVERSION variable information
3007      * setup.py : use a reference to gdcmVERSION
3008
3009 2004-01-07 Benoit Regrain
3010      * Modification to compile with the distutils.
3011      * Bug fix in code
3012
3013 2003-12-10 Benoit Regrain
3014      * gdcmHeader is now aggregating gdcmFile, and not derived into. Thus, we
3015        can use a gdcmHeaderHelper to load data
3016      * gdcmPython/testSuite.py : make the testSuite compliant with modifications
3017        made in the source code
3018
3019 2003-12-10 Benoit Regrain
3020      * Update Windows projects and .cvsignore files
3021
3022 2003-11-12 Jean-Pierre Roux
3023      * ENH gdcmHeader constructor has one more parameter (default value : false)
3024            that allows the user to 'go inside' the SeQuences only
3025            if he wants to.
3026            gdcmElValSet:Print takes it into account
3027
3028 2003-11-12  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3029      * ENH: Update gdcmPython/CMakeLists
3030      * FIX: (gdcmHeaderHelper) GetRescale and GetSlope
3031      * FIX: (gdcmElValSet) char 'tag' was overiding private members (VC++)
3032
3033 2003-11-10 Jean-Pierre Roux
3034       * FIX : gdcmHeader::LoadElements is now based
3035              on the ListTag listElem member,
3036              not longer on the TagElValueHT tagHt member
3037       * ENH : PrintPubElVal shows (temporarily) both results,
3038              with the tagHt member and the listElem member.
3039         (it's easier to 'see' the problems when using Printheader)
3040
3041       * FIX : old private member LgrElem is now splitted into
3042              ReadLength   : Length actually found on disk (updated only
3043                        if bug fixing is necessary), for internal
3044              use only
3045         UsableLength : Updated by FixFoundLength, to fix a bug
3046                        or to allow Parser going on.
3047         Will allow to re-write a kosher header when a SeQuence
3048         with a length (not 0000) is found
3049       Warning : gdcmFile::Write still uses the TagHt (not ListElem)
3050            because gdcmElValSet::Add does not update ListElem
3051       (to be written)
3052
3053 2003-11-07 Jean-Pierre Roux
3054      * FIX misstyping in Transfert Syntax name table
3055      * ENH gdcmHeader::FixFoundLength now allow to 'go inside' tge SeQuences
3056           when they have an actual length (not 0000 nor FFFFF)
3057      (Nobody should care of it, but DICOMDIR explorers)
3058
3059 2003-11-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3060      * ENH: vtkgdcmViewer now works with LUT dicom (OT-PAL-face ...)
3061
3062 2003-11-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3063      * ENH: vtkGdcmReader now supports LUT !
3064           (vtkgdcmViewer for now is not able to use them though)
3065
3066 2003-11-05 Jean-Pierre Roux
3067      * in testSuite.py : new files names for checking the package
3068      * FIX : Forgot to commit gdcmFile::GetImageDataSizeRaw();
3069              that returns the pixel area size to the *aware* (vtk) user
3070              that DOESN'T want to turn the PALETTE COLOR image into an RGB image
3071
3072 2003-11-05 Benoit Regrain
3073      * in testSuite.py : Modify the rules for checking the paths
3074                        : Explicit error messages
3075      * in __init__.py  : Related modif
3076
3077 2003-11-03 Jean-Pierre Roux
3078      * add gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
3079            to be used by aware (vtk) users that want to manage
3080            LUT (and no to turn the PALETTE image into an RGB pixels one)
3081      * GetPixelType now returns 8U for 24 Bits images
3082                     (vtkGdcmReader compliant)           
3083       
3084 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
3085      * Removal of *all* gdcmData images and add them again
3086        in order to loose the 'history' of un-anonymised images
3087        
3088 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
3089      * RMV : removal of useless jBitsInJsample.h 
3090            for both 8 and 12 Bits JPEG Lossy Libraries
3091
3092 2003-10-31 Jean-Pierre Roux
3093      * ENH : Add the functions gdcmFile::GetImageDataRaw 
3094                                gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
3095              that act as GetImageData and GetImageDataIntoVector
3096              except the making of an RGB Plane from Gray Plane + LUT
3097              Intended to aware (vtk) users who know how to manage
3098              such an image :
3099              After gdcmHeader :
3100               GetLUTRGBA return a R,G,B,A LUT if any
3101               lgrTotaleRaw gives the 'Raw' length
3102               GetImageDataRaw returns the gray Plane
3103      * FIX : no more dirty trick for 'Segmented xxx Palette Color Lookup' images
3104              (They stay Grey, just like with other Dicom viewers :-(
3105
3106 2003-10-30 Jean-Pierre Roux
3107      * FIX : a VC++ intended syntax modif broke the 12/12 Bytes expanding
3108              
3109 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3110      * ENH: Can be used like this '$vtkgdcmViewer *.dcm' with *.dcm 
3111       being coherents dicom files.
3112      
3113 2003-10-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3114      * FIX: DOH ! Forgot about windo$e users, they couldn't read lossless jpeg,
3115            from medcon lib !
3116      * ENH: Turn it into DOS file type to match libgdcmijpeg8.dsp file type 
3117      * ENH: Two steps is necessary to please VC++ compiler...
3118      * FIX: DOH ! libgdcmijpg8 -> libgdcmljpeg
3119      * ENH: Add include dir to medcon lib
3120      * FIX: only one function is being exported for now ! 
3121            You should use GLOBAL(return type) see ljpg/jpeg.h for more info
3122             
3123 2003-10-29 Jean-Pierre Roux
3124       * adding  gdcmHeader::GetLUTRGBA
3125         returns a 4 * 256 Bytes Reg/Green/Blue/Alpha vtk compliant LUT
3126           --> Mathieu, the modif u're waiting for is not yet committed
3127       * removal of now useless GetLUTRed,GetLUTGreen,GetLUTBlue,GetLUTRGB
3128
3129 2003-10-27 Jean-Pierre Roux
3130       * adding some xmedcon breaker files (courtesy of Loïc Boussel)
3131         00191113.dcm DermaColorLossLess.dcm
3132         MxTwinLossLess.dcm RadBWLossLess.dcm
3133       * ENH: For version prior to vtkImageViewer2 -r 1.19
3134       * FIX: avoid pb with xmedcon-breaker CT McTwin Elscint images
3135
3136 2003-10-27  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3137       * Removal of ido stuff in CMakeLists.txt
3138                                                
3139 2003-10-24  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3140       * ENH: vtkGdcmReader.cxx can now read multiframe dicom
3141       * FIX: remove a call to ->Modified ... see comments
3142       * FIX: vtkgdcmViewer.cxx was writting ASCII file...this is so slooooow !
3143       
3144 2003-10-23  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3145       * FIX: Problem with path for libvtkgdcmPython
3146       * ENH: Try adding a search script for python site-package
3147       * RMV: Remove some file from medcon lib that are not necessary
3148       * FIX: gdcm/Makefile.am fix for generating ljpg medcon
3149       * ENH: CMakeLists.txt now generate 'pygdcm.so' instead of 'libpygdcm.so'
3150       * FIX: More pragma disable fro VC++, 
3151              I don't think I break something as it is also disable in VTK/ITK.
3152         But it fasten debug compilation time.
3153             
3154 2003-10-23 Jean-Pierre Roux
3155       * gdcm now deals with 16 Bits Run Length Encoded images
3156         (they are compressed as 2 planes images, 
3157          one for the high Bytes, the other for low Bytes)
3158
3159 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
3160       * Now CheckRead takes into account :
3161          - the bugged 'Leonardo' Siemens images
3162          - the XA images, sent thru the burning VPRO station
3163       * add I9000001.dcm, a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
3164        (breaks DicomWorks)
3165
3166 2003-10-22  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3167       * FIX: When copying a Makefile.am to CMakeLists.txt 
3168              one should remove the '\'
3169         
3170 2003-10-22 Jean-Pierre Roux
3171       * in gdcmData adding a bugged 'Leonardo' Siemens image 
3172         (wrong lengths in header)
3173         OK with gdcm, KO with the other viewers :-)
3174       * add a GE dlx XA image, thru the VEPRO burning station
3175         (breaks DicomWorks)
3176
3177 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
3178       * in gdcmData add the checkvtkgdcmViewer.sh shell script 
3179         for a brutal checking of vtkgdcmViewer compliance
3180
3181 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
3182       * add the files for 'xmedcon' Jpeg Lossless library
3183       * call of 'xmedcom' Jpeg Lossles libray (instead of the old LibIDO one)
3184
3185 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
3186       * 'Compacted Files' (12 Bits Allocate, 12 Bits Stored) are now dealt with
3187      
3188 2003-10-21 Jean-Pierre Roux
3189       * garbage Siemens 'Leonardo' images dealt with
3190         (the patch is easy to remove)
3191       * cosmetic changes to avoid warnings
3192       
3193 2003-10-20  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3194       * ENH: vtkgdcmViewer now autoscale color/window level on start-up, 
3195         no need to press 'r' now.
3196    
3197 2003-10-20  Jean-Pierre Roux
3198       * upgrade of checkRead.sh checkWrite.sh according
3199         to new Jpeg Lossless decompressor
3200       * add US.3405.1.dcm, a genuine RGB medical file ...
3201       * add gdcm-ACR-LibIDO.acr, unnormalized Rectangular LibIDO format image
3202       * add CLIP0001-Sequoia-U11.dcm, US 'Clip', from SEQUOIA machine,
3203                                                   UNIT 11, Hop Cardio              
3204 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
3205       * general anonymisation in gdcmData
3206       * adding the 'color files' from
3207         http://www.leadtools.com/SDK/Medical/DICOM/ltdc19.htm
3208       * adding some well knowed bugged-header images
3209       * adding checkRead.sk, checkReadColor.sh, checkWrite.sh,
3210         waiting for their inclusion in Python testsuite
3211
3212 2003-10-15  Jean-Pierre Roux
3213     * gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, bool exception_on_error)
3214       no longer seg faults when file is not found
3215
3216 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
3217      * Emprovement of reading for Dicom encapsulated Jpeg LossLess 
3218        MultiFrame images
3219
3220 2003-10-14  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3221      * TODO: *.in file to genereate a UseGDCM later
3222
3223 2003-10-14  Jean-Pierre Roux
3224      * Some supposed-to-be Dicom Images have no preamble.
3225         OpenFile takes it into account
3226      * Jpeg LossLess 24 Bits images doesn't break any longer gdcm
3227      * Missing elements added in dicomV3.dic
3228       (just to be affraid : have a look at
3229        ftp://medical.nema.org/medical/dicom/2003/01v03dif/01v03_06.pdf
3230        and do it again next year ;->
3231
3232 2003-10-13  Jean-Pierre Roux
3233      * According to PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619, when each pixel of 
3234        a PALETTE COLOR is stored on 2 Bytes, theese 2 Bytes must be equal.
3235        But there are NOT. It's fixed !
3236        
3237 2003-10-13  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3238      * FIX: "jpeglib.h" was not found on VC++
3239      * FIX: vtkgdcm was not being installed 
3240          
3241 2003-10-10  Jean-Pierre Roux
3242      * ENH : OpenFile closes the file if it *really* doesn't look like
3243              an ACR-NEMA / DICOM one.
3244      * FIX : testWrite no longer writes an empty file if the source file     
3245              is not gdcm Readable
3246      * ENH : One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" 
3247              is now decoded.
3248         
3249 2003-10-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3250      * FIX: CMake generate now documentation
3251      * ENH: out of source doc build !
3252      * ENH: Generate both user and dev documentation
3253      * ENH: Should work on windows too
3254      * ENH: Only one doxygen config.in file is needed 
3255      * FIX: make install should be ok now on Unix plateform
3256      * FIX: PATH to dictionary was wrong (missing /)
3257      * ENH: OpenFile, return true if the file looks like an ACR or DICOM file 
3258                      
3259 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3260      * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
3261      * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
3262      * added a gdcmViewer to vtk test, use mouse to control 
3263         window level & window width
3264
3265 2003-10-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3266      * CMake-ification of gdcm, we have now two build system
3267      * FIX: on cygwin Wsock32 doesn't exist
3268      * FIX: force jpeg dir to the local one (gdcm/src/jpeg)
3269      
3270 2003-10-06  Emanuel Ollart
3271      * FIX : compilation process wad broken.
3272              Changed gdcmViewer_sources to vtkgdcmViewer_sources
3273         
3274 2003-10-06  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3275      * change gdcmViewer -> vtkgdcmViewer
3276      * change GetXSpacing and GetYSpacing "%f\\%" is parsed backward
3277      
3278 2003-10-06  Jean-Pierre Roux
3279      * FIX :A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
3280            ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
3281                  : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
3282       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
3283
3284 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
3285       * Odd length strings are padded with '\0' (not with spaces, 
3286         to remain compliant with already defined strings, 
3287         like Transfert Syntax UID and others)
3288
3289 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
3290       * ENH :gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
3291              to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
3292         
3293 2003-10-03  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3294       * vtkGdcmReader is now able to read rgb dicom file.
3295       * src/gdcmHeaderHelper : GetNumberOfScalarComponents()
3296
3297 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
3298       * A few nasty patches to allow the reading of a lot of nasty images
3299         ( e.g : well known GE images with a wrong elem length,
3300               : Philips MRI Images with a wrong Huffman table)
3301       * still to be done : allow the reading of bugged LEONARDO Siemens images
3302
3303 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
3304       * One more JPEG LossLess type "JPEG Baseline (Process 14)" is now decoded.
3305
3306 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
3307       * gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents() added, 
3308         to allow displaying RGB images (not only by affim ;-)
3309
3310 2003-10-03 Jean-Pierre Roux
3311       * gdcmFile::GetImageDataIntoVector now
3312          - deals with MultiFrames MultiFragments Run Length Encoded files
3313          - deals with YcBcR (YBR_FULL) files
3314          - deals with YBR_YBR_FULL_422 files (they work as RBG files ?!?)
3315           WARNING : nothing was checked for YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, 
3316                                        YBR_RCT files.
3317           (no sample found :-(
3318
3319 2003-10-02  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3320       * src/*.cxx removed pragma thingies to src/gdcmCommon.h
3321         Two reasons: - clear things
3322                      - third parties acces gdcm through header files, so won't
3323                        suffer anymore VC++ complains
3324
3325 2003-09-30  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3326       * add argv[1] in testvtkGdcmReader.cxx
3327       * removed leaks
3328
3329 2003-09-24 Jean-Pierre Roux
3330       * The lines are now eigthy characters long for 
3331         gdcmHeader.cxx gdcmHeaderHelper.cxx gdcmParse.cxx 
3332
3333 2003-09-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3334       * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
3335         char* to std::string. Thus, the use of strdup becomes useless. (see
3336         previous commis of Malaterre)
3337       * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
3338         before the last Malaterre's commit.
3339
3340 2003-09-19  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3341       * This commit should fix the Debug building under VC++, the problem
3342         was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
3343       * I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had
3344         to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).
3345
3346 2003-09-16  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3347       * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
3348         located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
3349         changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
3350
3351 2003-09-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3352       * Cosmetic changes:
3353         - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
3354           Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
3355           I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
3356           RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
3357         - PACKAGER corrected
3358         - DEVELOPPER added.
3359         - AUTHORS updated and now in alphabetical order
3360       * Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users.
3361
3362 2003-09-11  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3363       * cygwin complains about missing std:: in subdir Test/
3364
3365 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3366       * remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper
3367
3368 2003-09-10  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3369       * vtkGdcmReader set spacing and origin correctly
3370
3371 2003-09-09  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3372       * Fix a few delete/delete[] mismatch
3373
3374 2003-09-08  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3375       * src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
3376         interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
3377         heuristics to get informations (look at different places).
3378       * it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
3379         sorting DICOM images based on different strategies.
3380       * modified Makefiles accordingly.
3381
3382 2003-09-05  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3383       * src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
3384         when building in debug mode
3385       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
3386         src/win32/gdcmdll.dsp
3387       * vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode
3388
3389 2003-08-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3390       * Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks
3391             to valgrind.
3392
3393 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3394       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
3395       * src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : 
3396                   libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
3397       * src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"
3398
3399 2003-07-29 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3400       * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
3401         the file
3402       * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
3403       * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
3404         in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
3405       * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
3406         symbols... future problem ?
3407
3408 2003-07-29  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3409       * src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
3410       * modified gdcm.dsw accordingly
3411
3412 2003-07-28  Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
3413       * src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA
3414
3415 2003-07-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3416       * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
3417         commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
3418       * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
3419         of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
3420         useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
3421
3422 2003-07-08  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3423       * tagged the current version as Version0_3 (i.e. version 0.3)
3424
3425 2003-07-08  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3426       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
3427       * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
3428       * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
3429       * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
3430       * PACKAGER : adding all concerning windows
3431
3432 2003-07-07  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3433       * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
3434         garbage debug code.
3435       * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
3436       * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
3437         test suite reported error.
3438       * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
3439         packaging a new release).
3440       * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
3441       * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
3442       * fixing build of rpm (through rpm -ta):
3443         - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
3444         - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files.
3445
3446 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3447       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
3448       * src/gdcmHeader.h : formatting code
3449
3450 2003-07-07  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3451       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
3452         We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
3453         is made in an internal list to prevent this problem.
3454         Bug fix when output is empty.
3455         Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
3456         correction.
3457       * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
3458
3459 2003-07-04  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3460       * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
3461       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
3462         files. Added method to remove all files on the input
3463         Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
3464         ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
3465
3466 2003-07-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3467       * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
3468         when using make instal.
3469       * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
3470         RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
3471
3472 2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3473       * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
3474       * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
3475
3476 2003-07-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3477       * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
3478         linux and WINDOWS !
3479       * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
3480       * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
3481
3482 2003-07-02  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3483       * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
3484         addon of the jpeg library)
3485       * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
3486       * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
3487       * INSTALL now points to web documentation
3488
3489 2003-07-01  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3490       * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
3491         gdcmUtil.h anymore.
3492       * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
3493         clean target.
3494       * src/gdcm*.[cxx|h] :
3495         - to allow compilation with gcc 3.x
3496           -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
3497           -- small fixes on exceptions.
3498           Note: linking not tested !
3499         - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
3500           building stage.
3501       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
3502         dependent convertion).
3503
3504 2003-06-20  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3505       * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
3506         Changelog):
3507         - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
3508         - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
3509           addition/modification of Makefile.am and configure.in.
3510         - the testSuite is still brain damage (not guilty).
3511
3512 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3513       * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
3514         compile
3515       * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
3516         (FileName -> Filename)
3517
3518 2003-06-11  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3519       * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
3520         - UpdateProgress method should now be effective
3521         - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
3522           to volumes),
3523         - when building a stack of images/volume, a lesser number of
3524           gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
3525           accelerating things).
3526         - when building a stack of images/volumes, files which are not
3527           loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
3528           or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
3529           in the stack (for the caller to notice the problem).
3530
3531 2003-06-03  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3532       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent.
3533
3534 2003-06-02  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3535       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
3536         between standard library (std) and vtk library (problems are found
3537         under Windows... thanks Windows !)
3538
3539 2003-05-30  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3540       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
3541         debug stage).
3542       * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test
3543
3544 2003-05-29  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3545       * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.
3546
3547 2003-05-28  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3548       * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
3549         called with different flags than the default ones (with automake).
3550         In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
3551            make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
3552         and went for warning fixes:
3553         - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
3554           up from unused variables.
3555         - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
3556       * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup
3557
3558 2003-05-27  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3559       * gdcmPython/gdcm.i:
3560         - typemaps correction to take into account the systematic replacement
3561           of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
3562           std::string... (cf changes of 2003-05-21).
3563         - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
3564           src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
3565           exported to Python a as cvar.
3566       * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
3567         and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
3568         gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
3569         gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
3570         C++ static methods).
3571       * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
3572         with the above changes.
3573
3574 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3575       * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
3576
3577 2003-05-22  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3578       * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
3579         wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
3580         generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
3581          - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
3582          - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
3583            a wrapper
3584          - Wrapper interface which wrap sources
3585         + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
3586         + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
3587       * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
3588         files for compilation
3589
3590 2003-05-21  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with Benoit Regrain
3591       * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
3592         source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
3593         - vtk/Makefile.am now builds a library
3594         - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
3595           python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
3596           wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
3597           (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
3598           import library.
3599         - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
3600           to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
3601           + vtk/vtkGdcmReader.so and
3602           + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
3603           + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
3604         - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
3605           be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
3606         - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
3607           the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
3608       * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).
3609       * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
3610         std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
3611         This is to avoid pollution of global namespace in included files.
3612         Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
3613         gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
3614         collision of various stl members (principally cout...).
3615       * gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated
3616         file.
3617       * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
3618         comply with above changes)
3619
3620 2003-05-12  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3621       * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
3622       * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
3623         vtk data structure (an image Flip was required).
3624       * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
3625       * cosmetic changes in documentation.
3626
3627 2003-05-7  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3628       * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
3629         unexisting file is given as argument.
3630       * The subdirectory Data (containing all the images used for the
3631         test suite) is not part of this repository anymore. A new module
3632         containing those images is now available at
3633           :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
3634         with the name gdcmData.
3635         All the python scripts (including the package initialisation file
3636         gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
3637         account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).
3638
3639 2003-05-5  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3640       * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
3641         inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
3642         demo of the usage of this class.
3643         Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
3644         at configure (or autogen.sh) stage.
3645
3646 2003-04-16  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3647       * More memory link related corrections and documentation fixes.
3648         Notes on valgrind:
3649           - maximum info is obtained with a command of the form:
3650             valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
3651                      --show-reachable=yes PrintHeader
3652           - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
3653             allocation scheme through the usage of map and list. It looks
3654             like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
3655             (in fact further invocation to the STL would recollect the
3656              unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
3657       * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
3658         of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
3659         Note: some images don't seem to work e.g.
3660             python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
3661       * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
3662         Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
3663         make gdcm more thread friendly.
3664
3665 2003-04-15  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3666       * Memory link hunt (by using valgrind through the command
3667           valgrind --show-reachable=yes --leak-check=yes PrintHeader).
3668         - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
3669           gdcmHeader::_dicom_vr.
3670         - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
3671         - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
3672           VRHT*.
3673         - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)
3674
3675 2003-04-9  Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3676       * src/Makefile.am now exports all the necessary include files at
3677         make install stage.
3678
3679 2003-04-9 JPR
3680       * UpdateGroupLength replaced by new one
3681
3682 2003-04-7 JPR
3683       * UpdateGroupLength re-written using H-Table
3684         (named UpdateGroupLengthNew untill checks are over)
3685
3686 2003-04-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr> with JPR
3687       * Data/im_00001 renamed to gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
3688       * gdcmPython/testSuite.py now include a test of gdcmFile::Write.
3689       * src:
3690         - gdcmHeader::GetPubElValSet removed.
3691         - gdcmElValSet::WriteDcm, WriteAcr, WriteExplVR, revamped to
3692           UpdateGroupLength, WriteElements, Write.
3693         - gdcmHeader::FileType moved to gdcmCommon.h. The enum FileType
3694           doesn't contain TrueDicom anymore since ExplicitVR and ImplicitVR
3695           carried the same semantics.
3696           - src/gdcmHeaderIdo.cxx changed accordingly.
3697         - gdcmFile::WriteBase now regroups all the codes from previous
3698           versions of WriteDcm, WriteDcmImplVR, and WriteACR.
3699         - enum FileType moved to gdcmCommon.h
3700       * src/gdcmHeader.cxx AddDefault trashed
3701       * gdcmGetXSize added
3702       * getimageDataSize now calls gdcmGetXSize
3703       * Test/*.cxx changed to agree with above changes
3704
3705 2003-03-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3706       * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
3707         (to avoid double call by end user).
3708       * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
3709         by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it.
3710
3711 2003-03-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3712       * gdcm/Doc many doxygen changes:
3713         - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
3714           the html.users end users oriented documentation and
3715           DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
3716           oriented documentation.
3717         - README changed accordingly
3718         - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
3719         - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
3720           DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
3721         - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
3722           be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
3723           html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
3724       * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1. Hence
3725         all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
3726       * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
3727         ill-formed documentation sections.
3728       * src/gdcmHeader.cxx: ditto
3729
3730 2003-03-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3731       * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
3732       * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
3733         un*ces with sh-utils test utility.
3734       * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
3735       * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.
3736       * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
3737       * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
3738       * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.
3739
3740 2003-03-26 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3741       * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
3742       * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly.
3743
3744 2003-03-25 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3745       * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
3746       * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
3747       * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
3748       * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
3749         compilation work.
3750       * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
3751       * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message
3752
3753 2003-03-24 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3754       * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
3755         hence the user doesn't need this explicit call.
3756         - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
3757           i.e. LoadElements() call removed.
3758       * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
3759         - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
3760       * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
3761         for adding user defined new tags.
3762         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
3763         - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
3764           cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)
3765
3766 2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
3767       * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
3768         Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
3769         src/Makefile.am : the project should properly compile and install
3770         with the autotools, included the python wrappers part.
3771       * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.
3772
3773 2003-03-14 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3774       * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
3775
3776 2003-03-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3777       * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
3778         to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
3779         for usage).
3780       * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
3781         gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
3782         ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.
3783       * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
3784         moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.
3785
3786 2003-03-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3787       * gdcmPython/__init__.py doesn't crash anymore when running in
3788         in InstallMode or PreInstallMode but with an environment given
3789         value of GDCM_DICT_PATH.
3790       * src/gdcmDictSet.[cxx/h] coding style.
3791
3792 2003-03-06 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3793       * src/gdcmHeader.h and gdcmHeader.cxx Coding style + doxigenation.
3794       * src/gdcm.h general comments moved to TODO, and README
3795       * src/gdcm.h should now be seen as a user commodity (including it
3796         should suffice to fully use gdcm). It is nowhere including within
3797         any of the kernel files src/*.cxx and src/*.h.
3798
3799 2003-03-05 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3800       * src/gdcm.h splitted in gdcmCommon.h, gdcmDict.h, gdcmDictEntry.h,
3801         gdcmDictSet.h, gdcmElValSet.h, gdcmElValue.h, gdcmFile.h,
3802         gdcmHeader.h
3803       * src/gdcm*.cxx only include their corresponding include file
3804         (as opposed to gdcm.h)
3805       * gdcmPython/gdcm.i changed accordingly
3806       * Test/Makefile.am corrected and added NEWS, AUTHORS in order for
3807         the autogen.sh generated "make snapshot" command to work.
3808       * autogen.sh removed history related references to crea package.
3809
3810 2003-03-04 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3811       * distutilsSwigCPlusPlus.py work around some swig portability
3812         bug.
3813
3814 2003-03-03 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3815       * Eventually, python/gdcmPython was renamed to gdcmPython. This
3816         was done in a last ditch attempt to get setup.py _really_
3817         operationnal. The python/gdcmPython layaout add the advantage
3818         of hidding away the python related distutils specific files
3819         (MANIFEST.in, setup.py, distutils*.py...) from the main directory.
3820         Alas, the src directory was out of scope (i.e. it's relative
3821         position to setup.py was ../src) which made things impossible to
3822         handle (see previous version of python/setup.py). Crossing fingers...
3823
3824 2003-02-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3825       * python/setup.py now works on Un*x. (harder than I thougth)
3826       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py can now have include files
3827         among the list of sources.
3828
3829 2003-02-20 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3830       * src/gdcmHeader.cxx : bug fix - opening dicom file in binary !!!
3831       * modifications in MSVC projects
3832
3833 2003-02-19 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3834       * As stated by the first lines of Test/ExceptionAndPython/README, it
3835         looks like we can move back to original usage of exception within
3836         src/gdcm* and hence remove the errno stuff that was introduced
3837         as a quick and dirty fixture of this problem (added to the TODO).
3838       * Doc/Doxyfile configuration file for Doxygen and corresponding
3839         README file for usage added.
3840       * Test/testWrite.cxx added. This new test comes from a split of
3841         test.cxx that is now reverted to its original purpous i.e.
3842         testing the proper parsing of a Dicom related file.
3843         testWrite.cxx concentrates on testing the IO part of gdcm.
3844       * Test/bug1.cxx (containing a bug on WIn32) added.
3845       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx, gdcmDictSet.cxx:
3846         - gdcmHeader::GetPubTagNames and  gdcmHeader::GetPubTagNamesByCategory
3847           whose purpose is to publish the content of the TagNames of the
3848           Dicom public dictionary were not accessible without an
3849           instance of class gdcmHeader.
3850         - those methods are now static methods of gdcmDictSet and hence
3851           require no instances at all to be invocated.
3852         - within gdcmDictSet this change required to change some method
3853           to class methods (i.e. are now static) among which SetDictPath
3854           (renamed to BuildDictPath) and LoadDefaultPubDict.
3855       * python/gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py changed to illustrate
3856         the above changes by calling the new method classes of gdcmDictSet.
3857       * python/gdcmPython/__init__.py now exposes gdcm.gdcmDictSet for
3858         the above to be effective.
3859       * python/gdcmPython: in order to wrap properly the above changes
3860         for Python, swig version now needs to be > 1.3.17.
3861       * python/gdcmPython/Makefile fixed to adapt itself to new
3862         configure/make shema introduced by Johan Montagnat (thanks for the
3863         contribution). Alas this Makefile cannot be turned into a proper
3864         Makefile.am without some heavy changes in the configure.in
3865         (for python dectection).
3866       * python/gdcmPython/gdcm.i: the out typemap map<string, list<string>>*
3867         now avoids publishing the empty entries.
3868
3869 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3870       * python/setup.py : bug fix concerning install under windows
3871         ExtraPath reused :-P
3872       * gdcm.dsw : bug fix concerning path for libraries for python !!!
3873
3874 2003-02-13 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
3875       * Dicts/dicomV3.dic : remove double spaces !!!
3876       * src/gdcmElValSet.cxx : bug fix concerning windows compiler
3877       * python/gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp : bug fix concerning paths
3878         and links
3879
3880 2003-01-28 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3881       * src/gdcmHeader.cxx added a post header parsing AddAndDefaultElements
3882         method. Doxygenation.
3883       * src/gdcm.h clean up of JPR spurious comments.
3884
3885 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3886       * python/distutilsSwigCPlusPlus.py now properly collects the
3887         shadow classes generated by "swig -c++" (gdcm.py in our case)
3888         when using "python setup.py install".
3889       * python/gdcmPython/__init__.py imports gdcm.py and only manually
3890         reexports the working classes.
3891       * src/gdcmHeader.cxx all the try/catch/throw calls were replaced
3892         by the classical C errno scheme. This is to prevent an obscure
3893         behavior of the python wrappers when importing wxPython.wx prior
3894         to gdcmPython (which ended up in an abort call). An illustration
3895         of this oddity can be found in the Test/ExceptionAndPython
3896         subdir (see the README file). This problem probably due to
3897         an combination of g++ and dynamic loading.
3898       * added Test/ExceptionAndPython (see above)
3899
3900 2003-01-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3901       * Changed the layout of the python part to avoid bloating main
3902         directory with setup.py, distutilsSwigCPlusPlus.py, MANIFEST.in
3903         i.e. the distutils arsenal. All the python related stuff is
3904         again in a python subdir, but the package itself is now in
3905         python/gdcmPython.
3906       * setup.py was cleaned up:
3907         - pythonIncludePath removed
3908         - python setup.py bdist target is now functional.
3909       * gdcmPython/__init__.py doesn't export FileName any more (to avoid
3910         collision with other packages). gdcmPython/demo/*.py changed
3911         accordingly.
3912
3913 2003-01-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3914       * python subdir moved to gdcmPython (preparation of distutils packaging).
3915       * gdcmPython/setup.py and distutilsSwigCPlusPlus.py added. The
3916         distutils installer is operational.
3917       * - gdcmPython/__init__.py now properly loads the swig generated
3918           shadow classes (from gdcm.py).
3919         - gdcmPython/demo/*.py changed to import the package gdcmPython
3920           instead of gdcmPython/demo/load.py.
3921         - gdcmPython/testSuite.py changed to import the package gdcmPython.
3922
3923 2002-12-16 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3924       * src/gdcm.h, src/gdcmHeader.cxx: added GetPubTagNames() resp.
3925         GetPubTagNamesByCategory() to gdcmHeader that return a list of the
3926         entries within the associated public Dicom dictionary resp. the same
3927         information but sorted by the fourth field (PAT, IMG, DIR) of the
3928         dictionary.
3929         - Dicts/dicomV3.dic Entries which had an unspecified fourth field
3930           are now in the "???" group.
3931         - python/gdcm.i changed accordingly,
3932         - python/demo/printGroupedPublicDict.py added, that gives an example
3933           of the above new functionalities in Python.
3934
3935 2002-12-11 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3936       * src/gdcm.h, gdcmHeader.cxx:
3937         - historic references to glib's g_malloc and g_free (#defined)
3938           were definitively removed.
3939         - gdcm.h: cosmetic changes (part of comments moved to Doc/requirements)
3940       * src/gdcmElValSet.cxx:
3941         - GetElement(guint32, guint32) renamed to GetElementByNumber.
3942         - GetElValue(guint32, guint32) renamed to GetElValueByNumber.
3943         - GetElValue(string) renamed to GetElValueByName.
3944         - Added GetElementByName(string).
3945       * src/gdcmHeader.cxx: added
3946         - GetPubElValRepByNumber(guint16, guint16)
3947         - GetPubElValRepByName(string)
3948         - GetShaElValRepByNumber(guint16, guint16)
3949         - GetShaElValRepByName(string)
3950         - GetShaElValByNumber(guint16, guint16)
3951         - GetShaElValRepByName(string)
3952         - GetElValRepByNumber(guint16, guint16)
3953         - GetElValRepByName(string)
3954         - GetElValByNumber(guint16, guint16)
3955         - GetElValRepByName(string)
3956       * Doc/requirements.txt added.
3957
3958 2002-12-9 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3959       * Test/Makefile building now depends on the one of libgdcm.so
3960       * src/gdcmHeader.cxx and gdcm.h are now OB (undefined length encoded
3961         pixel data) aware which enables finding the address (offset) of
3962         the pixel data of JPEG encoded DICOM files. This leaves only a single
3963         file in the testSuite whose pixel data address (offset) is unknown.
3964       * python/testSuite.py changed accordingly.
3965
3966 2002-12-6 Christophe Odet + Hugues Benoit-Cattin + Eric.Boix
3967       * VC++ has some strong limitations when working with the STL, as stated
3968         in http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q168/9/58.ASP :
3969              "Also note that some STL containers (map, set, queue, list, deque)
3970               cannot be exported. [...]
3971               Some STL classes contain nested classes. These classes can not
3972               be exported. [...]
3973               This is caused by a designed limitation that once a template
3974               class is instantiated, it can not be re-instantiated and
3975               exported."
3976         Since our usage of map<> is ubiquitous in gdcm, this "designed
3977         limitation" of VC++ is a pitfall.
3978         Hence the Python wrappers of gdcm cannot be incrementally linked
3979         against the c++ dynamic library. The dirty but only workaround is
3980         to forget about incremental link of dynamic libraries and to generate
3981         the Python wrappers library with the inclusions of the underlying C++
3982         library.
3983         The following modifications concern this matter on Win32/VC++:
3984       - wrapping python correct with standalone wrapped dll (don't use separate
3985          dll under windows !!!!)
3986       - python21_d debug mode enabled (ask Frog how to use it :-)
3987       - NO problem with having an STL member of class for example string in C++
3988         WITH THE RESTRICTION OF FORGETING ABOUT INCREMENTAL LINK.
3989       - Python test of dcmlib in Python is ok under windows on a large set
3990         (one) of image(s).
3991       * removed glib references
3992       * typedef's inserted in gdcm.i for correct swig type management
3993
3994 2002-11-27 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
3995       * python/demo/*.py load.py extracted from test.py. Added explore.py
3996         that only displays required tags and testAll.py that parses all
3997         the files of the testsuite without using unittest.
3998       * python/testSuite.py other additional test on new files added.
3999       * Data/* new test files added accordingly to the testSuite.
4000       * src/gdcmHeader.cxx avoid overwriting of the dictionary when
4001         the vr in the file differs from the one of the dictionary.
4002
4003 2002-11-20 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4004       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx gdcm no longer loads all the elements
4005         values, but limits itself to values which are below a user specified
4006         size (by default 1024 bytes).
4007       * python/gdcm.i : elements not loaded (because their size is above the
4008         user specified treshold) are exported with their TagKey as key of the
4009         python dictionary. This enables the testsuite to make some checks
4010         on the unloaded elements (since we have their offset and size).
4011       * python/testSuite.py
4012         - now tests for the existence and proper value of the pixel data
4013         - two new examples added.
4014       * Data/gdcm-MR-SIEMENS-16.acr[12] added.
4015
4016 2002-11-18 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4017       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx are now "Big Endian transfer syntax"
4018         aware. See the strategy comments in gdcmHeader::FindLength().
4019       * Test/test.cxx now accepts a filename as first argument.
4020       * Data/US-PAL-8-10x-echo.dcm and US-RGB-8-epicard.dcm added.
4021       * python/testSuite.py changed to integrate test on above files.
4022
4023 2002-11-15 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4024       * Dicts/dicomV3.dic removed all the trailing (RET) when the
4025         the vr was also RET.
4026       * python/testSuite.py more tests added.
4027
4028 2002-11-14 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4029       * python/testSuite.py unittest test suite added (uses Data)
4030       * Data/* dcm and acr files for the test suite.
4031       * glib dependance removed from un*x version. We now use ISO C99
4032         7.18 Integer types (see stdint.h)
4033         - python/Makefile, src/Makefile src/gdcm.h
4034       * src/ when an explicit vr (like dicom files) suddenly poped an
4035         implicit element we use to mark the underlying DictEntry of the
4036         concerned ElValue with "Implicit". This strategy was damageable
4037         too the public or provite dictionaries, since some of their vr
4038         would be changed. Since Header::FindLength heavily relies on the
4039         detection by Header::FindVR of falsely explicit elements, I
4040         added an extra ImplicitVr member to ElValue (boolean).
4041         The rest of the changes we the necessary adaptations.
4042
4043 2002-11-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4044       * src/gdcmHeader::FindLength bug fix when trapping falsely explicit
4045         VR files.
4046       * src/gdcmHeader::FindVR: hard way fix of falsely explicit vr files.
4047
4048 2002-11-8 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4049       * Adaptation for porting to VC++:
4050         - src/gdcm.h
4051           o forced to use std namespace (for string to be known)
4052           o all class use __declspec export style on WIN32
4053         - src/gdcmUtil.cxx new Exit method that wraps the exit call
4054           (in stdlib.h on Win32 but in std:: for gcc)
4055       * src/gdcmDictSet::SetDictPath adds a trailing / to environement
4056         variable GDCM_DICT_PATH.
4057       * src/gdcmHeader.cxx verbose comments made discrete.
4058
4059 2002-11-7 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4060       * python/gdcm.i: added a typemap that converts a C++ hashing table
4061         to native Python dictionary.
4062       * python/demo/test.py:
4063         - now uses the native dictionary for exploration of gdcmHeader.
4064         - takes an optional filename argument (the file to parse).
4065       * src/gdcm.h and gdcmHeader.cxx: gdcmHeader now has an accessor on
4066         PubElVals hashing table.
4067       * Dicts/dicomV3.dic removed error prone trailing spaces.
4068
4069 2002-11-6 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4070       * Python wrapping process moved away from src/Makefile to
4071         newly created python/Makefile (as well as gdcm.i)
4072       * python/demo/test.py (that mirrors Test/test.cxx) is effective.
4073       * src/gdcmHeader::FindLength only looks for current vr when necessary.
4074       * src/gdcmDictSet.cxx: the dictionnaries directory path is now imported
4075         from the environement variable GDCM_DICT_PATH (when existing).
4076       * src/gdcmDict::GetTag bug fix.
4077
4078 2002-10-31 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4079       * Straightforward temporary fixes for swig to build the python wrappers.
4080         src/Makefile now has a python working entry [by working we mean
4081         that we can import the shadow classes without errors].
4082
4083 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4084       * hashtest.cxx removed (since already in Test)
4085       * src/gdcmlib.h renamed to src/gdcm.h
4086       * src/dcm.i renamed to src/gdcm.i
4087       * src/Makefile prepared for python wrapping
4088
4089 2002-10-29 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4090       * src/gdcmHeader.cxx :
4091         - Parsing of header is now separated from loading of element values
4092           (see gdcmHeader::LoadElements).
4093         - general clean up of hopefully all file access (creation of
4094           ReadInt16 and ReadInt32)
4095
4096 2002-10-22 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4097       * src/gdcmHeader.cxx :
4098         - RecupLgr renamed to FindLength and cut off with new IsAnInteger
4099           method.
4100         - SetLgrElem renamed to SetLength
4101         - GetLgrElem renamed to GetLength
4102         - ~gdcmHeader() made virtual to pesky warning messages at compile.
4103       * src/gdcmElValSet.cxx fixed both GetElValue methods
4104       * Dicts/dicomV3.dic falacious entry [7fe0 0010 OT PXL Pixel Data]
4105         due to IdoDude was cleaned out.
4106
4107 2002-10-21 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4108       * src/gdcmHeader.cxx RecupLgr split in FindVR and RecupLgr. FindVR
4109         concentrates on finding the value representation (when it exists).
4110         RecupLgr now only finds the element value length, and it avoids
4111         returning the unecessary skL (skipped length).
4112         Also, offsetCourant was simply removed (with taille_fich) since
4113         it was redundant with the File position internals (by using
4114         ftell and fseek). This also made skL (see above in RecupLgr) usage
4115         jajun.
4116       * src/gdcmHeaderIdo.cxx src/gdcmIdo.h added. Those files concentrate
4117         on the libido specificities which are handled through class
4118         inheritance.
4119       * Test/implicit_vr.dcm dicom v3 in implicit value representation
4120         added.
4121
4122 2002-10-17 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4123       * Truckload of changes. Parsing of header is barely functional
4124         (see Test/test) with the standard dictionary (see Dicts/dicomV3.dic).
4125
4126 2002-10-10 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4127       * src/gdcmHeader.cxx many addons of low level methods
4128
4129 2002-10-07 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4130       * src/gdcmHeader now contains_IdDcmCheckSwap, _IdDcmRecupLgr,
4131         and _IdDcmSWAP_LONG.
4132
4133 2002-09-12 Eric Boix <Eric.Boix@creatis.insa-lyon.fr>
4134       * This corresponds to all the changes decided at the meeting of
4135         May 23 2002. Needless to say we are running late...
4136